MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Lactobacillus rhamnosus GG

Total Repeats: 359

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017482	TATAT	2	10	1487	1496	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017482	TAGGC	2	10	2930	2939	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
3	NC_017482	AAAAT	2	10	9652	9661	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017482	ATTTG	2	10	13937	13946	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017482	ACTTG	2	10	18291	18300	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
6	NC_017482	AGCAG	2	10	18868	18877	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
7	NC_017482	TTAAT	2	10	42369	42378	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017482	AAGGA	2	10	43501	43510	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017482	TCGGT	2	10	46137	46146	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
10	NC_017482	AAATA	2	10	49722	49731	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017482	AGCAT	2	10	87456	87465	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
12	NC_017482	AAAAG	2	10	92567	92576	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017482	ATAAA	2	10	112175	112184	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017482	CAAGC	2	10	112205	112214	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
15	NC_017482	CCATG	2	10	112757	112766	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
16	NC_017482	AAAAC	2	10	113556	113565	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_017482	TCCTT	2	10	130594	130603	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
18	NC_017482	ACATA	2	10	154439	154448	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_017482	GTGTT	2	10	156852	156861	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017482	TAGAT	2	10	159813	159822	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017482	CAAAC	2	10	181161	181170	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
22	NC_017482	GATAG	2	10	181587	181596	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017482	AAGTC	2	10	191334	191343	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_017482	TAAGC	2	10	199299	199308	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_017482	GAAGG	2	10	226500	226509	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017482	GACCC	2	10	230311	230320	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
27	NC_017482	AAGGT	2	10	232867	232876	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017482	TGAGG	2	10	233255	233264	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017482	TATCA	2	10	261853	261862	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_017482	ATTTG	2	10	298293	298302	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017482	TGGGA	2	10	306505	306514	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017482	GTCTG	2	10	307534	307543	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
33	NC_017482	TCGTG	2	10	307868	307877	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
34	NC_017482	TCGCA	2	10	308529	308538	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_017482	AAACG	2	10	308942	308951	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_017482	GAGAT	2	10	311355	311364	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017482	AAGAT	2	10	311709	311718	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017482	GTAAG	2	10	334213	334222	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017482	AACGG	2	10	339142	339151	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_017482	TCGAT	2	10	344999	345008	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
41	NC_017482	AATTT	2	10	346011	346020	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017482	TGATT	2	10	379360	379369	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017482	ATGCT	2	10	380655	380664	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_017482	TCCAA	2	10	382618	382627	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
45	NC_017482	ACTAT	2	10	393388	393397	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_017482	GCGAT	2	10	396612	396621	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
47	NC_017482	ACTTG	2	10	414281	414290	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
48	NC_017482	AAAGG	2	10	416165	416174	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017482	TATAT	2	10	434907	434916	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017482	AGCAA	2	10	435156	435165	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
51	NC_017482	AAGAA	2	10	440621	440630	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017482	ACTTG	2	10	448661	448670	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
53	NC_017482	AAATA	2	10	448756	448765	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017482	AATTA	2	10	448772	448781	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017482	TACGA	2	10	459199	459208	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
56	NC_017482	ATCTC	2	10	469384	469393	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
57	NC_017482	GGCGG	2	10	483561	483570	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
58	NC_017482	TCAAC	2	10	492960	492969	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
59	NC_017482	CTCTT	2	10	493117	493126	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
60	NC_017482	TGATT	2	10	493147	493156	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017482	GTGAC	2	10	494307	494316	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
62	NC_017482	CGGAT	2	10	494768	494777	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
63	NC_017482	ATTTT	2	10	501682	501691	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017482	CGTCA	2	10	506344	506353	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
65	NC_017482	GCACA	2	10	517605	517614	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
66	NC_017482	TATAA	2	10	519921	519930	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017482	ACTTT	2	10	522733	522742	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_017482	AAAAG	2	10	532032	532041	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017482	ATGCA	2	10	534856	534865	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
