MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Methanocaldococcus sp. FS406-22 plasmid pFS01

Total Repeats: 323

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013888	A	6	6	66	71	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_013888	TAA	2	6	89	94	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_013888	AAAG	2	8	114	121	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_013888	ATG	2	6	333	338	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_013888	T	6	6	341	346	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_013888	ATTT	2	8	359	366	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_013888	T	6	6	446	451	0 %	100 %	0 %	0 %	289193302
8	NC_013888	ATT	2	6	482	487	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	289193302
9	NC_013888	ACA	2	6	502	507	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	289193302
10	NC_013888	CAATGG	2	12	513	524	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	289193302
11	NC_013888	T	6	6	526	531	0 %	100 %	0 %	0 %	289193302
12	NC_013888	AAC	2	6	607	612	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	289193302
13	NC_013888	ATTCT	2	10	624	633	20 %	60 %	0 %	20 %	289193302
14	NC_013888	GTT	2	6	648	653	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	289193302
15	NC_013888	ATA	2	6	696	701	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	289193302
16	NC_013888	TAAG	2	8	787	794	50 %	25 %	25 %	0 %	289193302
17	NC_013888	TAT	2	6	811	816	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	289193302
18	NC_013888	TCAT	2	8	851	858	25 %	50 %	0 %	25 %	289193302
19	NC_013888	TA	3	6	931	936	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_013888	TG	3	6	966	971	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
21	NC_013888	TAT	3	9	988	996	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_013888	GTG	3	9	999	1007	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_013888	A	6	6	1040	1045	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_013888	ACAT	2	8	1075	1082	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
25	NC_013888	T	6	6	1125	1130	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_013888	ACCC	2	8	1150	1157	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
27	NC_013888	A	6	6	1196	1201	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_013888	TAA	2	6	1214	1219	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_013888	A	7	7	1274	1280	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_013888	TCC	2	6	1364	1369	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
31	NC_013888	AAC	2	6	1385	1390	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_013888	TA	3	6	1398	1403	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_013888	TCC	2	6	1435	1440	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
34	NC_013888	AG	3	6	1478	1483	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
35	NC_013888	TCC	2	6	1504	1509	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
36	NC_013888	AAG	2	6	1542	1547	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_013888	TCC	2	6	1574	1579	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
38	NC_013888	AT	3	6	1607	1612	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_013888	TAG	2	6	1617	1622	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_013888	TCC	2	6	1642	1647	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
41	NC_013888	A	6	6	1744	1749	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_013888	TAA	2	6	1750	1755	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_013888	ATC	2	6	1873	1878	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_013888	TTTA	2	8	1954	1961	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_013888	TA	3	6	1974	1979	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_013888	T	6	6	1983	1988	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_013888	TA	3	6	1991	1996	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_013888	TTGG	2	8	2042	2049	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
49	NC_013888	TTA	2	6	2066	2071	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_013888	TAA	2	6	2104	2109	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_013888	AAT	2	6	2124	2129	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_013888	TAAA	2	8	2153	2160	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_013888	TTA	2	6	2190	2195	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_013888	TTA	2	6	2199	2204	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_013888	AAC	2	6	2247	2252	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_013888	CAAA	2	8	2258	2265	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
57	NC_013888	A	6	6	2276	2281	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_013888	ATT	2	6	2310	2315	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_013888	T	7	7	2350	2356	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_013888	ACA	2	6	2421	2426	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_013888	T	6	6	2435	2440	0 %	100 %	0 %	0 %	289193303
62	NC_013888	TC	3	6	2471	2476	0 %	50 %	0 %	50 %	289193303
63	NC_013888	ATA	2	6	2494	2499	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	289193303
