MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Lactobacillus amylovorus GRL1118 chromosome

Total Repeats: 306

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017470	AGGAA	2	10	9284	9293	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017470	GATTT	2	10	10167	10176	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017470	ATAAA	2	10	14261	14270	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017470	TAAAA	2	10	35224	35233	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017470	AAGGA	2	10	40064	40073	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017470	TATCT	2	10	40809	40818	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_017470	TAAAA	2	10	46660	46669	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017470	CTTTT	2	10	47123	47132	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_017470	CAATT	2	10	48489	48498	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_017470	TCATT	2	10	48576	48585	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_017470	GGTAA	2	10	56178	56187	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017470	TCGTG	2	10	56995	57004	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
13	NC_017470	GGCAG	2	10	57394	57403	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
14	NC_017470	AAGGC	2	10	59051	59060	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
15	NC_017470	TTGAA	2	10	59561	59570	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017470	GCCAG	2	10	59893	59902	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
17	NC_017470	AGCGA	2	10	60578	60587	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
18	NC_017470	AGGAA	2	10	60744	60753	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017470	ATCAT	2	10	75654	75663	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_017470	TTCTT	2	10	88098	88107	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_017470	GTAAA	2	10	95348	95357	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017470	ATACT	2	10	105451	105460	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_017470	AGGTT	2	10	107962	107971	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017470	CAATA	2	10	117988	117997	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_017470	AACAA	2	10	120715	120724	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_017470	TTTCT	2	10	124418	124427	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_017470	ATTTT	2	10	152823	152832	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017470	ATTAA	2	10	165250	165259	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017470	AATTT	2	10	178124	178133	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017470	TATAT	2	10	187671	187680	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017470	TTATT	2	10	196683	196692	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017470	AAGTC	2	10	210520	210529	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
33	NC_017470	CAAAA	2	10	212158	212167	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_017470	TTTAT	2	10	214211	214220	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017470	ATAGA	2	10	220079	220088	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017470	AATTT	2	10	228001	228010	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017470	TTAAT	2	10	237631	237640	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017470	TTTAA	2	10	250235	250244	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017470	TTTTA	2	10	251004	251013	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017470	ACTTA	2	10	271122	271131	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_017470	ACGTT	2	10	307480	307489	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_017470	CATTA	2	10	316112	316121	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_017470	TAAAA	2	10	326490	326499	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017470	ATAAA	2	10	344744	344753	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017470	TAAAA	2	10	348510	348519	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017470	TAAAA	2	10	363490	363499	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017470	CAAAA	2	10	366385	366394	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_017470	AAAAT	2	10	369014	369023	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017470	TGAGA	2	10	404641	404650	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017470	GGTAA	2	10	413344	413353	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017470	TCGTG	2	10	414161	414170	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
52	NC_017470	GGCAG	2	10	414560	414569	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
53	NC_017470	GAGAA	2	10	415064	415073	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017470	AAGGC	2	10	416466	416475	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
55	NC_017470	TTGAA	2	10	416976	416985	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017470	GCCAG	2	10	417308	417317	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
57	NC_017470	AGCGA	2	10	417993	418002	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
58	NC_017470	AGGAA	2	10	418159	418168	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017470	TCTAA	2	10	420235	420244	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_017470	GAGAG	2	10	425204	425213	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017470	GGTAA	2	10	431361	431370	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017470	TCGTG	2	10	432178	432187	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
63	NC_017470	GGCAG	2	10	432577	432586	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
64	NC_017470	AAGGC	2	10	434234	434243	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
65	NC_017470	TTGAA	2	10	434744	434753	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017470	GCCAG	2	10	435076	435085	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
67	NC_017470	AGCGA	2	10	435761	435770	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
68	NC_017470	AGGAA	2	10	435927	435936	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017470	GCTTA	2	10	440512	440521	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
70	NC_017470	TAATG	2	10	449835	449844	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017470	ATATA	2	10	462331	462340	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017470	AAGAA	2	10	463681	463690	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017470	TATTT	2	10	466521	466530	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017470	TAAGT	2	10	468296	468305	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017470	TAATT	2	10	468676	468685	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017470	AACTG	2	10	472346	472355	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
77	NC_017470	GAAAG	2	10	472368	472377	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017470	TTAAG	2	10	481812	481821	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017470	TTTAA	2	10	482011	482020	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017470	CTTAA	2	10	482845	482854	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_017470	GTTTG	2	10	487222	487231	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017470	AAGCA	2	10	487576	487585	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
