MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Non-Coding Repeats of Lawsonia intracellularis N343 plasmid 2

Total Repeats: 210

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020129	ATT	2	6	74	79	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020129	ATT	2	6	81	86	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020129	CTT	2	6	101	106	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_020129	TAA	2	6	109	114	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020129	AGA	2	6	159	164	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020129	ATA	2	6	209	214	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020129	TAA	2	6	232	237	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020129	ATA	2	6	238	243	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020129	AGT	2	6	245	250	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_020129	AAC	2	6	343	348	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_020129	ATA	2	6	1293	1298	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_020129	TAT	2	6	1304	1309	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020129	AAT	2	6	1369	1374	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020129	AAT	2	6	1401	1406	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_020129	ATA	3	9	1449	1457	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020129	TAT	2	6	1604	1609	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020129	ATT	2	6	1659	1664	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020129	ATT	2	6	1679	1684	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020129	TAA	2	6	1802	1807	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020129	TAA	2	6	2002	2007	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020129	TAA	2	6	2238	2243	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020129	ATT	2	6	2590	2595	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020129	TTA	2	6	2622	2627	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020129	TAA	2	6	2639	2644	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020129	TCC	2	6	2735	2740	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
26	NC_020129	AAT	2	6	2770	2775	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020129	GTC	2	6	2776	2781	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_020129	AAT	2	6	2782	2787	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020129	TAC	2	6	3886	3891	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_020129	ATA	2	6	3896	3901	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020129	TTA	2	6	3928	3933	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020129	ATT	2	6	4112	4117	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020129	AGA	2	6	4248	4253	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_020129	AAT	2	6	4254	4259	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020129	TAT	2	6	4293	4298	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020129	TCT	2	6	4369	4374	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_020129	TTA	2	6	4383	4388	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020129	TAA	2	6	4449	4454	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020129	TAA	2	6	4487	4492	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020129	TTA	2	6	4616	4621	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020129	TAT	2	6	4644	4649	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020129	TTA	2	6	4652	4657	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020129	TAA	2	6	4660	4665	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020129	TAT	2	6	4716	4721	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020129	GAT	2	6	4822	4827	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020129	ATT	2	6	4850	4855	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020129	AGA	3	9	4866	4874	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020129	GAA	2	6	4876	4881	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020129	TTA	2	6	4989	4994	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020129	TAG	2	6	5003	5008	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020129	ATA	2	6	5060	5065	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020129	ATA	2	6	5075	5080	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020129	TTA	2	6	5084	5089	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020129	AGA	2	6	7945	7950	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020129	TAA	2	6	7972	7977	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020129	TTA	2	6	8012	8017	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020129	TAA	2	6	8175	8180	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020129	TAA	2	6	8189	8194	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020129	ATT	2	6	8235	8240	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020129	AAT	2	6	8326	8331	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020129	TCT	2	6	8338	8343	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_020129	TAT	2	6	9538	9543	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020129	TAA	2	6	9550	9555	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_020129	TTA	2	6	9584	9589	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020129	GTT	2	6	9595	9600	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020129	ACA	2	6	9655	9660	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_020129	TAG	2	6	9749	9754	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020129	TTA	2	6	9758	9763	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020129	ATT	2	6	9767	9772	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020129	ATT	2	6	9809	9814	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020129	TTA	2	6	9836	9841	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_020129	TTA	2	6	9929	9934	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020129	AGT	2	6	9993	9998	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020129	TAA	2	6	10057	10062	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020129	TTA	2	6	10064	10069	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020129	ATT	2	6	10105	10110	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_020129	TAT	2	6	10131	10136	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020129	AAG	2	6	10198	10203	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020129	AAT	2	6	10216	10221	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020129	TAT	2	6	10260	10265	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020129	TAT	2	6	10389	10394	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020129	TAG	2	6	10396	10401	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020129	TAC	2	6	10433	10438	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_020129	CTA	2	6	10458	10463	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_020129	ATT	2	6	12654	12659	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020129	ATT	2	6	12734	12739	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_020129	TAA	2	6	12776	12781	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020129	TAA	2	6	12801	12806	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020129	CCT	2	6	18576	18581	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
90	NC_020129	TTA	2	6	18584	18589	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020129	AAG	2	6	19298	19303	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020129	TAT	2	6	19355	19360	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020129	ATA	2	6	19374	19379	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_020129	GGA	2	6	19398	19403	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020129	TCA	2	6	20719	20724	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_020129	AAG	2	6	20791	20796	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020129	TAA	2	6	21699	21704	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020129	AGA	2	6	24780	24785	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
99	NC_020129	TCT	2	6	24832	24837	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_020129	CAA	3	9	24844	24852	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_020129	TTG	2	6	26948	26953	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
102	NC_020129	ATA	2	6	26998	27003	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020129	TCT	2	6	27021	27026	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_020129	AAT	2	6	27027	27032	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020129	AAT	2	6	27036	27041	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020129	TGA	2	6	27052	27057	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020129	AAC	2	6	27126	27131	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_020129	GAT	2	6	27152	27157	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020129	GTT	2	6	27196	27201	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
110	NC_020129	AAG	2	6	27232	27237	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
111	NC_020129	CAC	2	6	27265	27270	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
112	NC_020129	ATT	2	6	27358	27363	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_020129	TAT	2	6	28774	28779	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020129	AAT	2	6	28871	28876	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_020129	CTA	2	6	28906	28911	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_020129	ATT	2	6	29002	29007	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_020129	CAT	2	6	29123	29128	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_020129	CTA	2	6	29220	29225	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_020129	AGA	2	6	29250	29255	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_020129	ATT	2	6	29301	29306	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020129	TTA	2	6	29340	29345	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020129	TCA	2	6	29437	29442	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_020129	TAA	2	6	29463	29468	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020129	TAT	2	6	29601	29606	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020129	TAA	2	6	29790	29795	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_020129	GTA	2	6	30016	30021	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
127	NC_020129	ATA	2	6	30022	30027	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_020129	AGT	2	6	30163	30168	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
129	NC_020129	AAT	2	6	30183	30188	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020129	GAT	2	6	30222	30227	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
131	NC_020129	TAA	2	6	30234	30239	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_020129	TAA	2	6	30356	30361	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_020129	AAT	2	6	30389	30394	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_020129	TAA	2	6	30398	30403	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_020129	AGA	2	6	30428	30433	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
136	NC_020129	TCC	2	6	30601	30606	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
137	NC_020129	TAT	2	6	30627	30632	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_020129	TAA	2	6	30638	30643	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_020129	TTG	2	6	30653	30658	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
140	NC_020129	AAT	2	6	30659	30664	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_020129	TCT	3	9	30730	30738	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_020129	ACT	2	6	30944	30949	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_020129	TAA	2	6	30987	30992	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_020129	ATG	2	6	31028	31033	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
145	NC_020129	GAA	2	6	31168	31173	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
146	NC_020129	GAA	2	6	31212	31217	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
147	NC_020129	ATT	2	6	31300	31305	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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149	NC_020129	TGG	2	6	31736	31741	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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210	NC_020129	ATT	2	6	39870	39875	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.