70	NC_017482	TAATA	2	10	536367	536376	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017482	AACGA	2	10	539367	539376	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
72	NC_017482	TTTCA	2	10	540858	540867	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_017482	CAAAT	2	10	588147	588156	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_017482	AAAGG	2	10	620206	620215	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017482	TGAAT	2	10	624454	624463	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017482	TGAAA	2	10	629786	629795	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017482	ATTTT	2	10	631827	631836	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017482	ACAGC	2	10	635057	635066	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
79	NC_017482	TCAAA	2	10	642612	642621	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_017482	TTATT	2	10	658573	658582	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017482	TAAAA	2	10	663845	663854	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017482	TAAAT	2	10	669924	669933	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017482	CTCAC	2	10	678300	678309	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
84	NC_017482	CGATT	2	10	685665	685674	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
85	NC_017482	ATGCT	2	10	688596	688605	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
86	NC_017482	TTTAG	2	10	693363	693372	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017482	GTTGG	2	10	693905	693914	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017482	TTTCT	2	10	694145	694154	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_017482	GGCAC	2	10	702845	702854	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
90	NC_017482	CATGC	2	10	718128	718137	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
91	NC_017482	GTAAA	2	10	719953	719962	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017482	ACAAA	2	10	724185	724194	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_017482	TATAA	2	10	746626	746635	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017482	ATAGA	2	10	780620	780629	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017482	AGCAA	2	10	794880	794889	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
96	NC_017482	GCAAA	2	10	818879	818888	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
97	NC_017482	AATGA	2	10	819604	819613	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017482	ACGAT	2	10	820198	820207	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
99	NC_017482	GTCTG	2	10	821571	821580	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
100	NC_017482	TCGTG	2	10	821905	821914	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
101	NC_017482	TCGCA	2	10	822566	822575	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
102	NC_017482	AAACG	2	10	822979	822988	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
103	NC_017482	GAGAT	2	10	825392	825401	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017482	TGGTA	2	10	829731	829740	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017482	GTCTG	2	10	841612	841621	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
106	NC_017482	TCGTG	2	10	841946	841955	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
107	NC_017482	TCGCA	2	10	842607	842616	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
108	NC_017482	AAACG	2	10	843020	843029	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
109	NC_017482	GAGAT	2	10	845433	845442	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017482	TGATA	2	10	846011	846020	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017482	ACTGA	2	10	854109	854118	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
112	NC_017482	CATTT	2	10	861566	861575	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
113	NC_017482	TCATT	2	10	873682	873691	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
114	NC_017482	CATAG	2	10	877605	877614	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
115	NC_017482	TCGCT	2	10	880807	880816	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
116	NC_017482	ATTTT	2	10	917811	917820	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017482	GTTTA	2	10	934545	934554	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017482	ATTTA	2	10	946117	946126	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017482	GGGCA	2	10	946140	946149	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
120	NC_017482	GTTTT	2	10	963740	963749	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017482	AGTTT	2	10	976499	976508	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017482	AAAAT	2	10	992067	992076	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017482	GTTTG	2	10	1004099	1004108	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017482	TGAAC	2	10	1011926	1011935	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
125	NC_017482	CACTT	2	10	1011995	1012004	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
126	NC_017482	GACCC	2	10	1012290	1012299	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
127	NC_017482	GAGCC	2	10	1012399	1012408	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
128	NC_017482	CATTT	2	10	1034182	1034191	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_017482	TTTTA	2	10	1044153	1044162	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017482	TGATG	2	10	1049045	1049054	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017482	TTTAG	2	10	1052649	1052658	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017482	TGGAG	2	10	1061018	1061027	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017482	CCTCA	2	10	1061984	1061993	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
134	NC_017482	TTTTA	2	10	1067572	1067581	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017482	TAGTA	2	10	1071105	1071114	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017482	TTAAA	2	10	1076703	1076712	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017482	CAAAA	2	10	1085067	1085076	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_017482	ACGAT	2	10	1096690	1096699	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
