MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Listeria monocytogenes La111 complete genome

Total Repeats: 460

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020557	TACAT	2	10	291	300	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_020557	GAAAA	2	10	32859	32868	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020557	GACTT	2	10	47068	47077	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_020557	ATGGT	2	10	49320	49329	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020557	TAAAA	2	10	52359	52368	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020557	TGCTA	2	10	52533	52542	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
7	NC_020557	TTTTA	2	10	52701	52710	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020557	TTATG	2	10	54556	54565	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020557	TTTTA	2	10	58461	58470	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_020557	ATTTT	2	10	80639	80648	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020557	AAGTT	2	10	83177	83186	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_020557	ATATC	2	10	100977	100986	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_020557	TACTG	2	10	113232	113241	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
14	NC_020557	AAAGT	2	10	115457	115466	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_020557	ACGGC	2	10	136689	136698	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
16	NC_020557	TTTAA	2	10	136761	136770	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020557	GATAA	2	10	137110	137119	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020557	AATAA	2	10	138216	138225	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020557	ATATG	2	10	144041	144050	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020557	CTAAA	2	10	154969	154978	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_020557	ACAAA	2	10	159864	159873	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_020557	ATAGA	2	10	180883	180892	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020557	TTGTC	2	10	186401	186410	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_020557	ACAAA	2	10	186766	186775	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_020557	AAAAC	2	10	192447	192456	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_020557	ATATA	2	10	194498	194507	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020557	ACAAA	2	10	202508	202517	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_020557	GAGTG	2	10	202587	202596	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020557	AGCCG	2	10	210719	210728	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
30	NC_020557	GAAAA	2	10	218843	218852	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020557	GAAAA	2	10	219046	219055	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020557	GAAAA	2	10	219249	219258	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020557	AAACA	2	10	219342	219351	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_020557	GAATA	2	10	222305	222314	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020557	AAATT	2	10	223991	224000	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020557	TAATT	2	10	224192	224201	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020557	TCGTG	2	10	225350	225359	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
38	NC_020557	AAGGT	2	10	226818	226827	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020557	TAATT	2	10	230208	230217	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020557	TCGTG	2	10	231367	231376	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
41	NC_020557	AAGGT	2	10	232834	232843	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020557	GGCAT	2	10	249785	249794	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
43	NC_020557	TCGTA	2	10	254707	254716	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_020557	TATTT	2	10	257139	257148	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020557	GCTTG	2	10	259061	259070	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
46	NC_020557	ACGTG	2	10	260062	260071	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
47	NC_020557	AGTGA	2	10	265924	265933	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020557	GAAAC	2	10	272083	272092	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
49	NC_020557	ACTAA	2	10	272296	272305	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
50	NC_020557	AAAGA	2	10	279009	279018	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020557	ATTCG	2	10	301157	301166	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
52	NC_020557	ATTTG	2	10	303783	303792	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020557	TAGAT	2	10	303823	303832	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020557	TTTGA	2	10	304932	304941	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020557	GTTTT	2	10	304943	304952	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020557	TATTT	2	10	310994	311003	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020557	TGCGA	2	10	313882	313891	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
58	NC_020557	ACGGG	2	10	314113	314122	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
59	NC_020557	ATTGT	2	10	320119	320128	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020557	AAAAT	2	10	329271	329280	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020557	ATAGA	2	10	330885	330894	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020557	TCCAA	2	10	331540	331549	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
63	NC_020557	AACTT	2	10	331771	331780	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_020557	GTGAT	2	10	353096	353105	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020557	TAAAA	2	10	358695	358704	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020557	ATTTT	2	10	373398	373407	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020557	AAATT	2	10	375271	375280	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020557	TAAAC	2	10	380527	380536	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_020557	AGCTA	2	10	401732	401741	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
70	NC_020557	CTGGT	2	10	401819	401828	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
71	NC_020557	TGAGG	2	10	402946	402955	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
72	NC_020557	ATGAA	2	10	409772	409781	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020557	GGAAA	2	10	410365	410374	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020557	CGGAA	2	10	416141	416150	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
75	NC_020557	CTATT	2	10	424960	424969	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_020557	TTAAA	2	10	428047	428056	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_020557	CAAAG	2	10	429789	429798	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
78	NC_020557	CACTT	2	10	430476	430485	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
79	NC_020557	TAATT	2	10	430698	430707	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020557	CTTAT	2	10	431104	431113	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_020557	TAAAG	2	10	437764	437773	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020557	TTTCT	2	10	444214	444223	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_020557	CTGAA	2	10	445332	445341	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
