MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Mycobacterium smegmatis JS623 plasmid pMYCSM01

Total Repeats: 362

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019957	GGGCC	2	10	344	353	0 %	0 %	60 %	40 %	433644117
2	NC_019957	CCGGC	2	10	1245	1254	0 %	0 %	40 %	60 %	433644118
3	NC_019957	CGGCG	2	10	2638	2647	0 %	0 %	60 %	40 %	433644118
4	NC_019957	CAGGC	2	10	2793	2802	20 %	0 %	40 %	40 %	433644118
5	NC_019957	GTCCG	2	10	7730	7739	0 %	20 %	40 %	40 %	433644122
6	NC_019957	GGCGG	2	10	8783	8792	0 %	0 %	80 %	20 %	433644123
7	NC_019957	GCAGT	2	10	9555	9564	20 %	20 %	40 %	20 %	433644124
8	NC_019957	CTCGC	2	10	10508	10517	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
9	NC_019957	CGACC	2	10	11524	11533	20 %	0 %	20 %	60 %	433644125
10	NC_019957	GTCGG	2	10	13778	13787	0 %	20 %	60 %	20 %	433644127
11	NC_019957	TTCGG	2	10	15503	15512	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
12	NC_019957	CACCC	2	10	15826	15835	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
13	NC_019957	GTTCC	2	10	16668	16677	0 %	40 %	20 %	40 %	433644129
14	NC_019957	GCACC	2	10	17945	17954	20 %	0 %	20 %	60 %	433644130
15	NC_019957	CGTCG	2	10	18090	18099	0 %	20 %	40 %	40 %	433644130
16	NC_019957	GCATC	2	10	19865	19874	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
17	NC_019957	CACCC	2	10	22370	22379	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
18	NC_019957	GCCGT	2	10	22791	22800	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
19	NC_019957	CCTGG	2	10	26484	26493	0 %	20 %	40 %	40 %	433644134
20	NC_019957	CCGAA	2	10	27041	27050	40 %	0 %	20 %	40 %	433644134
21	NC_019957	CCGGT	2	10	29757	29766	0 %	20 %	40 %	40 %	433644136
22	NC_019957	TCAGC	2	10	29826	29835	20 %	20 %	20 %	40 %	433644136
23	NC_019957	CTTCG	2	10	31843	31852	0 %	40 %	20 %	40 %	433644138
24	NC_019957	CGACC	2	10	32187	32196	20 %	0 %	20 %	60 %	433644138
25	NC_019957	GCGTG	2	10	39124	39133	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
26	NC_019957	GGCCG	2	10	40508	40517	0 %	0 %	60 %	40 %	433644144
27	NC_019957	GACCA	2	10	41139	41148	40 %	0 %	20 %	40 %	433644144
28	NC_019957	GCCGT	2	10	42483	42492	0 %	20 %	40 %	40 %	433644144
29	NC_019957	TCGTG	2	10	44669	44678	0 %	40 %	40 %	20 %	433644145
30	NC_019957	TCGTG	2	10	45698	45707	0 %	40 %	40 %	20 %	433644145
31	NC_019957	GTCGG	2	10	46441	46450	0 %	20 %	60 %	20 %	433644145
32	NC_019957	GGTCG	2	10	48269	48278	0 %	20 %	60 %	20 %	433644145
33	NC_019957	TTGAC	2	10	52396	52405	20 %	40 %	20 %	20 %	433644149
34	NC_019957	GGATG	2	10	54779	54788	20 %	20 %	60 %	0 %	433644150
35	NC_019957	GCGAT	2	10	56529	56538	20 %	20 %	40 %	20 %	433644150
36	NC_019957	GAACC	2	10	57913	57922	40 %	0 %	20 %	40 %	433644150
37	NC_019957	GCCGC	2	10	58080	58089	0 %	0 %	40 %	60 %	433644150
38	NC_019957	CATGG	2	10	58295	58304	20 %	20 %	40 %	20 %	433644150
39	NC_019957	CGGGT	2	10	60511	60520	0 %	20 %	60 %	20 %	433644151
40	NC_019957	CGGCG	2	10	61696	61705	0 %	0 %	60 %	40 %	433644152
41	NC_019957	CCGAT	2	10	62175	62184	20 %	20 %	20 %	40 %	433644152
