MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Meiothermus ruber DSM 1279 chromosome

Total Repeats: 68587

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013946	GAG	2	6	26	31	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_013946	GGT	2	6	138	143	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	291294405
3	NC_013946	CTT	2	6	177	182	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	291294405
4	NC_013946	GCT	2	6	213	218	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	291294405
5	NC_013946	AGG	2	6	293	298	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	291294405
6	NC_013946	T	6	6	302	307	0 %	100 %	0 %	0 %	291294405
7	NC_013946	CAA	2	6	321	326	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	291294405
8	NC_013946	GC	4	8	337	344	0 %	0 %	50 %	50 %	291294405
9	NC_013946	TGG	2	6	380	385	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	291294405
10	NC_013946	AAC	3	9	391	399	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	291294405
11	NC_013946	CGG	2	6	410	415	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	291294405
12	NC_013946	TGG	2	6	468	473	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	291294405
13	NC_013946	A	7	7	541	547	100 %	0 %	0 %	0 %	291294405
14	NC_013946	ACCGCT	2	12	626	637	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	291294405
15	NC_013946	CTG	3	9	646	654	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	291294405
16	NC_013946	AGG	2	6	695	700	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	291294405
17	NC_013946	ATT	2	6	745	750	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	291294405
18	NC_013946	GTC	2	6	753	758	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	291294405
19	NC_013946	GATT	2	8	821	828	25 %	50 %	25 %	0 %	291294405
20	NC_013946	C	6	6	841	846	0 %	0 %	0 %	100 %	291294405
21	NC_013946	GAG	2	6	910	915	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	291294405
22	NC_013946	CTCA	2	8	996	1003	25 %	25 %	0 %	50 %	291294405
23	NC_013946	AGA	2	6	1083	1088	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	291294405
24	NC_013946	GGA	2	6	1128	1133	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	291294405
25	NC_013946	TTC	2	6	1237	1242	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	291294405
26	NC_013946	CAA	2	6	1318	1323	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	291294405
27	NC_013946	GTTAG	2	10	1352	1361	20 %	40 %	40 %	0 %	291294405
28	NC_013946	ATTA	2	8	1428	1435	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_013946	CTA	5	15	1642	1656	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_013946	AAG	2	6	1735	1740	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
31	NC_013946	ATC	2	6	1919	1924	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	291294406
32	NC_013946	CCG	2	6	2034	2039	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	291294406
33	NC_013946	TGG	2	6	2115	2120	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	291294406
34	NC_013946	CCA	2	6	2184	2189	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	291294406
35	NC_013946	A	6	6	2238	2243	100 %	0 %	0 %	0 %	291294406
36	NC_013946	GAG	2	6	2300	2305	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	291294406
37	NC_013946	CCA	2	6	2346	2351	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	291294406
38	NC_013946	CGA	2	6	2449	2454	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	291294406
39	NC_013946	TGG	2	6	2523	2528	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	291294406
40	NC_013946	CAA	2	6	2677	2682	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	291294406
41	NC_013946	TCT	2	6	2695	2700	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	291294406
42	NC_013946	CAA	2	6	2710	2715	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	291294406
43	NC_013946	TGG	2	6	2796	2801	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	291294406
44	NC_013946	TTGA	2	8	2819	2826	25 %	50 %	25 %	0 %	291294406
45	NC_013946	GGA	2	6	2902	2907	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	291294406
46	NC_013946	GGT	3	9	2923	2931	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	291294406
47	NC_013946	GT	3	6	2992	2997	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
48	NC_013946	TGG	2	6	2998	3003	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_013946	GGC	2	6	3065	3070	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_013946	AGG	2	6	3099	3104	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_013946	ACTCG	2	10	3149	3158	20 %	20 %	20 %	40 %	291294407
52	NC_013946	CG	3	6	3157	3162	0 %	0 %	50 %	50 %	291294407
53	NC_013946	GGT	2	6	3185	3190	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	291294407
54	NC_013946	GGGC	2	8	3210	3217	0 %	0 %	75 %	25 %	291294407
55	NC_013946	TGC	2	6	3301	3306	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	291294407
56	NC_013946	GGC	2	6	3314	3319	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	291294407
57	NC_013946	CGA	2	6	3338	3343	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	291294407
58	NC_013946	AGG	2	6	3370	3375	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	291294407
