MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Mycobacterium chubuense NBB4 plasmid pMYCCH.02

Total Repeats: 117

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018023	CGAGC	2	10	3655	3664	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
2	NC_018023	CGTTG	2	10	4141	4150	0 %	40 %	40 %	20 %	392406272
3	NC_018023	AGCGC	2	10	4306	4315	20 %	0 %	40 %	40 %	392406272
4	NC_018023	GCGCT	2	10	6184	6193	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
5	NC_018023	GACCA	2	10	8234	8243	40 %	0 %	20 %	40 %	392406276
6	NC_018023	CAGCG	2	10	8304	8313	20 %	0 %	40 %	40 %	392406276
7	NC_018023	CAAAT	2	10	8797	8806	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_018023	CATCG	2	10	11836	11845	20 %	20 %	20 %	40 %	392406279
9	NC_018023	CGAGC	2	10	13350	13359	20 %	0 %	40 %	40 %	392406281
10	NC_018023	CAATC	2	10	15246	15255	40 %	20 %	0 %	40 %	392406281
11	NC_018023	CGGCA	2	10	15427	15436	20 %	0 %	40 %	40 %	392406281
12	NC_018023	GGACT	2	10	16606	16615	20 %	20 %	40 %	20 %	392406282
13	NC_018023	CAACG	2	10	16621	16630	40 %	0 %	20 %	40 %	392406282
14	NC_018023	GATCA	2	10	17994	18003	40 %	20 %	20 %	20 %	392406283
15	NC_018023	GGTCA	2	10	18213	18222	20 %	20 %	40 %	20 %	392406283
16	NC_018023	GCCCG	2	10	19878	19887	0 %	0 %	40 %	60 %	392406285
17	NC_018023	CGGCA	2	10	20053	20062	20 %	0 %	40 %	40 %	392406285
18	NC_018023	GGCTG	2	10	22187	22196	0 %	20 %	60 %	20 %	392406287
19	NC_018023	CTGGC	2	10	23575	23584	0 %	20 %	40 %	40 %	392406288
20	NC_018023	CTCAC	2	10	24692	24701	20 %	20 %	0 %	60 %	392406290
21	NC_018023	ACCTC	2	10	25920	25929	20 %	20 %	0 %	60 %	392406291
22	NC_018023	TCAGC	2	10	26075	26084	20 %	20 %	20 %	40 %	392406292
23	NC_018023	CGCAC	2	10	30818	30827	20 %	0 %	20 %	60 %	392406295
24	NC_018023	CCCGA	2	10	34603	34612	20 %	0 %	20 %	60 %	392406299
25	NC_018023	CGCAA	2	10	34744	34753	40 %	0 %	20 %	40 %	392406299
26	NC_018023	CGGAC	2	10	37967	37976	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
27	NC_018023	CCGGC	2	10	39771	39780	0 %	0 %	40 %	60 %	392406303
28	NC_018023	CGTCG	2	10	46573	46582	0 %	20 %	40 %	40 %	392406306
29	NC_018023	CCGAC	2	10	47727	47736	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
30	NC_018023	CTTGC	2	10	48387	48396	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
31	NC_018023	AGTTG	2	10	50988	50997	20 %	40 %	40 %	0 %	392406309
32	NC_018023	GTTCG	2	10	51381	51390	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
33	NC_018023	CGGGC	2	10	51660	51669	0 %	0 %	60 %	40 %	392406310
34	NC_018023	TGTCG	2	10	52621	52630	0 %	40 %	40 %	20 %	392406311
35	NC_018023	CAGGA	2	10	53558	53567	40 %	0 %	40 %	20 %	392406311
36	NC_018023	ACCGC	2	10	59157	59166	20 %	0 %	20 %	60 %	392406320
37	NC_018023	TTCGG	2	10	59949	59958	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
38	NC_018023	GCGAT	2	10	60362	60371	20 %	20 %	40 %	20 %	392406321