42	NC_019957	GGTCG	2	10	65086	65095	0 %	20 %	60 %	20 %	433644153
43	NC_019957	GCCGG	2	10	66232	66241	0 %	0 %	60 %	40 %	433644153
44	NC_019957	GGGGT	2	10	67151	67160	0 %	20 %	80 %	0 %	433644155
45	NC_019957	CCGGG	2	10	68393	68402	0 %	0 %	60 %	40 %	433644157
46	NC_019957	CTGGG	2	10	68585	68594	0 %	20 %	60 %	20 %	433644157
47	NC_019957	GATCC	2	10	72247	72256	20 %	20 %	20 %	40 %	433644160
48	NC_019957	CTCTT	2	10	72271	72280	0 %	60 %	0 %	40 %	433644160
49	NC_019957	TCGCG	2	10	72515	72524	0 %	20 %	40 %	40 %	433644160
50	NC_019957	TCGCG	2	10	73280	73289	0 %	20 %	40 %	40 %	433644160
51	NC_019957	GCCGC	2	10	73444	73453	0 %	0 %	40 %	60 %	433644160
52	NC_019957	GCTGC	2	10	73682	73691	0 %	20 %	40 %	40 %	433644160
53	NC_019957	TTGTC	2	10	75014	75023	0 %	60 %	20 %	20 %	433644160
54	NC_019957	TGCGG	3	15	75486	75500	0 %	20 %	60 %	20 %	433644161
55	NC_019957	CCTGC	2	10	76097	76106	0 %	20 %	20 %	60 %	433644161
56	NC_019957	CGCGG	2	10	77616	77625	0 %	0 %	60 %	40 %	433644163
57	NC_019957	GCGCG	2	10	79231	79240	0 %	0 %	60 %	40 %	433644164
58	NC_019957	GGATC	2	10	86754	86763	20 %	20 %	40 %	20 %	433644169
59	NC_019957	GATCA	2	10	88859	88868	40 %	20 %	20 %	20 %	433644171
60	NC_019957	CGTGC	2	10	89414	89423	0 %	20 %	40 %	40 %	433644171
61	NC_019957	GGTCG	2	10	92222	92231	0 %	20 %	60 %	20 %	433644172
62	NC_019957	GAACT	2	10	93611	93620	40 %	20 %	20 %	20 %	433644174
63	NC_019957	CGCGC	2	10	93999	94008	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
64	NC_019957	CGGGA	2	10	95199	95208	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
65	NC_019957	GATCG	2	10	95746	95755	20 %	20 %	40 %	20 %	433644176
66	NC_019957	GCTTG	2	10	96595	96604	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
67	NC_019957	GTCGC	2	10	97376	97385	0 %	20 %	40 %	40 %	433644179
68	NC_019957	GACGG	2	10	97993	98002	20 %	0 %	60 %	20 %	433644179
69	NC_019957	GCGTT	2	10	98333	98342	0 %	40 %	40 %	20 %	433644179
70	NC_019957	CAGTG	2	10	98967	98976	20 %	20 %	40 %	20 %	433644179
71	NC_019957	TGGTG	2	10	100948	100957	0 %	40 %	60 %	0 %	433644181
72	NC_019957	CCGCG	2	10	101579	101588	0 %	0 %	40 %	60 %	433644182
73	NC_019957	TGGCG	2	10	102403	102412	0 %	20 %	60 %	20 %	433644182
74	NC_019957	CCCGA	2	10	103824	103833	20 %	0 %	20 %	60 %	433644182
75	NC_019957	ACCGC	2	10	104578	104587	20 %	0 %	20 %	60 %	433644183
76	NC_019957	CGCGC	2	10	104713	104722	0 %	0 %	40 %	60 %	433644183
77	NC_019957	GCACC	2	10	104852	104861	20 %	0 %	20 %	60 %	433644183
78	NC_019957	GCGGT	2	10	105254	105263	0 %	20 %	60 %	20 %	433644183
79	NC_019957	CGCGG	2	10	105868	105877	0 %	0 %	60 %	40 %	433644183
80	NC_019957	TCCCG	2	10	108816	108825	0 %	20 %	20 %	60 %	433644185
81	NC_019957	GTCCG	2	10	109904	109913	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
82	NC_019957	CCGGT	2	10	111631	111640	0 %	20 %	40 %	40 %	433644187
83	NC_019957	GGTGT	2	10	112741	112750	0 %	40 %	60 %	0 %	433644188
84	NC_019957	CGTCG	2	10	113257	113266	0 %	20 %	40 %	40 %	433644188
