MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Listeria monocytogenes strain J1817

Total Repeats: 110

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021827	TTGAAT	2	12	471	482	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021827	GTTTTC	2	12	11364	11375	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_021827	TTTTTA	2	12	64688	64699	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_021827	AACCTG	2	12	92961	92972	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_021827	ATACTT	2	12	297872	297883	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_021827	TTTTTA	2	12	298739	298750	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021827	ATTGAT	2	12	298822	298833	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_021827	GAAAGG	2	12	414564	414575	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021827	TTAGAT	2	12	440476	440487	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021827	AAGAGG	2	12	463501	463512	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_021827	TAAAAA	2	12	506142	506153	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_021827	ATTCAA	2	12	516032	516043	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_021827	AAGGAA	2	12	517603	517614	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_021827	TAGGCG	2	12	519508	519519	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_021827	TGGGAT	2	12	575322	575333	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
16	NC_021827	AAATAA	2	12	604888	604899	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021827	TATTAC	2	12	699519	699530	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_021827	ATTCAA	2	12	744782	744793	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_021827	AAGGAA	2	12	746353	746364	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_021827	TAGGCG	2	12	748257	748268	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_021827	AGTATT	2	12	769050	769061	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_021827	GCGTTA	2	12	794319	794330	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_021827	ATTGAT	2	12	822899	822910	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_021827	ACAGAG	2	12	892759	892770	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_021827	CAATTT	2	12	899604	899615	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_021827	AAAATT	2	12	905780	905791	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_021827	TACTTT	2	12	958783	958794	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_021827	AATATA	2	12	963469	963480	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_021827	ATTAAA	2	12	990556	990567	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_021827	AAATAA	2	12	1023111	1023122	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_021827	TTGAAT	2	12	1026398	1026409	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_021827	AGTGAA	2	12	1037128	1037139	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_021827	TTTTAT	2	12	1147290	1147301	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_021827	TGATAT	2	12	1162224	1162235	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_021827	TAAAAA	2	12	1182395	1182406	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_021827	GCTTTT	2	12	1183144	1183155	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_021827	CTTTTT	2	12	1189553	1189564	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_021827	TTTTTG	2	12	1193414	1193425	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_021827	GAAAAC	2	12	1211138	1211149	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_021827	AAAATG	2	12	1238306	1238317	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_021827	ATAGAG	2	12	1239505	1239516	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_021827	TTCTTT	2	12	1258828	1258839	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_021827	CCAAAA	2	12	1341727	1341738	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_021827	ATTCAA	2	12	1349680	1349691	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_021827	AAGGAA	2	12	1351251	1351262	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
46	NC_021827	TAGGCG	2	12	1352904	1352915	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_021827	ATTCAA	2	12	1452521	1452532	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_021827	AAGGAA	2	12	1454092	1454103	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_021827	TAGGCG	2	12	1455745	1455756	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_021827	AATAAG	2	12	1459249	1459260	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_021827	AAAGCG	2	12	1522935	1522946	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_021827	TTTTTA	2	12	1545242	1545253	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_021827	TATTTT	2	12	1546153	1546164	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_021827	CTTATT	2	12	1560247	1560258	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_021827	TAATGA	2	12	1576127	1576138	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
56	NC_021827	TATTTT	2	12	1596987	1596998	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_021827	GAAGAG	2	12	1612450	1612461	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
58	NC_021827	GAAATA	2	12	1628284	1628295	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_021827	ACTTTT	2	12	1711351	1711362	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_021827	ATGATT	2	12	1759229	1759240	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_021827	TTGTAC	2	12	1792591	1792602	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_021827	TAAAAA	2	12	1820875	1820886	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_021827	AAATTA	2	12	1834138	1834149	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_021827	ATTAAT	2	12	1905884	1905895	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_021827	TACTTA	2	12	1922078	1922089	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_021827	TTTAAA	2	12	1933880	1933891	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_021827	ATAAAA	2	12	1969575	1969586	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_021827	AAAAAG	2	12	2001221	2001232	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_021827	ACTAAA	2	12	2039570	2039581	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_021827	TTATTT	2	12	2043447	2043458	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_021827	AATTAA	2	12	2046459	2046470	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_021827	ATGCAC	2	12	2055239	2055250	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_021827	CATGTA	2	12	2055331	2055342	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_021827	ATTGTT	2	12	2113090	2113101	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_021827	TCTTCC	2	12	2152091	2152102	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
76	NC_021827	AGTCAA	2	12	2162280	2162291	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_021827	TTCGTT	2	12	2249186	2249197	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_021827	TTTCAT	2	12	2286216	2286227	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_021827	TTGTAA	2	12	2294820	2294831	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
80	NC_021827	GATTAC	2	12	2294838	2294849	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_021827	CTATTT	2	12	2301641	2301652	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_021827	AAAGTA	2	12	2338041	2338052	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_021827	ATTTTT	2	12	2356265	2356276	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_021827	CCTTTT	2	12	2399463	2399474	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_021827	ATCAAC	2	12	2423917	2423928	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_021827	TCTAAT	2	12	2434973	2434984	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_021827	CCTATA	2	12	2462420	2462431	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_021827	TAAAAA	2	12	2477477	2477488	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_021827	CTAAAA	2	12	2479636	2479647	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_021827	TTATTC	2	12	2485330	2485341	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_021827	AATGAT	2	12	2512413	2512424	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_021827	ATCCTT	2	12	2571378	2571389	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_021827	ACATTT	2	12	2625402	2625413	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_021827	TTATAG	2	12	2674194	2674205	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_021827	AATTTA	2	12	2675962	2675973	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_021827	TTTCTT	2	12	2735412	2735423	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_021827	TTGTTT	2	12	2773335	2773346	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_021827	AAACTA	2	12	2790847	2790858	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_021827	TAAATT	2	12	2810776	2810787	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_021827	TCTATG	2	12	2834114	2834125	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_021827	TGTATT	2	12	2885878	2885889	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_021827	TTTTTA	2	12	2890327	2890338	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_021827	TAAAGT	2	12	2895695	2895706	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_021827	ATATAA	2	12	2928340	2928351	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_021827	TTGACT	2	12	2943126	2943137	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_021827	CGCCTA	2	12	2944940	2944951	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
107	NC_021827	TTTCCT	2	12	2946592	2946603	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_021827	TTGAAT	2	12	2948164	2948175	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
109	NC_021827	CGCCTA	2	12	2950959	2950970	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
110	NC_021827	TTTCCT	2	12	2952612	2952623	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.