MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Lactobacillus helveticus R0052 chromosome

Total Repeats: 449

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018528	AGGAA	2	10	9271	9280	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
2	NC_018528	TATAA	2	10	14762	14771	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_018528	CATTG	2	10	15808	15817	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_018528	CAATT	2	10	18539	18548	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_018528	TTGAT	2	10	23354	23363	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_018528	TTTCA	2	10	27447	27456	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_018528	ATTTT	2	10	28177	28186	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_018528	TTCTT	2	10	40567	40576	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_018528	GTTTT	2	10	46975	46984	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_018528	AAAAC	2	10	58720	58729	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_018528	TTAAA	2	10	66152	66161	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_018528	TTTTG	2	10	71792	71801	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_018528	GGTAA	2	10	72947	72956	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
14	NC_018528	TCGTG	2	10	73763	73772	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
15	NC_018528	GGCAG	2	10	74161	74170	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
16	NC_018528	AAGGC	2	10	75814	75823	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
17	NC_018528	TTGAA	2	10	76324	76333	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_018528	GCCAG	2	10	76656	76665	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
19	NC_018528	AGGAA	2	10	77510	77519	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
20	NC_018528	TCTGA	2	10	79833	79842	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_018528	AGTTA	2	10	80877	80886	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_018528	TTTAA	2	10	103925	103934	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_018528	CAATA	2	10	119554	119563	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_018528	TCTGA	2	10	122712	122721	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_018528	ATTTA	2	10	153369	153378	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_018528	ATTTT	2	10	153539	153548	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_018528	TCAAA	2	10	172807	172816	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_018528	CTGTT	2	10	175872	175881	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_018528	ATTAG	2	10	176077	176086	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_018528	AAAAG	2	10	181909	181918	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_018528	CTTTT	2	10	182633	182642	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_018528	TTATT	2	10	198450	198459	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_018528	TGAAT	2	10	199350	199359	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_018528	ATAAA	2	10	206285	206294	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_018528	AAATA	2	10	214566	214575	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_018528	TAAAA	2	10	214591	214600	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_018528	AAATA	2	10	233285	233294	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_018528	TAATT	2	10	237223	237232	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_018528	AAAAG	2	10	240160	240169	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_018528	ATAAA	2	10	241538	241547	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_018528	GCAGA	2	10	249088	249097	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
42	NC_018528	TCATT	2	10	252174	252183	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_018528	ATCAG	2	10	254982	254991	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_018528	CTTTT	2	10	254995	255004	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_018528	ATTTT	2	10	255161	255170	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_018528	TATTC	2	10	260833	260842	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
47	NC_018528	AGGAT	2	10	272839	272848	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
48	NC_018528	GAAAA	2	10	280794	280803	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_018528	TGTAA	2	10	281358	281367	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_018528	TAAAA	2	10	282435	282444	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_018528	CACTA	2	10	295433	295442	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
52	NC_018528	CTTTT	2	10	296189	296198	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_018528	ACGTT	2	10	311867	311876	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
54	NC_018528	TAGTA	2	10	316721	316730	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_018528	TCCTT	2	10	343917	343926	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
56	NC_018528	TTGCT	2	10	351884	351893	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
57	NC_018528	TTTAA	2	10	351960	351969	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_018528	TTTGA	2	10	352573	352582	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_018528	ATTGA	2	10	354876	354885	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_018528	ATTGC	2	10	371378	371387	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
61	NC_018528	ATTCA	2	10	375147	375156	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_018528	AGTCT	2	10	375772	375781	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
63	NC_018528	CAATC	2	10	387607	387616	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
64	NC_018528	TAAAG	2	10	389887	389896	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_018528	ACAAA	2	10	391805	391814	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_018528	GATTC	2	10	392723	392732	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
67	NC_018528	ATCAG	2	10	392920	392929	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
68	NC_018528	CTTTT	2	10	394661	394670	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_018528	CTAAA	2	10	397413	397422	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_018528	ATTAG	2	10	397517	397526	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_018528	TTAAA	2	10	400522	400531	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_018528	CAGAT	2	10	406102	406111	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
73	NC_018528	CTAAA	2	10	406595	406604	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_018528	CTTTG	2	10	406710	406719	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
75	NC_018528	TAGAT	2	10	407254	407263	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_018528	AATTT	2	10	408378	408387	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_018528	AATAG	2	10	412800	412809	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_018528	CAAGA	2	10	414994	415003	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
79	NC_018528	CGCTG	2	10	415026	415035	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
80	NC_018528	TAAAA	2	10	419285	419294	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_018528	TTTTC	2	10	421447	421456	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_018528	TTTTG	2	10	428203	428212	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_018528	TTTAA	2	10	441471	441480	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_018528	TTAGT	2	10	446482	446491	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_018528	TTAAG	2	10	447651	447660	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_018528	TAAGT	2	10	454658	454667	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_018528	GGTAA	2	10	455305	455314	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