84	NC_020557	CAAGA	2	10	456027	456036	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
85	NC_020557	ATAGT	2	10	457099	457108	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020557	CATTC	2	10	458597	458606	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
87	NC_020557	TTATT	2	10	458707	458716	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020557	CTATG	2	10	458873	458882	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
89	NC_020557	ATACA	2	10	464444	464453	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_020557	CAATC	2	10	464950	464959	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
91	NC_020557	AGAAA	2	10	466725	466734	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020557	TTGTT	2	10	466821	466830	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020557	GACAT	2	10	469861	469870	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
94	NC_020557	ATAAA	2	10	473256	473265	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020557	AAACA	2	10	487744	487753	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_020557	TATAG	2	10	497373	497382	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020557	GAAAA	2	10	502944	502953	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020557	GCGGG	2	10	515699	515708	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
99	NC_020557	CGATG	2	10	515712	515721	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
100	NC_020557	AAAAC	2	10	524039	524048	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
101	NC_020557	AAGAA	2	10	529988	529997	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_020557	CTATG	2	10	531435	531444	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
103	NC_020557	AAAGA	2	10	536836	536845	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020557	ATTTT	2	10	542568	542577	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020557	ATAAA	2	10	551479	551488	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020557	AATCA	2	10	555360	555369	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_020557	ATTGA	2	10	563328	563337	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020557	ATTAA	2	10	576030	576039	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020557	AACCA	2	10	582360	582369	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
110	NC_020557	TAAAA	2	10	599313	599322	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_020557	GAAAT	2	10	606920	606929	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_020557	ATCAA	2	10	615396	615405	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
113	NC_020557	TGGAA	2	10	632809	632818	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020557	TTACT	2	10	638666	638675	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
115	NC_020557	ATTTT	2	10	644623	644632	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020557	TATTT	2	10	660270	660279	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_020557	AGAGA	2	10	660421	660430	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
118	NC_020557	CTTTT	2	10	661396	661405	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_020557	AGCAG	2	10	682846	682855	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
120	NC_020557	TACTT	2	10	682962	682971	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
121	NC_020557	ACCAA	2	10	692378	692387	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
122	NC_020557	TCTAA	2	10	697363	697372	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
123	NC_020557	TAAAA	2	10	712241	712250	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020557	TATTT	2	10	718489	718498	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020557	CTTTT	2	10	718586	718595	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
126	NC_020557	TAGTT	2	10	718599	718608	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_020557	GAATT	2	10	719350	719359	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_020557	TGAAA	2	10	737334	737343	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
129	NC_020557	ATAGA	2	10	739263	739272	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020557	AATTC	2	10	753770	753779	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NC_020557	TTAAA	2	10	753960	753969	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_020557	GTATA	2	10	773086	773095	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
133	NC_020557	AATTA	2	10	773707	773716	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_020557	AAAAT	2	10	778458	778467	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_020557	ATTTT	2	10	780839	780848	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_020557	AGGAA	2	10	796485	796494	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
137	NC_020557	GGAAA	2	10	802201	802210	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
138	NC_020557	TACAA	2	10	811016	811025	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
139	NC_020557	AGAAA	2	10	814843	814852	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
140	NC_020557	ATAGA	2	10	816669	816678	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
141	NC_020557	ATCTT	2	10	817849	817858	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
142	NC_020557	AATGT	2	10	829560	829569	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
143	NC_020557	TTATA	2	10	852061	852070	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_020557	ACGGG	2	10	854187	854196	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
145	NC_020557	GAAAG	2	10	867670	867679	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
146	NC_020557	TTTTA	2	10	868122	868131	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_020557	ATAGA	2	10	872034	872043	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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156	NC_020557	AGAAA	2	10	916498	916507	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
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428	NC_020557	CTAAT	2	10	2536159	2536168	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
429	NC_020557	TTAAT	2	10	2547170	2547179	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
430	NC_020557	TACAA	2	10	2551953	2551962	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
431	NC_020557	TTAGA	2	10	2552174	2552183	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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434	NC_020557	TATAA	2	10	2573735	2573744	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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437	NC_020557	AGCAC	2	10	2601976	2601985	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
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442	NC_020557	TTTCC	2	10	2610993	2611002	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
443	NC_020557	TAAAA	2	10	2617272	2617281	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
444	NC_020557	AGCGA	2	10	2620267	2620276	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
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455	NC_020557	AAATC	2	10	2714914	2714923	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
456	NC_020557	AACCA	2	10	2724351	2724360	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
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459	NC_020557	AAATT	2	10	2743360	2743369	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
460	NC_020557	TATCA	2	10	2775816	2775825	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.