MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Methanocaldococcus fervens AG86 chromosome

Total Repeats: 898

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013156	GCATCT	2	12	699	710	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	256809975
2	NC_013156	CATCTA	2	12	4307	4318	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	256809978
3	NC_013156	TGTGAT	2	12	7391	7402	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	256809980
4	NC_013156	AAAATG	2	12	9522	9533	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	256809982
5	NC_013156	ATATTT	2	12	10561	10572	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	256809982
6	NC_013156	CTCTAA	2	12	12296	12307	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	256809986
7	NC_013156	TTTGTT	2	12	14541	14552	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	256809989
8	NC_013156	TTTAAA	2	12	14722	14733	50 %	50 %	0 %	0 %	256809989
9	NC_013156	ATTAAA	2	12	15734	15745	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	256809990
10	NC_013156	CTTCAA	2	12	16924	16935	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	256809991
11	NC_013156	AACTAA	2	12	17089	17100	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	256809992
12	NC_013156	TATCTA	2	12	17601	17612	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	256809992
13	NC_013156	TGATTT	2	12	21471	21482	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_013156	GCAGAT	2	12	22078	22089	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	256809998
15	NC_013156	GAAAAT	2	12	28036	28047	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	256810002
16	NC_013156	AAAAGA	2	12	28659	28670	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	256810002
17	NC_013156	GAGGAT	2	12	32798	32809	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	256810007
18	NC_013156	TCATTT	2	12	35927	35938	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	256810011
19	NC_013156	GATTTA	2	12	37095	37106	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	256810012
20	NC_013156	ATTTTT	2	12	38818	38829	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_013156	GCTTCA	2	12	39897	39908	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	256810013
22	NC_013156	CCTAAA	2	12	43798	43809	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	256810016
23	NC_013156	AACTTC	2	12	49491	49502	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	256810022
24	NC_013156	TTAAGT	2	12	50180	50191	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	256810022
25	NC_013156	TCTTTA	2	12	50612	50623	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	256810022
26	NC_013156	ATACAA	2	12	50966	50977	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	256810022
27	NC_013156	AAGGAA	2	12	53871	53882	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	256810024
28	NC_013156	AAAGAA	2	12	54212	54223	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	256810024
29	NC_013156	TTAAAT	2	12	56936	56947	50 %	50 %	0 %	0 %	256810027
30	NC_013156	CTTAAA	2	12	58085	58096	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	256810029
31	NC_013156	TTTTAA	2	12	61407	61418	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	256810034
32	NC_013156	CTAAAT	2	12	63090	63101	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	256810036
33	NC_013156	TAAATA	2	12	65467	65478	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_013156	GGGATA	2	12	66521	66532	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	256810039
35	NC_013156	ATAAAA	2	12	67857	67868	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_013156	CTTTTA	2	12	70294	70305	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	256810045
37	NC_013156	TATATT	2	12	70543	70554	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	256810046
38	NC_013156	AAATTT	2	12	73141	73152	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_013156	GCTTTA	2	12	74022	74033	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	256810051
40	NC_013156	TCATTT	2	12	78207	78218	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	256810055
41	NC_013156	TAAATT	2	12	80197	80208	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_013156	ATTTGA	2	12	83295	83306	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	256810059
43	NC_013156	TTAATT	2	12	88334	88345	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	256810065
44	NC_013156	TGCGAA	2	12	91140	91151	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	256810068
45	NC_013156	GCCATC	2	12	97052	97063	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	256810073
46	NC_013156	CCAATC	2	12	97096	97107	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	256810073
47	NC_013156	TATGTT	2	12	101736	101747	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_013156	AAAGAA	2	12	102885	102896	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	256810080
49	NC_013156	AAGAAA	2	12	102955	102966	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	256810080
50	NC_013156	AAATAA	2	12	104432	104443	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	256810083
51	NC_013156	TCTGTT	2	12	106482	106493	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	256810085
52	NC_013156	TATCTC	2	12	107299	107310	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	256810086
53	NC_013156	TTTTTG	2	12	114110	114121	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	256810094
54	NC_013156	AAATAC	2	12	115628	115639	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_013156	TTCATT	2	12	115992	116003	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	256810097
56	NC_013156	TCTCAA	2	12	117566	117577	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	256810097
57	NC_013156	TTCAAA	2	12	118295	118306	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	256810098
58	NC_013156	CAATCT	2	12	118955	118966	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	256810098
59	NC_013156	GAAAAA	2	12	119277	119288	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	256810099
60	NC_013156	ATTTTC	2	12	123315	123326	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_013156	ATAACC	2	12	124561	124572	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_013156	TAATGA	2	12	124604	124615	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_013156	CAGACG	2	12	128875	128886	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	256810109
64	NC_013156	CTTTAT	2	12	129679	129690	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_013156	GCAGAG	2	12	132195	132206	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	256810111
66	NC_013156	TGATGT	2	12	133184	133195	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	256810112
67	NC_013156	TTTAAT	2	12	133738	133749	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	256810113
68	NC_013156	GCTACT	2	12	134160	134171	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	256810113
