MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Mesorhizobium sp. BNC1 plasmid 2

Total Repeats: 288

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008243	CTGG	2	8	259	266	0 %	25 %	50 %	25 %	110347236
2	NC_008243	GGCC	2	8	376	383	0 %	0 %	50 %	50 %	110347236
3	NC_008243	TCGG	2	8	2680	2687	0 %	25 %	50 %	25 %	110347237
4	NC_008243	GGCC	2	8	2768	2775	0 %	0 %	50 %	50 %	110347237
5	NC_008243	CAGG	2	8	2990	2997	25 %	0 %	50 %	25 %	110347237
6	NC_008243	CAAC	2	8	3371	3378	50 %	0 %	0 %	50 %	110347238
7	NC_008243	CCGA	2	8	3404	3411	25 %	0 %	25 %	50 %	110347238
8	NC_008243	AGTC	2	8	3496	3503	25 %	25 %	25 %	25 %	110347238
9	NC_008243	CAGA	2	8	4391	4398	50 %	0 %	25 %	25 %	110347238
10	NC_008243	CAAG	2	8	4639	4646	50 %	0 %	25 %	25 %	110347238
11	NC_008243	CAAG	2	8	4917	4924	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
12	NC_008243	TTCT	2	8	5015	5022	0 %	75 %	0 %	25 %	110347239
13	NC_008243	CTGG	2	8	5449	5456	0 %	25 %	50 %	25 %	110347239
14	NC_008243	AGCG	2	8	5767	5774	25 %	0 %	50 %	25 %	110347239
15	NC_008243	TTTA	2	8	6389	6396	25 %	75 %	0 %	0 %	110347240
16	NC_008243	CGAG	2	8	6429	6436	25 %	0 %	50 %	25 %	110347240
17	NC_008243	GCGG	2	8	6735	6742	0 %	0 %	75 %	25 %	110347240
18	NC_008243	GGCC	2	8	8113	8120	0 %	0 %	50 %	50 %	110347242
19	NC_008243	CCAA	2	8	8179	8186	50 %	0 %	0 %	50 %	110347242
20	NC_008243	CCGA	2	8	8436	8443	25 %	0 %	25 %	50 %	110347242
21	NC_008243	CCGG	2	8	8872	8879	0 %	0 %	50 %	50 %	110347243
22	NC_008243	CTTT	2	8	8952	8959	0 %	75 %	0 %	25 %	110347243
23	NC_008243	GAAG	2	8	9100	9107	50 %	0 %	50 %	0 %	110347243
24	NC_008243	GAAA	2	8	9235	9242	75 %	0 %	25 %	0 %	110347243
25	NC_008243	AGGA	2	8	9639	9646	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
26	NC_008243	TGCC	2	8	10981	10988	0 %	25 %	25 %	50 %	110347244
27	NC_008243	GCTG	2	8	11452	11459	0 %	25 %	50 %	25 %	110347244
28	NC_008243	TATG	2	8	11842	11849	25 %	50 %	25 %	0 %	110347244
29	NC_008243	TCCG	2	8	13384	13391	0 %	25 %	25 %	50 %	110347245
30	NC_008243	CGAG	2	8	13816	13823	25 %	0 %	50 %	25 %	110347245
31	NC_008243	TGCG	2	8	14762	14769	0 %	25 %	50 %	25 %	110347246
32	NC_008243	TCTG	2	8	15160	15167	0 %	50 %	25 %	25 %	110347246
33	NC_008243	TCGG	2	8	15903	15910	0 %	25 %	50 %	25 %	110347247
34	NC_008243	TGCC	2	8	16194	16201	0 %	25 %	25 %	50 %	110347247
35	NC_008243	CGGG	2	8	17166	17173	0 %	0 %	75 %	25 %	110347248
36	NC_008243	CGAA	2	8	17599	17606	50 %	0 %	25 %	25 %	110347248
37	NC_008243	ATTG	2	8	17699	17706	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
38	NC_008243	ATCG	2	8	18001	18008	25 %	25 %	25 %	25 %	110347249
39	NC_008243	TCGA	2	8	18157	18164	25 %	25 %	25 %	25 %	110347249
40	NC_008243	ACAA	2	8	19987	19994	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
