MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Lactococcus lactis subsp. lactis CV56 plasmid pCV56B

Total Repeats: 194

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017487	GAT	2	6	58	63	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017487	A	7	7	89	95	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017487	A	7	7	97	103	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017487	AT	4	8	127	134	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017487	TCT	2	6	145	150	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_017487	A	8	8	159	166	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017487	AAT	2	6	191	196	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017487	A	6	6	205	210	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017487	TA	3	6	216	221	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017487	A	6	6	227	232	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017487	TA	3	6	238	243	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017487	A	6	6	249	254	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017487	TAT	2	6	277	282	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017487	TAT	2	6	293	298	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017487	TAA	2	6	303	308	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017487	GAA	2	6	315	320	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017487	TCG	2	6	328	333	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_017487	ATA	2	6	8012	8017	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017487	CATA	2	8	8080	8087	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
20	NC_017487	TATT	2	8	8116	8123	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017487	CAA	2	6	8127	8132	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_017487	ATTT	2	8	8139	8146	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017487	AGG	2	6	8165	8170	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017487	TTA	2	6	9177	9182	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017487	AAT	2	6	9200	9205	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017487	CTTC	2	8	9222	9229	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
27	NC_017487	AT	3	6	9263	9268	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017487	GTT	2	6	9325	9330	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017487	TA	3	6	9396	9401	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017487	TTA	2	6	9419	9424	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017487	T	7	7	9465	9471	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017487	AT	3	6	9621	9626	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017487	GAA	2	6	9637	9642	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017487	AAT	2	6	10167	10172	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017487	GGTAAT	2	12	10555	10566	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017487	TAGAT	2	10	10614	10623	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017487	TTTTA	2	10	11047	11056	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017487	TTA	2	6	11066	11071	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017487	AT	3	6	11072	11077	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017487	AAG	2	6	11155	11160	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017487	TCC	2	6	11194	11199	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
42	NC_017487	GTC	2	6	11202	11207	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_017487	CAAA	2	8	11283	11290	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
44	NC_017487	TAT	2	6	11367	11372	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017487	ACA	2	6	11435	11440	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_017487	T	6	6	11527	11532	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017487	T	6	6	11543	11548	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017487	T	7	7	11614	11620	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017487	TAAATG	2	12	11703	11714	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017487	TAA	2	6	11728	11733	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017487	AGA	2	6	11738	11743	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017487	TTA	2	6	11797	11802	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017487	ATAA	2	8	13096	13103	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017487	TTTA	2	8	13190	13197	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017487	A	6	6	13279	13284	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017487	A	6	6	13307	13312	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017487	AG	3	6	13316	13321	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017487	A	6	6	13358	13363	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017487	ATT	2	6	13371	13376	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017487	TAC	2	6	13389	13394	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_017487	TAC	2	6	13463	13468	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_017487	TAT	2	6	13506	13511	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017487	GAA	2	6	13517	13522	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017487	GAAA	2	8	13645	13652	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017487	AGC	2	6	13664	13669	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_017487	ACG	2	6	13853	13858	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_017487	AT	3	6	13926	13931	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017487	GAA	2	6	13942	13947	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017487	AG	3	6	14027	14032	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017487	T	6	6	14149	14154	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017487	T	6	6	14184	14189	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017487	ATT	3	9	14289	14297	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017487	ACA	2	6	14303	14308	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_017487	GTT	2	6	14312	14317	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017487	AAC	2	6	14318	14323	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_017487	ATT	2	6	14330	14335	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017487	GGA	2	6	14365	14370	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017487	ATT	2	6	15643	15648	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017487	A	6	6	15671	15676	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017487	TCG	2	6	15800	15805	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_017487	A	6	6	15879	15884	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017487	A	6	6	15907	15912	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017487	AG	3	6	15916	15921	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017487	GTT	2	6	15986	15991	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017487	TGA	2	6	16138	16143	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017487	A	7	7	16217	16223	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017487	TAGA	2	8	16224	16231	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017487	TAA	2	6	16324	16329	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017487	T	7	7	16773	16779	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017487	A	7	7	16799	16805	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017487	T	6	6	16836	16841	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017487	T	7	7	16849	16855	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017487	A	7	7	16867	16873	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017487	T	6	6	16878	16883	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017487	GAA	2	6	16948	16953	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017487	AG	3	6	17033	17038	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017487	ATT	2	6	17088	17093	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017487	T	7	7	17109	17115	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017487	A	7	7	17137	17143	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017487	AGG	2	6	17148	17153	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017487	ATT	2	6	17214	17219	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017487	AAC	2	6	17262	17267	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_017487	TTTAT	2	10	17370	17379	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017487	TAT	2	6	17414	17419	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017487	A	6	6	17475	17480	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017487	A	6	6	17482	17487	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017487	AT	3	6	17529	17534	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017487	AT	3	6	17551	17556	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017487	TGA	2	6	18187	18192	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017487	CT	3	6	18241	18246	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