83	NC_017470	AAAGA	2	10	492691	492700	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017470	GCCAA	3	15	503277	503291	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
85	NC_017470	GAGGG	2	10	505051	505060	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017470	GTAAA	2	10	506760	506769	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017470	TAATT	2	10	508799	508808	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017470	ACCAG	2	10	542886	542895	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
89	NC_017470	ATATT	2	10	545303	545312	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017470	GTCTA	2	10	549098	549107	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
91	NC_017470	AAATA	2	10	549280	549289	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017470	TTTTA	2	10	555631	555640	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017470	TGGCC	2	10	563143	563152	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
94	NC_017470	TAATA	2	10	576777	576786	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017470	ATTTT	2	10	579481	579490	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017470	TTAGA	2	10	581567	581576	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017470	AGCTT	2	10	593945	593954	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
98	NC_017470	TAAAA	2	10	611342	611351	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017470	GCAAA	2	10	621267	621276	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_017470	ATTAT	2	10	621311	621320	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017470	TTTTA	2	10	624428	624437	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017470	AAATT	2	10	686720	686729	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017470	GAAAA	2	10	687738	687747	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017470	TAAAA	2	10	697983	697992	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017470	GTTTG	2	10	711889	711898	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017470	TGTAA	2	10	712048	712057	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017470	TTACC	2	10	712344	712353	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
108	NC_017470	TTGAT	2	10	712976	712985	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017470	AGATA	2	10	713192	713201	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017470	TAAAA	2	10	714732	714741	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017470	TCTAT	2	10	715853	715862	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_017470	TAAAA	2	10	719522	719531	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017470	CAATT	2	10	727737	727746	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
114	NC_017470	TTAAA	2	10	727887	727896	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017470	GTTAG	2	10	729313	729322	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017470	ATTAT	2	10	731758	731767	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017470	TTTAG	2	10	748603	748612	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017470	ATTTT	2	10	748651	748660	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017470	ACTAT	2	10	748664	748673	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
120	NC_017470	GTTAT	2	10	752315	752324	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017470	AAAAT	2	10	766976	766985	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017470	TTGAA	2	10	772514	772523	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017470	TTTTA	2	10	772591	772600	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017470	CAGTG	2	10	773309	773318	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
125	NC_017470	TTTTG	2	10	806508	806517	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017470	TAAAA	2	10	812964	812973	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017470	ATAAA	2	10	815864	815873	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017470	TTGGT	2	10	835548	835557	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017470	TAAAT	3	15	838181	838195	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017470	CTAAT	2	10	847991	848000	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NC_017470	AATAA	2	10	850937	850946	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017470	TAACT	2	10	850962	850971	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_017470	TTAAG	2	10	855813	855822	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017470	TGGAA	2	10	856213	856222	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017470	TTTTA	2	10	856440	856449	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017470	CTTAA	2	10	856514	856523	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
137	NC_017470	AATCA	2	10	858992	859001	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_017470	TCTCT	2	10	864622	864631	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
139	NC_017470	TAAAA	2	10	874831	874840	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017470	GAGTT	2	10	876873	876882	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017470	TATTT	2	10	878295	878304	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017470	TAAAA	2	10	883394	883403	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017470	GAGTT	2	10	883754	883763	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017470	AGAGT	2	10	895028	895037	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017470	TTTTA	2	10	895663	895672	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017470	TTGTG	2	10	899623	899632	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017470	AAAGT	2	10	900274	900283	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017470	ATTAA	2	10	901128	901137	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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289	NC_017470	AAATT	2	10	1812878	1812887	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
290	NC_017470	CAAAT	2	10	1812934	1812943	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
291	NC_017470	ATAGT	2	10	1813991	1814000	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
292	NC_017470	TTTTG	2	10	1822013	1822022	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
293	NC_017470	GATAC	2	10	1833468	1833477	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
294	NC_017470	ATCTA	2	10	1845821	1845830	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
295	NC_017470	TTTCC	2	10	1846163	1846172	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
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297	NC_017470	TGCGT	2	10	1847626	1847635	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
298	NC_017470	AGTAA	2	10	1848476	1848485	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
299	NC_017470	ATCTA	2	10	1852156	1852165	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
300	NC_017470	AAGTC	2	10	1853605	1853614	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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302	NC_017470	TTAAA	2	10	1862822	1862831	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
303	NC_017470	AGGCT	2	10	1865750	1865759	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
304	NC_017470	AATTA	2	10	1880439	1880448	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
305	NC_017470	CGAAA	2	10	1886783	1886792	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
306	NC_017470	GTTTC	2	10	1888769	1888778	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.