64	NC_013888	T	6	6	2530	2535	0 %	100 %	0 %	0 %	289193303
65	NC_013888	AT	3	6	2550	2555	50 %	50 %	0 %	0 %	289193303
66	NC_013888	A	6	6	2556	2561	100 %	0 %	0 %	0 %	289193303
67	NC_013888	AGGAA	2	10	2576	2585	60 %	0 %	40 %	0 %	289193303
68	NC_013888	A	6	6	2634	2639	100 %	0 %	0 %	0 %	289193303
69	NC_013888	TCA	2	6	2640	2645	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	289193303
70	NC_013888	AAC	2	6	2657	2662	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	289193303
71	NC_013888	TCT	2	6	2700	2705	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	289193303
72	NC_013888	T	6	6	2705	2710	0 %	100 %	0 %	0 %	289193303
73	NC_013888	T	6	6	2714	2719	0 %	100 %	0 %	0 %	289193303
74	NC_013888	ATTA	2	8	2733	2740	50 %	50 %	0 %	0 %	289193303
75	NC_013888	ATT	2	6	2751	2756	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_013888	CTT	2	6	2793	2798	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	289193304
77	NC_013888	AATCC	2	10	2823	2832	40 %	20 %	0 %	40 %	289193304
78	NC_013888	CTA	2	6	2838	2843	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	289193304
79	NC_013888	T	6	6	2888	2893	0 %	100 %	0 %	0 %	289193304
80	NC_013888	TGT	2	6	2924	2929	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	289193304
81	NC_013888	T	6	6	2983	2988	0 %	100 %	0 %	0 %	289193304
82	NC_013888	TCT	2	6	3003	3008	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	289193304
83	NC_013888	ATA	2	6	3127	3132	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	289193304
84	NC_013888	T	6	6	3146	3151	0 %	100 %	0 %	0 %	289193304
85	NC_013888	TCT	2	6	3157	3162	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	289193304
86	NC_013888	A	6	6	3163	3168	100 %	0 %	0 %	0 %	289193304
87	NC_013888	CAT	2	6	3207	3212	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	289193304
88	NC_013888	TGT	2	6	3219	3224	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	289193304
89	NC_013888	T	6	6	3224	3229	0 %	100 %	0 %	0 %	289193304
90	NC_013888	TGAT	2	8	3243	3250	25 %	50 %	25 %	0 %	289193304
91	NC_013888	TA	3	6	3336	3341	50 %	50 %	0 %	0 %	289193304
92	NC_013888	ACA	2	6	3398	3403	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	289193304
93	NC_013888	TTCA	2	8	3427	3434	25 %	50 %	0 %	25 %	289193304
94	NC_013888	CTTTG	2	10	3472	3481	0 %	60 %	20 %	20 %	289193304
95	NC_013888	CTT	2	6	3555	3560	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	289193304
96	NC_013888	T	6	6	3671	3676	0 %	100 %	0 %	0 %	289193304
97	NC_013888	TGT	2	6	3679	3684	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	289193304
98	NC_013888	TTTGC	2	10	3701	3710	0 %	60 %	20 %	20 %	289193304
99	NC_013888	TTA	2	6	3807	3812	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	289193304
100	NC_013888	CCT	2	6	3828	3833	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	289193304
101	NC_013888	C	6	6	3858	3863	0 %	0 %	0 %	100 %	289193304
102	NC_013888	TTC	2	6	3904	3909	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	289193304
103	NC_013888	TCT	2	6	3970	3975	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	289193304
104	NC_013888	CCA	2	6	4054	4059	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
105	NC_013888	TAAA	2	8	4101	4108	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_013888	AC	3	6	4143	4148	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
107	NC_013888	TGT	2	6	4179	4184	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_013888	T	6	6	4184	4189	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_013888	GTG	2	6	4190	4195	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
110	NC_013888	GTTT	3	12	4202	4213	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
111	NC_013888	AAT	2	6	4237	4242	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_013888	CGT	2	6	4259	4264	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_013888	ACG	2	6	4283	4288	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_013888	AT	3	6	4321	4326	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_013888	AT	3	6	4508	4513	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_013888	GTT	2	6	4515	4520	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
117	NC_013888	AT	3	6	4524	4529	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_013888	TCC	2	6	4573	4578	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
119	NC_013888	CCT	2	6	4584	4589	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
120	NC_013888	AG	3	6	4647	4652	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
121	NC_013888	TA	4	8	4653	4660	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_013888	A	6	6	4675	4680	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_013888	T	6	6	4693	4698	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_013888	TA	3	6	4823	4828	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_013888	GAG	2	6	4845	4850	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
126	NC_013888	TTA	2	6	4879	4884	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_013888	A	6	6	4967	4972	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_013888	TGGA	2	8	5012	5019	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
