MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Repeats of Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 plasmid large ECE

Total Repeats: 140

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_001732	AT	3	6	657	662	50 %	50 %	0 %	0 %	10954493
2	NC_001732	CA	3	6	1154	1159	50 %	0 %	0 %	50 %	10954494
3	NC_001732	TC	3	6	1607	1612	0 %	50 %	0 %	50 %	10954495
4	NC_001732	GA	3	6	2340	2345	50 %	0 %	50 %	0 %	10954496
5	NC_001732	AG	3	6	2550	2555	50 %	0 %	50 %	0 %	10954496
6	NC_001732	CA	3	6	2657	2662	50 %	0 %	0 %	50 %	10954496
7	NC_001732	GA	3	6	2667	2672	50 %	0 %	50 %	0 %	10954496
8	NC_001732	AG	3	6	2746	2751	50 %	0 %	50 %	0 %	10954496
9	NC_001732	AT	3	6	3116	3121	50 %	50 %	0 %	0 %	10954496
10	NC_001732	AG	3	6	3327	3332	50 %	0 %	50 %	0 %	10954489
11	NC_001732	AT	3	6	3598	3603	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_001732	TA	3	6	3856	3861	50 %	50 %	0 %	0 %	10954497
13	NC_001732	TA	3	6	4369	4374	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_001732	TA	3	6	5125	5130	50 %	50 %	0 %	0 %	10954498
15	NC_001732	AG	3	6	5262	5267	50 %	0 %	50 %	0 %	10954498
16	NC_001732	CT	3	6	5992	5997	0 %	50 %	0 %	50 %	10954499
17	NC_001732	AT	3	6	6001	6006	50 %	50 %	0 %	0 %	10954499
18	NC_001732	TC	3	6	6270	6275	0 %	50 %	0 %	50 %	10954499
19	NC_001732	TC	3	6	6389	6394	0 %	50 %	0 %	50 %	10954499
20	NC_001732	AT	3	6	7149	7154	50 %	50 %	0 %	0 %	10954499
21	NC_001732	TA	4	8	7438	7445	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_001732	TA	3	6	8074	8079	50 %	50 %	0 %	0 %	10954500
23	NC_001732	AG	3	6	8197	8202	50 %	0 %	50 %	0 %	10954501
24	NC_001732	TA	3	6	8566	8571	50 %	50 %	0 %	0 %	10954501
25	NC_001732	AT	3	6	8649	8654	50 %	50 %	0 %	0 %	10954501
26	NC_001732	GA	3	6	9129	9134	50 %	0 %	50 %	0 %	10954502
27	NC_001732	AT	3	6	9286	9291	50 %	50 %	0 %	0 %	10954503
28	NC_001732	TA	3	6	9793	9798	50 %	50 %	0 %	0 %	10954503
29	NC_001732	AT	3	6	10412	10417	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_001732	TA	3	6	10741	10746	50 %	50 %	0 %	0 %	10954504
31	NC_001732	TA	4	8	11084	11091	50 %	50 %	0 %	0 %	10954504
32	NC_001732	AT	3	6	11507	11512	50 %	50 %	0 %	0 %	10954504
33	NC_001732	TA	3	6	12100	12105	50 %	50 %	0 %	0 %	10954504
34	NC_001732	GT	3	6	12363	12368	0 %	50 %	50 %	0 %	10954504
35	NC_001732	AT	3	6	12813	12818	50 %	50 %	0 %	0 %	18656943
36	NC_001732	TA	3	6	12861	12866	50 %	50 %	0 %	0 %	18656943
37	NC_001732	AT	3	6	13094	13099	50 %	50 %	0 %	0 %	18656943
38	NC_001732	AT	3	6	13182	13187	50 %	50 %	0 %	0 %	18656943
39	NC_001732	AT	3	6	13820	13825	50 %	50 %	0 %	0 %	18656943
40	NC_001732	AG	3	6	14380	14385	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
41	NC_001732	TA	3	6	14403	14408	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_001732	AG	3	6	14509	14514	50 %	0 %	50 %	0 %	10954505
43	NC_001732	AG	3	6	15137	15142	50 %	0 %	50 %	0 %	10954505
44	NC_001732	AT	3	6	15851	15856	50 %	50 %	0 %	0 %	10954506
45	NC_001732	AT	3	6	16274	16279	50 %	50 %	0 %	0 %	10954506
46	NC_001732	TA	3	6	17394	17399	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_001732	AT	3	6	17474	17479	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_001732	CA	4	8	18117	18124	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
