MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Lawsonia intracellularis N343 plasmid 1

Total Repeats: 207

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020128	A	7	7	6	12	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020128	AAC	2	6	80	85	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_020128	GAA	2	6	213	218	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020128	TTTA	2	8	258	265	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020128	TAT	2	6	270	275	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020128	TCA	2	6	281	286	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_020128	AT	3	6	297	302	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020128	AT	3	6	320	325	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020128	TAT	2	6	1474	1479	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_020128	AGT	2	6	1548	1553	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020128	GTA	2	6	1969	1974	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_020128	AT	3	6	2028	2033	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020128	TAA	2	6	2086	2091	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020128	ATA	2	6	2096	2101	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_020128	TGA	2	6	2105	2110	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020128	ATT	2	6	2126	2131	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020128	TAA	2	6	2143	2148	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020128	AT	3	6	2151	2156	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020128	AGA	2	6	2167	2172	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020128	ATAA	2	8	2184	2191	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020128	TA	3	6	2215	2220	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020128	T	7	7	2251	2257	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020128	GAA	2	6	2280	2285	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020128	ATA	2	6	2294	2299	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020128	ATCA	2	8	2302	2309	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
26	NC_020128	AAC	2	6	2320	2325	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_020128	AAG	2	6	2376	2381	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_020128	GAAA	2	8	2456	2463	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020128	T	9	9	2468	2476	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020128	CTTT	2	8	2526	2533	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
31	NC_020128	AT	3	6	2539	2544	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020128	TCC	2	6	2546	2551	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
33	NC_020128	GTAA	2	8	2562	2569	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_020128	AGA	2	6	2595	2600	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020128	AGA	2	6	2949	2954	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020128	AT	3	6	3049	3054	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020128	TAT	2	6	3063	3068	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020128	TGG	2	6	3127	3132	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020128	A	6	6	3141	3146	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020128	TAA	2	6	3200	3205	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020128	TTG	2	6	3230	3235	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020128	ATA	2	6	3264	3269	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020128	T	6	6	3290	3295	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020128	TAAA	2	8	3301	3308	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020128	ACC	2	6	3318	3323	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
46	NC_020128	GGTA	2	8	3331	3338	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020128	T	6	6	3367	3372	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020128	TATTAG	2	12	5353	5364	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020128	TA	3	6	5367	5372	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020128	AAG	2	6	5384	5389	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020128	GAA	2	6	5393	5398	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020128	AT	3	6	5399	5404	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020128	TA	3	6	5419	5424	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020128	TAAA	2	8	5440	5447	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020128	TAT	2	6	5507	5512	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020128	CTAA	2	8	5513	5520	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
57	NC_020128	ATATTA	2	12	5528	5539	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020128	TTA	3	9	5554	5562	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020128	AATA	2	8	5565	5572	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020128	AT	4	8	5656	5663	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020128	TCA	2	6	5678	5683	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_020128	CTA	2	6	5695	5700	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_020128	TTC	2	6	5715	5720	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_020128	AAAG	2	8	5726	5733	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020128	ATA	2	6	5743	5748	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020128	T	6	6	5750	5755	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020128	CTT	2	6	5782	5787	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_020128	ATT	2	6	5789	5794	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020128	AAT	2	6	5802	5807	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020128	GAAG	2	8	6569	6576	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020128	AATTA	2	10	6589	6598	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_020128	A	9	9	6610	6618	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020128	ATA	2	6	6622	6627	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020128	TAA	2	6	6664	6669	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020128	AT	3	6	6674	6679	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020128	ATA	3	9	6693	6701	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_020128	TAA	2	6	6704	6709	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020128	A	7	7	6716	6722	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020128	ATA	2	6	6759	6764	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020128	TA	7	14	6787	6800	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020128	TAG	2	6	6806	6811	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020128	T	7	7	6819	6825	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020128	A	6	6	6841	6846	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020128	AG	3	6	6848	6853	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020128	ATT	2	6	7294	7299	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020128	T	8	8	9640	9647	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_020128	TTTA	2	8	10682	10689	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020128	TAA	2	6	10727	10732	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020128	TAAA	2	8	10874	10881	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020128	GCT	2	6	10906	10911	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_020128	TTA	2	6	11415	11420	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020128	AGG	2	6	12138	12143	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020128	TAT	2	6	12144	12149	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_020128	T	6	6	12151	12156	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020128	TAAC	2	8	12935	12942	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
96	NC_020128	AAAACT	2	12	12949	12960	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_020128	ATTA	2	8	12963	12970	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020128	TAT	2	6	12989	12994	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_020128	T	9	9	12994	13002	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_020128	ATT	2	6	13004	13009	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_020128	ATAA	2	8	13027	13034	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_020128	A	6	6	13039	13044	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020128	TAAA	2	8	13070	13077	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020128	TA	3	6	13078	13083	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020128	TA	3	6	13085	13090	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020128	AGC	2	6	13098	13103	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_020128	TAA	2	6	13916	13921	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020128	ATT	2	6	13932	13937	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020128	AACT	2	8	13965	13972	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
