MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Lactobacillus casei BD-II chromosome

Total Repeats: 151

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017474	CTATTA	2	12	1543	1554	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_017474	AAAAGT	2	12	3348	3359	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017474	TTCTTT	2	12	52201	52212	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_017474	TGATCT	2	12	76420	76431	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_017474	GGAGAA	2	12	77598	77609	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017474	AAAAAT	2	12	78783	78794	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017474	AATATA	2	12	86045	86056	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017474	TAGGGG	2	12	87569	87580	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017474	GGCAAT	2	12	88331	88342	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_017474	TCCCCA	2	12	88435	88446	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
11	NC_017474	GTTTTT	2	12	88494	88505	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017474	TAGTTA	2	12	91498	91509	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017474	TCGCAG	2	12	133791	133802	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_017474	GTGAGC	2	12	138892	138903	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_017474	TATTTT	2	12	144668	144679	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017474	GTGATG	2	12	147093	147104	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017474	GAATAA	2	12	152738	152749	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017474	TGACAA	2	12	166509	166520	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_017474	ATCAAA	2	12	171201	171212	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_017474	TAAAAA	2	12	171454	171465	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017474	GGGCAA	2	12	221085	221096	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_017474	TGGAAG	2	12	260794	260805	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017474	CTGCGA	2	12	260883	260894	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_017474	TAAAAA	2	12	289541	289552	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017474	CTGCGA	2	12	305203	305214	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_017474	TTGTAA	2	12	350012	350023	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017474	AATGTA	2	12	358615	358626	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017474	ATATTG	2	12	363691	363702	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017474	TCTTTT	2	12	364605	364616	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_017474	AAAATA	2	12	394282	394293	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017474	AATTTT	2	12	405648	405659	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017474	CTGGTA	2	12	461317	461328	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_017474	CTCTAT	2	12	461736	461747	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_017474	GGTTTC	2	12	463732	463743	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_017474	TGAAGA	2	12	475205	475216	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017474	ATTTGT	2	12	478820	478831	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017474	ACCTGA	2	12	497092	497103	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_017474	TCAGGA	2	12	515003	515014	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_017474	GGCAAT	2	12	515718	515729	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_017474	CTGACG	2	12	515846	515857	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_017474	CAACAT	2	12	557934	557945	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_017474	TCTAAA	2	12	619202	619213	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_017474	GAAACG	2	12	648937	648948	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_017474	TGCGAC	2	12	679485	679496	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_017474	GAAAAA	2	12	715698	715709	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017474	AAAACA	2	12	720765	720776	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_017474	GAGGAT	2	12	728903	728914	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017474	CTGCGA	2	12	755560	755571	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_017474	TCGCAG	2	12	790916	790927	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_017474	TCGCAG	2	12	819311	819322	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_017474	AAAATA	2	12	822233	822244	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017474	TGGAAG	2	12	882998	883009	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017474	CTGCGA	2	12	883087	883098	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_017474	TGTTAT	2	12	884105	884116	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017474	TATACT	2	12	891148	891159	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_017474	TGGAAG	2	12	904676	904687	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017474	CTGCGA	2	12	904765	904776	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_017474	TCGCAG	2	12	913079	913090	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_017474	TCGCAG	2	12	913203	913214	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_017474	TATTTT	2	12	961505	961516	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017474	CTGCGA	2	12	987134	987145	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_017474	AAAAAT	2	12	1047856	1047867	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017474	TGGTAT	2	12	1154970	1154981	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017474	TTTAGT	2	12	1156715	1156726	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017474	CGATTT	2	12	1158563	1158574	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_017474	GTTGAA	2	12	1160051	1160062	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017474	TGAATT	2	12	1190299	1190310	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017474	CTGCGA	2	12	1195611	1195622	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_017474	CCGACA	2	12	1199187	1199198	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
70	NC_017474	GAAAAG	2	12	1293161	1293172	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017474	AACGAA	2	12	1349881	1349892	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_017474	TCCACC	2	12	1369042	1369053	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
