MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Methylomicrobium alcaliphilum chromosome

Total Repeats: 3586

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016112	TGATT	2	10	83	92	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_016112	AGGCA	2	10	551	560	40 %	0 %	40 %	20 %	357403389
3	NC_016112	AATTT	2	10	3291	3300	40 %	60 %	0 %	0 %	357403391
4	NC_016112	CTTGG	2	10	3662	3671	0 %	40 %	40 %	20 %	357403391
5	NC_016112	ACCGC	2	10	6057	6066	20 %	0 %	20 %	60 %	357403392
6	NC_016112	ACAAG	2	10	6206	6215	60 %	0 %	20 %	20 %	357403392
7	NC_016112	GCAAA	2	10	6266	6275	60 %	0 %	20 %	20 %	357403392
8	NC_016112	CCGCG	2	10	6699	6708	0 %	0 %	40 %	60 %	357403392
9	NC_016112	GCATA	2	10	7489	7498	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_016112	CCTCA	2	10	7848	7857	20 %	20 %	0 %	60 %	357403394
11	NC_016112	ATGAA	2	10	9036	9045	60 %	20 %	20 %	0 %	357403395
12	NC_016112	TAAAG	2	10	10008	10017	60 %	20 %	20 %	0 %	357403396
13	NC_016112	ATTTT	2	10	10226	10235	20 %	80 %	0 %	0 %	357403396
14	NC_016112	TCAAG	2	10	10532	10541	40 %	20 %	20 %	20 %	357403397
15	NC_016112	ATTGG	2	10	10868	10877	20 %	40 %	40 %	0 %	357403397
16	NC_016112	TGATT	2	10	13757	13766	20 %	60 %	20 %	0 %	357403398
17	NC_016112	CGACT	2	10	15509	15518	20 %	20 %	20 %	40 %	357403399
18	NC_016112	AGTTT	2	10	16595	16604	20 %	60 %	20 %	0 %	357403400
19	NC_016112	ACAAA	2	10	18441	18450	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_016112	GGTAC	2	10	20335	20344	20 %	20 %	40 %	20 %	357403402
21	NC_016112	CAAAG	2	10	21283	21292	60 %	0 %	20 %	20 %	357403403
22	NC_016112	CCATC	2	10	21943	21952	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
23	NC_016112	CTTAA	2	10	25345	25354	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_016112	GAGCA	2	10	29681	29690	40 %	0 %	40 %	20 %	357403414
25	NC_016112	GAAAA	2	10	30458	30467	80 %	0 %	20 %	0 %	357403414
26	NC_016112	GACCG	2	10	32987	32996	20 %	0 %	40 %	40 %	357403415
27	NC_016112	GCGCC	2	10	34434	34443	0 %	0 %	40 %	60 %	357403416
28	NC_016112	CCGAC	2	10	35455	35464	20 %	0 %	20 %	60 %	357403418
29	NC_016112	AACCG	2	10	39973	39982	40 %	0 %	20 %	40 %	357403424
30	NC_016112	TACGC	2	10	43924	43933	20 %	20 %	20 %	40 %	357403426
31	NC_016112	AGGGA	2	10	44121	44130	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
32	NC_016112	CTTTA	2	10	45216	45225	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_016112	GGTCG	2	10	46859	46868	0 %	20 %	60 %	20 %	357403430
34	NC_016112	GCAAA	2	10	47023	47032	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_016112	CAAGA	2	10	47451	47460	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_016112	CCGTT	2	10	48146	48155	0 %	40 %	20 %	40 %	357403432
37	NC_016112	AACTG	2	10	48168	48177	40 %	20 %	20 %	20 %	357403432
38	NC_016112	ATGCG	2	10	48486	48495	20 %	20 %	40 %	20 %	357403432
39	NC_016112	TTCGG	2	10	50894	50903	0 %	40 %	40 %	20 %	357403433
40	NC_016112	TCGAT	2	10	52714	52723	20 %	40 %	20 %	20 %	357403434
41	NC_016112	CAATG	2	10	54389	54398	40 %	20 %	20 %	20 %	357403435
42	NC_016112	CGGCG	2	10	54712	54721	0 %	0 %	60 %	40 %	357403435
43	NC_016112	ATCGA	2	10	56023	56032	40 %	20 %	20 %	20 %	357403436
44	NC_016112	TGGGT	2	10	56434	56443	0 %	40 %	60 %	0 %	357403436
45	NC_016112	TGGTT	2	10	56920	56929	0 %	60 %	40 %	0 %	357403437