69	NC_013156	ATTTTT	2	12	134305	134316	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_013156	TGTAGA	2	12	135887	135898	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	256810114
71	NC_013156	TTAAAT	2	12	136070	136081	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_013156	AAAAAT	2	12	136850	136861	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	256810115
73	NC_013156	GGATTT	2	12	138033	138044	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	256810116
74	NC_013156	AACATA	2	12	139566	139577	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	256810117
75	NC_013156	AAAAGA	2	12	139670	139681	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	256810117
76	NC_013156	TAACAG	2	12	140767	140778	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	256810117
77	NC_013156	TGAAAA	2	12	148364	148375	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	256810124
78	NC_013156	TGAAAT	2	12	148835	148846	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	256810124
79	NC_013156	GATTTA	2	12	149234	149245	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	256810125
80	NC_013156	AGGCAT	2	12	150413	150424	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	256810125
81	NC_013156	CCCCAT	2	12	152935	152946	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	256810128
82	NC_013156	TTAACT	2	12	153771	153782	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	256810129
83	NC_013156	TTATAG	2	12	157697	157708	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_013156	TTGAAG	2	12	160836	160847	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	256810137
85	NC_013156	GATTAT	2	12	161216	161227	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	256810138
86	NC_013156	ATTTTT	2	12	167531	167542	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_013156	TGCCTT	2	12	169062	169073	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	256810147
88	NC_013156	GCATCA	2	12	170760	170771	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	256810149
89	NC_013156	ATAACT	2	12	176226	176237	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	256810156
90	NC_013156	TGAAGA	2	12	176537	176548	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	256810156
91	NC_013156	GGATGA	2	12	178021	178032	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	256810157
92	NC_013156	AAATTA	2	12	182229	182240	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	256810161
93	NC_013156	CAACAT	2	12	182746	182757	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	256810161
94	NC_013156	TAAAAA	2	12	186001	186012	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_013156	AGATGA	2	12	187503	187514	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	256810166
96	NC_013156	GTTATG	2	12	189905	189916	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	256810168
97	NC_013156	TTTATT	2	12	196268	196279	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_013156	ATCTTT	2	12	199494	199505	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	256810173
99	NC_013156	CTACAA	2	12	200216	200227	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	256810173
100	NC_013156	TTTATT	2	12	203753	203764	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_013156	CCCTAT	2	12	205191	205202	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	256810178
102	NC_013156	TAATGA	2	12	206080	206091	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	256810179
103	NC_013156	CAGTTT	2	12	206298	206309	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	256810179
104	NC_013156	CCAGAT	2	12	210098	210109	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	256810185
105	NC_013156	AAATGT	2	12	210124	210135	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	256810185
106	NC_013156	TCCTGA	2	12	210574	210585	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	256810185
107	NC_013156	AACGAT	2	12	211030	211041	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	256810185
108	NC_013156	AGAGAT	2	12	211544	211555	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	256810186
109	NC_013156	TTTAAA	2	12	219870	219881	50 %	50 %	0 %	0 %	256810195
110	NC_013156	TAAATG	2	12	220016	220027	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	256810195
111	NC_013156	AGATGA	2	12	220059	220070	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	256810195
112	NC_013156	AAGAAA	2	12	220275	220286	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	256810195
113	NC_013156	ATTTTT	2	12	221284	221295	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_013156	TTTATT	2	12	225120	225131	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	256810202
115	NC_013156	AAAAAT	2	12	228392	228403	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	256810205
116	NC_013156	TATGGA	2	12	231311	231322	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	256810207
117	NC_013156	ATTAGA	2	12	231346	231357	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	256810207
118	NC_013156	ATGTTC	2	12	233098	233109	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	256810209
119	NC_013156	ACTTCT	2	12	234270	234281	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	256810210
120	NC_013156	ATAGAC	2	12	235663	235674	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	256810211
121	NC_013156	AATGAC	2	12	237563	237574	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	256810212
122	NC_013156	GTTGAG	2	12	237957	237968	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	256810212
123	NC_013156	GAACAA	2	12	241475	241486	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	256810214
124	NC_013156	AGGTAA	2	12	243063	243074	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	256810215
125	NC_013156	AGCTAT	2	12	243141	243152	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	256810215
126	NC_013156	AACTTC	2	12	245581	245592	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	256810219
127	NC_013156	ATTTTT	2	12	245822	245833	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	256810219
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129	NC_013156	TTTGTT	2	12	249047	249058	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	256810222
130	NC_013156	TTTGTT	2	12	249653	249664	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	256810222
131	NC_013156	TGGGAT	2	12	249693	249704	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	256810222
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133	NC_013156	CTATTT	2	12	253241	253252	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	256810225
134	NC_013156	TATTTT	2	12	254065	254076	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_013156	AGAAAG	2	12	256335	256346	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	256810229
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143	NC_013156	AAAAAC	2	12	267340	267351	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
