MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Leptospirillum ferriphilum ML-04 chromosome

Total Repeats: 226

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018649	GAGAA	2	10	15723	15732	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
2	NC_018649	AGAAA	2	10	18813	18822	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_018649	CATTT	2	10	19444	19453	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
4	NC_018649	GTTCC	2	10	72829	72838	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
5	NC_018649	AAGGA	2	10	79373	79382	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_018649	GGGAG	2	10	87019	87028	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
7	NC_018649	TCTTT	2	10	87063	87072	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_018649	CCGTC	2	10	100412	100421	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
9	NC_018649	TTCAG	2	10	119574	119583	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_018649	GCCCG	2	10	145648	145657	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
11	NC_018649	CTGAA	2	10	145807	145816	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
12	NC_018649	TTTGC	2	10	148436	148445	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
13	NC_018649	TCCGG	2	10	167946	167955	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
14	NC_018649	GATCA	2	10	184463	184472	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
15	NC_018649	GAGCC	2	10	184797	184806	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
16	NC_018649	CGGCC	2	10	187912	187921	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
17	NC_018649	GACAG	2	10	198739	198748	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
18	NC_018649	TCCGT	2	10	235265	235274	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
19	NC_018649	GACCG	2	10	245713	245722	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
20	NC_018649	GTGAA	2	10	281944	281953	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
21	NC_018649	CACTT	2	10	287480	287489	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
22	NC_018649	CTAAA	2	10	292981	292990	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_018649	ATAAA	2	10	294845	294854	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_018649	AGGGA	2	10	296533	296542	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
25	NC_018649	GGGAA	2	10	299577	299586	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
26	NC_018649	AATGC	2	10	301647	301656	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_018649	TGAAA	2	10	316748	316757	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_018649	GAACA	2	10	324724	324733	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_018649	CCGGG	2	10	329591	329600	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
30	NC_018649	TGTCA	2	10	382810	382819	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_018649	TTATT	2	10	395451	395460	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_018649	AAACA	2	10	395463	395472	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_018649	GAACG	2	10	395966	395975	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
34	NC_018649	GAAGG	2	10	398293	398302	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
35	NC_018649	TTGAT	2	10	399561	399570	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_018649	TTGTC	2	10	408460	408469	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_018649	TAAAA	2	10	408675	408684	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_018649	CGGAC	2	10	436332	436341	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
39	NC_018649	AAGGA	2	10	442161	442170	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
40	NC_018649	TAGCG	2	10	466877	466886	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
41	NC_018649	CTCTC	2	10	467777	467786	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
42	NC_018649	CAACA	2	10	468808	468817	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
43	NC_018649	AACAT	2	10	468840	468849	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_018649	AAAAC	2	10	479088	479097	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_018649	TTTTA	2	10	480320	480329	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_018649	CGCTC	2	10	482211	482220	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
47	NC_018649	TCCAT	2	10	503242	503251	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
48	NC_018649	TTTTC	2	10	506294	506303	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_018649	GTCCT	2	10	515696	515705	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
50	NC_018649	TGAAA	2	10	521271	521280	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_018649	CCCTT	2	10	521300	521309	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
52	NC_018649	TAATA	2	10	524601	524610	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_018649	ATTAA	2	10	524664	524673	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_018649	CGGGA	2	10	542468	542477	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
55	NC_018649	TCCCC	2	10	543147	543156	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
56	NC_018649	ATCGC	2	10	543387	543396	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
57	NC_018649	GGCAA	2	10	556394	556403	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
58	NC_018649	TTCTG	2	10	570859	570868	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
59	NC_018649	TAGAT	2	10	578267	578276	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_018649	GTCCG	2	10	581294	581303	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
61	NC_018649	CCTGT	2	10	588870	588879	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
62	NC_018649	CACAA	2	10	590569	590578	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
63	NC_018649	GAGAG	2	10	597832	597841	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
64	NC_018649	GGGAA	2	10	598109	598118	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
65	NC_018649	AGACA	2	10	630489	630498	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
66	NC_018649	TATAG	2	10	630953	630962	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_018649	AGGTT	2	10	642579	642588	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
68	NC_018649	CTTTC	2	10	643994	644003	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
69	NC_018649	ACTTG	2	10	644037	644046	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
70	NC_018649	GAAAG	2	10	651828	651837	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
71	NC_018649	TTCGG	2	10	653744	653753	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
72	NC_018649	CGATG	2	10	668515	668524	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
73	NC_018649	TTGGA	2	10	679457	679466	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
74	NC_018649	CTTGT	2	10	684676	684685	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
75	NC_018649	CCCTG	2	10	692567	692576	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
76	NC_018649	AAAGG	2	10	724998	725007	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
77	NC_018649	CGGTC	2	10	729973	729982	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
78	NC_018649	CCCCG	2	10	732771	732780	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
79	NC_018649	CCGGA	2	10	736288	736297	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
80	NC_018649	AGAAA	2	10	736305	736314	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_018649	GGAAT	2	10	744702	744711	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
82	NC_018649	CGTTT	2	10	753102	753111	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
83	NC_018649	TTTCT	2	10	753206	753215	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_018649	CAGGA	2	10	778878	778887	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