46	NC_016112	GCATA	2	10	57832	57841	40 %	20 %	20 %	20 %	357403438
47	NC_016112	CGATC	2	10	58279	58288	20 %	20 %	20 %	40 %	357403438
48	NC_016112	AGGAT	2	10	58797	58806	40 %	20 %	40 %	0 %	357403438
49	NC_016112	TCGTT	2	10	60494	60503	0 %	60 %	20 %	20 %	357403438
50	NC_016112	TGTCG	2	10	60916	60925	0 %	40 %	40 %	20 %	357403438
51	NC_016112	TTTTG	2	10	64943	64952	0 %	80 %	20 %	0 %	357403440
52	NC_016112	TTAAT	2	10	68129	68138	40 %	60 %	0 %	0 %	357403443
53	NC_016112	TGAGT	2	10	72993	73002	20 %	40 %	40 %	0 %	357403448
54	NC_016112	CTGCC	2	10	75107	75116	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
55	NC_016112	CTTGT	2	10	75389	75398	0 %	60 %	20 %	20 %	357403451
56	NC_016112	GTTTA	2	10	75619	75628	20 %	60 %	20 %	0 %	357403451
57	NC_016112	AGCCG	2	10	79279	79288	20 %	0 %	40 %	40 %	357403454
58	NC_016112	ATCGT	2	10	79987	79996	20 %	40 %	20 %	20 %	357403454
59	NC_016112	AAGGC	2	10	80396	80405	40 %	0 %	40 %	20 %	357403454
60	NC_016112	CCGAT	2	10	83901	83910	20 %	20 %	20 %	40 %	357403457
61	NC_016112	TTGGA	2	10	85725	85734	20 %	40 %	40 %	0 %	357403460
62	NC_016112	TATCA	2	10	85740	85749	40 %	40 %	0 %	20 %	357403460
63	NC_016112	ACCCT	2	10	88243	88252	20 %	20 %	0 %	60 %	357403461
64	NC_016112	ATTTT	2	10	88703	88712	20 %	80 %	0 %	0 %	357403462
65	NC_016112	AAGGC	2	10	90361	90370	40 %	0 %	40 %	20 %	357403464
66	NC_016112	TTGTT	2	10	91406	91415	0 %	80 %	20 %	0 %	357403467
67	NC_016112	GGGCG	2	10	91452	91461	0 %	0 %	80 %	20 %	357403467
68	NC_016112	TTGGC	2	10	92395	92404	0 %	40 %	40 %	20 %	357403469
69	NC_016112	TCGAC	2	10	93486	93495	20 %	20 %	20 %	40 %	357403471
70	NC_016112	ATTAC	2	10	94013	94022	40 %	40 %	0 %	20 %	357403471
71	NC_016112	TCGAT	2	10	95004	95013	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
72	NC_016112	AAAAG	2	10	98484	98493	80 %	0 %	20 %	0 %	357403477
73	NC_016112	GATCA	2	10	98746	98755	40 %	20 %	20 %	20 %	357403478
74	NC_016112	AAAGG	2	10	101720	101729	60 %	0 %	40 %	0 %	357403480
75	NC_016112	GCCGA	2	10	103786	103795	20 %	0 %	40 %	40 %	357403481
76	NC_016112	TGAGA	2	10	106341	106350	40 %	20 %	40 %	0 %	357403484
77	NC_016112	TCCGG	2	10	106918	106927	0 %	20 %	40 %	40 %	357403484
78	NC_016112	TTAAG	2	10	108044	108053	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_016112	TTTTA	2	10	110089	110098	20 %	80 %	0 %	0 %	357403488
80	NC_016112	TTCAT	2	10	111543	111552	20 %	60 %	0 %	20 %	357403489
81	NC_016112	CGGGC	2	10	111876	111885	0 %	0 %	60 %	40 %	357403489
82	NC_016112	AGTCG	2	10	112841	112850	20 %	20 %	40 %	20 %	357403490
83	NC_016112	GCTTG	2	10	113714	113723	0 %	40 %	40 %	20 %	357403490
84	NC_016112	GAAAA	2	10	114826	114835	80 %	0 %	20 %	0 %	357403492
85	NC_016112	TTAGT	2	10	115044	115053	20 %	60 %	20 %	0 %	357403492
86	NC_016112	ATTTA	2	10	115708	115717	40 %	60 %	0 %	0 %	357403492
87	NC_016112	TTGAA	2	10	116102	116111	40 %	40 %	20 %	0 %	357403492
88	NC_016112	GCTCA	2	10	118285	118294	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
89	NC_016112	GTTTT	2	10	119900	119909	0 %	80 %	20 %	0 %	357403495
90	NC_016112	CGAGT	2	10	120244	120253	20 %	20 %	40 %	20 %	357403496
91	NC_016112	ATGGT	2	10	120378	120387	20 %	40 %	40 %	0 %	357403496
92	NC_016112	AGTCG	2	10	120809	120818	20 %	20 %	40 %	20 %	357403496