85	NC_019957	GACAG	2	10	116411	116420	40 %	0 %	40 %	20 %	433644188
86	NC_019957	GCCGC	2	10	118287	118296	0 %	0 %	40 %	60 %	433644189
87	NC_019957	ACCCC	2	10	119216	119225	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
88	NC_019957	TGCGC	2	10	121337	121346	0 %	20 %	40 %	40 %	433644190
89	NC_019957	GTCAT	2	10	123075	123084	20 %	40 %	20 %	20 %	433644192
90	NC_019957	GCAGC	2	10	123417	123426	20 %	0 %	40 %	40 %	433644193
91	NC_019957	AACGA	2	10	127157	127166	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
92	NC_019957	CGGCG	2	10	128575	128584	0 %	0 %	60 %	40 %	433644197
93	NC_019957	GCCGA	2	10	129885	129894	20 %	0 %	40 %	40 %	433644197
94	NC_019957	GCGCC	2	10	132303	132312	0 %	0 %	40 %	60 %	433644198
95	NC_019957	TGCGG	2	10	132912	132921	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
96	NC_019957	GGCGA	2	10	134905	134914	20 %	0 %	60 %	20 %	433644200
97	NC_019957	CTCGC	2	10	135705	135714	0 %	20 %	20 %	60 %	433644201
98	NC_019957	GCGCG	2	10	136214	136223	0 %	0 %	60 %	40 %	433644201
99	NC_019957	AGGCG	2	10	139239	139248	20 %	0 %	60 %	20 %	433644204
100	NC_019957	GGTTG	2	10	141220	141229	0 %	40 %	60 %	0 %	433644207
101	NC_019957	GATCG	2	10	143579	143588	20 %	20 %	40 %	20 %	433644209
102	NC_019957	GGTTC	2	10	144807	144816	0 %	40 %	40 %	20 %	433644210
103	NC_019957	CCAAG	2	10	144918	144927	40 %	0 %	20 %	40 %	433644210
104	NC_019957	GGCCT	2	10	146152	146161	0 %	20 %	40 %	40 %	433644211
105	NC_019957	GCGGT	2	10	146536	146545	0 %	20 %	60 %	20 %	433644211
106	NC_019957	GGGCG	2	10	147167	147176	0 %	0 %	80 %	20 %	433644212
107	NC_019957	CGGGC	2	10	147191	147200	0 %	0 %	60 %	40 %	433644212
108	NC_019957	AGATC	2	10	148075	148084	40 %	20 %	20 %	20 %	433644212
109	NC_019957	GCCGA	2	10	148972	148981	20 %	0 %	40 %	40 %	433644213
110	NC_019957	GCCGA	2	10	149248	149257	20 %	0 %	40 %	40 %	433644213
111	NC_019957	GGCCG	2	10	149399	149408	0 %	0 %	60 %	40 %	433644214
112	NC_019957	CGCCA	2	10	149958	149967	20 %	0 %	20 %	60 %	433644214
113	NC_019957	CACGG	2	10	150060	150069	20 %	0 %	40 %	40 %	433644214
114	NC_019957	TCTGG	2	10	150757	150766	0 %	40 %	40 %	20 %	433644216
115	NC_019957	GTGCG	2	10	151045	151054	0 %	20 %	60 %	20 %	433644216
116	NC_019957	CGGCG	2	10	152163	152172	0 %	0 %	60 %	40 %	433644218
117	NC_019957	GTCTT	2	10	155188	155197	0 %	60 %	20 %	20 %	433644220
118	NC_019957	CCAGA	2	10	157003	157012	40 %	0 %	20 %	40 %	433644222
119	NC_019957	GTTGC	2	10	157259	157268	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
120	NC_019957	TGGAC	2	10	157834	157843	20 %	20 %	40 %	20 %	433644223
121	NC_019957	CACGC	2	10	158945	158954	20 %	0 %	20 %	60 %	433644223
122	NC_019957	GACCG	2	10	159394	159403	20 %	0 %	40 %	40 %	433644224
123	NC_019957	GGACG	2	10	160077	160086	20 %	0 %	60 %	20 %	433644225
124	NC_019957	TCGTC	2	10	162269	162278	0 %	40 %	20 %	40 %	433644226
125	NC_019957	GGAAC	2	10	162290	162299	40 %	0 %	40 %	20 %	433644226
126	NC_019957	TCCTT	2	10	165009	165018	0 %	60 %	0 %	40 %	433644230
127	NC_019957	CCAGC	2	10	165329	165338	20 %	0 %	20 %	60 %	433644230
