MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 plasmid small ECE

Total Repeats: 55

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_001733	TTTA	2	8	82	89	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_001733	TTAA	2	8	168	175	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_001733	TTAA	2	8	425	432	50 %	50 %	0 %	0 %	10954533
4	NC_001733	TTTA	2	8	810	817	25 %	75 %	0 %	0 %	10954533
5	NC_001733	TAAT	2	8	992	999	50 %	50 %	0 %	0 %	10954533
6	NC_001733	TTTC	2	8	1048	1055	0 %	75 %	0 %	25 %	10954533
7	NC_001733	TATT	2	8	1213	1220	25 %	75 %	0 %	0 %	10954533
8	NC_001733	TAAT	2	8	1708	1715	50 %	50 %	0 %	0 %	10954534
9	NC_001733	AAAC	2	8	1733	1740	75 %	0 %	0 %	25 %	10954534
10	NC_001733	AAGT	2	8	2032	2039	50 %	25 %	25 %	0 %	10954534
11	NC_001733	TAGA	2	8	2295	2302	50 %	25 %	25 %	0 %	10954534
12	NC_001733	TAGG	2	8	2943	2950	25 %	25 %	50 %	0 %	10954534
13	NC_001733	ATCC	2	8	2980	2987	25 %	25 %	0 %	50 %	10954534
14	NC_001733	ATTT	2	8	3390	3397	25 %	75 %	0 %	0 %	10954534
15	NC_001733	ATTA	2	8	3528	3535	50 %	50 %	0 %	0 %	10954534
16	NC_001733	TAGA	2	8	3599	3606	50 %	25 %	25 %	0 %	10954534
17	NC_001733	TAAG	2	8	3717	3724	50 %	25 %	25 %	0 %	10954534
18	NC_001733	TTTG	2	8	4792	4799	0 %	75 %	25 %	0 %	10954534
19	NC_001733	AATT	2	8	5458	5465	50 %	50 %	0 %	0 %	10954536
20	NC_001733	TTCT	2	8	5633	5640	0 %	75 %	0 %	25 %	10954536
21	NC_001733	TTTC	2	8	5704	5711	0 %	75 %	0 %	25 %	10954536
22	NC_001733	TAAA	2	8	5930	5937	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_001733	AATT	2	8	5965	5972	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_001733	ATTA	2	8	6111	6118	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_001733	AATT	2	8	6130	6137	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_001733	ATTA	2	8	6577	6584	50 %	50 %	0 %	0 %	10954537
27	NC_001733	ATCT	2	8	7854	7861	25 %	50 %	0 %	25 %	10954539
28	NC_001733	TCCT	2	8	8148	8155	0 %	50 %	0 %	50 %	10954539
29	NC_001733	CTTC	2	8	8215	8222	0 %	50 %	0 %	50 %	10954539
30	NC_001733	AGTT	2	8	8694	8701	25 %	50 %	25 %	0 %	10954539
31	NC_001733	CCAA	2	8	8991	8998	50 %	0 %	0 %	50 %	10954540
32	NC_001733	ATAG	2	8	9415	9422	50 %	25 %	25 %	0 %	10954540
33	NC_001733	AATA	2	8	9836	9843	75 %	25 %	0 %	0 %	10954540
34	NC_001733	AACA	2	8	10029	10036	75 %	0 %	0 %	25 %	10954540
35	NC_001733	GTTT	2	8	10313	10320	0 %	75 %	25 %	0 %	10954540
36	NC_001733	ATAC	2	8	10611	10618	50 %	25 %	0 %	25 %	10954540
37	NC_001733	TTGT	2	8	11138	11145	0 %	75 %	25 %	0 %	10954540
38	NC_001733	TTAT	2	8	11898	11905	25 %	75 %	0 %	0 %	10954540
39	NC_001733	TAGT	3	12	12370	12381	25 %	50 %	25 %	0 %	10954541
40	NC_001733	GAAG	2	8	12540	12547	50 %	0 %	50 %	0 %	10954541
41	NC_001733	AAAC	2	8	12841	12848	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
42	NC_001733	GAAG	2	8	13123	13130	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
43	NC_001733	CAGT	2	8	13212	13219	25 %	25 %	25 %	25 %	10954542
44	NC_001733	AATA	2	8	13429	13436	75 %	25 %	0 %	0 %	10954542
45	NC_001733	CTAT	2	8	13503	13510	25 %	50 %	0 %	25 %	10954542
46	NC_001733	AATT	2	8	13691	13698	50 %	50 %	0 %	0 %	10954542
47	NC_001733	ACAA	2	8	14747	14754	75 %	0 %	0 %	25 %	161579527
48	NC_001733	TTTA	2	8	15035	15042	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_001733	TATT	2	8	15257	15264	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_001733	TATC	2	8	15271	15278	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
51	NC_001733	TTTC	2	8	15710	15717	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
52	NC_001733	TAGT	2	8	15947	15954	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
53	NC_001733	TACT	2	8	16169	16176	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
54	NC_001733	ATAA	2	8	16330	16337	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_001733	TCCA	2	8	16399	16406	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.