93	NC_016112	TCGTT	2	10	122114	122123	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
94	NC_016112	AACAA	2	10	122171	122180	80 %	0 %	0 %	20 %	357403498
95	NC_016112	ATCTT	2	10	122401	122410	20 %	60 %	0 %	20 %	357403498
96	NC_016112	GAATT	2	10	123174	123183	40 %	40 %	20 %	0 %	357403498
97	NC_016112	AGGAG	2	10	125076	125085	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
98	NC_016112	TCGTG	2	10	125487	125496	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
99	NC_016112	AAAGC	2	10	126423	126432	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_016112	ATCCC	2	10	130113	130122	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
101	NC_016112	GTGCT	2	10	138032	138041	0 %	40 %	40 %	20 %	357403505
102	NC_016112	CCGCG	2	10	138314	138323	0 %	0 %	40 %	60 %	357403505
103	NC_016112	GATCG	2	10	139489	139498	20 %	20 %	40 %	20 %	357403507
104	NC_016112	GTTTT	2	10	139646	139655	0 %	80 %	20 %	0 %	357403507
105	NC_016112	CTTTT	2	10	141609	141618	0 %	80 %	0 %	20 %	357403510
106	NC_016112	CGGGT	2	10	141795	141804	0 %	20 %	60 %	20 %	357403510
107	NC_016112	GCGTT	2	10	141961	141970	0 %	40 %	40 %	20 %	357403510
108	NC_016112	ACGAT	2	10	142027	142036	40 %	20 %	20 %	20 %	357403510
109	NC_016112	AATTT	2	10	146250	146259	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_016112	GGCAG	2	10	149452	149461	20 %	0 %	60 %	20 %	357403517
111	NC_016112	CCTTA	2	10	150537	150546	20 %	40 %	0 %	40 %	357403518
112	NC_016112	TTCGA	2	10	153512	153521	20 %	40 %	20 %	20 %	357403521
113	NC_016112	GGCCG	2	10	153637	153646	0 %	0 %	60 %	40 %	357403521
114	NC_016112	AACGC	2	10	153698	153707	40 %	0 %	20 %	40 %	357403521
115	NC_016112	GATTT	2	10	155714	155723	20 %	60 %	20 %	0 %	357403523
116	NC_016112	ATGCT	2	10	157770	157779	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
117	NC_016112	TGCCG	2	10	158875	158884	0 %	20 %	40 %	40 %	357403526
118	NC_016112	GCGAA	2	10	159411	159420	40 %	0 %	40 %	20 %	357403526
119	NC_016112	GTCAA	2	10	162350	162359	40 %	20 %	20 %	20 %	357403528
120	NC_016112	ATTTA	2	10	163108	163117	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_016112	TGTTT	2	10	163794	163803	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_016112	GTAAT	2	10	164656	164665	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
123	NC_016112	TGCCA	2	10	165786	165795	20 %	20 %	20 %	40 %	357403530
124	NC_016112	CGGCC	2	10	167486	167495	0 %	0 %	40 %	60 %	357403532
125	NC_016112	CGCGC	2	10	167982	167991	0 %	0 %	40 %	60 %	357403532
126	NC_016112	CAACG	2	10	168121	168130	40 %	0 %	20 %	40 %	357403532
127	NC_016112	CAACG	2	10	170470	170479	40 %	0 %	20 %	40 %	357403534
128	NC_016112	AGTAA	2	10	172091	172100	60 %	20 %	20 %	0 %	357403535
129	NC_016112	AATGC	2	10	173409	173418	40 %	20 %	20 %	20 %	357403536
130	NC_016112	TCGAT	2	10	175847	175856	20 %	40 %	20 %	20 %	357403538
131	NC_016112	ATCAA	2	10	176765	176774	60 %	20 %	0 %	20 %	357403538
132	NC_016112	AGCGA	2	10	176894	176903	40 %	0 %	40 %	20 %	357403538
133	NC_016112	AAATC	2	10	177259	177268	60 %	20 %	0 %	20 %	357403539
134	NC_016112	ATTCA	2	10	179391	179400	40 %	40 %	0 %	20 %	357403540
135	NC_016112	CCCAG	2	10	179584	179593	20 %	0 %	20 %	60 %	357403541
136	NC_016112	TTGTT	2	10	180652	180661	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
