MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Lactobacillus casei LC2W chromosome

Total Repeats: 158

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017473	CTATTA	2	12	1543	1554	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_017473	AAAAGT	2	12	3348	3359	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017473	TTCTGT	2	12	46607	46618	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_017473	TGCTGT	2	12	47836	47847	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_017473	AAAATT	2	12	48683	48694	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017473	TTCTTT	2	12	52201	52212	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_017473	CAATAA	2	12	66539	66550	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_017473	AACTGA	2	12	67128	67139	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_017473	AGCGCA	2	12	68737	68748	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_017473	TTACGG	2	12	69068	69079	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_017473	TGACCA	2	12	69629	69640	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_017473	GCAACC	2	12	71109	71120	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
13	NC_017473	TGATCT	2	12	76420	76431	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_017473	TGATCT	2	12	79121	79132	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_017473	GGAGAA	2	12	80299	80310	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017473	AAAAAT	2	12	81484	81495	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017473	AATATA	2	12	88746	88757	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017473	TAGGGG	2	12	90270	90281	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017473	GGCAAT	2	12	91032	91043	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_017473	TCCCCA	2	12	91136	91147	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
21	NC_017473	GTTTTT	2	12	91195	91206	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017473	TAGTTA	2	12	94199	94210	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017473	TCGCAG	2	12	136492	136503	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_017473	GTGAGC	2	12	141593	141604	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_017473	TGGGTA	2	12	146275	146286	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017473	TATTTT	2	12	147369	147380	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017473	GTGATG	2	12	149794	149805	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017473	GAATAA	2	12	155439	155450	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017473	TGACAA	2	12	169210	169221	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_017473	ATCAAA	2	12	173902	173913	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_017473	TAAAAA	2	12	174155	174166	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017473	GGGCAA	2	12	223786	223797	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_017473	TGGAAG	2	12	263495	263506	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017473	CTGCGA	2	12	263584	263595	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_017473	CAAGCG	2	12	269178	269189	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_017473	TAAAAA	2	12	292242	292253	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017473	CTGCGA	2	12	307904	307915	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_017473	TTGTAA	2	12	352713	352724	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017473	ATATTG	2	12	366633	366644	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017473	TCTTTT	2	12	367547	367558	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_017473	AAAATA	2	12	397224	397235	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017473	AATTTT	2	12	408590	408601	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017473	CTCTAT	2	12	464678	464689	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_017473	TGAAGA	2	12	478147	478158	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017473	ATTTGT	2	12	481762	481773	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017473	ACCTGA	2	12	500034	500045	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_017473	TCAGGA	2	12	517945	517956	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_017473	GGCAAT	2	12	518660	518671	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_017473	CTGACG	2	12	518788	518799	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_017473	CAACAT	2	12	560876	560887	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_017473	TCTAAA	2	12	629299	629310	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_017473	GAAACG	2	12	659034	659045	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_017473	TGCGAC	2	12	689582	689593	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_017473	AACAAA	2	12	696540	696551	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_017473	GAAAAA	2	12	725795	725806	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017473	AAAACA	2	12	730874	730885	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_017473	GAGGAT	2	12	739012	739023	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017473	TCGCAG	2	12	762680	762691	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_017473	CTGCGA	2	12	765669	765680	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_017473	TCGCAG	2	12	801026	801037	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_017473	TCGCAG	2	12	829421	829432	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_017473	AAAATA	2	12	832343	832354	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017473	TGGAAG	2	12	893108	893119	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017473	CTGCGA	2	12	893197	893208	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_017473	TGTTAT	2	12	894215	894226	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017473	TATACT	2	12	901258	901269	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_017473	TGGAAG	2	12	914786	914797	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017473	CTGCGA	2	12	914875	914886	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_017473	TCGCAG	2	12	923189	923200	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_017473	TCGCAG	2	12	923313	923324	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_017473	TATTTT	2	12	971615	971626	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017473	CTGCGA	2	12	997244	997255	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_017473	AAAAAT	2	12	1057967	1057978	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017473	TTTAGT	2	12	1166827	1166838	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017473	TGAATT	2	12	1200411	1200422	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017473	CTGCGA	2	12	1205723	1205734	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_017473	CCGACA	2	12	1209299	1209310	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