39	NC_018023	CACCG	2	10	62559	62568	20 %	0 %	20 %	60 %	392406322
40	NC_018023	AGCAC	2	10	63389	63398	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
41	NC_018023	CGGCG	2	10	64725	64734	0 %	0 %	60 %	40 %	392406325
42	NC_018023	ATTGA	2	10	65513	65522	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_018023	TACGA	2	10	65557	65566	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_018023	CGGCA	2	10	65687	65696	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
45	NC_018023	CCCAG	2	10	65856	65865	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
46	NC_018023	CTCAG	2	10	66022	66031	20 %	20 %	20 %	40 %	392406326
47	NC_018023	CCGCA	2	10	66639	66648	20 %	0 %	20 %	60 %	392406327
48	NC_018023	ACACC	2	10	66797	66806	40 %	0 %	0 %	60 %	392406327
49	NC_018023	CCGCC	2	10	67185	67194	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
50	NC_018023	TGTGA	2	10	68193	68202	20 %	40 %	40 %	0 %	392406329
51	NC_018023	GGCGT	2	10	70415	70424	0 %	20 %	60 %	20 %	392406329
52	NC_018023	ATCGA	2	10	71335	71344	40 %	20 %	20 %	20 %	392406329
53	NC_018023	ACTCG	2	10	72708	72717	20 %	20 %	20 %	40 %	392406329
54	NC_018023	ACACC	2	10	73339	73348	40 %	0 %	0 %	60 %	392406329
55	NC_018023	GCCGT	2	10	73593	73602	0 %	20 %	40 %	40 %	392406329
56	NC_018023	CGGCG	2	10	76362	76371	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
57	NC_018023	TGCGC	2	10	76593	76602	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
58	NC_018023	CCGAA	2	10	76692	76701	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
59	NC_018023	TCGCC	2	10	77086	77095	0 %	20 %	20 %	60 %	392406331
60	NC_018023	GCCCC	2	10	77153	77162	0 %	0 %	20 %	80 %	392406331
61	NC_018023	TCGCC	2	10	77452	77461	0 %	20 %	20 %	60 %	392406331
62	NC_018023	AGCGA	2	10	77841	77850	40 %	0 %	40 %	20 %	392406331
63	NC_018023	GAATC	2	10	78969	78978	40 %	20 %	20 %	20 %	392406332
64	NC_018023	GGTCT	2	10	81819	81828	0 %	40 %	40 %	20 %	392406334
65	NC_018023	GGTCG	2	10	81886	81895	0 %	20 %	60 %	20 %	392406334
66	NC_018023	GCCGG	2	10	82856	82865	0 %	0 %	60 %	40 %	392406334
67	NC_018023	CCAGC	2	10	83596	83605	20 %	0 %	20 %	60 %	392406334
68	NC_018023	AGGGC	2	10	86096	86105	20 %	0 %	60 %	20 %	392406335
69	NC_018023	CCGTC	2	10	86741	86750	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
70	NC_018023	ACCGT	2	10	92499	92508	20 %	20 %	20 %	40 %	392406345
71	NC_018023	GGTGA	2	10	92635	92644	20 %	20 %	60 %	0 %	392406345
72	NC_018023	GCCGC	2	10	93264	93273	0 %	0 %	40 %	60 %	392406345
73	NC_018023	GGCGC	2	10	93332	93341	0 %	0 %	60 %	40 %	392406345
74	NC_018023	GGCGA	2	10	93994	94003	20 %	0 %	60 %	20 %	392406346
75	NC_018023	CGGGC	2	10	94461	94470	0 %	0 %	60 %	40 %	392406346
76	NC_018023	GCGCA	2	10	97282	97291	20 %	0 %	40 %	40 %	392406348
77	NC_018023	CGCTG	2	10	100463	100472	0 %	20 %	40 %	40 %	392406352
78	NC_018023	ATCAG	2	10	100821	100830	40 %	20 %	20 %	20 %	392406352