137	NC_016112	ATGCG	2	10	182229	182238	20 %	20 %	40 %	20 %	357403542
138	NC_016112	AAGCC	2	10	182386	182395	40 %	0 %	20 %	40 %	357403542
139	NC_016112	TACAG	2	10	182569	182578	40 %	20 %	20 %	20 %	357403542
140	NC_016112	TTTGA	2	10	184067	184076	20 %	60 %	20 %	0 %	357403543
141	NC_016112	GAGTT	2	10	186237	186246	20 %	40 %	40 %	0 %	357403547
142	NC_016112	TTAAA	2	10	188931	188940	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_016112	GAAAT	2	10	189026	189035	60 %	20 %	20 %	0 %	357403550
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147	NC_016112	CGCGG	2	10	194919	194928	0 %	0 %	60 %	40 %	357403555
148	NC_016112	ATTCA	2	10	195493	195502	40 %	40 %	0 %	20 %	357403556
149	NC_016112	AGCGA	2	10	195517	195526	40 %	0 %	40 %	20 %	357403556
150	NC_016112	TGCCG	2	10	197558	197567	0 %	20 %	40 %	40 %	357403558
151	NC_016112	TTTCC	2	10	198470	198479	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
152	NC_016112	TTGGG	2	10	198853	198862	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
153	NC_016112	TGAGT	2	10	199071	199080	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
154	NC_016112	TGATG	2	10	199566	199575	20 %	40 %	40 %	0 %	357403559
155	NC_016112	CGTTG	2	10	202670	202679	0 %	40 %	40 %	20 %	357403565
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162	NC_016112	TCCGG	2	10	211396	211405	0 %	20 %	40 %	40 %	357403576
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171	NC_016112	GTTGG	2	10	224111	224120	0 %	40 %	60 %	0 %	357403589
172	NC_016112	GATGG	2	10	224372	224381	20 %	20 %	60 %	0 %	357403589
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176	NC_016112	GTCCT	2	10	227764	227773	0 %	40 %	20 %	40 %	357403591
177	NC_016112	TTCGG	2	10	228738	228747	0 %	40 %	40 %	20 %	357403592
178	NC_016112	CAGGC	2	10	229374	229383	20 %	0 %	40 %	40 %	357403592
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186	NC_016112	CGCAG	2	10	245847	245856	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
187	NC_016112	TTAAG	2	10	246769	246778	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
188	NC_016112	CTTAA	2	10	246884	246893	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
189	NC_016112	GGTGG	2	10	247155	247164	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
190	NC_016112	CAAGG	2	10	247422	247431	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
191	NC_016112	TTGAT	2	10	252653	252662	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
192	NC_016112	TGGTG	2	10	253039	253048	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
193	NC_016112	CTGCC	2	10	259989	259998	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
194	NC_016112	CGTTT	2	10	260743	260752	0 %	60 %	20 %	20 %	357403620
195	NC_016112	TCTGA	2	10	260824	260833	20 %	40 %	20 %	20 %	357403620
196	NC_016112	GATCG	2	10	261463	261472	20 %	20 %	40 %	20 %	357403620
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199	NC_016112	TTAAG	2	10	268247	268256	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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209	NC_016112	CTGCC	2	10	276787	276796	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
210	NC_016112	CCGCG	2	10	277754	277763	0 %	0 %	40 %	60 %	357403634
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215	NC_016112	TTCGA	2	10	279286	279295	20 %	40 %	20 %	20 %	357403636
