MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Methanobrevibacter ruminantium M1 chromosome

Total Repeats: 3572

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013790	CCAAC	2	10	889	898	40 %	0 %	0 %	60 %	288559259
2	NC_013790	TTCTT	2	10	1335	1344	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
3	NC_013790	ATTGA	2	10	1977	1986	40 %	40 %	20 %	0 %	288559260
4	NC_013790	AATCA	2	10	3205	3214	60 %	20 %	0 %	20 %	288559261
5	NC_013790	TTTTA	2	10	4565	4574	20 %	80 %	0 %	0 %	288559261
6	NC_013790	TTAAT	2	10	4981	4990	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_013790	GATAA	2	10	7922	7931	60 %	20 %	20 %	0 %	288559263
8	NC_013790	ATACA	2	10	7994	8003	60 %	20 %	0 %	20 %	288559263
9	NC_013790	TACGG	2	10	8162	8171	20 %	20 %	40 %	20 %	288559263
10	NC_013790	GCCTT	2	10	9077	9086	0 %	40 %	20 %	40 %	288559264
11	NC_013790	TATTT	2	10	10469	10478	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_013790	ATTTT	2	10	10567	10576	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_013790	TGTGG	2	10	10577	10586	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
14	NC_013790	TTATT	2	10	11017	11026	20 %	80 %	0 %	0 %	288559266
15	NC_013790	TTTAA	2	10	11924	11933	40 %	60 %	0 %	0 %	288559266
16	NC_013790	TGTTT	2	10	12301	12310	0 %	80 %	20 %	0 %	288559266
17	NC_013790	AAGCA	2	10	12492	12501	60 %	0 %	20 %	20 %	288559267
18	NC_013790	TATTG	2	10	12550	12559	20 %	60 %	20 %	0 %	288559267
19	NC_013790	ATTTT	2	10	12671	12680	20 %	80 %	0 %	0 %	288559267
20	NC_013790	AATTC	2	10	13220	13229	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_013790	TTTTA	2	10	14193	14202	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_013790	TCTTT	2	10	14303	14312	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_013790	TAATC	2	10	16367	16376	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_013790	ATCAA	2	10	16960	16969	60 %	20 %	0 %	20 %	288559271
25	NC_013790	AGGAA	2	10	17024	17033	60 %	0 %	40 %	0 %	288559271
26	NC_013790	TAATA	2	10	17444	17453	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_013790	ATTTA	2	10	17610	17619	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_013790	CTTTT	2	10	19475	19484	0 %	80 %	0 %	20 %	288559272
29	NC_013790	CTTTT	2	10	19507	19516	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_013790	CTTTT	2	10	19539	19548	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_013790	TTATA	2	10	19690	19699	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_013790	TGGAT	2	10	20021	20030	20 %	40 %	40 %	0 %	288559273
33	NC_013790	CTTAA	2	10	20226	20235	40 %	40 %	0 %	20 %	288559273
34	NC_013790	AAATG	2	10	21131	21140	60 %	20 %	20 %	0 %	288559273
35	NC_013790	TATAA	2	10	21246	21255	60 %	40 %	0 %	0 %	288559273
36	NC_013790	TGGGA	2	10	22006	22015	20 %	20 %	60 %	0 %	288559273
37	NC_013790	TGACT	2	10	22211	22220	20 %	40 %	20 %	20 %	288559273
38	NC_013790	AATCA	2	10	24528	24537	60 %	20 %	0 %	20 %	288559275
39	NC_013790	ATTTA	2	10	25029	25038	40 %	60 %	0 %	0 %	288559275
40	NC_013790	ATTAT	2	10	25415	25424	40 %	60 %	0 %	0 %	288559276
41	NC_013790	AAAAT	2	10	27559	27568	80 %	20 %	0 %	0 %	288559277
42	NC_013790	AATGA	2	10	27654	27663	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_013790	AAATC	2	10	28272	28281	60 %	20 %	0 %	20 %	288559278
44	NC_013790	GGATG	2	10	30531	30540	20 %	20 %	60 %	0 %	288559278
45	NC_013790	CCATT	2	10	30973	30982	20 %	40 %	0 %	40 %	288559278
46	NC_013790	GGATT	2	10	31136	31145	20 %	40 %	40 %	0 %	288559278
47	NC_013790	TGCTT	2	10	32694	32703	0 %	60 %	20 %	20 %	288559278
48	NC_013790	TTGTA	2	10	33146	33155	20 %	60 %	20 %	0 %	288559278
49	NC_013790	TTAAG	2	10	33493	33502	40 %	40 %	20 %	0 %	288559278
50	NC_013790	TTTAT	2	10	33754	33763	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_013790	ATTTT	2	10	34724	34733	20 %	80 %	0 %	0 %	288559279
52	NC_013790	ATTAT	2	10	35092	35101	40 %	60 %	0 %	0 %	288559281
53	NC_013790	CTTAT	2	10	36535	36544	20 %	60 %	0 %	20 %	288559283
54	NC_013790	ATTTG	2	10	37998	38007	20 %	60 %	20 %	0 %	288559284
55	NC_013790	ATTGC	2	10	38230	38239	20 %	40 %	20 %	20 %	288559284
