MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Listeria monocytogenes strain J1817

Total Repeats: 352

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021827	AATTA	2	10	535	544	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021827	CTATT	2	10	2420	2429	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
3	NC_021827	AAGAA	2	10	6068	6077	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_021827	CGGCT	2	10	14047	14056	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
5	NC_021827	CACTC	2	10	22224	22233	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
6	NC_021827	TTATA	2	10	30353	30362	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021827	TTTTG	2	10	38099	38108	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_021827	GACAA	2	10	38465	38474	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
9	NC_021827	TCTAT	2	10	43989	43998	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_021827	TACAA	2	10	64666	64675	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_021827	CATAT	2	10	76779	76788	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_021827	TTCTA	2	10	77862	77871	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_021827	CTTAT	2	10	83758	83767	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_021827	TCATA	2	10	89638	89647	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_021827	ACTTT	2	10	109173	109182	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_021827	AGTAA	2	10	111414	111423	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021827	TCTCT	2	10	112853	112862	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
18	NC_021827	TATGA	2	10	123676	123685	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_021827	TTGTT	2	10	126546	126555	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_021827	AATAA	2	10	145624	145633	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_021827	CACTA	2	10	154896	154905	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
22	NC_021827	TTTTA	2	10	155182	155191	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_021827	CATAA	2	10	181386	181395	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_021827	ACCAT	2	10	186631	186640	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
25	NC_021827	CTTTT	2	10	188846	188855	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_021827	CAAGT	2	10	188882	188891	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_021827	AATAG	2	10	204183	204192	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_021827	CCTTT	2	10	204679	204688	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
29	NC_021827	CATTT	2	10	216238	216247	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_021827	TAATA	2	10	224465	224474	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_021827	ATGTA	2	10	242052	242061	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_021827	ATATG	2	10	243041	243050	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_021827	AAACC	2	10	297930	297939	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
34	NC_021827	GGTTT	2	10	306369	306378	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
35	NC_021827	TAGAA	2	10	307385	307394	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_021827	TAAAA	2	10	319544	319553	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_021827	GTTAA	2	10	321044	321053	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_021827	AATAT	2	10	365193	365202	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_021827	ATTTT	2	10	377357	377366	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_021827	TAATT	2	10	378031	378040	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_021827	CTATA	2	10	383275	383284	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_021827	ATCCA	2	10	389462	389471	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
43	NC_021827	TAGCC	2	10	398358	398367	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
44	NC_021827	AAAAG	2	10	399967	399976	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_021827	GTTTG	2	10	406632	406641	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
46	NC_021827	TTTTA	2	10	407626	407635	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_021827	TTTAA	2	10	415790	415799	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_021827	TGATG	2	10	435866	435875	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
49	NC_021827	ATTTT	2	10	454584	454593	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_021827	AAAAT	2	10	473381	473390	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_021827	TCTAA	2	10	473476	473485	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_021827	TTGTA	2	10	473697	473706	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_021827	TTAGT	2	10	489494	489503	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_021827	CAAAG	2	10	501763	501772	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
55	NC_021827	AGCAT	2	10	502155	502164	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
56	NC_021827	ACGCT	2	10	502948	502957	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
57	NC_021827	GTTAT	2	10	504491	504500	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_021827	AATTT	2	10	506087	506096	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_021827	TTAAA	2	10	506160	506169	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_021827	CTATT	2	10	509916	509925	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_021827	GTTTT	2	10	509998	510007	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_021827	CCTTG	2	10	511541	511550	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
63	NC_021827	AACGA	2	10	511587	511596	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
64	NC_021827	TAATT	2	10	515970	515979	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_021827	CATGC	2	10	516244	516253	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
66	NC_021827	TCGTG	2	10	517129	517138	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
67	NC_021827	AAGGT	2	10	518849	518858	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
68	NC_021827	GGGTG	2	10	521544	521553	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
69	NC_021827	TAAAA	2	10	524952	524961	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_021827	TATAA	2	10	525367	525376	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_021827	ATGAT	2	10	537307	537316	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_021827	TATAA	2	10	546473	546482	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_021827	ATAAA	2	10	549634	549643	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_021827	GACTT	2	10	549644	549653	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
75	NC_021827	TATTT	2	10	549673	549682	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_021827	GTTAT	2	10	556386	556395	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_021827	CTTTC	2	10	563507	563516	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
78	NC_021827	CAAAC	2	10	575361	575370	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
79	NC_021827	TTTTA	2	10	593170	593179	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_021827	AAAGC	2	10	593184	593193	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