144	NC_013156	AGCCAA	2	12	268865	268876	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	256810243
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154	NC_013156	GAAGAG	2	12	280778	280789	50 %	0 %	50 %	0 %	256810253
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161	NC_013156	TAATTA	2	12	291301	291312	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
162	NC_013156	ACTTTA	2	12	295158	295169	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	256810265
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184	NC_013156	GGCAGT	2	12	328749	328760	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	256810308
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233	NC_013156	CTAACT	2	12	394285	394296	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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235	NC_013156	ACCAAC	2	12	395896	395907	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
236	NC_013156	AAATTT	2	12	400405	400416	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
237	NC_013156	TAGATA	2	12	402647	402658	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	256810372
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239	NC_013156	AACAGT	2	12	406731	406742	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	256810377
240	NC_013156	TTAATG	2	12	409285	409296	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	256810380
241	NC_013156	ATCCAT	2	12	409426	409437	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	256810380
242	NC_013156	TTATTT	2	12	411827	411838	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	256810382
243	NC_013156	TTAATT	2	12	414064	414075	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
244	NC_013156	CTTTTC	2	12	414757	414768	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	256810386
245	NC_013156	AAAATA	2	12	416986	416997	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	256810390
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251	NC_013156	TATGTT	2	12	428777	428788	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	256810405
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257	NC_013156	CAGTTG	2	12	442775	442786	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	256810420
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266	NC_013156	ATTAAA	3	18	453278	453295	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
267	NC_013156	GTTTTA	2	12	455576	455587	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	256810434
268	NC_013156	TTAAAA	2	12	456487	456498	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	256810436
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270	NC_013156	ATCCTC	2	12	456932	456943	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	256810437
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273	NC_013156	GTTTTT	2	12	468427	468438	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	256810451
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275	NC_013156	AATTTA	2	12	476898	476909	50 %	50 %	0 %	0 %	256810458
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279	NC_013156	ATTTAA	2	12	484079	484090	50 %	50 %	0 %	0 %	256810463
280	NC_013156	TTGGAG	2	12	486326	486337	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	256810466
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288	NC_013156	GGAATA	2	12	501859	501870	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	256810481
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294	NC_013156	AAGTTC	2	12	513895	513906	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	256810495
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342	NC_013156	GCAGAG	2	12	586696	586707	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	256810573
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345	NC_013156	CTAATA	2	12	591764	591775	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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353	NC_013156	TCTCTT	2	12	604623	604634	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	256810590
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356	NC_013156	TCCAAT	2	12	611700	611711	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	256810596
357	NC_013156	TAAAAA	2	12	612023	612034	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	256810596
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474	NC_013156	TTCTTT	2	12	788489	788500	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	256810785
475	NC_013156	TTCTCC	2	12	788979	788990	0 %	50 %	0 %	50 %	256810786
476	NC_013156	TTTCTT	2	12	789201	789212	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	256810787
477	NC_013156	ATCTTC	2	12	793089	793100	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	256810792
478	NC_013156	TCTTTT	2	12	793357	793368	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	256810792
479	NC_013156	AATTCC	2	12	794187	794198	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	256810793
480	NC_013156	CATTGC	2	12	796032	796043	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	256810794
481	NC_013156	CAAAGC	2	12	797845	797856	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	256810796
482	NC_013156	CCAATA	2	12	798876	798887	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	256810796
483	NC_013156	AGAGTT	2	12	799883	799894	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	256810797
484	NC_013156	AATGAA	2	12	803864	803875	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	256810801
485	NC_013156	GGATAA	2	12	805295	805306	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	256810802
486	NC_013156	TATCAA	2	12	808644	808655	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	256810806
487	NC_013156	CTTTCA	2	12	809118	809129	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	256810807
488	NC_013156	AGATAA	2	12	811987	811998	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	256810810
489	NC_013156	AAAAAC	2	12	813645	813656	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	256810813
490	NC_013156	TTGATA	2	12	814171	814182	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	256810813
491	NC_013156	GATGTT	2	12	814536	814547	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	256810813
492	NC_013156	CTTATT	2	12	815665	815676	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
493	NC_013156	ATCAAC	2	12	819203	819214	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	256810817
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497	NC_013156	CTACAT	2	12	821666	821677	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	256810818
498	NC_013156	TAAAAA	2	12	823312	823323	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
499	NC_013156	TTAAAT	2	12	828271	828282	50 %	50 %	0 %	0 %	256810827
500	NC_013156	CAACAT	2	12	833172	833183	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	256810833

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