78	NC_017473	GAAAAG	2	12	1262271	1262282	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017473	AACGAA	2	12	1318992	1319003	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_017473	TCAAGC	2	12	1393964	1393975	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_017473	TGGTCA	2	12	1395198	1395209	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_017473	AGCGCA	2	12	1403536	1403547	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_017473	ATACCG	2	12	1416459	1416470	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_017473	TGAAAA	2	12	1470713	1470724	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017473	GATAGT	2	12	1489080	1489091	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017473	TCGCAG	2	12	1522954	1522965	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_017473	AGGATG	2	12	1525088	1525099	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017473	TCGCAG	2	12	1555661	1555672	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_017473	CGAAAA	2	12	1555714	1555725	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_017473	GATCAG	2	12	1555948	1555959	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_017473	TCGCAG	2	12	1582195	1582206	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_017473	CTTATT	2	12	1587532	1587543	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_017473	TTTGTC	2	12	1638903	1638914	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_017473	TTTTGA	2	12	1646443	1646454	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017473	GCACGC	2	12	1662521	1662532	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
96	NC_017473	AATGCT	2	12	1667060	1667071	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_017473	ACAGGT	2	12	1672010	1672021	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_017473	CTGCGA	2	12	1741364	1741375	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_017473	CCTGCC	2	12	1766436	1766447	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
100	NC_017473	TCTTTG	2	12	1788641	1788652	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_017473	TCGCCA	2	12	1874721	1874732	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
102	NC_017473	ATCAAA	2	12	1877277	1877288	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_017473	TTGTTT	2	12	1887545	1887556	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017473	TTACGA	2	12	1900990	1901001	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_017473	TCGCAG	2	12	1947545	1947556	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_017473	CACTTC	2	12	1947708	1947719	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
107	NC_017473	ATTGTT	2	12	1956306	1956317	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017473	CATGGT	2	12	1965808	1965819	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_017473	GACATG	2	12	2003576	2003587	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_017473	TAACCT	2	12	2013779	2013790	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_017473	CTTTCA	2	12	2016841	2016852	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_017473	ACCGCT	2	12	2027218	2027229	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
113	NC_017473	GTTGCT	2	12	2047703	2047714	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_017473	CCGGAA	2	12	2049545	2049556	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_017473	GATAGC	2	12	2088218	2088229	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_017473	ATAACA	2	12	2090172	2090183	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_017473	AAATAA	2	12	2112772	2112783	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017473	TGAATC	2	12	2148595	2148606	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_017473	TCGCAG	2	12	2157265	2157276	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_017473	CGTTGT	2	12	2190694	2190705	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_017473	CTGCGA	2	12	2206709	2206720	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_017473	TCATTT	2	12	2233691	2233702	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_017473	GATATG	2	12	2239153	2239164	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017473	ATTTAA	2	12	2248316	2248327	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017473	AAATTG	2	12	2258972	2258983	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017473	CTGCGA	2	12	2275752	2275763	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_017473	GAGACC	2	12	2287817	2287828	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_017473	TATTTT	2	12	2315133	2315144	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017473	GTGAGC	2	12	2334879	2334890	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_017473	TTCGCA	2	12	2349822	2349833	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_017473	TAACAA	2	12	2389973	2389984	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
132	NC_017473	AATTTA	2	12	2401329	2401340	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017473	AAATTA	2	12	2421900	2421911	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017473	GTCTTC	2	12	2432110	2432121	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_017473	TTTAGA	2	12	2469332	2469343	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017473	CTTGTT	2	12	2482912	2482923	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
137	NC_017473	ACATAT	2	12	2509117	2509128	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
138	NC_017473	AACGGC	2	12	2578062	2578073	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_017473	TCGCAG	2	12	2587766	2587777	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_017473	TTTGAC	2	12	2598584	2598595	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
141	NC_017473	TCGCAG	2	12	2599679	2599690	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_017473	CACTTC	2	12	2599842	2599853	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
143	NC_017473	TTAAGA	2	12	2648341	2648352	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017473	AAAAAC	2	12	2654395	2654406	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
145	NC_017473	ATGACC	2	12	2693274	2693285	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_017473	TTTCAG	2	12	2741241	2741252	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
147	NC_017473	AAATTT	2	12	2746511	2746522	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017473	TAAACG	2	12	2777426	2777437	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
149	NC_017473	CGCAGG	2	12	2777442	2777453	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
150	NC_017473	GGTCAG	2	12	2829990	2830001	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
151	NC_017473	TCGCAG	2	12	2835025	2835036	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
152	NC_017473	GCGGCA	2	12	2838842	2838853	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
153	NC_017473	TCCTAT	2	12	2897788	2897799	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
154	NC_017473	ATTTCC	2	12	2915236	2915247	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
155	NC_017473	TCGCAG	2	12	2940707	2940718	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
156	NC_017473	GTGAGC	2	12	2941709	2941720	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
157	NC_017473	TTTCTA	2	12	3020913	3020924	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
158	NC_017473	TACTGC	2	12	3020995	3021006	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.