MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Lactobacillus sanfranciscensis TMW 1.1304 chromosome

Total Repeats: 242

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015978	ATATA	2	10	9222	9231	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015978	ATAGA	2	10	10523	10532	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_015978	GTTAT	2	10	15866	15875	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015978	ATTTT	2	10	31424	31433	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_015978	ACGAG	2	10	34841	34850	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
6	NC_015978	TTAAT	2	10	37725	37734	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_015978	TCGTG	2	10	41799	41808	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
8	NC_015978	GTTAA	2	10	42495	42504	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_015978	AGTGC	2	10	50274	50283	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
10	NC_015978	CTAAA	2	10	69761	69770	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_015978	TTTCC	2	10	81600	81609	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
12	NC_015978	ACATT	2	10	84664	84673	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_015978	TGTTA	2	10	87054	87063	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_015978	AATTT	2	10	91281	91290	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_015978	TTTAT	2	10	101634	101643	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_015978	GTTTC	2	10	103846	103855	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
17	NC_015978	CTATA	2	10	104204	104213	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_015978	AGTTT	2	10	118968	118977	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_015978	TCGTG	2	10	122224	122233	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
20	NC_015978	GTTAA	2	10	123011	123020	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_015978	TAAAA	2	10	126173	126182	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_015978	AATCA	2	10	141140	141149	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_015978	ATTTA	2	10	147004	147013	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_015978	TAAAC	2	10	147608	147617	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_015978	TGAAT	2	10	147774	147783	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_015978	CTATA	2	10	149115	149124	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_015978	ATTCA	2	10	156680	156689	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_015978	CTTTA	2	10	157441	157450	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_015978	GTATT	2	10	159378	159387	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_015978	ATCAA	2	10	159408	159417	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_015978	AAATG	2	10	164438	164447	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_015978	TAATA	2	10	180249	180258	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_015978	CCAAT	2	10	189207	189216	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
34	NC_015978	GAATT	2	10	190954	190963	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_015978	CTTTA	2	10	195996	196005	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_015978	CAAAA	2	10	207469	207478	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_015978	AAAAT	2	10	213924	213933	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015978	ATTCA	2	10	215217	215226	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_015978	TTTTG	2	10	218527	218536	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_015978	TTGTC	2	10	218926	218935	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
41	NC_015978	CAAAT	2	10	219769	219778	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_015978	TAATT	2	10	232900	232909	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_015978	GCCAA	2	10	242613	242622	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
44	NC_015978	TGAAT	2	10	242946	242955	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_015978	TTAGA	2	10	246580	246589	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_015978	ATTGA	2	10	251716	251725	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_015978	TAGTT	2	10	251875	251884	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_015978	TTATT	2	10	252936	252945	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_015978	ATTAT	2	10	254092	254101	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_015978	AAATT	2	10	254167	254176	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_015978	AAATT	2	10	257381	257390	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_015978	ATGTA	2	10	257527	257536	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_015978	TAACA	2	10	262441	262450	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_015978	TTTAT	2	10	269784	269793	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_015978	ATTTT	2	10	272483	272492	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_015978	TAAAA	2	10	280360	280369	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_015978	AATTT	2	10	284914	284923	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_015978	TTTTA	2	10	286387	286396	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_015978	AGTAT	2	10	287211	287220	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_015978	AATTT	2	10	289669	289678	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_015978	TTAGT	2	10	314948	314957	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_015978	AATTA	2	10	319083	319092	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_015978	TGATA	2	10	336135	336144	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_015978	TTTAA	2	10	338027	338036	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_015978	TGGAA	2	10	354611	354620	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
66	NC_015978	ATATT	2	10	360264	360273	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_015978	TCGTG	2	10	361635	361644	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
68	NC_015978	GTTAA	2	10	362420	362429	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_015978	TAAAA	2	10	365631	365640	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_015978	ATATT	2	10	366629	366638	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_015978	AAATT	2	10	366665	366674	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_015978	TATTT	2	10	366792	366801	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_015978	ATTAA	2	10	366969	366978	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_015978	TCGTG	2	10	368411	368420	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
