MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Mycobacterium smegmatis JS623 plasmid pMYCSM03

Total Repeats: 99

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019959	CTCACG	2	12	390	401	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	433644686
2	NC_019959	GGTCAG	2	12	947	958	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	433644687
3	NC_019959	GGCCGC	2	12	3969	3980	0 %	0 %	50 %	50 %	433644692
4	NC_019959	CTCACC	2	12	4614	4625	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	433644693
5	NC_019959	AGCCTG	2	12	4917	4928	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433644693
6	NC_019959	TCACGC	2	12	5279	5290	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	433644694
7	NC_019959	ACCGCA	2	12	6138	6149	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	433644695
8	NC_019959	GCCCTG	2	12	7581	7592	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	433644698
9	NC_019959	GTCGGG	2	12	10226	10237	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	433644701
10	NC_019959	GTCGAC	2	12	10850	10861	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433644701
11	NC_019959	ATGAAG	2	12	10992	11003	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	433644701
12	NC_019959	GTCGAC	2	12	17178	17189	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433644703
13	NC_019959	AACGCC	2	12	19383	19394	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	433644704
14	NC_019959	CGGCGC	2	12	20205	20216	0 %	0 %	50 %	50 %	433644705
15	NC_019959	CCGCGG	2	12	20412	20423	0 %	0 %	50 %	50 %	433644705
16	NC_019959	CGCCAT	2	12	21821	21832	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	433644706
17	NC_019959	CGTGCA	2	12	22027	22038	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433644707
18	NC_019959	CCACAC	2	12	25811	25822	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	433644711
19	NC_019959	TCAGCT	2	12	27620	27631	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	433644713
20	NC_019959	CGACGT	2	12	30082	30093	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433644719
21	NC_019959	GGCAGG	2	12	39602	39613	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_019959	CTCGGC	2	12	39903	39914	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	433644734
23	NC_019959	CGCCGA	2	12	42577	42588	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	433644738
24	NC_019959	ATGTCG	2	12	43119	43130	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_019959	GTGAGG	2	12	43407	43418	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_019959	GGTTCG	2	12	43982	43993	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	433644739
27	NC_019959	GCAGCT	2	12	44617	44628	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433644740
28	NC_019959	CTGGCG	2	12	49645	49656	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	433644747
29	NC_019959	AGTGGT	2	12	53369	53380	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	433644751
30	NC_019959	TCGCCG	2	12	61084	61095	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	433644761
31	NC_019959	ACCGCG	2	12	63538	63549	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	433644763
32	NC_019959	GCCCAG	2	12	66572	66583	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	433644765
33	NC_019959	GCCGCA	2	12	67952	67963	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	433644767
34	NC_019959	AGCGTG	2	12	70912	70923	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	433644769
35	NC_019959	GACAGC	2	12	71282	71293	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	433644770
36	NC_019959	CCCGGC	2	12	72041	72052	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	433644771
37	NC_019959	CGCCAC	2	12	73541	73552	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	433644771
38	NC_019959	GAATGG	2	12	73617	73628	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	433644771
39	NC_019959	TCGGTG	2	12	74019	74030	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	433644772
40	NC_019959	CGCCGG	2	12	74726	74737	0 %	0 %	50 %	50 %	433644773
41	NC_019959	GCCGCG	2	12	76182	76193	0 %	0 %	50 %	50 %	433644775
42	NC_019959	CAACCC	3	18	76457	76474	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	433644775
43	NC_019959	CCGACG	2	12	76690	76701	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	433644776
44	NC_019959	CCCGGC	2	12	81097	81108	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	433644779
45	NC_019959	TGCCCG	2	12	81710	81721	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	433644779
46	NC_019959	CATCGT	2	12	82186	82197	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	433644780
47	NC_019959	CAGGGC	2	12	82298	82309	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	433644780
48	NC_019959	ACCCCG	2	12	82437	82448	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	433644780
49	NC_019959	GCCGCG	2	12	85414	85425	0 %	0 %	50 %	50 %	433644780