110	NC_020128	T	6	6	13989	13994	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_020128	AAT	2	6	15174	15179	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_020128	ACT	2	6	15193	15198	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_020128	TTA	2	6	15227	15232	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020128	TAA	2	6	15233	15238	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_020128	ATAG	2	8	15242	15249	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020128	T	7	7	15277	15283	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_020128	CTAT	2	8	15284	15291	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
118	NC_020128	TAT	2	6	15315	15320	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_020128	AAG	2	6	15323	15328	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_020128	T	6	6	15342	15347	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020128	A	6	6	15349	15354	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020128	CAC	2	6	15366	15371	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
123	NC_020128	T	8	8	15375	15382	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020128	AAC	2	6	15384	15389	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_020128	A	8	8	15399	15406	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_020128	AGAA	2	8	15435	15442	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
127	NC_020128	T	6	6	15446	15451	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_020128	TAT	2	6	15459	15464	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_020128	ATA	2	6	15508	15513	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020128	AGT	2	6	15542	15547	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
131	NC_020128	AT	3	6	15566	15571	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_020128	T	6	6	15586	15591	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_020128	AT	3	6	15656	15661	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_020128	AAT	2	6	15681	15686	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_020128	GTT	2	6	15752	15757	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
136	NC_020128	ATA	2	6	15760	15765	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_020128	ACT	2	6	15766	15771	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_020128	C	11	11	15813	15823	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
139	NC_020128	TAAT	2	8	15844	15851	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_020128	CTT	2	6	15854	15859	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_020128	TTA	2	6	15902	15907	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_020128	CAC	2	6	15929	15934	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
143	NC_020128	CAA	2	6	15944	15949	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_020128	T	7	7	15987	15993	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_020128	AGC	2	6	16014	16019	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_020128	TA	3	6	16064	16069	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_020128	T	6	6	16070	16075	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_020128	TTA	2	6	16078	16083	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_020128	TCT	2	6	16093	16098	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
150	NC_020128	TTTTAA	2	12	17573	17584	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_020128	CTT	2	6	18939	18944	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
152	NC_020128	TAT	2	6	18947	18952	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_020128	TA	3	6	18958	18963	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_020128	TATAG	2	10	18968	18977	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
155	NC_020128	ATA	2	6	19976	19981	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_020128	CTAT	2	8	20045	20052	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
157	NC_020128	TA	3	6	20066	20071	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_020128	TA	3	6	21125	21130	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_020128	TAC	2	6	21135	21140	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
160	NC_020128	AAT	2	6	21141	21146	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
161	NC_020128	AT	7	14	21145	21158	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
162	NC_020128	ATA	2	6	21171	21176	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_020128	AAT	2	6	21179	21184	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
164	NC_020128	TAAT	2	8	21992	21999	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
165	NC_020128	ATG	2	6	22025	22030	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
166	NC_020128	ATT	2	6	22649	22654	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
167	NC_020128	AATA	2	8	22744	22751	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
168	NC_020128	TAA	2	6	22809	22814	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
169	NC_020128	GTG	2	6	22836	22841	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
170	NC_020128	T	6	6	22849	22854	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
171	NC_020128	TTA	2	6	22874	22879	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
172	NC_020128	A	7	7	22924	22930	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
173	NC_020128	T	6	6	22997	23002	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
174	NC_020128	TAA	2	6	23059	23064	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
175	NC_020128	TAA	2	6	23077	23082	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
176	NC_020128	T	7	7	23099	23105	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
177	NC_020128	TAA	2	6	23108	23113	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
178	NC_020128	TGT	2	6	24227	24232	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
179	NC_020128	AT	3	6	24263	24268	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
180	NC_020128	TA	3	6	24284	24289	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
181	NC_020128	TA	4	8	24302	24309	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
182	NC_020128	A	7	7	24311	24317	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
183	NC_020128	ACA	2	6	24332	24337	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
184	NC_020128	T	6	6	24348	24353	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
185	NC_020128	A	6	6	24369	24374	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
186	NC_020128	A	7	7	24391	24397	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
187	NC_020128	T	16	16	25811	25826	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
188	NC_020128	TAA	2	6	25830	25835	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
189	NC_020128	ATA	12	36	25838	25873	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
190	NC_020128	A	6	6	25901	25906	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
191	NC_020128	T	6	6	25940	25945	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
192	NC_020128	ATT	2	6	25946	25951	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
193	NC_020128	TAA	2	6	25964	25969	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
194	NC_020128	AACAT	2	10	25976	25985	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
195	NC_020128	TAAA	2	8	26786	26793	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
196	NC_020128	A	6	6	26805	26810	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
197	NC_020128	ATT	2	6	26817	26822	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
198	NC_020128	TAAA	3	12	26831	26842	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
199	NC_020128	ATA	2	6	26843	26848	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
200	NC_020128	ATA	2	6	26854	26859	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
201	NC_020128	TAAA	2	8	26880	26887	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
202	NC_020128	ATA	3	9	26894	26902	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
203	NC_020128	TAAA	2	8	26921	26928	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
204	NC_020128	ATA	2	6	26948	26953	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
205	NC_020128	TCTAAA	2	12	27018	27029	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
206	NC_020128	A	7	7	27050	27056	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
207	NC_020128	AAC	2	6	27124	27129	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.