59	NC_013946	GCTCGA	2	12	3392	3403	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	291294407
60	NC_013946	CAA	2	6	3413	3418	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	291294407
61	NC_013946	GCG	2	6	3471	3476	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	291294407
62	NC_013946	GGGCT	2	10	3483	3492	0 %	20 %	60 %	20 %	291294407
63	NC_013946	G	8	8	3512	3519	0 %	0 %	100 %	0 %	291294407
64	NC_013946	TGA	2	6	3547	3552	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	291294407
65	NC_013946	AAC	2	6	3582	3587	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	291294407
66	NC_013946	G	7	7	3725	3731	0 %	0 %	100 %	0 %	291294407
67	NC_013946	GAG	2	6	3756	3761	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	291294407
68	NC_013946	TGC	2	6	3772	3777	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	291294407
69	NC_013946	ATCGCC	2	12	3819	3830	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	291294407
70	NC_013946	AGG	2	6	3859	3864	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	291294407
71	NC_013946	TGG	2	6	3913	3918	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	291294407
72	NC_013946	CGA	2	6	4043	4048	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	291294407
73	NC_013946	AACC	2	8	4058	4065	50 %	0 %	0 %	50 %	291294407
74	NC_013946	GGTCAA	2	12	4115	4126	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	291294407
75	NC_013946	ACC	2	6	4188	4193	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	291294407
76	NC_013946	A	6	6	4380	4385	100 %	0 %	0 %	0 %	291294407
77	NC_013946	ACC	2	6	4539	4544	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	291294408
78	NC_013946	GAT	2	6	4558	4563	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	291294408
79	NC_013946	TCA	3	9	4683	4691	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	291294408
80	NC_013946	CCG	2	6	4692	4697	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	291294408
81	NC_013946	ACC	2	6	4730	4735	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	291294408
82	NC_013946	GAT	2	6	4784	4789	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	291294408
83	NC_013946	CAC	2	6	4837	4842	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	291294408
84	NC_013946	G	6	6	4853	4858	0 %	0 %	100 %	0 %	291294408
85	NC_013946	CAA	3	9	4867	4875	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	291294408
86	NC_013946	CGA	2	6	4933	4938	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	291294408
87	NC_013946	CGA	2	6	4999	5004	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	291294408
88	NC_013946	CTG	3	9	5006	5014	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	291294408
89	NC_013946	CGA	2	6	5095	5100	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	291294408
90	NC_013946	GAG	2	6	5108	5113	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	291294408
91	NC_013946	CAT	2	6	5122	5127	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	291294408
92	NC_013946	GGA	2	6	5164	5169	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	291294408
93	NC_013946	CGG	2	6	5175	5180	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	291294408
94	NC_013946	CAT	2	6	5191	5196	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	291294408
95	NC_013946	CCG	2	6	5453	5458	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	291294408
96	NC_013946	TGG	2	6	5505	5510	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	291294408
97	NC_013946	GTG	3	9	5531	5539	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	291294408
98	NC_013946	GCG	2	6	5550	5555	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	291294408
99	NC_013946	GGC	2	6	5557	5562	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	291294408
100	NC_013946	CCG	2	6	5563	5568	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	291294408
101	NC_013946	CAAC	2	8	5629	5636	50 %	0 %	0 %	50 %	291294408
102	NC_013946	TGC	2	6	5655	5660	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	291294408
103	NC_013946	CTG	2	6	5663	5668	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	291294408
104	NC_013946	CGA	2	6	5689	5694	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	291294408
105	NC_013946	GGCCAA	2	12	5713	5724	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	291294408
106	NC_013946	GCC	2	6	5765	5770	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	291294408
107	NC_013946	ACC	2	6	5795	5800	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	291294408
108	NC_013946	GGAA	2	8	5835	5842	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
109	NC_013946	TGC	2	6	5877	5882	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	291294409
110	NC_013946	GGT	2	6	5962	5967	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	291294409
111	NC_013946	GCC	2	6	6000	6005	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	291294409
112	NC_013946	CAA	2	6	6053	6058	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	291294409
113	NC_013946	GC	3	6	6109	6114	0 %	0 %	50 %	50 %	291294409