129	NC_013888	GATA	2	8	5043	5050	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
130	NC_013888	TA	3	6	5049	5054	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_013888	AGATT	2	10	5081	5090	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
132	NC_013888	ATAG	2	8	5154	5161	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
133	NC_013888	TTA	2	6	5204	5209	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_013888	AT	4	8	5238	5245	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_013888	TAG	2	6	5262	5267	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
136	NC_013888	TA	4	8	5336	5343	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_013888	TAT	2	6	5394	5399	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	289193305
138	NC_013888	TAC	2	6	5438	5443	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	289193305
139	NC_013888	TA	3	6	5497	5502	50 %	50 %	0 %	0 %	289193305
140	NC_013888	TAT	2	6	5508	5513	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	289193305
141	NC_013888	A	8	8	5543	5550	100 %	0 %	0 %	0 %	289193305
142	NC_013888	TTA	2	6	5638	5643	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_013888	TAT	2	6	5715	5720	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	289193306
144	NC_013888	AT	3	6	5728	5733	50 %	50 %	0 %	0 %	289193306
145	NC_013888	CCTA	2	8	5764	5771	25 %	25 %	0 %	50 %	289193306
146	NC_013888	AAAG	2	8	5773	5780	75 %	0 %	25 %	0 %	289193306
147	NC_013888	TAA	2	6	5813	5818	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	289193306
148	NC_013888	TAG	2	6	5825	5830	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	289193306
149	NC_013888	AGG	2	6	5837	5842	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	289193306
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283	NC_013888	AAG	2	6	10511	10516	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	289193313
284	NC_013888	AAATAT	2	12	10544	10555	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	289193313
285	NC_013888	CTA	2	6	10625	10630	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	289193313
286	NC_013888	A	6	6	10630	10635	100 %	0 %	0 %	0 %	289193313
287	NC_013888	ATT	2	6	10710	10715	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	289193313
288	NC_013888	GGA	2	6	10731	10736	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	289193313
289	NC_013888	TAA	2	6	10782	10787	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	289193313
290	NC_013888	AATG	2	8	10862	10869	50 %	25 %	25 %	0 %	289193313
291	NC_013888	AAG	2	6	10923	10928	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	289193313
292	NC_013888	TAA	2	6	10932	10937	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	289193313
293	NC_013888	A	6	6	10943	10948	100 %	0 %	0 %	0 %	289193313
294	NC_013888	ATC	2	6	11016	11021	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	289193313
295	NC_013888	GATT	2	8	11041	11048	25 %	50 %	25 %	0 %	289193313
296	NC_013888	AAG	2	6	11069	11074	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	289193313
297	NC_013888	ATG	2	6	11079	11084	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	289193313
298	NC_013888	A	6	6	11114	11119	100 %	0 %	0 %	0 %	289193313
299	NC_013888	ATT	2	6	11140	11145	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	289193313
300	NC_013888	A	6	6	11147	11152	100 %	0 %	0 %	0 %	289193313
301	NC_013888	A	6	6	11167	11172	100 %	0 %	0 %	0 %	289193313
302	NC_013888	TAA	2	6	11191	11196	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	289193313
303	NC_013888	ATG	2	6	11271	11276	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	289193313
304	NC_013888	AGT	2	6	11309	11314	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	289193313
305	NC_013888	GGAG	2	8	11316	11323	25 %	0 %	75 %	0 %	289193313
306	NC_013888	T	6	6	11355	11360	0 %	100 %	0 %	0 %	289193313
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309	NC_013888	GTTG	2	8	11474	11481	0 %	50 %	50 %	0 %	289193313
310	NC_013888	TGA	2	6	11563	11568	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	289193313
311	NC_013888	TAT	2	6	11630	11635	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	289193313
312	NC_013888	CTG	2	6	11761	11766	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
313	NC_013888	TTA	2	6	11818	11823	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
314	NC_013888	TAA	2	6	11828	11833	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
315	NC_013888	TG	3	6	11889	11894	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
316	NC_013888	GAA	2	6	11929	11934	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
317	NC_013888	A	6	6	11940	11945	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
318	NC_013888	GTT	2	6	11965	11970	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
319	NC_013888	AAAG	2	8	12013	12020	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
320	NC_013888	A	6	6	12049	12054	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
321	NC_013888	ATTTG	2	10	12127	12136	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
322	NC_013888	AG	3	6	12146	12151	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
323	NC_013888	GTT	2	6	12152	12157	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.