MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Listeria monocytogenes J1816

Total Repeats: 166

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021829	ATGCAC	2	12	1964	1975	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_021829	CATGTA	2	12	2056	2067	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_021829	ATTAGG	2	12	36862	36873	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_021829	ATTGTT	2	12	59808	59819	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_021829	TTTCTG	2	12	73460	73471	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_021829	AACCTA	2	12	74017	74028	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_021829	TCTTCC	2	12	98804	98815	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
8	NC_021829	AGTCAA	2	12	108993	109004	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_021829	TTCCAA	2	12	147458	147469	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_021829	TTCTGC	2	12	147522	147533	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_021829	TTCGTT	2	12	195891	195902	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_021829	ATTTTC	2	12	230786	230797	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_021829	TTTCAT	2	12	232918	232929	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_021829	TTGTAA	2	12	241522	241533	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_021829	GATTAC	2	12	241540	241551	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_021829	CTATTT	2	12	248343	248354	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_021829	AAAGTA	2	12	284735	284746	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_021829	ATTTTT	2	12	302958	302969	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_021829	CCTTTT	2	12	346150	346161	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_021829	ATCAAC	2	12	370603	370614	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_021829	TGCTTT	2	12	371679	371690	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_021829	TCTAAT	2	12	381656	381667	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_021829	CCTATA	2	12	409099	409110	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_021829	TAAAAA	2	12	424154	424165	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_021829	CTAAAA	2	12	426313	426324	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_021829	TTATTC	2	12	432005	432016	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_021829	AATGAT	2	12	459084	459095	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_021829	TATGAA	2	12	514431	514442	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_021829	ACTAAC	2	12	515254	515265	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_021829	ACGAAT	2	12	515379	515390	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_021829	CAAGTG	2	12	515490	515501	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_021829	ATCCTT	2	12	518040	518051	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_021829	ACATTT	2	12	572062	572073	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_021829	TTATAG	2	12	620852	620863	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_021829	AATTTA	2	12	622619	622630	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_021829	GTATCC	2	12	666751	666762	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_021829	TTTCTT	2	12	682061	682072	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_021829	TTGTTT	2	12	719981	719992	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_021829	GAAATC	2	12	732861	732872	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_021829	AAACTA	2	12	737490	737501	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_021829	TAAATT	2	12	757418	757429	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_021829	TTTCTC	2	12	764452	764463	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_021829	GTTTCT	2	12	767608	767619	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_021829	TCTATG	2	12	780752	780763	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_021829	CTTTTT	2	12	796439	796450	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_021829	TGTATT	2	12	832509	832520	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_021829	TTTTTA	2	12	836957	836968	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_021829	ATTTCG	2	12	840507	840518	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_021829	TACTTG	2	12	840559	840570	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_021829	TAAAGT	2	12	842323	842334	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_021829	ATATAA	2	12	874965	874976	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_021829	TTGACT	2	12	889750	889761	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_021829	CGCCTA	2	12	891564	891575	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
54	NC_021829	TTTCCT	2	12	893216	893227	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_021829	TTGAAT	2	12	894788	894799	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
56	NC_021829	TTCTGC	2	12	901602	901613	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_021829	CACCGA	2	12	904626	904637	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
58	NC_021829	GTTTTC	2	12	905678	905689	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_021829	TGCTTT	2	12	922491	922502	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_021829	TTTTTA	2	12	958997	959008	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_021829	AACCTG	2	12	987268	987279	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_021829	AATCTG	2	12	1034740	1034751	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_021829	AATATC	2	12	1038257	1038268	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_021829	AGTGAT	2	12	1038316	1038327	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_021829	AAATCA	2	12	1066890	1066901	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_021829	ATCTTT	2	12	1084160	1084171	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_021829	TAAAAG	2	12	1140810	1140821	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_021829	ATACTT	2	12	1192154	1192165	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_021829	TTTTTA	2	12	1193021	1193032	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_021829	ATTGAT	2	12	1193104	1193115	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_021829	GAAAGG	2	12	1308841	1308852	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