56	NC_013790	TTTTC	2	10	38638	38647	0 %	80 %	0 %	20 %	288559285
57	NC_013790	AGCCA	2	10	39377	39386	40 %	0 %	20 %	40 %	288559286
58	NC_013790	TATAT	2	10	39534	39543	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_013790	AAGAA	2	10	39773	39782	80 %	0 %	20 %	0 %	288559287
60	NC_013790	TTAAA	2	10	40586	40595	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_013790	CATGA	2	10	41364	41373	40 %	20 %	20 %	20 %	288559288
62	NC_013790	ATATC	2	10	41380	41389	40 %	40 %	0 %	20 %	288559288
63	NC_013790	CTTGA	2	10	42738	42747	20 %	40 %	20 %	20 %	288559289
64	NC_013790	ATTTG	2	10	47205	47214	20 %	60 %	20 %	0 %	288559290
65	NC_013790	GAATA	2	10	47419	47428	60 %	20 %	20 %	0 %	288559290
66	NC_013790	TAATG	2	10	48642	48651	40 %	40 %	20 %	0 %	288559291
67	NC_013790	TTCTA	2	10	49120	49129	20 %	60 %	0 %	20 %	288559292
68	NC_013790	TTGGG	2	10	49670	49679	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
69	NC_013790	TTAGA	2	10	50952	50961	40 %	40 %	20 %	0 %	288559294
70	NC_013790	GTCAT	2	10	51185	51194	20 %	40 %	20 %	20 %	288559294
71	NC_013790	TTTCT	2	10	51891	51900	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_013790	ATTTG	2	10	54028	54037	20 %	60 %	20 %	0 %	288559296
73	NC_013790	TTTTA	2	10	55018	55027	20 %	80 %	0 %	0 %	288559296
74	NC_013790	ATTGC	2	10	55530	55539	20 %	40 %	20 %	20 %	288559297
75	NC_013790	ATGGC	2	10	55710	55719	20 %	20 %	40 %	20 %	288559297
76	NC_013790	TTCTT	2	10	55899	55908	0 %	80 %	0 %	20 %	288559297
77	NC_013790	CATTT	2	10	56537	56546	20 %	60 %	0 %	20 %	288559297
78	NC_013790	GTTTG	2	10	56615	56624	0 %	60 %	40 %	0 %	288559297
79	NC_013790	ATATT	2	10	58351	58360	40 %	60 %	0 %	0 %	288559298
80	NC_013790	AATTT	2	10	58928	58937	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_013790	AATTG	2	10	58987	58996	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_013790	AATAA	2	10	59352	59361	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_013790	AACTT	2	10	59490	59499	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_013790	GGATT	2	10	60854	60863	20 %	40 %	40 %	0 %	288559299
85	NC_013790	CTTGA	2	10	61280	61289	20 %	40 %	20 %	20 %	288559299
86	NC_013790	CTTGA	2	10	61643	61652	20 %	40 %	20 %	20 %	288559299
87	NC_013790	TGATA	2	10	61780	61789	40 %	40 %	20 %	0 %	288559299
88	NC_013790	CTTGA	2	10	62375	62384	20 %	40 %	20 %	20 %	288559299
89	NC_013790	AAAAT	2	10	63613	63622	80 %	20 %	0 %	0 %	288559301
90	NC_013790	ATCAA	2	10	64239	64248	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_013790	TAATT	2	10	64289	64298	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_013790	ATTTT	2	10	65603	65612	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_013790	ACTTA	2	10	65989	65998	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_013790	CTTTT	2	10	67285	67294	0 %	80 %	0 %	20 %	288559304
95	NC_013790	TTAAT	2	10	68334	68343	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_013790	AATCA	2	10	70335	70344	60 %	20 %	0 %	20 %	288559306
97	NC_013790	AATGA	2	10	70803	70812	60 %	20 %	20 %	0 %	288559306
98	NC_013790	ATAAA	2	10	73740	73749	80 %	20 %	0 %	0 %	288559307
99	NC_013790	TCTAT	2	10	74204	74213	20 %	60 %	0 %	20 %	288559307
100	NC_013790	GAGAG	2	10	75024	75033	40 %	0 %	60 %	0 %	288559307
101	NC_013790	TTGAC	2	10	75078	75087	20 %	40 %	20 %	20 %	288559307
102	NC_013790	CTTTT	2	10	75186	75195	0 %	80 %	0 %	20 %	288559307
103	NC_013790	ATCCA	2	10	75505	75514	40 %	20 %	0 %	40 %	288559307
104	NC_013790	TTGGT	2	10	76130	76139	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
105	NC_013790	TCATT	2	10	76998	77007	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_013790	TAAAT	2	10	77151	77160	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_013790	TCTAT	2	10	77261	77270	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
108	NC_013790	TCCAA	2	10	77652	77661	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
109	NC_013790	TTTAA	2	10	77843	77852	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_013790	TCATC	2	10	79868	79877	20 %	40 %	0 %	40 %	288559312
111	NC_013790	CTTTT	2	10	80968	80977	0 %	80 %	0 %	20 %	288559314