49	NC_001732	AC	3	6	18969	18974	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
50	NC_001732	CA	3	6	19066	19071	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
51	NC_001732	TA	3	6	19699	19704	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_001732	CT	3	6	20059	20064	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
53	NC_001732	GA	3	6	20563	20568	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
54	NC_001732	TA	3	6	21045	21050	50 %	50 %	0 %	0 %	10954507
55	NC_001732	AT	3	6	21490	21495	50 %	50 %	0 %	0 %	10954507
56	NC_001732	TA	3	6	21739	21744	50 %	50 %	0 %	0 %	10954508
57	NC_001732	TA	3	6	21760	21765	50 %	50 %	0 %	0 %	10954508
58	NC_001732	AT	3	6	22087	22092	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_001732	CA	3	6	22095	22100	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
60	NC_001732	TA	3	6	22355	22360	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_001732	GA	3	6	23110	23115	50 %	0 %	50 %	0 %	10954509
62	NC_001732	AT	3	6	24137	24142	50 %	50 %	0 %	0 %	10954510
63	NC_001732	CT	3	6	24484	24489	0 %	50 %	0 %	50 %	10954510
64	NC_001732	AT	3	6	24790	24795	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_001732	AT	3	6	24817	24822	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_001732	TA	3	6	25784	25789	50 %	50 %	0 %	0 %	10954512
67	NC_001732	AT	3	6	25954	25959	50 %	50 %	0 %	0 %	10954512
68	NC_001732	AC	3	6	26796	26801	50 %	0 %	0 %	50 %	10954512
69	NC_001732	AC	3	6	26982	26987	50 %	0 %	0 %	50 %	10954512
70	NC_001732	GA	3	6	27083	27088	50 %	0 %	50 %	0 %	10954512
71	NC_001732	AT	3	6	27475	27480	50 %	50 %	0 %	0 %	10954512
72	NC_001732	AT	3	6	27515	27520	50 %	50 %	0 %	0 %	10954512
73	NC_001732	AG	3	6	29713	29718	50 %	0 %	50 %	0 %	10954515
74	NC_001732	CT	3	6	30174	30179	0 %	50 %	0 %	50 %	10954515
75	NC_001732	TC	3	6	30760	30765	0 %	50 %	0 %	50 %	10954516
76	NC_001732	AC	3	6	30776	30781	50 %	0 %	0 %	50 %	10954516
77	NC_001732	AG	3	6	31269	31274	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
78	NC_001732	AT	3	6	31467	31472	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_001732	TC	3	6	32020	32025	0 %	50 %	0 %	50 %	10954517
80	NC_001732	TG	3	6	32715	32720	0 %	50 %	50 %	0 %	10954517
81	NC_001732	AT	3	6	32767	32772	50 %	50 %	0 %	0 %	10954517
82	NC_001732	TC	3	6	33156	33161	0 %	50 %	0 %	50 %	10954517
83	NC_001732	TC	3	6	33963	33968	0 %	50 %	0 %	50 %	10954517
84	NC_001732	TA	3	6	35375	35380	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_001732	TA	3	6	35562	35567	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_001732	AT	5	10	35661	35670	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_001732	TA	3	6	35750	35755	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_001732	TG	3	6	35828	35833	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
89	NC_001732	TA	3	6	35959	35964	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_001732	TA	5	10	36149	36158	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_001732	TC	3	6	36388	36393	0 %	50 %	0 %	50 %	10954491
92	NC_001732	AT	3	6	36936	36941	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_001732	AG	3	6	37921	37926	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