41	NC_008243	GGCA	2	8	20201	20208	25 %	0 %	50 %	25 %	110347251
42	NC_008243	CCCA	2	8	20808	20815	25 %	0 %	0 %	75 %	110347251
43	NC_008243	CGGA	2	8	20830	20837	25 %	0 %	50 %	25 %	110347251
44	NC_008243	CGAG	2	8	21153	21160	25 %	0 %	50 %	25 %	110347251
45	NC_008243	GGGT	2	8	22590	22597	0 %	25 %	75 %	0 %	110347252
46	NC_008243	GGCG	2	8	22883	22890	0 %	0 %	75 %	25 %	110347252
47	NC_008243	AGGC	2	8	23544	23551	25 %	0 %	50 %	25 %	110347253
48	NC_008243	GATC	2	8	23704	23711	25 %	25 %	25 %	25 %	110347253
49	NC_008243	GCCC	2	8	23968	23975	0 %	0 %	25 %	75 %	110347253
50	NC_008243	GAAT	2	8	24083	24090	50 %	25 %	25 %	0 %	110347253
51	NC_008243	GCCG	2	8	24119	24126	0 %	0 %	50 %	50 %	110347254
52	NC_008243	ATTG	2	8	25467	25474	25 %	50 %	25 %	0 %	110347255
53	NC_008243	TTGC	2	8	25953	25960	0 %	50 %	25 %	25 %	110347256
54	NC_008243	CACC	2	8	26336	26343	25 %	0 %	0 %	75 %	110347257
55	NC_008243	GAAA	2	8	26894	26901	75 %	0 %	25 %	0 %	110347258
56	NC_008243	TGCC	2	8	27015	27022	0 %	25 %	25 %	50 %	110347258
57	NC_008243	CGAT	2	8	27222	27229	25 %	25 %	25 %	25 %	110347258
58	NC_008243	CGAT	2	8	27665	27672	25 %	25 %	25 %	25 %	110347258
59	NC_008243	GTGC	2	8	27750	27757	0 %	25 %	50 %	25 %	110347258
60	NC_008243	TCGC	2	8	27803	27810	0 %	25 %	25 %	50 %	110347259
61	NC_008243	GCGG	2	8	28416	28423	0 %	0 %	75 %	25 %	110347259
62	NC_008243	CGCC	3	12	28653	28664	0 %	0 %	25 %	75 %	110347259
63	NC_008243	CCGG	2	8	29075	29082	0 %	0 %	50 %	50 %	110347259
64	NC_008243	GGCC	2	8	29100	29107	0 %	0 %	50 %	50 %	110347259
65	NC_008243	ACAG	2	8	29261	29268	50 %	0 %	25 %	25 %	110347259
66	NC_008243	CCGG	2	8	29574	29581	0 %	0 %	50 %	50 %	110347260
67	NC_008243	GCCG	2	8	29743	29750	0 %	0 %	50 %	50 %	110347260
68	NC_008243	GCCT	2	8	30151	30158	0 %	25 %	25 %	50 %	110347260
69	NC_008243	GCCG	2	8	30788	30795	0 %	0 %	50 %	50 %	110347262
70	NC_008243	GTCC	2	8	31224	31231	0 %	25 %	25 %	50 %	110347262
71	NC_008243	CCCG	2	8	31853	31860	0 %	0 %	25 %	75 %	110347263
72	NC_008243	ATCG	2	8	32025	32032	25 %	25 %	25 %	25 %	110347263
73	NC_008243	GATC	2	8	32066	32073	25 %	25 %	25 %	25 %	110347263
74	NC_008243	AGGC	2	8	32113	32120	25 %	0 %	50 %	25 %	110347263
75	NC_008243	GACT	2	8	32226	32233	25 %	25 %	25 %	25 %	110347263
76	NC_008243	GGCC	2	8	33130	33137	0 %	0 %	50 %	50 %	110347264
77	NC_008243	TTGA	2	8	33926	33933	25 %	50 %	25 %	0 %	110347265
78	NC_008243	TACT	2	8	34079	34086	25 %	50 %	0 %	25 %	110347266
79	NC_008243	CGTG	2	8	34520	34527	0 %	25 %	50 %	25 %	110347266
80	NC_008243	AGGC	2	8	35617	35624	25 %	0 %	50 %	25 %	110347266
81	NC_008243	CATC	2	8	36056	36063	25 %	25 %	0 %	50 %	110347267
82	NC_008243	CGAT	2	8	36139	36146	25 %	25 %	25 %	25 %	110347267
