MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Lawsonia intracellularis N343 plasmid 3

Total Repeats: 73

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020130	CTTAT	2	10	58	67	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_020130	ATACA	2	10	313	322	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
3	NC_020130	TAGAA	2	10	5748	5757	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020130	GTTTT	2	10	10390	10399	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020130	ATTAT	2	10	16332	16341	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020130	TATAT	2	10	16459	16468	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020130	TTATA	2	10	16520	16529	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020130	ATAGA	2	10	19991	20000	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020130	AACTA	2	10	23018	23027	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_020130	TCTTT	2	10	27303	27312	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_020130	AGTAA	2	10	28849	28858	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_020130	TTTTC	2	10	29232	29241	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_020130	TAAAA	2	10	29650	29659	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020130	ATTAT	2	10	36114	36123	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_020130	CAAAA	2	10	36600	36609	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_020130	AAAGA	2	10	36772	36781	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020130	ACCCC	2	10	37390	37399	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
18	NC_020130	AAAAT	2	10	37452	37461	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020130	ATGTT	2	10	41191	41200	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020130	GTAAA	2	10	52006	52015	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020130	ATAAA	2	10	55664	55673	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020130	GAAAA	2	10	58107	58116	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020130	ATATT	2	10	58326	58335	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020130	TTTCT	2	10	59062	59071	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_020130	TAAAA	2	10	60193	60202	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020130	TATAT	2	10	62882	62891	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020130	TATAT	2	10	69931	69940	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_020130	ATACA	2	10	70207	70216	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_020130	AATTA	2	10	72927	72936	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020130	ATTTT	2	10	73322	73331	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020130	TAGAT	2	10	75970	75979	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020130	TTAAA	2	10	80962	80971	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020130	TAAAA	2	10	83854	83863	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_020130	AAGAA	2	10	83947	83956	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020130	AGATA	2	10	83960	83969	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020130	AATAA	2	10	84323	84332	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020130	ATGTT	2	10	89027	89036	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020130	TAAAA	2	10	93582	93591	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020130	TATAA	2	10	98105	98114	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020130	TTAAA	2	10	98352	98361	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020130	AAAGT	2	10	98963	98972	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020130	ACTAT	2	10	101703	101712	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_020130	AGATA	2	10	105344	105353	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020130	AAAAT	2	10	105388	105397	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020130	AAAAT	2	10	105607	105616	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020130	TTATG	2	10	107453	107462	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020130	CTATA	2	10	107874	107883	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_020130	TCTTT	2	10	117175	117184	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_020130	ATTTT	2	10	121046	121055	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020130	ATATT	2	10	121073	121082	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020130	GTTTT	2	10	127871	127880	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020130	TAGGT	2	10	127926	127935	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020130	ATAGT	2	10	129013	129022	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020130	TTGTG	2	10	129090	129099	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020130	TTTTG	2	10	129717	129726	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020130	TGGGG	2	10	132208	132217	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020130	ATATT	2	10	132320	132329	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020130	TTATA	2	10	136321	136330	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020130	TAATG	2	10	136361	136370	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020130	TATAT	2	10	139804	139813	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020130	ATATA	2	10	139850	139859	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020130	TATAA	2	10	139925	139934	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020130	TTTTA	2	10	145471	145480	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_020130	TTATT	3	15	148267	148281	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020130	ATACC	2	10	181838	181847	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
66	NC_020130	TATAT	2	10	182015	182024	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020130	GGAGA	2	10	183509	183518	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020130	TTTAA	2	10	183644	183653	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020130	AGCAT	2	10	185738	185747	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
70	NC_020130	TTTTA	2	10	187870	187879	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020130	TAAAG	2	10	190061	190070	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_020130	TTCTT	2	10	190289	190298	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_020130	CTTAT	2	10	194577	194586	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.