88	NC_018528	TCGTG	2	10	456121	456130	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
89	NC_018528	GGCAG	2	10	456520	456529	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
90	NC_018528	AAGGC	2	10	458173	458182	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
91	NC_018528	TTGAA	2	10	458683	458692	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_018528	GCCAG	2	10	459015	459024	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
93	NC_018528	AGGAA	2	10	459870	459879	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
94	NC_018528	GAAAA	2	10	461379	461388	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_018528	TAGCT	2	10	461609	461618	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
96	NC_018528	GGTAA	2	10	474175	474184	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
97	NC_018528	TCGTG	2	10	474994	475003	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
98	NC_018528	GGCAG	2	10	475393	475402	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
99	NC_018528	AAGGC	2	10	477046	477055	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
100	NC_018528	TTGAA	2	10	477556	477565	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_018528	GCCAG	2	10	477888	477897	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
102	NC_018528	AGGAA	2	10	478740	478749	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
103	NC_018528	TAATA	2	10	479944	479953	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_018528	AAATT	2	10	484183	484192	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_018528	TAAAA	2	10	495987	495996	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_018528	CAAAA	2	10	496073	496082	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_018528	AAATG	2	10	500700	500709	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_018528	ACGAA	2	10	506484	506493	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
109	NC_018528	ATCAG	2	10	514087	514096	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
110	NC_018528	CTTTT	2	10	514100	514109	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
111	NC_018528	TTAAT	2	10	515949	515958	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_018528	TGATT	2	10	516395	516404	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_018528	TCATG	2	10	516800	516809	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
114	NC_018528	AAAAG	2	10	520794	520803	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_018528	GAATA	2	10	529243	529252	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
116	NC_018528	ATTTC	2	10	534487	534496	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
117	NC_018528	GGTGA	2	10	544216	544225	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
118	NC_018528	AAACC	2	10	556448	556457	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
119	NC_018528	TGTAT	2	10	558668	558677	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_018528	TGAAA	2	10	581202	581211	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_018528	TTGGT	2	10	583239	583248	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
122	NC_018528	CGGAA	2	10	583438	583447	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
123	NC_018528	TAAGT	2	10	594686	594695	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
124	NC_018528	TGAAG	2	10	594935	594944	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
125	NC_018528	TAAGT	2	10	596339	596348	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_018528	GAATT	2	10	602847	602856	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_018528	ATATA	2	10	607900	607909	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_018528	GAAAG	2	10	608575	608584	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
129	NC_018528	AATTT	2	10	612106	612115	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_018528	TTAAA	2	10	616239	616248	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_018528	CAAAA	2	10	616568	616577	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
132	NC_018528	TTCTT	2	10	622985	622994	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_018528	TTTCT	2	10	623905	623914	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_018528	TAAAA	2	10	629387	629396	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_018528	AAATT	2	10	633939	633948	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_018528	ATCAA	2	10	635423	635432	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
137	NC_018528	AAGAA	2	10	637778	637787	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
138	NC_018528	TGTAA	2	10	638599	638608	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
139	NC_018528	AAACA	2	10	643101	643110	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
140	NC_018528	AGAAA	2	10	648046	648055	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
141	NC_018528	TTTGC	2	10	649143	649152	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
142	NC_018528	TAATT	2	10	649942	649951	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_018528	GTAGA	2	10	651083	651092	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
144	NC_018528	TGAAG	2	10	651147	651156	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
145	NC_018528	GATTC	2	10	654631	654640	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
146	NC_018528	AAAAC	2	10	659612	659621	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
147	NC_018528	AAGAA	2	10	667869	667878	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
148	NC_018528	TAAAG	2	10	667950	667959	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
149	NC_018528	TCTGA	2	10	671934	671943	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
150	NC_018528	TAAAA	2	10	673017	673026	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_018528	TTAAT	2	10	673043	673052	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_018528	TAATA	2	10	673641	673650	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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188	NC_018528	TAAAT	2	10	878666	878675	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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191	NC_018528	TAAAA	2	10	927457	927466	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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271	NC_018528	TAAAA	2	10	1196222	1196231	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
272	NC_018528	GATTG	2	10	1199458	1199467	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
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274	NC_018528	ACTGA	2	10	1211831	1211840	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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276	NC_018528	ATTAC	2	10	1213471	1213480	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
277	NC_018528	TTCAT	2	10	1223529	1223538	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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285	NC_018528	TACCA	2	10	1257696	1257705	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
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289	NC_018528	GAATC	2	10	1271991	1272000	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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429	NC_018528	GATTG	2	10	2040766	2040775	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
430	NC_018528	ATTAT	2	10	2048897	2048906	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.