83	NC_008243	CAGG	2	8	36829	36836	25 %	0 %	50 %	25 %	110347268
84	NC_008243	GCGG	2	8	37639	37646	0 %	0 %	75 %	25 %	110347269
85	NC_008243	TGCC	2	8	38617	38624	0 %	25 %	25 %	50 %	110347270
86	NC_008243	GCAG	2	8	39050	39057	25 %	0 %	50 %	25 %	110347271
87	NC_008243	CAGG	2	8	39496	39503	25 %	0 %	50 %	25 %	110347271
88	NC_008243	GGCC	2	8	39975	39982	0 %	0 %	50 %	50 %	110347272
89	NC_008243	GCCT	2	8	40554	40561	0 %	25 %	25 %	50 %	110347273
90	NC_008243	GCCA	2	8	40728	40735	25 %	0 %	25 %	50 %	110347273
91	NC_008243	CCCG	2	8	40791	40798	0 %	0 %	25 %	75 %	110347273
92	NC_008243	TGCT	2	8	41098	41105	0 %	50 %	25 %	25 %	110347273
93	NC_008243	GGCA	2	8	41280	41287	25 %	0 %	50 %	25 %	110347274
94	NC_008243	CGCC	2	8	41425	41432	0 %	0 %	25 %	75 %	110347274
95	NC_008243	GCCG	2	8	42680	42687	0 %	0 %	50 %	50 %	110347275
96	NC_008243	CCAC	2	8	43985	43992	25 %	0 %	0 %	75 %	110347276
97	NC_008243	GTCC	2	8	45338	45345	0 %	25 %	25 %	50 %	110347277
98	NC_008243	CGGC	2	8	45729	45736	0 %	0 %	50 %	50 %	110347277
99	NC_008243	TCCA	2	8	45779	45786	25 %	25 %	0 %	50 %	110347277
100	NC_008243	CTGG	2	8	46314	46321	0 %	25 %	50 %	25 %	110347277
101	NC_008243	TTCC	2	8	46534	46541	0 %	50 %	0 %	50 %	110347277
102	NC_008243	TATC	2	8	47078	47085	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
103	NC_008243	GGTG	2	8	47287	47294	0 %	25 %	75 %	0 %	110347278
104	NC_008243	CCGC	2	8	47623	47630	0 %	0 %	25 %	75 %	110347278
105	NC_008243	AGCC	2	8	48093	48100	25 %	0 %	25 %	50 %	110347278
106	NC_008243	TCCT	2	8	48819	48826	0 %	50 %	0 %	50 %	110347280
107	NC_008243	TCGC	2	8	49170	49177	0 %	25 %	25 %	50 %	110347280
108	NC_008243	CCAA	2	8	50006	50013	50 %	0 %	0 %	50 %	110347281
109	NC_008243	CTGG	2	8	50141	50148	0 %	25 %	50 %	25 %	110347281
110	NC_008243	ATCC	2	8	50251	50258	25 %	25 %	0 %	50 %	110347281
111	NC_008243	CGCC	2	8	50464	50471	0 %	0 %	25 %	75 %	110347281
112	NC_008243	CAGC	2	8	51158	51165	25 %	0 %	25 %	50 %	110347282
113	NC_008243	GCTG	2	8	52551	52558	0 %	25 %	50 %	25 %	110347283
114	NC_008243	GCTT	2	8	53622	53629	0 %	50 %	25 %	25 %	110347284
115	NC_008243	GTCA	2	8	54270	54277	25 %	25 %	25 %	25 %	110347285
116	NC_008243	GATC	2	8	54465	54472	25 %	25 %	25 %	25 %	110347285
117	NC_008243	CTCA	2	8	55011	55018	25 %	25 %	0 %	50 %	110347286
118	NC_008243	GGTC	2	8	55315	55322	0 %	25 %	50 %	25 %	110347286
119	NC_008243	ATCT	2	8	55524	55531	25 %	50 %	0 %	25 %	110347286
120	NC_008243	GCCG	3	12	55764	55775	0 %	0 %	50 %	50 %	110347286
121	NC_008243	CGGA	2	8	55884	55891	25 %	0 %	50 %	25 %	110347286
122	NC_008243	CGGG	2	8	56436	56443	0 %	0 %	75 %	25 %	110347287
123	NC_008243	GATC	2	8	56530	56537	25 %	25 %	25 %	25 %	110347287