79	NC_018023	CGGCG	2	10	100931	100940	0 %	0 %	60 %	40 %	392406352
80	NC_018023	GGCCC	2	10	104742	104751	0 %	0 %	40 %	60 %	392406355
81	NC_018023	ATCAC	2	10	104950	104959	40 %	20 %	0 %	40 %	392406355
82	NC_018023	CCCGC	2	10	106449	106458	0 %	0 %	20 %	80 %	392406355
83	NC_018023	ACGCA	2	10	107080	107089	40 %	0 %	20 %	40 %	392406356
84	NC_018023	TCGGC	2	10	107803	107812	0 %	20 %	40 %	40 %	392406356
85	NC_018023	ACCGT	2	10	108143	108152	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
86	NC_018023	AACCA	2	10	108979	108988	60 %	0 %	0 %	40 %	392406357
87	NC_018023	CAGTC	2	10	110772	110781	20 %	20 %	20 %	40 %	392406359
88	NC_018023	GCGTC	2	10	111767	111776	0 %	20 %	40 %	40 %	392406361
89	NC_018023	TCGCC	2	10	114136	114145	0 %	20 %	20 %	60 %	392406363
90	NC_018023	GCCCA	2	10	115268	115277	20 %	0 %	20 %	60 %	392406366
91	NC_018023	CGCCC	2	10	115849	115858	0 %	0 %	20 %	80 %	392406366
92	NC_018023	CCAGC	2	10	115959	115968	20 %	0 %	20 %	60 %	392406366
93	NC_018023	GATGT	2	10	117741	117750	20 %	40 %	40 %	0 %	392406367
94	NC_018023	GGCGC	2	10	118702	118711	0 %	0 %	60 %	40 %	392406368
95	NC_018023	GCGCT	2	10	120367	120376	0 %	20 %	40 %	40 %	392406371
96	NC_018023	GCCCC	2	10	120883	120892	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
97	NC_018023	CAGCG	2	10	121927	121936	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
98	NC_018023	AGTCG	2	10	123328	123337	20 %	20 %	40 %	20 %	392406373
99	NC_018023	CAGTG	2	10	123844	123853	20 %	20 %	40 %	20 %	392406373
100	NC_018023	TTGAG	2	10	124919	124928	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
101	NC_018023	GGTGC	2	10	125464	125473	0 %	20 %	60 %	20 %	392406375
102	NC_018023	CGATC	2	10	125762	125771	20 %	20 %	20 %	40 %	392406375
103	NC_018023	CGGCG	2	10	127050	127059	0 %	0 %	60 %	40 %	392406376
104	NC_018023	CGCGG	2	10	129561	129570	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
105	NC_018023	CACTC	2	10	131008	131017	20 %	20 %	0 %	60 %	392406380
106	NC_018023	GCGCT	2	10	131249	131258	0 %	20 %	40 %	40 %	392406380
107	NC_018023	CCGCA	2	10	131813	131822	20 %	0 %	20 %	60 %	392406381
108	NC_018023	GGCGG	2	10	132488	132497	0 %	0 %	80 %	20 %	392406382
109	NC_018023	GGCGG	2	10	133697	133706	0 %	0 %	80 %	20 %	392406383
110	NC_018023	TCGAG	2	10	134164	134173	20 %	20 %	40 %	20 %	392406383
111	NC_018023	TTGCG	2	10	134896	134905	0 %	40 %	40 %	20 %	392406384
112	NC_018023	CTGGG	2	10	135866	135875	0 %	20 %	60 %	20 %	392406385
113	NC_018023	CAGCT	2	10	137861	137870	20 %	20 %	20 %	40 %	392406389
114	NC_018023	CAACG	2	10	139780	139789	40 %	0 %	20 %	40 %	392406390
115	NC_018023	GGCAA	2	10	142466	142475	40 %	0 %	40 %	20 %	392406390
116	NC_018023	ACCCC	2	10	143447	143456	20 %	0 %	0 %	80 %	392406390
117	NC_018023	GCGCC	2	10	143499	143508	0 %	0 %	40 %	60 %	392406390

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.