139	NC_017482	TAAAA	2	10	1100484	1100493	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017482	GAATA	2	10	1105522	1105531	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017482	TCATG	2	10	1115694	1115703	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
142	NC_017482	ATTGT	2	10	1116655	1116664	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017482	GTGAA	2	10	1139052	1139061	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017482	ACTAA	2	10	1139421	1139430	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
145	NC_017482	TGGGG	2	10	1140005	1140014	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017482	AAATT	2	10	1145524	1145533	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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283	NC_017482	TTTAG	2	10	2377346	2377355	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
284	NC_017482	TCAAA	2	10	2377360	2377369	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
285	NC_017482	TTTGA	2	10	2388260	2388269	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
286	NC_017482	TACAT	2	10	2389614	2389623	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
287	NC_017482	TTTAA	2	10	2396114	2396123	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
288	NC_017482	GCCAT	2	10	2399192	2399201	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
289	NC_017482	TTGTA	2	10	2407685	2407694	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
290	NC_017482	TAAAT	2	10	2412941	2412950	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
291	NC_017482	CCTTC	2	10	2424253	2424262	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
292	NC_017482	CTTAA	2	10	2429311	2429320	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
293	NC_017482	TTTTG	2	10	2429377	2429386	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
294	NC_017482	CAAAA	2	10	2430997	2431006	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
295	NC_017482	CAAGG	2	10	2432692	2432701	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
296	NC_017482	TGTGC	2	10	2451741	2451750	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
297	NC_017482	AATTG	2	10	2458754	2458763	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
298	NC_017482	CTGGT	2	10	2462260	2462269	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
299	NC_017482	CTGGC	2	10	2463614	2463623	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
300	NC_017482	ACACC	2	10	2475984	2475993	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
301	NC_017482	TCCAA	2	10	2477229	2477238	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
302	NC_017482	TCTTT	2	10	2482063	2482072	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
303	NC_017482	TACGC	2	10	2493887	2493896	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
304	NC_017482	CTCTT	2	10	2520979	2520988	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
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309	NC_017482	ATGCG	2	10	2563349	2563358	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
310	NC_017482	CACGA	2	10	2564224	2564233	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
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312	NC_017482	CCAAG	2	10	2581357	2581366	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
313	NC_017482	ACAAG	2	10	2588288	2588297	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
314	NC_017482	TTTGT	2	10	2595423	2595432	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
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318	NC_017482	GCCAA	2	10	2632163	2632172	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
319	NC_017482	CTGGG	2	10	2633488	2633497	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
320	NC_017482	ACGTT	2	10	2644874	2644883	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
321	NC_017482	CAGTC	2	10	2650711	2650720	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
322	NC_017482	TTCTA	2	10	2672023	2672032	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
323	NC_017482	TTTAA	2	10	2674746	2674755	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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325	NC_017482	TTTGG	2	10	2695985	2695994	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
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327	NC_017482	TCTTG	2	10	2706183	2706192	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
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330	NC_017482	GATTC	2	10	2756009	2756018	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
331	NC_017482	ACATA	2	10	2756171	2756180	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
332	NC_017482	CCCAA	2	10	2756438	2756447	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
333	NC_017482	TCTTG	2	10	2765335	2765344	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
334	NC_017482	TGAGC	2	10	2782998	2783007	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
335	NC_017482	GCTAA	2	10	2783130	2783139	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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341	NC_017482	ACGTT	2	10	2798307	2798316	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
342	NC_017482	TAATG	2	10	2801224	2801233	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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346	NC_017482	GAACT	2	10	2825655	2825664	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
347	NC_017482	GGGTT	2	10	2826010	2826019	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
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350	NC_017482	CATCA	2	10	2852194	2852203	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
351	NC_017482	AAAAT	2	10	2880484	2880493	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
352	NC_017482	CTTTT	2	10	2951024	2951033	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
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355	NC_017482	AACCC	2	10	2985095	2985104	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
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357	NC_017482	GTACA	2	10	2990176	2990185	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
358	NC_017482	ATGTT	2	10	2993602	2993611	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
359	NC_017482	GCTCT	2	10	3002474	3002483	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.