MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Listeria monocytogenes N53-1 complete genome

Total Repeats: 483

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020558	TACAT	2	10	291	300	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_020558	TAATT	2	10	20207	20216	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020558	GAAAA	2	10	32883	32892	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020558	GACTT	2	10	47092	47101	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_020558	ATGGT	2	10	49344	49353	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020558	TAAAA	2	10	52383	52392	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020558	TGCTA	2	10	52557	52566	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
8	NC_020558	TTTTA	2	10	52725	52734	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020558	TTATG	2	10	54580	54589	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_020558	TTTTA	2	10	58492	58501	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020558	GCGCT	2	10	77266	77275	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
12	NC_020558	ATTTT	2	10	80618	80627	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020558	AAGTT	2	10	83147	83156	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020558	ATATC	2	10	100947	100956	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_020558	TACTG	2	10	113205	113214	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
16	NC_020558	AAAGT	2	10	115430	115439	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020558	GAAAG	2	10	131476	131485	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020558	ACGGC	2	10	136728	136737	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
19	NC_020558	TTTAA	2	10	136800	136809	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020558	GATAA	2	10	137149	137158	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020558	AATAA	2	10	138255	138264	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020558	ATATG	2	10	144074	144083	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020558	CTAAA	2	10	155002	155011	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_020558	ACAAA	2	10	159897	159906	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_020558	ACTTT	2	10	161167	161176	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_020558	ATAGA	2	10	180903	180912	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020558	TTGTC	2	10	186421	186430	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_020558	ACAAA	2	10	186786	186795	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_020558	AAAAC	2	10	192467	192476	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_020558	ATATA	2	10	194518	194527	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020558	ACAAA	2	10	202498	202507	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_020558	GAGTG	2	10	202577	202586	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020558	AGCCG	2	10	210698	210707	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
34	NC_020558	GAAAA	2	10	218822	218831	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020558	GAAAA	2	10	219025	219034	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020558	GAAAA	2	10	219228	219237	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020558	AAACA	2	10	219321	219330	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_020558	GAATA	2	10	222284	222293	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020558	AAATT	2	10	223970	223979	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020558	TAATT	2	10	224171	224180	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020558	TCGTG	2	10	225311	225320	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
42	NC_020558	AAGGT	2	10	226779	226788	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020558	TAATT	2	10	230172	230181	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020558	TCGTG	2	10	231331	231340	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
45	NC_020558	AAGGT	2	10	232799	232808	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020558	GGCAT	2	10	249773	249782	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
47	NC_020558	TCGTA	2	10	254698	254707	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
48	NC_020558	TATTT	2	10	257125	257134	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020558	GCTTG	2	10	259023	259032	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
50	NC_020558	ACGTG	2	10	260024	260033	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
51	NC_020558	AGTGA	2	10	265889	265898	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020558	GAAAC	2	10	272014	272023	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
53	NC_020558	ACTAA	2	10	272225	272234	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_020558	AAAGA	2	10	278914	278923	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020558	AGTTA	2	10	283059	283068	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020558	ATTCG	2	10	301019	301028	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
57	NC_020558	ATTTG	2	10	303636	303645	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020558	TAGAT	2	10	303676	303685	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020558	TTTGA	2	10	304785	304794	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020558	GTTTT	2	10	304796	304805	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020558	TATTT	2	10	310846	310855	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020558	ACGGG	2	10	313975	313984	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
63	NC_020558	ATTGT	2	10	319951	319960	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_020558	AAAAT	2	10	329146	329155	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020558	ATAGA	2	10	330781	330790	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020558	TCCAA	2	10	331436	331445	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
67	NC_020558	AACTT	2	10	331667	331676	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_020558	GTGAT	2	10	352981	352990	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020558	TAAAA	2	10	358576	358585	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020558	GAAAT	2	10	362534	362543	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020558	TGGTT	2	10	370958	370967	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
72	NC_020558	ATTTT	2	10	373339	373348	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020558	AAATT	2	10	375184	375193	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020558	TAAAC	2	10	380427	380436	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_020558	GACGG	2	10	390258	390267	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
76	NC_020558	AATCG	2	10	396619	396628	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
77	NC_020558	AGCTA	2	10	401620	401629	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
78	NC_020558	CTGGT	2	10	401707	401716	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
79	NC_020558	TGAGG	2	10	402834	402843	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020558	ATGAA	2	10	409675	409684	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020558	GGAAA	2	10	410268	410277	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020558	CGGAA	2	10	416008	416017	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