111	NC_017487	CT	3	6	18951	18956	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
112	NC_017487	T	6	6	18960	18965	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017487	T	6	6	18988	18993	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017487	CTA	2	6	19014	19019	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_017487	T	6	6	19081	19086	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017487	A	7	7	19138	19144	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017487	T	6	6	19176	19181	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017487	A	6	6	20905	20910	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017487	A	7	7	20996	21002	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017487	T	6	6	21024	21029	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017487	T	6	6	21034	21039	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017487	TAA	2	6	21069	21074	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017487	T	7	7	21089	21095	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017487	A	7	7	21106	21112	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017487	AAAG	2	8	21123	21130	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017487	T	7	7	21135	21141	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017487	GAA	2	6	21744	21749	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017487	ACTC	2	8	23318	23325	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
129	NC_017487	A	6	6	23348	23353	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017487	AAT	2	6	23409	23414	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017487	T	6	6	23421	23426	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017487	GAG	2	6	23431	23436	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017487	T	7	7	23537	23543	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017487	T	6	6	23549	23554	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017487	GAAA	2	8	23600	23607	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017487	AGC	2	6	23619	23624	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_017487	ATTAT	2	10	23708	23717	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017487	CCT	2	6	26714	26719	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
139	NC_017487	TGT	2	6	26739	26744	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017487	ATA	2	6	28033	28038	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017487	CATA	2	8	28104	28111	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
142	NC_017487	GTTT	2	8	28115	28122	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017487	GAA	2	6	28152	28157	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017487	A	6	6	28161	28166	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017487	TTGT	2	8	28209	28216	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017487	TA	3	6	28225	28230	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017487	A	6	6	28233	28238	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017487	TA	3	6	28363	28368	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017487	ACG	2	6	28436	28441	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
150	NC_017487	AAAT	2	8	28442	28449	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_017487	AT	3	6	28509	28514	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_017487	TA	3	6	28593	28598	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_017487	ACG	2	6	28666	28671	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
154	NC_017487	AAAT	2	8	28672	28679	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_017487	AT	3	6	28739	28744	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_017487	GAA	2	6	28755	28760	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
157	NC_017487	AG	3	6	28840	28845	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
158	NC_017487	CCTT	2	8	30958	30965	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
159	NC_017487	T	6	6	30991	30996	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
160	NC_017487	A	8	8	31028	31035	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
161	NC_017487	ATT	2	6	31056	31061	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
162	NC_017487	TTCAT	2	10	31066	31075	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
163	NC_017487	GAAT	2	8	31084	31091	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
164	NC_017487	TCT	2	6	31159	31164	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
165	NC_017487	TTG	2	6	31186	31191	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
166	NC_017487	AG	3	6	31242	31247	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
167	NC_017487	GT	3	6	31966	31971	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
168	NC_017487	T	7	7	32036	32042	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
169	NC_017487	TTC	2	6	32054	32059	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
170	NC_017487	T	6	6	32077	32082	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
171	NC_017487	AGC	2	6	32102	32107	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
172	NC_017487	TAT	2	6	32115	32120	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
173	NC_017487	AGA	3	9	32167	32175	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
174	NC_017487	TCG	2	6	32252	32257	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
175	NC_017487	AC	3	6	32318	32323	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
176	NC_017487	TATAG	2	10	32341	32350	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
177	NC_017487	TTA	2	6	32472	32477	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
178	NC_017487	AATG	2	8	32566	32573	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
179	NC_017487	TAG	2	6	32583	32588	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
180	NC_017487	ACT	2	6	32602	32607	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
181	NC_017487	T	7	7	32607	32613	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
182	NC_017487	TGAA	2	8	32664	32671	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
183	NC_017487	AACA	2	8	32702	32709	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
184	NC_017487	GA	3	6	32716	32721	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
185	NC_017487	T	6	6	32722	32727	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
186	NC_017487	GTTC	2	8	32728	32735	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
187	NC_017487	GAA	3	9	32770	32778	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
188	NC_017487	T	7	7	32788	32794	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
189	NC_017487	CTT	2	6	32795	32800	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
190	NC_017487	AAAG	2	8	32813	32820	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
191	NC_017487	ATTTT	2	10	32832	32841	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
192	NC_017487	AC	3	6	32880	32885	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
193	NC_017487	TTA	2	6	33046	33051	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
194	NC_017487	GAG	2	6	33106	33111	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.