MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Methanotorris igneus Kol 5 chromosome

Total Repeats: 1209

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015562	TGCAAC	2	12	344	355	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	333909896
2	NC_015562	TTTTAT	2	12	1340	1351	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_015562	ATTAAA	2	12	1660	1671	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	333909897
4	NC_015562	AAAATT	2	12	2281	2292	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	333909897
5	NC_015562	ATGGAA	2	12	2415	2426	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	333909897
6	NC_015562	ATATGA	2	12	2449	2460	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	333909897
7	NC_015562	ATTTTT	2	12	2762	2773	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_015562	ATTTTT	2	12	2965	2976	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_015562	AGTTAG	2	12	6058	6069	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	333909901
10	NC_015562	TCCTGG	2	12	7237	7248	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	333909903
11	NC_015562	AAAGTT	2	12	9208	9219	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	333909904
12	NC_015562	TTTAAT	2	12	11623	11634	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	333909906
13	NC_015562	TGCTAT	2	12	12372	12383	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	333909906
14	NC_015562	TAAAAA	2	12	12744	12755	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_015562	TTTTAT	2	12	15504	15515	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	333909909
16	NC_015562	ATTTTT	2	12	17426	17437	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_015562	TTAAAA	2	12	17711	17722	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_015562	ATAAAA	2	12	19664	19675	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_015562	CACAAC	2	12	20833	20844	50 %	0 %	0 %	50 %	333909912
20	NC_015562	ATAGTT	2	12	21385	21396	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_015562	TAAATT	2	12	25799	25810	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_015562	AGGATG	2	12	26189	26200	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	333909918
23	NC_015562	GAAAAA	2	12	26621	26632	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	333909918
24	NC_015562	GAACAA	2	12	26764	26775	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	333909918
25	NC_015562	CTTCAA	2	12	32398	32409	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	333909921
26	NC_015562	GATTAT	2	12	33352	33363	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	333909922
27	NC_015562	TTAATT	2	12	36597	36608	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_015562	AAGTTA	2	12	38392	38403	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	333909927
29	NC_015562	GTTAAG	2	12	38757	38768	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	333909927
30	NC_015562	ATTCTT	2	12	42099	42110	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	333909930
31	NC_015562	AAATTA	2	12	43685	43696	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_015562	AAAATA	2	12	43697	43708	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_015562	TTACTG	2	12	48365	48376	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	333909934
34	NC_015562	GTTAAA	2	12	48454	48465	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	333909934
35	NC_015562	CTTTTT	2	12	48762	48773	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	333909934
36	NC_015562	TTTGAT	2	12	52245	52256	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_015562	TTTAAT	2	12	52461	52472	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015562	AGAATT	2	12	54050	54061	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	333909938
39	NC_015562	ATGAAG	2	12	54352	54363	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	333909938
40	NC_015562	AAGTTT	2	12	55208	55219	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_015562	TTGTGG	2	12	56205	56216	0 %	50 %	50 %	0 %	333909941
42	NC_015562	CTTTAC	2	12	56806	56817	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	333909942
43	NC_015562	GATAAG	2	12	57000	57011	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	333909942
44	NC_015562	TATTTA	2	12	58253	58264	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_015562	CTTTTT	2	12	61934	61945	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	333909947
46	NC_015562	TCAATA	2	12	64292	64303	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_015562	GTTGAA	2	12	67569	67580	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	333909953
48	NC_015562	TTCATA	2	12	68136	68147	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	333909954
49	NC_015562	ATCTTT	2	12	70547	70558	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	333909955
50	NC_015562	AAAATT	2	12	73141	73152	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	333909957
51	NC_015562	GTTGAT	2	12	74062	74073	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	333909958
52	NC_015562	GCTATT	2	12	75804	75815	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	333909959
53	NC_015562	TTTCAT	2	12	76121	76132	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_015562	AGAAAA	2	12	82122	82133	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	333909964
55	NC_015562	TTCATT	2	12	85068	85079	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	333909967
56	NC_015562	ATCCAC	2	12	85220	85231	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	333909967
57	NC_015562	TCTCTA	2	12	86642	86653	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	333909967
58	NC_015562	CATAAT	2	12	86902	86913	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_015562	AAAAAT	2	12	88295	88306	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_015562	AACATC	2	12	89825	89836	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	333909970
61	NC_015562	TGTGTT	2	12	90224	90235	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	333909970
62	NC_015562	GTAAGA	2	12	93115	93126	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	333909974
63	NC_015562	AAAATT	2	12	93194	93205	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_015562	AATTTA	2	12	93243	93254	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_015562	TTCTTT	2	12	97974	97985	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_015562	CAACTG	2	12	99364	99375	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_015562	CATTCT	2	12	100063	100074	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	333909983
68	NC_015562	TTTAGT	2	12	105172	105183	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_015562	TCGTCT	2	12	105561	105572	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	333909993
70	NC_015562	TGAATG	2	12	105626	105637	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	333909993