128	NC_019957	GCGAT	2	10	167205	167214	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
129	NC_019957	GGTCA	2	10	168224	168233	20 %	20 %	40 %	20 %	433644231
130	NC_019957	GCGCG	2	10	168331	168340	0 %	0 %	60 %	40 %	433644231
131	NC_019957	TCAGG	2	10	168762	168771	20 %	20 %	40 %	20 %	433644232
132	NC_019957	CGCTC	2	10	172955	172964	0 %	20 %	20 %	60 %	433644237
133	NC_019957	GCTGC	2	10	174231	174240	0 %	20 %	40 %	40 %	433644238
134	NC_019957	ACAGG	2	10	174840	174849	40 %	0 %	40 %	20 %	433644238
135	NC_019957	GTCGA	2	10	175563	175572	20 %	20 %	40 %	20 %	433644238
136	NC_019957	CGGCG	2	10	175607	175616	0 %	0 %	60 %	40 %	433644238
137	NC_019957	TCGCA	2	10	176613	176622	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
138	NC_019957	GATTG	2	10	177588	177597	20 %	40 %	40 %	0 %	433644240
139	NC_019957	GCCGG	2	10	178157	178166	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
140	NC_019957	GCAGC	2	10	179039	179048	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
141	NC_019957	CGACG	2	10	179077	179086	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
142	NC_019957	AGCGC	2	10	179594	179603	20 %	0 %	40 %	40 %	433644244
143	NC_019957	ACGTC	2	10	180614	180623	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
144	NC_019957	CAGCG	2	10	181003	181012	20 %	0 %	40 %	40 %	433644246
145	NC_019957	ATGCT	2	10	182520	182529	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
146	NC_019957	CCCAG	2	10	188748	188757	20 %	0 %	20 %	60 %	433644252
147	NC_019957	GCCGA	2	10	189151	189160	20 %	0 %	40 %	40 %	433644253
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149	NC_019957	AGCCC	2	10	190391	190400	20 %	0 %	20 %	60 %	433644253
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151	NC_019957	TCAGC	2	10	196742	196751	20 %	20 %	20 %	40 %	433644257
152	NC_019957	CGGAT	2	10	197119	197128	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
153	NC_019957	TCAGC	2	10	197507	197516	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
154	NC_019957	GCCCG	2	10	197578	197587	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
155	NC_019957	CAGCG	2	10	199546	199555	20 %	0 %	40 %	40 %	433644260
156	NC_019957	CCGAC	2	10	200278	200287	20 %	0 %	20 %	60 %	433644260
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159	NC_019957	CTGTT	2	10	202814	202823	0 %	60 %	20 %	20 %	433644264
160	NC_019957	CCGCC	2	10	203047	203056	0 %	0 %	20 %	80 %	433644264
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167	NC_019957	AATGA	2	10	211244	211253	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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169	NC_019957	AGCGC	2	10	212137	212146	20 %	0 %	40 %	40 %	433644275
170	NC_019957	CGCGG	2	10	212705	212714	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
171	NC_019957	TGCGC	2	10	213042	213051	0 %	20 %	40 %	40 %	433644276
172	NC_019957	ACAGC	2	10	213346	213355	40 %	0 %	20 %	40 %	433644276
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176	NC_019957	CGGTG	2	10	216105	216114	0 %	20 %	60 %	20 %	433644279