81	NC_021827	TTGTT	2	10	595182	595191	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_021827	ATGGT	2	10	606205	606214	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
83	NC_021827	TATGA	2	10	607654	607663	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_021827	AAGAT	2	10	610406	610415	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_021827	TATTT	2	10	613035	613044	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_021827	TTTCC	2	10	618372	618381	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
87	NC_021827	ATAAA	2	10	620389	620398	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_021827	TTTGC	2	10	620526	620535	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
89	NC_021827	TAAAA	2	10	647669	647678	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_021827	TTCAT	2	10	660499	660508	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_021827	AAAAC	2	10	679116	679125	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_021827	AAATA	2	10	687680	687689	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_021827	CTTAT	2	10	687697	687706	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_021827	GTTAC	2	10	702031	702040	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
95	NC_021827	AAATA	2	10	702144	702153	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_021827	TGTTT	2	10	707987	707996	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_021827	CATAA	2	10	710203	710212	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_021827	AAATT	2	10	715534	715543	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_021827	AACTT	2	10	733378	733387	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_021827	TAATT	2	10	744720	744729	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_021827	TCGTG	2	10	745879	745888	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
102	NC_021827	AAGGT	2	10	747598	747607	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
103	NC_021827	ATTAA	2	10	751602	751611	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_021827	TTTTC	2	10	763016	763025	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_021827	TATAG	2	10	769113	769122	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_021827	GAAGT	2	10	784556	784565	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
107	NC_021827	AAAAT	2	10	802347	802356	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_021827	TATGT	2	10	834631	834640	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_021827	TATAT	2	10	846480	846489	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_021827	TCTCC	2	10	861426	861435	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
111	NC_021827	CATAA	2	10	879197	879206	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_021827	ACTCC	2	10	880346	880355	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
113	NC_021827	TTTAA	2	10	880834	880843	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_021827	TAAGA	2	10	906549	906558	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_021827	ATTTT	2	10	913629	913638	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_021827	ACAAA	2	10	921369	921378	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
117	NC_021827	TTATT	2	10	942079	942088	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_021827	ACAAT	2	10	963531	963540	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_021827	TTTTC	2	10	964336	964345	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
120	NC_021827	GATAC	2	10	964542	964551	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
121	NC_021827	TAGTG	2	10	967647	967656	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
122	NC_021827	GTTTT	2	10	973984	973993	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
123	NC_021827	AAATT	2	10	975537	975546	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_021827	CTTTA	2	10	980299	980308	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_021827	TTAGT	2	10	998716	998725	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_021827	TATAG	2	10	1031789	1031798	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_021827	ATGCT	2	10	1032655	1032664	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
128	NC_021827	ATAAA	2	10	1062188	1062197	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_021827	AGTAA	2	10	1065413	1065422	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
130	NC_021827	GAATT	2	10	1066658	1066667	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
131	NC_021827	TGAAG	2	10	1072476	1072485	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
132	NC_021827	ATCGT	2	10	1078599	1078608	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
133	NC_021827	AGATA	2	10	1083262	1083271	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
134	NC_021827	AAAAG	2	10	1113734	1113743	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
135	NC_021827	AATTT	2	10	1134776	1134785	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_021827	AGCAA	2	10	1142766	1142775	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
137	NC_021827	ATGTT	2	10	1147099	1147108	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
138	NC_021827	GTTTG	2	10	1150746	1150755	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
139	NC_021827	GTTAT	2	10	1155882	1155891	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
140	NC_021827	AAGGT	2	10	1161119	1161128	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
141	NC_021827	ATTTA	2	10	1175090	1175099	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_021827	AATGA	2	10	1182453	1182462	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
143	NC_021827	GACAA	2	10	1182658	1182667	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
144	NC_021827	GCTAG	2	10	1193828	1193837	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
145	NC_021827	AAATT	2	10	1193933	1193942	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_021827	TAAAG	2	10	1207434	1207443	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
147	NC_021827	TATTC	2	10	1213950	1213959	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
148	NC_021827	CTATG	2	10	1238440	1238449	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
149	NC_021827	CTTTA	2	10	1249415	1249424	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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161	NC_021827	TATTT	2	10	1343362	1343371	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
162	NC_021827	TAATT	2	10	1349618	1349627	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_021827	TCGTG	2	10	1350777	1350786	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
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283	NC_021827	AAAAG	2	10	2412959	2412968	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
284	NC_021827	TACAT	2	10	2422986	2422995	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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344	NC_021827	ATCTA	2	10	2862152	2862161	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
345	NC_021827	AAAAT	2	10	2864577	2864586	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
346	NC_021827	AAGCC	2	10	2896964	2896973	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
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351	NC_021827	TTACC	2	10	2951618	2951627	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.