71	NC_015562	TTAACC	2	12	105741	105752	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	333909993
72	NC_015562	ATAAAA	2	12	106470	106481	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_015562	TAAATT	2	12	107098	107109	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_015562	CCTTTT	2	12	107941	107952	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	333909996
75	NC_015562	TTCAAT	2	12	108438	108449	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	333909996
76	NC_015562	ATTTTT	2	12	111085	111096	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	333909998
77	NC_015562	GAAAAA	2	12	113311	113322	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	333910000
78	NC_015562	CATCTT	2	12	113600	113611	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	333910001
79	NC_015562	AACTCC	2	12	114747	114758	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	333910003
80	NC_015562	TAAAAA	2	12	115472	115483	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_015562	TTTTCG	2	12	117588	117599	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_015562	TTATGA	2	12	122381	122392	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	333910014
83	NC_015562	AATTGA	2	12	123455	123466	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	333910014
84	NC_015562	TAAAAA	2	12	123629	123640	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_015562	TTTTAA	2	12	128556	128567	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_015562	GTTTTG	2	12	128982	128993	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	333910018
87	NC_015562	ACTCGA	2	12	133794	133805	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	333910022
88	NC_015562	TGGAGT	2	12	137222	137233	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	333910025
89	NC_015562	TTTTGT	2	12	138267	138278	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	333910026
90	NC_015562	TGCTTT	2	12	138471	138482	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	333910026
91	NC_015562	CTTCCT	2	12	138852	138863	0 %	50 %	0 %	50 %	333910026
92	NC_015562	TCCTCA	2	12	138992	139003	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	333910026
93	NC_015562	CCTAAA	2	12	139034	139045	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	333910026
94	NC_015562	AGGATG	2	12	140658	140669	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	333910027
95	NC_015562	TGTTGG	2	12	141244	141255	0 %	50 %	50 %	0 %	333910027
96	NC_015562	AGTGGA	2	12	141574	141585	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	333910028
97	NC_015562	TTAAAT	2	12	143230	143241	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_015562	TACAAA	2	12	145482	145493	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	333910031
99	NC_015562	AATTAA	2	12	147554	147565	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	333910033
100	NC_015562	ATTTGA	2	12	148839	148850	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	333910033
101	NC_015562	TAAATT	2	12	149049	149060	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_015562	AAATTA	2	12	150919	150930	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	333910036
103	NC_015562	TTGATG	2	12	150937	150948	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	333910036
104	NC_015562	ATTGAA	2	12	151266	151277	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	333910036
105	NC_015562	TAAAAT	2	12	154001	154012	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	333910040
106	NC_015562	TAAAAA	2	12	154247	154258	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_015562	AACATG	2	12	157020	157031	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_015562	AAATGA	2	12	166458	166469	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	333910053
109	NC_015562	ATAAAA	2	12	166888	166899	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	333910053
110	NC_015562	AAATCC	2	12	167205	167216	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	333910053
111	NC_015562	TAAGTT	2	12	170239	170250	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	333910056
112	NC_015562	TAACAT	2	12	170433	170444	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	333910056
113	NC_015562	ATGTGT	2	12	170534	170545	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	333910056
114	NC_015562	TGTGGG	2	12	170973	170984	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	333910056
115	NC_015562	TATTGC	2	12	172066	172077	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	333910057
116	NC_015562	ATTTTT	2	12	173503	173514	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	333910059
117	NC_015562	GAAAAA	2	12	176356	176367	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	333910063
118	NC_015562	AATTGA	2	12	180706	180717	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	333910066
119	NC_015562	GAAAAA	2	12	183782	183793	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	333910069
120	NC_015562	TTTTCT	2	12	187600	187611	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_015562	AAAGAA	2	12	190542	190553	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	333910075
122	NC_015562	AAAAAT	2	12	191600	191611	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	333910076
123	NC_015562	TATAAA	2	12	192206	192217	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	333910076
124	NC_015562	CTGCAA	2	12	193484	193495	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	333910078
125	NC_015562	TTTTGT	2	12	194280	194291	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
126	NC_015562	TTTTCG	2	12	194807	194818	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_015562	GTTTTT	2	12	196734	196745	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	333910083
128	NC_015562	GTGTTG	2	12	199246	199257	0 %	50 %	50 %	0 %	333910085
129	NC_015562	TTCTAT	2	12	199760	199771	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_015562	TAAAGA	2	12	201626	201637	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	333910086
131	NC_015562	ATTCAA	2	12	203480	203491	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	333910087
132	NC_015562	TTCAAA	2	12	203809	203820	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	333910088
133	NC_015562	ATAAAA	2	12	204968	204979	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_015562	TTATGG	2	12	208377	208388	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	333910092
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136	NC_015562	ATTAAC	2	12	209532	209543	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
137	NC_015562	TAGCAA	2	12	213991	214002	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	333910098
