MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Lactobacillus sanfranciscensis TMW 1.1304 plasmid pLS1

Total Repeats: 445

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015979	CAA	2	6	5	10	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_015979	TAA	2	6	30	35	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_015979	TA	3	6	52	57	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015979	GAAC	2	8	61	68	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
5	NC_015979	T	6	6	97	102	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_015979	ACT	2	6	185	190	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_015979	T	6	6	1827	1832	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_015979	ATA	2	6	1888	1893	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_015979	TAAA	2	8	1905	1912	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_015979	ATC	2	6	1964	1969	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_015979	GAC	2	6	1996	2001	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_015979	GAA	2	6	2002	2007	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_015979	AAG	2	6	2055	2060	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_015979	ACT	2	6	2090	2095	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_015979	TGG	2	6	2128	2133	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_015979	A	6	6	2137	2142	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_015979	GAA	2	6	2173	2178	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_015979	ATT	2	6	2259	2264	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_015979	TGA	2	6	2322	2327	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_015979	AAGTGA	2	12	2335	2346	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_015979	A	6	6	2891	2896	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_015979	A	7	7	2933	2939	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_015979	GTT	2	6	2964	2969	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_015979	A	6	6	2970	2975	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015979	AATC	2	8	2982	2989	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
26	NC_015979	ATA	2	6	3043	3048	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_015979	AAAG	2	8	3105	3112	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
28	NC_015979	A	6	6	3185	3190	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015979	ATT	2	6	3192	3197	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_015979	A	7	7	3212	3218	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_015979	T	6	6	3237	3242	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_015979	TCT	2	6	3295	3300	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_015979	CCA	2	6	3388	3393	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
34	NC_015979	TAA	2	6	3396	3401	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_015979	GAA	2	6	3415	3420	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_015979	TGTTTT	2	12	3450	3461	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_015979	ATAA	2	8	3462	3469	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015979	T	7	7	3488	3494	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_015979	ATT	2	6	3500	3505	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_015979	ATT	2	6	3509	3514	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_015979	CTA	2	6	3522	3527	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_015979	TTG	2	6	3617	3622	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_015979	ACT	2	6	3686	3691	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_015979	TAG	2	6	3697	3702	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
45	NC_015979	A	6	6	3792	3797	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_015979	TAGCAT	2	12	3814	3825	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_015979	TCT	2	6	3857	3862	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_015979	T	7	7	3948	3954	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_015979	TTC	2	6	3959	3964	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_015979	ATA	2	6	3978	3983	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_015979	TTCC	2	8	3985	3992	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
52	NC_015979	TAA	2	6	4612	4617	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_015979	A	6	6	4627	4632	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_015979	TAATT	2	10	4647	4656	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_015979	CAT	2	6	4686	4691	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_015979	CAA	2	6	4692	4697	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_015979	AAT	2	6	4886	4891	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_015979	GAT	3	9	4950	4958	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
59	NC_015979	TCG	2	6	5076	5081	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_015979	AAG	2	6	5172	5177	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
61	NC_015979	AAG	2	6	5182	5187	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
62	NC_015979	CAA	2	6	5201	5206	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_015979	AAAAAT	2	12	5208	5219	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_015979	TGA	2	6	5260	5265	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_015979	A	7	7	5305	5311	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_015979	TAC	2	6	5513	5518	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_015979	GT	3	6	5522	5527	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
68	NC_015979	AGT	2	6	5555	5560	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_015979	TAAA	2	8	5565	5572	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_015979	AG	3	6	5602	5607	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
71	NC_015979	TAAT	2	8	5660	5667	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_015979	GGAT	2	8	5699	5706	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
73	NC_015979	CAT	2	6	6197	6202	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_015979	TATCA	2	10	6213	6222	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_015979	AGG	2	6	6227	6232	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_015979	GAC	2	6	7539	7544	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_015979	ATG	2	6	7615	7620	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
78	NC_015979	GTG	2	6	7653	7658	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_015979	T	7	7	8410	8416	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_015979	AT	3	6	8421	8426	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_015979	TAT	2	6	8432	8437	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_015979	AAT	2	6	8453	8458	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_015979	A	6	6	8485	8490	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_015979	TTAA	2	8	8856	8863	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_015979	TAT	2	6	8869	8874	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_015979	GCA	2	6	8876	8881	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_015979	TAG	2	6	8938	8943	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_015979	ACTA	2	8	8946	8953	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