50	NC_019959	ATCGCC	2	12	87085	87096	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	433644782
51	NC_019959	CAATCC	2	12	87520	87531	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	433644782
52	NC_019959	CGGCGC	2	12	87972	87983	0 %	0 %	50 %	50 %	433644782
53	NC_019959	GACGCC	2	12	88096	88107	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	433644782
54	NC_019959	CGGCGC	2	12	88991	89002	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
55	NC_019959	GCCGGT	2	12	90267	90278	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	433644786
56	NC_019959	GTGCGG	2	12	91161	91172	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	433644786
57	NC_019959	CCGGAC	2	12	92168	92179	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	433644787
58	NC_019959	ATCCGC	2	12	93214	93225	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	433644788
59	NC_019959	GCCAAG	2	12	93730	93741	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	433644788
60	NC_019959	GGCCTC	2	12	94523	94534	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	433644789
61	NC_019959	TCGACG	2	12	94995	95006	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433644789
62	NC_019959	CGGAGG	3	18	95723	95740	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_019959	TCGCCG	2	12	97812	97823	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	433644792
64	NC_019959	CGTCGA	2	12	100795	100806	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433644795
65	NC_019959	CCGCGT	2	12	101401	101412	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	433644795
66	NC_019959	GGCAGA	2	12	102270	102281	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	433644796
67	NC_019959	CACCAA	2	12	103033	103044	50 %	0 %	0 %	50 %	433644797
68	NC_019959	GCGCCG	2	12	103173	103184	0 %	0 %	50 %	50 %	433644797
69	NC_019959	CCCGGC	2	12	103817	103828	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	433644797
70	NC_019959	CATCGA	2	12	107099	107110	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	433644800
71	NC_019959	CGGCAT	2	12	107999	108010	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433644800
72	NC_019959	CGATGT	2	12	111819	111830	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	433644805
73	NC_019959	GTGGGG	2	12	112297	112308	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	433644806
74	NC_019959	CGCGGC	2	12	112590	112601	0 %	0 %	50 %	50 %	433644807
75	NC_019959	ACGGCG	2	12	115509	115520	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	433644810
76	NC_019959	CGTGCC	2	12	123198	123209	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	433644819
77	NC_019959	GGTGGC	2	12	123282	123293	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	433644819
78	NC_019959	CGTGCA	2	12	124267	124278	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433644821
79	NC_019959	GGTGGC	2	12	125636	125647	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	433644822
80	NC_019959	GCTGGT	2	12	127402	127413	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	433644824
81	NC_019959	CGTGGC	2	12	127882	127893	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	433644824
82	NC_019959	TGTGGG	2	12	131604	131615	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	433644826
83	NC_019959	GAGCGG	2	12	131624	131635	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	433644826
84	NC_019959	GGGAAG	2	12	136335	136346	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
85	NC_019959	TGCCCA	2	12	139550	139561	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	433644834
86	NC_019959	GCGACC	2	12	142698	142709	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	433644840
87	NC_019959	CCCACC	2	12	144108	144119	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	433644843
88	NC_019959	GCCGCG	2	12	145816	145827	0 %	0 %	50 %	50 %	433644847
89	NC_019959	TGTGGT	2	12	147002	147013	0 %	50 %	50 %	0 %	433644849
90	NC_019959	CCCATC	2	12	147048	147059	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	433644849
91	NC_019959	GTCGAG	2	12	147389	147400	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	433644850
92	NC_019959	TCGCCG	2	12	147468	147479	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	433644850
93	NC_019959	CCGTAT	2	12	147651	147662	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	433644850
94	NC_019959	CCGCGG	2	12	151381	151392	0 %	0 %	50 %	50 %	433644854
95	NC_019959	AGGTGG	2	12	152102	152113	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
96	NC_019959	CCAAAC	2	12	153639	153650	50 %	0 %	0 %	50 %	433644857
97	NC_019959	CGGCCG	2	12	154242	154253	0 %	0 %	50 %	50 %	433644858
98	NC_019959	TGGGCG	2	12	156543	156554	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	433644862
99	NC_019959	AGAGTC	2	12	164091	164102	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	433644870

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.