83	NC_020558	CTATT	2	10	424831	424840	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_020558	TTAAA	2	10	427917	427926	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020558	CAAAG	2	10	429659	429668	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
86	NC_020558	CACTT	2	10	430346	430355	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
87	NC_020558	TAATT	2	10	430568	430577	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020558	CTTAT	2	10	430974	430983	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_020558	GAATA	2	10	432772	432781	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020558	GAACA	2	10	432927	432936	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
91	NC_020558	TAAAG	2	10	437584	437593	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020558	TTTCT	2	10	444002	444011	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_020558	CTGAA	2	10	445113	445122	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
94	NC_020558	CAAGA	2	10	455811	455820	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
95	NC_020558	ATAGT	2	10	456877	456886	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020558	CATTC	2	10	458318	458327	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
97	NC_020558	TTATT	2	10	458428	458437	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020558	CTATG	2	10	458594	458603	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
99	NC_020558	ATACA	2	10	464199	464208	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_020558	CAATC	2	10	464705	464714	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
101	NC_020558	GACAT	2	10	469622	469631	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
102	NC_020558	ATAAA	2	10	473016	473025	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020558	AAACA	2	10	487525	487534	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_020558	TATAG	2	10	497140	497149	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020558	GAAAA	2	10	502703	502712	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020558	GCGGG	2	10	515520	515529	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
107	NC_020558	CGATG	2	10	515533	515542	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
108	NC_020558	AATTA	2	10	516641	516650	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020558	AAAAC	2	10	523823	523832	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
110	NC_020558	AAGAA	2	10	529769	529778	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_020558	CTATG	2	10	531216	531225	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
112	NC_020558	AAAGA	2	10	536616	536625	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_020558	ATAAA	2	10	551283	551292	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020558	AATCA	2	10	555145	555154	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
115	NC_020558	ATTGA	2	10	563115	563124	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020558	TTTAA	2	10	565725	565734	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_020558	ATTAA	2	10	575750	575759	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_020558	AACCA	2	10	582080	582089	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
119	NC_020558	GGCTC	2	10	585758	585767	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
120	NC_020558	TAAAA	2	10	599039	599048	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020558	GAAAT	2	10	606646	606655	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020558	ATCAA	2	10	615128	615137	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
123	NC_020558	TGGAA	2	10	632521	632530	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020558	TTACT	2	10	638387	638396	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_020558	ATTTT	2	10	644345	644354	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_020558	TATTT	2	10	660000	660009	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_020558	AGAGA	2	10	660151	660160	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
128	NC_020558	CTTTT	2	10	661126	661135	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_020558	AGCAG	2	10	682597	682606	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
130	NC_020558	TACTT	2	10	682713	682722	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NC_020558	CGATT	2	10	686659	686668	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
132	NC_020558	AACTA	2	10	688008	688017	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_020558	ACCAA	2	10	692157	692166	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
134	NC_020558	TCTAA	2	10	697142	697151	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_020558	TAAAA	2	10	712020	712029	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_020558	TATTT	2	10	718280	718289	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_020558	CTTTT	2	10	718377	718386	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_020558	TAGTT	2	10	718390	718399	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
139	NC_020558	TGAAA	2	10	737064	737073	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
140	NC_020558	ATAGA	2	10	739001	739010	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
141	NC_020558	TTACG	2	10	750594	750603	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
142	NC_020558	AATTC	2	10	753491	753500	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
143	NC_020558	ATTTT	2	10	769593	769602	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_020558	GTATA	2	10	772848	772857	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
145	NC_020558	AATTA	2	10	773469	773478	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_020558	AAAAT	2	10	778235	778244	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_020558	ATTTT	2	10	780600	780609	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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471	NC_020558	GGGCT	2	10	2626757	2626766	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
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473	NC_020558	TATAG	2	10	2641420	2641429	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
474	NC_020558	GAATA	2	10	2642414	2642423	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
475	NC_020558	TATAT	2	10	2659277	2659286	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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477	NC_020558	AAATC	2	10	2715312	2715321	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
478	NC_020558	AACCA	2	10	2724732	2724741	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
479	NC_020558	GCCCG	2	10	2732421	2732430	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
480	NC_020558	CACTC	2	10	2733854	2733863	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
481	NC_020558	AAATT	2	10	2743690	2743699	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
482	NC_020558	GTCTT	2	10	2748071	2748080	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
483	NC_020558	TATCA	2	10	2776146	2776155	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.