114	NC_013946	CGC	2	6	6124	6129	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	291294409
115	NC_013946	GCCA	2	8	6218	6225	25 %	0 %	25 %	50 %	291294409
116	NC_013946	TGG	2	6	6234	6239	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	291294409
117	NC_013946	CAG	2	6	6295	6300	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	291294409
118	NC_013946	CAG	2	6	6350	6355	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	291294409
119	NC_013946	GCT	2	6	6385	6390	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	291294409
120	NC_013946	CGG	2	6	6403	6408	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	291294409
121	NC_013946	CAA	2	6	6478	6483	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	291294409
122	NC_013946	TGCCC	2	10	6499	6508	0 %	20 %	20 %	60 %	291294409
123	NC_013946	CGCT	2	8	6617	6624	0 %	25 %	25 %	50 %	291294409
124	NC_013946	TTTG	2	8	6643	6650	0 %	75 %	25 %	0 %	291294409
125	NC_013946	GGC	2	6	6652	6657	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	291294409
126	NC_013946	GAC	2	6	6665	6670	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	291294409
127	NC_013946	CCT	2	6	6736	6741	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	291294409
128	NC_013946	GCC	3	9	6749	6757	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	291294409
129	NC_013946	C	7	7	6781	6787	0 %	0 %	0 %	100 %	291294409
130	NC_013946	ACT	2	6	6810	6815	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	291294409
131	NC_013946	GCT	2	6	6819	6824	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	291294409
132	NC_013946	GC	3	6	6847	6852	0 %	0 %	50 %	50 %	291294409
133	NC_013946	T	6	6	6883	6888	0 %	100 %	0 %	0 %	291294409
134	NC_013946	CAC	2	6	6961	6966	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	291294409
135	NC_013946	ACA	2	6	7058	7063	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_013946	CAC	2	6	7110	7115	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	291294410
137	NC_013946	CCT	2	6	7130	7135	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	291294410
138	NC_013946	GCC	2	6	7144	7149	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	291294410
139	NC_013946	CGG	2	6	7230	7235	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	291294410
140	NC_013946	TGC	2	6	7238	7243	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	291294410
141	NC_013946	GCC	2	6	7319	7324	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	291294411
142	NC_013946	CGGG	2	8	7406	7413	0 %	0 %	75 %	25 %	291294411
143	NC_013946	TGG	2	6	7473	7478	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	291294411
144	NC_013946	GGC	2	6	7501	7506	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	291294411
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153	NC_013946	CCCTG	2	10	7834	7843	0 %	20 %	20 %	60 %	291294411
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158	NC_013946	CGG	2	6	7953	7958	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	291294411
159	NC_013946	AAG	2	6	8019	8024	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	291294411
160	NC_013946	GCT	2	6	8065	8070	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
161	NC_013946	CTCG	2	8	8092	8099	0 %	25 %	25 %	50 %	291294412
162	NC_013946	CTA	2	6	8149	8154	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	291294412
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164	NC_013946	CTG	2	6	8220	8225	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	291294412
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217	NC_013946	GGGC	2	8	10403	10410	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
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247	NC_013946	GCC	2	6	11384	11389	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	291294415
248	NC_013946	TAC	2	6	11429	11434	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
249	NC_013946	CCCGCC	2	12	11440	11451	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
250	NC_013946	CA	3	6	11522	11527	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
251	NC_013946	AACCC	2	10	11529	11538	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
252	NC_013946	CAGCA	2	10	11549	11558	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
253	NC_013946	TCG	2	6	11615	11620	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
254	NC_013946	A	6	6	11683	11688	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
255	NC_013946	A	6	6	11721	11726	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
256	NC_013946	G	6	6	11753	11758	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
257	NC_013946	CAAA	2	8	11838	11845	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
258	NC_013946	CATC	2	8	11870	11877	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
259	NC_013946	TTG	2	6	11887	11892	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
260	NC_013946	CAAA	2	8	11913	11920	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
261	NC_013946	CAAA	2	8	11989	11996	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
262	NC_013946	AGC	2	6	12027	12032	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