177	NC_019957	GCGCC	2	10	216225	216234	0 %	0 %	40 %	60 %	433644279
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182	NC_019957	GTTGA	2	10	223834	223843	20 %	40 %	40 %	0 %	433644283
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185	NC_019957	CGAGT	2	10	224290	224299	20 %	20 %	40 %	20 %	433644284
186	NC_019957	GCCGG	2	10	225587	225596	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
187	NC_019957	GACCA	2	10	226779	226788	40 %	0 %	20 %	40 %	433644287
188	NC_019957	CGCGG	2	10	226937	226946	0 %	0 %	60 %	40 %	433644287
189	NC_019957	GGCTT	2	10	228297	228306	0 %	40 %	40 %	20 %	433644289
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196	NC_019957	AGCCG	2	10	234893	234902	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
197	NC_019957	GTCGC	2	10	235438	235447	0 %	20 %	40 %	40 %	433644295
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209	NC_019957	CGGCG	2	10	246174	246183	0 %	0 %	60 %	40 %	433644303
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223	NC_019957	CGGTG	2	10	255280	255289	0 %	20 %	60 %	20 %	433644315
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241	NC_019957	CCGCG	2	10	265287	265296	0 %	0 %	40 %	60 %	433644321
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244	NC_019957	CGACC	2	10	268980	268989	20 %	0 %	20 %	60 %	433644324
245	NC_019957	CCCGC	2	10	269011	269020	0 %	0 %	20 %	80 %	433644324
246	NC_019957	CGCGG	2	10	269867	269876	0 %	0 %	60 %	40 %	433644327
247	NC_019957	GCGTC	2	10	274419	274428	0 %	20 %	40 %	40 %	433644334
248	NC_019957	CAGCC	2	10	275052	275061	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
249	NC_019957	TCAGG	2	10	275146	275155	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
250	NC_019957	GCAAT	2	10	276313	276322	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
251	NC_019957	GCCCT	2	10	277253	277262	0 %	20 %	20 %	60 %	433644337
252	NC_019957	CGCGG	2	10	277940	277949	0 %	0 %	60 %	40 %	433644338
253	NC_019957	GGCCC	2	10	278575	278584	0 %	0 %	40 %	60 %	433644338
254	NC_019957	CTGGG	2	10	278680	278689	0 %	20 %	60 %	20 %	433644338
255	NC_019957	CGTCG	2	10	280471	280480	0 %	20 %	40 %	40 %	433644338
256	NC_019957	GGCGG	2	10	282894	282903	0 %	0 %	80 %	20 %	433644339
257	NC_019957	GGCGG	2	10	283339	283348	0 %	0 %	80 %	20 %	433644339
258	NC_019957	GCGAC	2	10	283631	283640	20 %	0 %	40 %	40 %	433644339
259	NC_019957	CACCG	2	10	285181	285190	20 %	0 %	20 %	60 %	433644341
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261	NC_019957	TCCAA	2	10	287957	287966	40 %	20 %	0 %	40 %	433644342
262	NC_019957	GTCGC	2	10	289472	289481	0 %	20 %	40 %	40 %	433644343
263	NC_019957	GGTCA	2	10	292931	292940	20 %	20 %	40 %	20 %	433644348
264	NC_019957	GCGCG	2	10	293637	293646	0 %	0 %	60 %	40 %	433644349
265	NC_019957	GAGGG	2	10	294125	294134	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
266	NC_019957	GCGTC	2	10	294356	294365	0 %	20 %	40 %	40 %	433644350
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.