85	NC_018649	GTTTC	2	10	782450	782459	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
86	NC_018649	ACCAG	2	10	798017	798026	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
87	NC_018649	GGAAA	2	10	798088	798097	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
88	NC_018649	TATCA	2	10	798608	798617	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_018649	ACAAG	2	10	860727	860736	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
90	NC_018649	CCAAT	2	10	869379	869388	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
91	NC_018649	ATGGA	2	10	892474	892483	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
92	NC_018649	AGGGG	2	10	896566	896575	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
93	NC_018649	TCGAG	2	10	902964	902973	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
94	NC_018649	CCTGT	2	10	913898	913907	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
95	NC_018649	AGGAA	2	10	957913	957922	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
96	NC_018649	GCCGG	2	10	959385	959394	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
97	NC_018649	AAGGG	2	10	959681	959690	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
98	NC_018649	CAATA	2	10	990194	990203	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_018649	GTTTG	2	10	992474	992483	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
100	NC_018649	CGCGG	2	10	1012869	1012878	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
101	NC_018649	AGACG	2	10	1026423	1026432	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
102	NC_018649	ATTGT	2	10	1057643	1057652	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_018649	GACAA	2	10	1060132	1060141	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
104	NC_018649	GGGGA	2	10	1064888	1064897	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
105	NC_018649	AAATA	2	10	1106759	1106768	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_018649	CTGAA	2	10	1132787	1132796	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_018649	GGTCA	2	10	1142623	1142632	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
108	NC_018649	TCTTT	2	10	1148843	1148852	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_018649	TTTTC	2	10	1149101	1149110	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
110	NC_018649	TCTGC	2	10	1164527	1164536	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
111	NC_018649	ATTTT	2	10	1173834	1173843	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_018649	GTCCC	2	10	1182496	1182505	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
113	NC_018649	TCCTC	2	10	1240868	1240877	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
114	NC_018649	TCCTG	2	10	1243442	1243451	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
115	NC_018649	GAAAA	2	10	1253099	1253108	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
116	NC_018649	AGGAA	2	10	1261273	1261282	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
117	NC_018649	GGTTT	2	10	1273528	1273537	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
118	NC_018649	CGGCC	2	10	1279700	1279709	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
119	NC_018649	ACCGA	2	10	1290420	1290429	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
120	NC_018649	AGGGA	2	10	1293926	1293935	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
121	NC_018649	AGACG	2	10	1294067	1294076	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
122	NC_018649	CGAAG	2	10	1296875	1296884	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
123	NC_018649	GAAGG	2	10	1297639	1297648	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
124	NC_018649	GGGCC	2	10	1297754	1297763	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
125	NC_018649	CGGGA	2	10	1298922	1298931	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
126	NC_018649	AAGAT	2	10	1298968	1298977	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_018649	TTTAT	2	10	1306703	1306712	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_018649	TGGAT	2	10	1309081	1309090	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
129	NC_018649	GCTGA	2	10	1309138	1309147	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
130	NC_018649	AAATT	2	10	1328926	1328935	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_018649	ATAAG	2	10	1328964	1328973	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
132	NC_018649	GAATA	2	10	1329042	1329051	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
133	NC_018649	TTATT	2	10	1339528	1339537	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_018649	ATCTT	2	10	1363015	1363024	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_018649	TCCCG	2	10	1363061	1363070	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
136	NC_018649	CCTTC	2	10	1364344	1364353	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
137	NC_018649	CTTCG	2	10	1365108	1365117	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
138	NC_018649	CGTCT	2	10	1367916	1367925	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
139	NC_018649	TCCCT	2	10	1368057	1368066	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
140	NC_018649	GAAGA	2	10	1397765	1397774	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
141	NC_018649	TCGGT	2	10	1397958	1397967	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
142	NC_018649	TTTTC	2	10	1398971	1398980	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
143	NC_018649	CGCCC	2	10	1409030	1409039	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
144	NC_018649	CCGCT	2	10	1417287	1417296	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
145	NC_018649	TATAA	2	10	1422787	1422796	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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175	NC_018649	CCGAA	2	10	1661125	1661134	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
176	NC_018649	CAATA	2	10	1678214	1678223	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
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184	NC_018649	GCTTT	2	10	1753153	1753162	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
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188	NC_018649	GGTCT	2	10	1829588	1829597	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
189	NC_018649	TCCTC	2	10	1832483	1832492	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
190	NC_018649	GAAAA	2	10	1833112	1833121	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
191	NC_018649	TCTCT	2	10	1864975	1864984	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
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195	NC_018649	CGTTC	2	10	1959633	1959642	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
196	NC_018649	GACCA	2	10	1960056	1960065	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
197	NC_018649	TCTCC	2	10	1977570	1977579	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
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216	NC_018649	ACTTG	2	10	2285759	2285768	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
217	NC_018649	GTCAA	2	10	2299360	2299369	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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222	NC_018649	ATCAT	3	15	2320830	2320844	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
223	NC_018649	TTCGG	2	10	2325074	2325083	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
224	NC_018649	GGCCC	2	10	2329967	2329976	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
225	NC_018649	GTAAT	2	10	2372263	2372272	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
226	NC_018649	GCCCT	2	10	2372402	2372411	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.