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240	NC_016112	TTGAA	2	10	306247	306256	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
241	NC_016112	TTTCT	2	10	308360	308369	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
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250	NC_016112	CTTTT	2	10	315147	315156	0 %	80 %	0 %	20 %	357403668
251	NC_016112	CAGTG	2	10	315796	315805	20 %	20 %	40 %	20 %	357403669
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253	NC_016112	ATTTT	2	10	318348	318357	20 %	80 %	0 %	0 %	357403674
254	NC_016112	CGAGC	2	10	320993	321002	20 %	0 %	40 %	40 %	357403677
255	NC_016112	ACCGT	2	10	322203	322212	20 %	20 %	20 %	40 %	357403677
256	NC_016112	ATTTC	2	10	324127	324136	20 %	60 %	0 %	20 %	357403678
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261	NC_016112	CGCGC	2	10	330825	330834	0 %	0 %	40 %	60 %	357403681
262	NC_016112	GGCAT	2	10	331377	331386	20 %	20 %	40 %	20 %	357403682
263	NC_016112	TCGCC	2	10	335811	335820	0 %	20 %	20 %	60 %	357403685
264	NC_016112	GAAAA	2	10	336849	336858	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
265	NC_016112	CGGCG	2	10	337724	337733	0 %	0 %	60 %	40 %	357403686
266	NC_016112	TGCCG	2	10	338120	338129	0 %	20 %	40 %	40 %	357403686
267	NC_016112	GCCAA	2	10	340582	340591	40 %	0 %	20 %	40 %	357403689
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269	NC_016112	TTTAT	2	10	341042	341051	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
270	NC_016112	TCGAT	2	10	341188	341197	20 %	40 %	20 %	20 %	357403690
271	NC_016112	TGTTT	2	10	342169	342178	0 %	80 %	20 %	0 %	357403690
272	NC_016112	ATTGA	2	10	342623	342632	40 %	40 %	20 %	0 %	357403690
273	NC_016112	GATGC	2	10	342984	342993	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
274	NC_016112	ACCAA	2	10	344517	344526	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
275	NC_016112	CTGCC	2	10	346499	346508	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
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284	NC_016112	ATCGA	2	10	365599	365608	40 %	20 %	20 %	20 %	357403713
285	NC_016112	CAAAA	2	10	367164	367173	80 %	0 %	0 %	20 %	357403714
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394	NC_016112	CGGCA	2	10	504059	504068	20 %	0 %	40 %	40 %	357403836
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401	NC_016112	GGTGG	2	10	520775	520784	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
402	NC_016112	CAAGG	2	10	521042	521051	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
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443	NC_016112	AGGGG	2	10	572599	572608	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
444	NC_016112	TTTTG	2	10	573156	573165	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
445	NC_016112	TTAAA	2	10	573344	573353	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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465	NC_016112	GGGTT	2	10	601127	601136	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
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500	NC_016112	GTTGT	2	10	644564	644573	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding

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