263	NC_013946	CAAA	2	8	12065	12072	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
264	NC_013946	CAAA	2	8	12135	12142	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
265	NC_013946	TCCT	2	8	12192	12199	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
266	NC_013946	CAAA	2	8	12207	12214	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
267	NC_013946	CGC	2	6	12253	12258	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
268	NC_013946	TGC	3	9	12260	12268	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
269	NC_013946	CAAA	2	8	12276	12283	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
270	NC_013946	GCT	2	6	12337	12342	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
271	NC_013946	CAA	2	6	12366	12371	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
272	NC_013946	AAAT	2	8	12436	12443	75 %	25 %	0 %	0 %	291294416
273	NC_013946	AGA	2	6	12457	12462	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	291294416
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278	NC_013946	A	6	6	12670	12675	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
279	NC_013946	GAC	2	6	12677	12682	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
280	NC_013946	GTG	2	6	12688	12693	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
281	NC_013946	G	6	6	12754	12759	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
282	NC_013946	AGG	2	6	12784	12789	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
283	NC_013946	A	6	6	12873	12878	100 %	0 %	0 %	0 %	291294417
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298	NC_013946	CTAG	2	8	13538	13545	25 %	25 %	25 %	25 %	291294418
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302	NC_013946	CAG	2	6	13655	13660	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	291294418
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379	NC_013946	ACC	2	6	17232	17237	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	291294421
380	NC_013946	AGA	2	6	17238	17243	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	291294421
381	NC_013946	G	7	7	17245	17251	0 %	0 %	100 %	0 %	291294421
382	NC_013946	TCT	2	6	17328	17333	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	291294421
383	NC_013946	CCG	2	6	17437	17442	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	291294421
384	NC_013946	TTGG	2	8	17491	17498	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
385	NC_013946	ACC	2	6	17586	17591	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
386	NC_013946	GTG	2	6	17605	17610	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
387	NC_013946	A	7	7	17648	17654	100 %	0 %	0 %	0 %	291294422
388	NC_013946	CTG	2	6	17666	17671	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	291294422
389	NC_013946	CTG	2	6	17675	17680	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	291294422
390	NC_013946	GGCC	2	8	17714	17721	0 %	0 %	50 %	50 %	291294422
391	NC_013946	CTA	2	6	17722	17727	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	291294422
392	NC_013946	TACAAG	2	12	17774	17785	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	291294422
393	NC_013946	AAG	2	6	17804	17809	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	291294422
394	NC_013946	CTGG	2	8	17818	17825	0 %	25 %	50 %	25 %	291294422
395	NC_013946	GGCTG	2	10	17857	17866	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
396	NC_013946	GGC	2	6	17885	17890	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	291294423
397	NC_013946	ACCT	2	8	17895	17902	25 %	25 %	0 %	50 %	291294423
398	NC_013946	AC	3	6	17908	17913	50 %	0 %	0 %	50 %	291294423
399	NC_013946	GCT	2	6	17924	17929	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	291294423
400	NC_013946	GCG	2	6	17954	17959	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	291294423
401	NC_013946	CTG	2	6	17992	17997	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	291294423
402	NC_013946	CTG	2	6	18000	18005	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	291294423
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404	NC_013946	ACC	3	9	18013	18021	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	291294423
405	NC_013946	GC	3	6	18114	18119	0 %	0 %	50 %	50 %	291294423
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411	NC_013946	GGGT	2	8	18316	18323	0 %	25 %	75 %	0 %	291294423
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425	NC_013946	AT	3	6	18896	18901	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
426	NC_013946	GGT	3	9	19033	19041	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	291294425
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431	NC_013946	CCA	2	6	19206	19211	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	291294425
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459	NC_013946	GTA	2	6	20395	20400	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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499	NC_013946	CAGC	2	8	22018	22025	25 %	0 %	25 %	50 %	291294428
500	NC_013946	GGAA	2	8	22084	22091	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding

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