MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Non-Coding Repeats of Lawsonia intracellularis N343 plasmid 1

Total Repeats: 103

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020128	AAC	2	6	80	85	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_020128	GAA	2	6	213	218	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020128	TAT	2	6	270	275	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020128	TCA	2	6	281	286	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_020128	TAT	2	6	1474	1479	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020128	AGT	2	6	1548	1553	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020128	GTA	2	6	1969	1974	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020128	TAA	2	6	2086	2091	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020128	ATA	2	6	2096	2101	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_020128	TGA	2	6	2105	2110	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020128	ATT	2	6	2126	2131	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_020128	TAA	2	6	2143	2148	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020128	AGA	2	6	2167	2172	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020128	GAA	2	6	2280	2285	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_020128	ATA	2	6	2294	2299	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020128	AAC	2	6	2320	2325	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_020128	AAG	2	6	2376	2381	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020128	TCC	2	6	2546	2551	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
19	NC_020128	AGA	2	6	2595	2600	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020128	AGA	2	6	2949	2954	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020128	TAT	2	6	3063	3068	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020128	TGG	2	6	3127	3132	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020128	TAA	2	6	3200	3205	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020128	TTG	2	6	3230	3235	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020128	ATA	2	6	3264	3269	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020128	ACC	2	6	3318	3323	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
27	NC_020128	AAG	2	6	5384	5389	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_020128	GAA	2	6	5393	5398	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020128	TAT	2	6	5507	5512	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020128	TTA	3	9	5554	5562	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020128	TCA	2	6	5678	5683	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_020128	CTA	2	6	5695	5700	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_020128	TTC	2	6	5715	5720	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_020128	ATA	2	6	5743	5748	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020128	CTT	2	6	5782	5787	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_020128	ATT	2	6	5789	5794	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020128	AAT	2	6	5802	5807	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020128	ATA	2	6	6622	6627	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020128	TAA	2	6	6664	6669	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020128	ATA	3	9	6693	6701	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020128	TAA	2	6	6704	6709	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020128	ATA	2	6	6759	6764	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020128	TAG	2	6	6806	6811	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020128	ATT	2	6	7294	7299	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020128	TAA	2	6	10727	10732	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020128	GCT	2	6	10906	10911	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_020128	TTA	2	6	11415	11420	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020128	AGG	2	6	12138	12143	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020128	TAT	2	6	12144	12149	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020128	TAT	2	6	12989	12994	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020128	ATT	2	6	13004	13009	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020128	AGC	2	6	13098	13103	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_020128	TAA	2	6	13916	13921	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020128	ATT	2	6	13932	13937	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020128	AAT	2	6	15174	15179	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020128	ACT	2	6	15193	15198	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_020128	TTA	2	6	15227	15232	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020128	TAA	2	6	15233	15238	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020128	TAT	2	6	15315	15320	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020128	AAG	2	6	15323	15328	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020128	CAC	2	6	15366	15371	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
62	NC_020128	AAC	2	6	15384	15389	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_020128	TAT	2	6	15459	15464	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_020128	ATA	2	6	15508	15513	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020128	AGT	2	6	15542	15547	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020128	AAT	2	6	15681	15686	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020128	GTT	2	6	15752	15757	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020128	ATA	2	6	15760	15765	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020128	ACT	2	6	15766	15771	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_020128	CTT	2	6	15854	15859	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_020128	TTA	2	6	15902	15907	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_020128	CAC	2	6	15929	15934	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
73	NC_020128	CAA	2	6	15944	15949	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_020128	AGC	2	6	16014	16019	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_020128	TTA	2	6	16078	16083	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020128	TCT	2	6	16093	16098	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_020128	CTT	2	6	18939	18944	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_020128	TAT	2	6	18947	18952	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020128	ATA	2	6	19976	19981	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020128	TAC	2	6	21135	21140	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_020128	AAT	2	6	21141	21146	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020128	ATA	2	6	21171	21176	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020128	AAT	2	6	21179	21184	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020128	ATG	2	6	22025	22030	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020128	ATT	2	6	22649	22654	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020128	TAA	2	6	22809	22814	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_020128	GTG	2	6	22836	22841	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020128	TTA	2	6	22874	22879	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020128	TAA	2	6	23059	23064	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020128	TAA	2	6	23077	23082	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020128	TAA	2	6	23108	23113	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020128	TGT	2	6	24227	24232	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020128	ACA	2	6	24332	24337	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_020128	TAA	2	6	25830	25835	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020128	ATA	12	36	25838	25873	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020128	ATT	2	6	25946	25951	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020128	TAA	2	6	25964	25969	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020128	ATT	2	6	26817	26822	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_020128	ATA	2	6	26843	26848	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_020128	ATA	2	6	26854	26859	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_020128	ATA	3	9	26894	26902	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_020128	ATA	2	6	26948	26953	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020128	AAC	2	6	27124	27129	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.