75	NC_015978	GTTAA	2	10	369196	369205	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_015978	TAAAT	2	10	387644	387653	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_015978	ATTGT	2	10	398852	398861	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_015978	GTTAT	2	10	413606	413615	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_015978	TCGTG	2	10	423184	423193	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
80	NC_015978	GTTAA	2	10	424097	424106	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_015978	ATTTT	2	10	431222	431231	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_015978	GTTTT	2	10	432140	432149	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_015978	AAATT	2	10	444933	444942	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_015978	AAAGA	2	10	444952	444961	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_015978	TTTTG	2	10	446505	446514	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_015978	GATAT	2	10	446530	446539	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_015978	TGATT	2	10	469842	469851	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_015978	AATTA	2	10	472248	472257	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_015978	TTTTA	2	10	478680	478689	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_015978	AATAT	2	10	487851	487860	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_015978	ATATT	2	10	510799	510808	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_015978	TGATT	2	10	511562	511571	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_015978	TTATT	2	10	511648	511657	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_015978	TAAAA	2	10	516539	516548	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_015978	TAAAT	2	10	518884	518893	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_015978	TAAAT	2	10	519848	519857	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_015978	TTAAA	2	10	533062	533071	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_015978	ATGAA	2	10	533260	533269	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_015978	TTAAA	2	10	533296	533305	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_015978	TTATT	2	10	535688	535697	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_015978	GATTT	2	10	537489	537498	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_015978	AAAAT	2	10	537583	537592	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_015978	TTTTG	2	10	541619	541628	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_015978	AATTC	2	10	545389	545398	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_015978	ATTGA	2	10	546349	546358	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_015978	ATTAA	2	10	546538	546547	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_015978	AAAAT	2	10	556645	556654	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_015978	TTTTG	2	10	561167	561176	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_015978	ATTTA	2	10	562400	562409	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_015978	CTATT	2	10	570363	570372	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
111	NC_015978	AAATT	2	10	571778	571787	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_015978	TAAAT	2	10	571795	571804	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_015978	TTGTA	2	10	571916	571925	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_015978	ATTTT	2	10	573180	573189	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_015978	AAATG	2	10	575646	575655	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
116	NC_015978	ATTTA	2	10	576194	576203	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_015978	GGATT	2	10	576378	576387	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
118	NC_015978	CATTC	2	10	591522	591531	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
119	NC_015978	AAATG	2	10	593484	593493	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_015978	AATTT	2	10	594520	594529	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_015978	AAAAT	2	10	595715	595724	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_015978	TAAAA	2	10	595725	595734	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_015978	AAGCA	2	10	595742	595751	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
124	NC_015978	TTATT	2	10	596427	596436	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_015978	AAGTT	2	10	596642	596651	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_015978	AAATG	2	10	597132	597141	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_015978	ATTTC	2	10	597806	597815	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
128	NC_015978	TAAAT	2	10	597870	597879	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_015978	TAAAT	2	10	618175	618184	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_015978	GATTT	2	10	620010	620019	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
131	NC_015978	AATAA	2	10	624466	624475	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_015978	ATGAA	2	10	625073	625082	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
133	NC_015978	TTTAA	2	10	625083	625092	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_015978	TAAAA	2	10	630382	630391	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_015978	CAAAA	2	10	650133	650142	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_015978	TTTTA	2	10	650404	650413	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_015978	TTTTA	2	10	668734	668743	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_015978	AAAAT	2	10	681033	681042	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_015978	ATTTT	2	10	708233	708242	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_015978	TAAAA	2	10	709688	709697	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_015978	GGAAT	2	10	711546	711555	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
142	NC_015978	TAAAA	2	10	734014	734023	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_015978	TTTCT	2	10	773792	773801	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
144	NC_015978	AGCTT	2	10	778112	778121	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
145	NC_015978	TTTAT	2	10	778232	778241	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_015978	ACAAA	2	10	779783	779792	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
147	NC_015978	ATTAT	2	10	783948	783957	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_015978	TTTAA	2	10	785146	785155	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.