138	NC_015562	TTAAAT	2	12	221837	221848	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_015562	TTAAAA	2	12	221897	221908	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_015562	TATAAA	2	12	227055	227066	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_015562	ATTTAT	2	12	228954	228965	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	333910112
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145	NC_015562	TATAAT	2	12	232343	232354	50 %	50 %	0 %	0 %	333910116
146	NC_015562	TATTGC	2	12	232848	232859	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	333910116
147	NC_015562	GTTCCA	2	12	235025	235036	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	333910118
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156	NC_015562	GAATTA	2	12	246486	246497	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	333910129
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162	NC_015562	ATTTTT	2	12	254057	254068	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_015562	TTTAGG	2	12	255738	255749	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	333910140
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167	NC_015562	TTGGCA	2	12	260280	260291	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	333910146
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174	NC_015562	CATCAA	2	12	268299	268310	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	333910153
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177	NC_015562	AATAAA	2	12	268983	268994	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
178	NC_015562	TAAAAA	2	12	268998	269009	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
179	NC_015562	ATATTT	2	12	270716	270727	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
180	NC_015562	AAAATT	2	12	270852	270863	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
181	NC_015562	ACACCA	2	12	274235	274246	50 %	0 %	0 %	50 %	333910159
182	NC_015562	ATTTGG	2	12	274456	274467	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	333910159
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184	NC_015562	TTTGGG	2	12	277760	277771	0 %	50 %	50 %	0 %	333910163
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189	NC_015562	GCAATG	2	12	283439	283450	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	333910169
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194	NC_015562	TCTTCA	2	12	298876	298887	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	333910183
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197	NC_015562	TAACTG	3	18	307718	307735	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	333910189
198	NC_015562	AAAATT	2	12	308177	308188	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
199	NC_015562	TTAAAA	2	12	308286	308297	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
200	NC_015562	TAAAAA	2	12	309048	309059	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
201	NC_015562	AACATC	2	12	309497	309508	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	333910191
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219	NC_015562	CAAAAA	2	12	337892	337903	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	333910218
220	NC_015562	GTTCCA	2	12	338688	338699	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	333910219
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223	NC_015562	TCTTTT	3	18	341443	341460	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	333910220
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226	NC_015562	TTTAAT	2	12	345126	345137	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	333910222
227	NC_015562	ATCAAA	2	12	349899	349910	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	333910227
228	NC_015562	TAGACA	2	12	350655	350666	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	333910228
229	NC_015562	GCAGCT	2	12	352704	352715	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	333910231
230	NC_015562	AAAATA	2	12	354168	354179	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	333910232
231	NC_015562	AGAAAA	2	12	356339	356350	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	333910234
232	NC_015562	ATTTAT	2	12	357408	357419	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	333910235
233	NC_015562	TATATT	2	12	358274	358285	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	333910236
234	NC_015562	AAAACT	2	12	359867	359878	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	333910237
235	NC_015562	AAAAGA	2	12	360741	360752	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	333910238
236	NC_015562	TCTGTT	2	12	362880	362891	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	333910240
237	NC_015562	GAAAAA	2	12	364924	364935	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	333910241
238	NC_015562	TAACAT	2	12	365492	365503	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
239	NC_015562	GATGTT	2	12	368390	368401	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	333910244
240	NC_015562	AGTTGC	2	12	370381	370392	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	333910245
241	NC_015562	AGATGG	2	12	371411	371422	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	333910246
242	NC_015562	AAGGTA	2	12	377141	377152	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	333910254
243	NC_015562	TAAAGT	2	12	377256	377267	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	333910254
244	NC_015562	ATCTTT	2	12	382293	382304	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	333910256
245	NC_015562	AGATGA	2	12	384791	384802	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	333910259
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248	NC_015562	AAGGAA	2	12	387182	387193	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	333910260
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262	NC_015562	CAGTTG	2	12	411565	411576	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	333910283
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279	NC_015562	AAATTA	2	12	437315	437326	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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287	NC_015562	TATTTT	2	12	452466	452477	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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356	NC_015562	AAATTT	2	12	556285	556296	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
357	NC_015562	ATTTTC	2	12	557758	557769	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	333910438
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360	NC_015562	ATTTAA	2	12	562994	563005	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
361	NC_015562	AATTTT	2	12	563359	563370	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	333910442
362	NC_015562	TATTAA	2	12	564083	564094	50 %	50 %	0 %	0 %	333910443
363	NC_015562	TTTATT	2	12	565049	565060	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	333910443
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