89	NC_015979	ATT	2	6	8975	8980	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_015979	AT	3	6	8993	8998	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_015979	C	6	6	9007	9012	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
92	NC_015979	CAC	3	9	9045	9053	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
93	NC_015979	ATTT	2	8	9074	9081	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_015979	T	6	6	9079	9084	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_015979	TATC	2	8	9092	9099	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
96	NC_015979	GGA	2	6	9485	9490	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_015979	ATG	2	6	9492	9497	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
98	NC_015979	AAT	2	6	9501	9506	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_015979	TTA	2	6	10782	10787	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_015979	ATTT	2	8	10801	10808	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_015979	TAA	2	6	10881	10886	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_015979	AT	3	6	10901	10906	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_015979	GAAA	2	8	10941	10948	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
104	NC_015979	TAAG	2	8	10979	10986	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
105	NC_015979	T	6	6	11012	11017	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_015979	T	6	6	11694	11699	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_015979	AGC	2	6	11703	11708	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_015979	ATG	2	6	11726	11731	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
109	NC_015979	TTA	2	6	11756	11761	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_015979	AAC	2	6	11773	11778	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_015979	TGT	2	6	11806	11811	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
112	NC_015979	TTC	2	6	11816	11821	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_015979	TAG	2	6	11833	11838	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
114	NC_015979	AAAAT	2	10	11883	11892	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_015979	T	6	6	11957	11962	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_015979	TAAT	2	8	11964	11971	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_015979	T	7	7	11978	11984	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_015979	GCA	2	6	14086	14091	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_015979	ATG	2	6	14100	14105	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_015979	CTC	2	6	14821	14826	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
121	NC_015979	AACTC	2	10	14841	14850	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
122	NC_015979	AG	3	6	14896	14901	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
123	NC_015979	TC	3	6	14920	14925	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
124	NC_015979	AGGA	2	8	14929	14936	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
125	NC_015979	CAAA	2	8	14971	14978	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
126	NC_015979	T	7	7	15008	15014	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_015979	AT	3	6	15019	15024	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_015979	TAT	2	6	15030	15035	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_015979	AAT	2	6	15051	15056	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_015979	A	6	6	15083	15088	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_015979	TAG	2	6	15126	15131	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
132	NC_015979	AT	3	6	15151	15156	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_015979	AAAAT	2	10	15195	15204	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_015979	T	6	6	16211	16216	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_015979	TAA	2	6	16304	16309	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_015979	TC	3	6	16337	16342	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
137	NC_015979	TTA	2	6	16350	16355	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_015979	TC	3	6	16367	16372	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
139	NC_015979	TTC	2	6	16377	16382	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_015979	ATA	2	6	16390	16395	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_015979	TAT	2	6	16400	16405	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_015979	TTA	2	6	16461	16466	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_015979	ATTT	2	8	16613	16620	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_015979	T	6	6	16618	16623	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_015979	TGG	2	6	16631	16636	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
146	NC_015979	T	6	6	16681	16686	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_015979	CAA	2	6	16777	16782	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
148	NC_015979	ATT	2	6	18217	18222	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_015979	CCT	2	6	18268	18273	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
150	NC_015979	GTTTT	2	10	18275	18284	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
151	NC_015979	ATT	2	6	18294	18299	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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158	NC_015979	CTT	2	6	18551	18556	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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160	NC_015979	TAA	2	6	18696	18701	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
161	NC_015979	TGG	2	6	18702	18707	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
162	NC_015979	ATA	2	6	18722	18727	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_015979	AAATT	2	10	23806	23815	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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168	NC_015979	CTTT	2	8	26598	26605	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
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174	NC_015979	TTC	2	6	28287	28292	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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439	NC_015979	AAAT	2	8	58483	58490	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
440	NC_015979	A	6	6	58518	58523	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
441	NC_015979	CATA	2	8	58554	58561	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
442	NC_015979	ACA	2	6	58593	58598	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
443	NC_015979	A	6	6	58679	58684	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
444	NC_015979	CGT	2	6	58687	58692	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
445	NC_015979	ACG	2	6	58705	58710	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.