MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Lactococcus lactis subsp. cremoris A76 plasmid pQA549

Total Repeats: 266

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017493	ATT	2	6	8	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017493	TTATA	2	10	14	23	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017493	A	10	10	48	57	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017493	A	6	6	96	101	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017493	A	6	6	118	123	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017493	A	6	6	140	145	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017493	TTA	2	6	191	196	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017493	TTTA	2	8	197	204	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017493	GAA	2	6	1381	1386	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017493	AGAA	2	8	1398	1405	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017493	T	6	6	1428	1433	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017493	AGT	2	6	1500	1505	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017493	ATA	2	6	2367	2372	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017493	AGT	2	6	2383	2388	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017493	A	6	6	2389	2394	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017493	ATA	2	6	2406	2411	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017493	A	7	7	2432	2438	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017493	A	8	8	2458	2465	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017493	A	7	7	2494	2500	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017493	ATT	2	6	2525	2530	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017493	A	6	6	2544	2549	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017493	GAT	2	6	2676	2681	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017493	AGA	2	6	2696	2701	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017493	TTA	2	6	2707	2712	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017493	GTAG	2	8	2719	2726	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017493	GAT	2	6	2758	2763	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017493	CAA	2	6	3770	3775	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_017493	GTT	2	6	3912	3917	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017493	AACA	2	8	3957	3964	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
30	NC_017493	TTTTGA	2	12	4046	4057	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017493	A	6	6	4087	4092	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017493	TATTTA	2	12	4103	4114	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017493	AT	4	8	4117	4124	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017493	GTG	2	6	4146	4151	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017493	TA	3	6	4175	4180	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017493	A	6	6	4195	4200	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017493	A	6	6	4217	4222	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017493	A	6	6	4239	4244	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017493	A	6	6	4269	4274	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017493	ATA	2	6	4291	4296	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017493	TTG	2	6	5572	5577	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017493	AGA	2	6	5591	5596	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017493	ACTCAA	2	12	5635	5646	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_017493	TAA	2	6	5700	5705	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017493	TAA	2	6	5759	5764	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017493	A	6	6	5777	5782	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017493	A	6	6	5791	5796	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017493	AAT	2	6	5823	5828	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017493	CAAA	2	8	5835	5842	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
50	NC_017493	A	7	7	5895	5901	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017493	TGG	2	6	5913	5918	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017493	A	7	7	5941	5947	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017493	A	7	7	5964	5970	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017493	AAT	2	6	5977	5982	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017493	ATTTTC	2	12	6392	6403	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_017493	TTG	2	6	6422	6427	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017493	T	6	6	6438	6443	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017493	T	6	6	6470	6475	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017493	ATCTT	2	10	6477	6486	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_017493	AGAAAT	2	12	6500	6511	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017493	TTC	2	6	6530	6535	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_017493	TGT	2	6	6564	6569	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017493	A	7	7	6607	6613	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017493	TAA	2	6	6644	6649	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017493	TA	3	6	6689	6694	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017493	A	6	6	6745	6750	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017493	A	6	6	6767	6772	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017493	AAAG	2	8	6775	6782	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017493	CT	3	6	9563	9568	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
70	NC_017493	T	6	6	9572	9577	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017493	T	7	7	9599	9605	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017493	TCG	2	6	9685	9690	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_017493	T	8	8	9782	9789	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017493	CAA	2	6	9801	9806	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_017493	A	7	7	9805	9811	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017493	AT	3	6	9844	9849	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017493	ATTC	2	8	9868	9875	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
78	NC_017493	AAATG	2	10	9882	9891	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017493	ATA	2	6	9899	9904	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017493	T	9	9	9925	9933	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017493	A	6	6	9965	9970	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017493	GTG	2	6	9971	9976	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017493	ATA	2	6	12047	12052	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017493	TGG	2	6	12092	12097	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017493	CT	3	6	12130	12135	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