94	NC_001732	TA	3	6	37938	37943	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_001732	CT	3	6	38050	38055	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
96	NC_001732	AT	3	6	38068	38073	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_001732	GA	3	6	38488	38493	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
98	NC_001732	GT	3	6	38730	38735	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
99	NC_001732	TA	3	6	39658	39663	50 %	50 %	0 %	0 %	10954519
100	NC_001732	AT	3	6	39860	39865	50 %	50 %	0 %	0 %	10954519
101	NC_001732	TA	3	6	40037	40042	50 %	50 %	0 %	0 %	10954519
102	NC_001732	CT	3	6	40843	40848	0 %	50 %	0 %	50 %	10954520
103	NC_001732	AT	3	6	41188	41193	50 %	50 %	0 %	0 %	10954520
104	NC_001732	GT	3	6	41466	41471	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
105	NC_001732	AT	3	6	43013	43018	50 %	50 %	0 %	0 %	10954521
106	NC_001732	TA	3	6	44036	44041	50 %	50 %	0 %	0 %	10954522
107	NC_001732	AT	3	6	44080	44085	50 %	50 %	0 %	0 %	10954522
108	NC_001732	TC	3	6	44239	44244	0 %	50 %	0 %	50 %	10954522
109	NC_001732	AT	3	6	44425	44430	50 %	50 %	0 %	0 %	10954522
110	NC_001732	AT	3	6	44658	44663	50 %	50 %	0 %	0 %	10954522
111	NC_001732	CT	3	6	45746	45751	0 %	50 %	0 %	50 %	10954523
112	NC_001732	AT	3	6	45890	45895	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_001732	AT	3	6	46232	46237	50 %	50 %	0 %	0 %	10954524
114	NC_001732	AG	3	6	46700	46705	50 %	0 %	50 %	0 %	10954524
115	NC_001732	CT	3	6	46900	46905	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
116	NC_001732	AT	3	6	47795	47800	50 %	50 %	0 %	0 %	10954525
117	NC_001732	GA	3	6	47953	47958	50 %	0 %	50 %	0 %	10954525
118	NC_001732	AT	3	6	48254	48259	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_001732	TA	3	6	48264	48269	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_001732	TA	3	6	48280	48285	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_001732	TA	3	6	48684	48689	50 %	50 %	0 %	0 %	10954526
122	NC_001732	AT	4	8	49462	49469	50 %	50 %	0 %	0 %	10954527
123	NC_001732	TA	3	6	50488	50493	50 %	50 %	0 %	0 %	10954527
124	NC_001732	TA	3	6	50805	50810	50 %	50 %	0 %	0 %	10954527
125	NC_001732	GA	3	6	50912	50917	50 %	0 %	50 %	0 %	10954527
126	NC_001732	CT	3	6	50969	50974	0 %	50 %	0 %	50 %	10954527
127	NC_001732	TA	3	6	51127	51132	50 %	50 %	0 %	0 %	10954527
128	NC_001732	TA	3	6	51447	51452	50 %	50 %	0 %	0 %	10954527
129	NC_001732	TA	3	6	52772	52777	50 %	50 %	0 %	0 %	10954528
130	NC_001732	TA	3	6	52831	52836	50 %	50 %	0 %	0 %	10954528
131	NC_001732	TA	3	6	53011	53016	50 %	50 %	0 %	0 %	10954528
132	NC_001732	TA	3	6	54054	54059	50 %	50 %	0 %	0 %	50434640
133	NC_001732	TA	3	6	54587	54592	50 %	50 %	0 %	0 %	10954529
134	NC_001732	AG	3	6	55575	55580	50 %	0 %	50 %	0 %	10954529
135	NC_001732	AT	3	6	56071	56076	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_001732	AG	3	6	56114	56119	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
137	NC_001732	TA	4	8	57293	57300	50 %	50 %	0 %	0 %	10954530
138	NC_001732	AT	3	6	57522	57527	50 %	50 %	0 %	0 %	10954531
139	NC_001732	AT	3	6	57881	57886	50 %	50 %	0 %	0 %	10954531
140	NC_001732	TG	3	6	58239	58244	0 %	50 %	50 %	0 %	10954531

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.