73	NC_017474	AGCGCA	2	12	1434424	1434435	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_017474	TGAAAA	2	12	1501601	1501612	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017474	GATAGT	2	12	1519968	1519979	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017474	TCGCAG	2	12	1553842	1553853	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_017474	AGGATG	2	12	1555976	1555987	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017474	TCGCAG	2	12	1586547	1586558	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_017474	CGAAAA	2	12	1586600	1586611	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_017474	GATCAG	2	12	1586834	1586845	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_017474	TCGCAG	2	12	1613081	1613092	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_017474	CTTATT	2	12	1618418	1618429	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_017474	TTTGTC	2	12	1669789	1669800	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_017474	TTTTGA	2	12	1677329	1677340	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017474	GCACGC	2	12	1693407	1693418	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
86	NC_017474	AATGCT	2	12	1697946	1697957	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_017474	ACAGGT	2	12	1702896	1702907	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_017474	CTGCGA	2	12	1772250	1772261	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_017474	CCTGCC	2	12	1797322	1797333	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
90	NC_017474	TGCCAA	2	12	1808638	1808649	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_017474	ATACCG	2	12	1809188	1809199	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_017474	GCAATC	2	12	1810666	1810677	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_017474	TCTTTG	2	12	1819527	1819538	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_017474	TCGCCA	2	12	1905607	1905618	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
95	NC_017474	ATCAAA	2	12	1908163	1908174	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_017474	TTGTTT	2	12	1918431	1918442	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017474	TTACGA	2	12	1931876	1931887	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_017474	TCGCAG	2	12	1978431	1978442	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_017474	CACTTC	2	12	1978594	1978605	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
100	NC_017474	ATTGTT	2	12	1987192	1987203	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017474	CATGGT	2	12	1996694	1996705	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_017474	GACATG	2	12	2034462	2034473	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_017474	TAACCT	2	12	2044665	2044676	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_017474	CTTTCA	2	12	2047727	2047738	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_017474	ACCGCT	2	12	2058104	2058115	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
106	NC_017474	GATAGC	2	12	2119104	2119115	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_017474	ATAACA	2	12	2121058	2121069	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_017474	AAATAA	2	12	2143658	2143669	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017474	TGAATC	2	12	2179481	2179492	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_017474	TCGCAG	2	12	2188151	2188162	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_017474	CGTTGT	2	12	2221580	2221591	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_017474	CTGCGA	2	12	2237595	2237606	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_017474	TCATTT	2	12	2264577	2264588	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_017474	GATATG	2	12	2270039	2270050	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017474	ATTTAA	2	12	2279202	2279213	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017474	AAATTG	2	12	2289858	2289869	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017474	CTGCGA	2	12	2306638	2306649	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_017474	GAGACC	2	12	2318703	2318714	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_017474	TATTTT	2	12	2346019	2346030	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017474	GTGAGC	2	12	2365765	2365776	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_017474	TTCGCA	2	12	2380708	2380719	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_017474	TAACAA	2	12	2420859	2420870	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_017474	CATGAA	2	12	2429884	2429895	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_017474	AATTTA	2	12	2432215	2432226	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017474	AAATTA	2	12	2452786	2452797	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017474	GTCTTC	2	12	2462996	2463007	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_017474	TTTAGA	2	12	2500217	2500228	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017474	CTTGTT	2	12	2513797	2513808	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_017474	ACATAT	2	12	2540002	2540013	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_017474	AACGGC	2	12	2608949	2608960	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_017474	TCGCAG	2	12	2618653	2618664	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_017474	TTTGAC	2	12	2629471	2629482	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
133	NC_017474	TCGCAG	2	12	2630566	2630577	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_017474	CACTTC	2	12	2630729	2630740	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
135	NC_017474	TTAAGA	2	12	2679228	2679239	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017474	AAAAAC	2	12	2685282	2685293	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
137	NC_017474	ATGACC	2	12	2724161	2724172	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_017474	TTTCAG	2	12	2772128	2772139	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
139	NC_017474	AAATTT	2	12	2777398	2777409	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017474	TAAACG	2	12	2808313	2808324	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
141	NC_017474	CGCAGG	2	12	2808329	2808340	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_017474	GGTCAG	2	12	2860875	2860886	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
143	NC_017474	TCGCAG	2	12	2865910	2865921	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_017474	GCGGCA	2	12	2869727	2869738	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_017474	TGGTGC	2	12	2885613	2885624	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
146	NC_017474	TCCTAT	2	12	2928672	2928683	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
147	NC_017474	ATTTCC	2	12	2946120	2946131	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
148	NC_017474	TCGCAG	2	12	2971591	2971602	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
149	NC_017474	GTGAGC	2	12	2972593	2972604	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
150	NC_017474	TTTCTA	2	12	3051797	3051808	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
151	NC_017474	TACTGC	2	12	3051879	3051890	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.