86	NC_017493	AT	3	6	12833	12838	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017493	ATT	2	6	12907	12912	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017493	ATTT	2	8	13023	13030	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017493	T	6	6	14023	14028	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017493	AAT	2	6	14043	14048	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017493	TAA	3	9	14058	14066	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017493	ATT	2	6	14085	14090	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017493	TTAT	2	8	15028	15035	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017493	AT	3	6	15070	15075	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017493	T	7	7	15085	15091	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017493	ACA	2	6	15151	15156	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_017493	ATA	2	6	15169	15174	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017493	CTG	2	6	15197	15202	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_017493	CAA	2	6	15276	15281	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_017493	A	6	6	15296	15301	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017493	TAT	2	6	15326	15331	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017493	A	6	6	15363	15368	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017493	TGA	2	6	15453	15458	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017493	ATG	2	6	15498	15503	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017493	TAT	2	6	15532	15537	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017493	GAG	2	6	15552	15557	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017493	TGT	2	6	15571	15576	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017493	T	7	7	15676	15682	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017493	TAA	2	6	15687	15692	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017493	GGT	2	6	15728	15733	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017493	ATT	2	6	15741	15746	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017493	T	6	6	15784	15789	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017493	TGA	2	6	15834	15839	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017493	TAA	2	6	15859	15864	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017493	A	6	6	15863	15868	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017493	ATGT	2	8	15904	15911	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017493	T	6	6	15962	15967	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017493	TTTAT	2	10	15975	15984	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017493	CTT	2	6	15990	15995	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_017493	T	8	8	15994	16001	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017493	A	6	6	16019	16024	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017493	GCA	2	6	16050	16055	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_017493	AT	3	6	16068	16073	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017493	AAT	2	6	16133	16138	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017493	A	7	7	16143	16149	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017493	ATA	2	6	16244	16249	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017493	T	7	7	16255	16261	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017493	ACA	2	6	16333	16338	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_017493	TTA	2	6	16352	16357	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017493	T	6	6	16395	16400	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017493	T	6	6	16402	16407	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017493	TCAG	2	8	16425	16432	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
133	NC_017493	ATTT	2	8	16489	16496	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017493	ATT	2	6	16513	16518	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017493	ATC	2	6	16751	16756	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_017493	T	6	6	16757	16762	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017493	CAT	2	6	16764	16769	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_017493	A	6	6	16808	16813	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017493	GAA	2	6	16844	16849	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017493	TTTA	2	8	16886	16893	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017493	CTTT	2	8	17824	17831	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
142	NC_017493	AAT	2	6	17849	17854	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017493	TAC	2	6	17978	17983	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_017493	TAA	2	6	18037	18042	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017493	TA	3	6	18043	18048	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017493	ATT	2	6	18084	18089	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017493	A	7	7	19529	19535	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017493	TCC	2	6	21652	21657	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
149	NC_017493	CCT	2	6	24564	24569	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
150	NC_017493	GTAGAA	2	12	24592	24603	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
151	NC_017493	TCA	2	6	24635	24640	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
152	NC_017493	TA	3	6	24651	24656	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_017493	CAAA	2	8	24669	24676	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
154	NC_017493	T	6	6	24696	24701	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_017493	T	9	9	24703	24711	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_017493	T	7	7	24717	24723	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_017493	A	6	6	24724	24729	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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163	NC_017493	GAAA	2	8	25027	25034	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
164	NC_017493	ACT	2	6	25836	25841	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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168	NC_017493	ATT	2	6	25941	25946	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
169	NC_017493	A	6	6	25956	25961	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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181	NC_017493	AGTG	2	8	27240	27247	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
182	NC_017493	TCA	2	6	27583	27588	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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188	NC_017493	A	6	6	32542	32547	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
189	NC_017493	T	7	7	32579	32585	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
190	NC_017493	A	6	6	32637	32642	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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192	NC_017493	A	6	6	32731	32736	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
193	NC_017493	A	6	6	32759	32764	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
194	NC_017493	AG	3	6	32768	32773	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
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264	NC_017493	ATAA	2	8	48217	48224	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
265	NC_017493	AAT	2	6	49162	49167	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.