72	NC_021829	TTAGAT	2	12	1334753	1334764	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
73	NC_021829	GCGAAA	2	12	1348623	1348634	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_021829	AAGAGG	2	12	1357774	1357785	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
75	NC_021829	ATTCAA	2	12	1410300	1410311	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_021829	AAGGAA	2	12	1411871	1411882	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_021829	TAGGCG	2	12	1413776	1413787	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_021829	GAAAAA	2	12	1453620	1453631	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_021829	TGGGAT	2	12	1469586	1469597	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
80	NC_021829	AAATAA	2	12	1499149	1499160	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_021829	TTCTAA	2	12	1499540	1499551	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_021829	ATTCAA	2	12	1639030	1639041	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_021829	AAGGAA	2	12	1640601	1640612	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
84	NC_021829	TAGGCG	2	12	1642505	1642516	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_021829	AGTATT	2	12	1663297	1663308	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
86	NC_021829	GCGTTA	2	12	1688563	1688574	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_021829	TTTAGG	2	12	1707760	1707771	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_021829	TGCAAC	2	12	1709004	1709015	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_021829	AAGCAA	2	12	1710155	1710166	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_021829	GTCGGC	2	12	1710832	1710843	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_021829	TGATAT	2	12	1711086	1711097	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_021829	ATTGAT	2	12	1717142	1717153	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
93	NC_021829	ACAGAG	2	12	1786999	1787010	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_021829	CAATTT	2	12	1793844	1793855	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_021829	AAAATT	2	12	1800020	1800031	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_021829	TACTTT	2	12	1853021	1853032	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_021829	AATATA	2	12	1857707	1857718	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_021829	TCCGTA	2	12	1862567	1862578	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_021829	ATTAAA	2	12	1884788	1884799	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_021829	AAATAA	2	12	1917342	1917353	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_021829	TTGAAT	2	12	1920629	1920640	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_021829	AGTGAA	2	12	1931359	1931370	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
103	NC_021829	AATTAG	2	12	1950146	1950157	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_021829	GATTTA	2	12	1993511	1993522	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_021829	TTTTAT	2	12	2041513	2041524	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_021829	TGATAT	2	12	2056445	2056456	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
107	NC_021829	ATGTTA	2	12	2071137	2071148	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
108	NC_021829	ATTCCA	2	12	2073365	2073376	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_021829	AAATAA	2	12	2073505	2073516	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_021829	TTACTG	2	12	2075247	2075258	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_021829	TAAAAA	2	12	2076615	2076626	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_021829	GCTTTT	2	12	2077364	2077375	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_021829	CTTTTT	2	12	2083773	2083784	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_021829	TTTTTG	2	12	2087634	2087645	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_021829	GAAAAC	2	12	2105358	2105369	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_021829	AAAATG	2	12	2132522	2132533	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
117	NC_021829	ATAGAG	2	12	2133721	2133732	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_021829	GCATTC	2	12	2136465	2136476	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_021829	CTTTGA	2	12	2136490	2136501	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_021829	TTCTTT	2	12	2153041	2153052	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_021829	ATGAAA	2	12	2199117	2199128	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
122	NC_021829	CCAAAA	2	12	2235936	2235947	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_021829	ATTCAA	2	12	2243889	2243900	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_021829	AAGGAA	2	12	2245460	2245471	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
125	NC_021829	TAGGCG	2	12	2247113	2247124	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_021829	GTATTA	2	12	2280830	2280841	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
127	NC_021829	ATTTAG	2	12	2293438	2293449	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
128	NC_021829	CAAAAT	2	12	2295321	2295332	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_021829	TAAAAA	2	12	2340296	2340307	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_021829	GAAAAC	2	12	2340311	2340322	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_021829	ATTCAA	2	12	2346717	2346728	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
132	NC_021829	AAGGAA	2	12	2348288	2348299	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
133	NC_021829	TAGGCG	2	12	2349941	2349952	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
134	NC_021829	AATAAG	2	12	2353445	2353456	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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140	NC_021829	TATTTT	2	12	2440333	2440344	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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166	NC_021829	TATAAT	2	12	2946063	2946074	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.