124	NC_008243	GCCG	3	12	56926	56937	0 %	0 %	50 %	50 %	110347287
125	NC_008243	GTCG	2	8	57853	57860	0 %	25 %	50 %	25 %	110347288
126	NC_008243	CGGA	2	8	58411	58418	25 %	0 %	50 %	25 %	110347288
127	NC_008243	CCGA	2	8	58742	58749	25 %	0 %	25 %	50 %	110347288
128	NC_008243	CTGC	2	8	58825	58832	0 %	25 %	25 %	50 %	110347288
129	NC_008243	AAGG	2	8	59032	59039	50 %	0 %	50 %	0 %	110347289
130	NC_008243	GTCC	2	8	59115	59122	0 %	25 %	25 %	50 %	110347289
131	NC_008243	CAGC	2	8	59124	59131	25 %	0 %	25 %	50 %	110347289
132	NC_008243	CCGT	2	8	59568	59575	0 %	25 %	25 %	50 %	110347289
133	NC_008243	CCTG	2	8	60353	60360	0 %	25 %	25 %	50 %	110347290
134	NC_008243	CCGC	2	8	60375	60382	0 %	0 %	25 %	75 %	110347290
135	NC_008243	GCCG	2	8	61703	61710	0 %	0 %	50 %	50 %	110347291
136	NC_008243	GCCG	2	8	62120	62127	0 %	0 %	50 %	50 %	110347291
137	NC_008243	GCGT	2	8	62625	62632	0 %	25 %	50 %	25 %	110347291
138	NC_008243	GCAG	2	8	62785	62792	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
139	NC_008243	CGAA	3	12	62940	62951	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
140	NC_008243	GGCG	2	8	63344	63351	0 %	0 %	75 %	25 %	110347292
141	NC_008243	ACGC	2	8	65521	65528	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
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159	NC_008243	TCCC	2	8	73963	73970	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
160	NC_008243	TGGA	2	8	74271	74278	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
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255	NC_008243	CTAG	2	8	118136	118143	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
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262	NC_008243	CGGC	2	8	121412	121419	0 %	0 %	50 %	50 %	110347343
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276	NC_008243	CGTG	2	8	127128	127135	0 %	25 %	50 %	25 %	110347346
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278	NC_008243	CTGG	2	8	127322	127329	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
279	NC_008243	GACG	2	8	127858	127865	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
280	NC_008243	TCAG	2	8	128015	128022	25 %	25 %	25 %	25 %	110347347
281	NC_008243	CGGC	2	8	128043	128050	0 %	0 %	50 %	50 %	110347347
282	NC_008243	GCTG	2	8	128472	128479	0 %	25 %	50 %	25 %	110347347
283	NC_008243	CGCT	2	8	129020	129027	0 %	25 %	25 %	50 %	110347348
284	NC_008243	GCGG	2	8	129249	129256	0 %	0 %	75 %	25 %	110347348
285	NC_008243	ACAG	2	8	129758	129765	50 %	0 %	25 %	25 %	110347348
286	NC_008243	GCAA	2	8	129773	129780	50 %	0 %	25 %	25 %	110347348
287	NC_008243	TGAA	2	8	130377	130384	50 %	25 %	25 %	0 %	110347348
288	NC_008243	GGTG	2	8	130762	130769	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.