112	NC_013790	GTATT	2	10	82454	82463	20 %	60 %	20 %	0 %	288559315
113	NC_013790	AAAAT	2	10	83940	83949	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_013790	ATATT	2	10	85975	85984	40 %	60 %	0 %	0 %	288559319
115	NC_013790	TTATA	2	10	87364	87373	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_013790	TTTAT	2	10	87920	87929	20 %	80 %	0 %	0 %	288559320
117	NC_013790	GATTT	2	10	90142	90151	20 %	60 %	20 %	0 %	288559320
118	NC_013790	TGAGA	2	10	90401	90410	40 %	20 %	40 %	0 %	288559320
119	NC_013790	TGAAA	2	10	93897	93906	60 %	20 %	20 %	0 %	288559322
120	NC_013790	TGAAT	2	10	94386	94395	40 %	40 %	20 %	0 %	288559322
121	NC_013790	CATTT	2	10	95538	95547	20 %	60 %	0 %	20 %	288559322
122	NC_013790	TGATT	2	10	95812	95821	20 %	60 %	20 %	0 %	288559322
123	NC_013790	AATTT	2	10	96039	96048	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_013790	TATAA	2	10	96076	96085	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_013790	TATAA	2	10	96123	96132	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_013790	TATGG	2	10	96730	96739	20 %	40 %	40 %	0 %	288559323
127	NC_013790	CAGTA	2	10	97083	97092	40 %	20 %	20 %	20 %	288559323
128	NC_013790	TAGTT	2	10	98396	98405	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
129	NC_013790	TAGTT	2	10	98418	98427	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
130	NC_013790	TAGTT	2	10	98429	98438	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
131	NC_013790	TAGTT	2	10	98462	98471	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
132	NC_013790	TAGTT	2	10	98473	98482	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
133	NC_013790	TAGTT	2	10	98506	98515	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
134	NC_013790	TAGTT	2	10	98528	98537	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
135	NC_013790	TAGTT	2	10	98539	98548	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
136	NC_013790	TTGCT	2	10	98616	98625	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
137	NC_013790	TAACT	2	10	99536	99545	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_013790	TTATT	2	10	99635	99644	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_013790	TAATT	2	10	99800	99809	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_013790	TAGTT	2	10	99844	99853	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
141	NC_013790	TTATT	2	10	100097	100106	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_013790	TACTT	2	10	100415	100424	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
143	NC_013790	TAACT	2	10	100437	100446	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
144	NC_013790	TAACT	2	10	100459	100468	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
145	NC_013790	TTGAT	2	10	100624	100633	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
146	NC_013790	ATATG	2	10	100669	100678	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
147	NC_013790	ATGTC	2	10	100737	100746	20 %	40 %	20 %	20 %	288559324
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193	NC_013790	TTTTA	2	10	140515	140524	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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272	NC_013790	TATTT	2	10	231060	231069	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
273	NC_013790	ATGGA	2	10	231699	231708	40 %	20 %	40 %	0 %	288559376
274	NC_013790	ATTTT	2	10	233848	233857	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
275	NC_013790	TGAAT	2	10	233989	233998	40 %	40 %	20 %	0 %	288559378
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287	NC_013790	TTTTA	2	10	240568	240577	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
288	NC_013790	GTTAC	2	10	240993	241002	20 %	40 %	20 %	20 %	288559384
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399	NC_013790	ATTTT	2	10	328765	328774	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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408	NC_013790	TGATT	2	10	335571	335580	20 %	60 %	20 %	0 %	288559467
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