MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Lactobacillus ruminis ATCC 27782 chromosome

Total Repeats: 413

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015975	TTATT	2	10	1907	1916	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015975	TAAAA	2	10	3250	3259	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_015975	TTGAA	2	10	9353	9362	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015975	TTTCC	2	10	18035	18044	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
5	NC_015975	CAGCA	2	10	21312	21321	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
6	NC_015975	GTTTT	2	10	38863	38872	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_015975	CTTTT	2	10	38970	38979	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_015975	ACTTC	2	10	53650	53659	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
9	NC_015975	TGGAG	2	10	53665	53674	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
10	NC_015975	ACCTC	2	10	60887	60896	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
11	NC_015975	AAACA	2	10	61942	61951	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_015975	ATTTT	2	10	66435	66444	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_015975	TTTAA	2	10	66951	66960	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_015975	AAATA	2	10	66965	66974	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_015975	CATTT	2	10	75132	75141	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_015975	GCACA	2	10	76257	76266	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
17	NC_015975	ATTAT	2	10	76346	76355	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_015975	AAATG	2	10	80892	80901	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_015975	TCTGC	2	10	89086	89095	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
20	NC_015975	CGGGT	2	10	90577	90586	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
21	NC_015975	TGTCT	2	10	90668	90677	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_015975	TCGCT	2	10	91013	91022	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
23	NC_015975	TACTA	2	10	91489	91498	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_015975	ATATA	2	10	95275	95284	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015975	TTGAT	2	10	95328	95337	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_015975	CTCAA	2	10	95972	95981	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
27	NC_015975	CCTCA	2	10	97084	97093	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
28	NC_015975	TAAAT	2	10	117938	117947	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015975	AAGAA	2	10	119454	119463	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_015975	CGTTG	2	10	119596	119605	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
31	NC_015975	AAAAC	2	10	128995	129004	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_015975	AGATA	2	10	129455	129464	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_015975	TTATA	2	10	135434	135443	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_015975	AAAGA	2	10	135941	135950	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_015975	AATAT	2	10	136011	136020	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_015975	AGTAA	2	10	138058	138067	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_015975	TTTGG	2	10	138379	138388	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015975	AGGAA	2	10	139525	139534	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
39	NC_015975	TTATT	2	10	142606	142615	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_015975	GACTT	2	10	143827	143836	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
41	NC_015975	ATATA	2	10	159596	159605	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_015975	AGTTT	2	10	159663	159672	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_015975	TAAAT	2	10	173869	173878	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_015975	CATTT	2	10	175390	175399	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_015975	CCGAC	2	10	177508	177517	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
46	NC_015975	GTGAG	2	10	192382	192391	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
47	NC_015975	GAAAA	2	10	198742	198751	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_015975	ATAAG	2	10	202025	202034	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_015975	ATTAG	2	10	204526	204535	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_015975	TGCAG	2	10	235679	235688	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
51	NC_015975	GATGT	2	10	243916	243925	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
52	NC_015975	TTCGC	2	10	243968	243977	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
53	NC_015975	AGGAA	2	10	249014	249023	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
54	NC_015975	CTTCA	2	10	255145	255154	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
55	NC_015975	AAGGC	2	10	256657	256666	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
56	NC_015975	GCTCA	2	10	261936	261945	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
57	NC_015975	CGAAG	2	10	262098	262107	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
58	NC_015975	TCGTG	2	10	275387	275396	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
59	NC_015975	AAACG	2	10	276673	276682	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
60	NC_015975	GGGAG	2	10	276824	276833	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
61	NC_015975	TACCG	2	10	279900	279909	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
62	NC_015975	AATTT	2	10	294236	294245	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_015975	GAAAA	2	10	297655	297664	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_015975	AAATG	2	10	304300	304309	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_015975	TGATA	2	10	316915	316924	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_015975	ACGTT	2	10	318285	318294	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
67	NC_015975	CGCTT	2	10	330280	330289	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
68	NC_015975	CTCCA	2	10	343772	343781	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
69	NC_015975	TGAAG	2	10	343786	343795	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
70	NC_015975	AAATG	2	10	351102	351111	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_015975	TCAAA	2	10	363991	364000	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_015975	TCCTT	2	10	368381	368390	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
73	NC_015975	TGAAA	2	10	368635	368644	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_015975	GCTTC	2	10	381844	381853	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
75	NC_015975	TTGAG	2	10	382006	382015	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
76	NC_015975	ATTTA	2	10	382449	382458	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_015975	GATTA	2	10	386989	386998	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_015975	TTGCT	2	10	387285	387294	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
79	NC_015975	AATTA	2	10	390081	390090	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_015975	ATTTT	2	10	393530	393539	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_015975	AAAAT	2	10	393659	393668	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_015975	ATCGA	2	10	393731	393740	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
83	NC_015975	TCGTG	2	10	395027	395036	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
84	NC_015975	AAACG	2	10	396091	396100	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
85	NC_015975	GGGAG	2	10	396242	396251	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
86	NC_015975	TGAAA	2	10	400896	400905	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_015975	GCAGA	2	10	408314	408323	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
88	NC_015975	TTGAG	2	10	415758	415767	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
89	NC_015975	AATCC	2	10	420011	420020	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
90	NC_015975	ATTAA	2	10	421432	421441	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_015975	TATAA	2	10	427449	427458	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_015975	AAAAT	2	10	434772	434781	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_015975	ACATA	2	10	436857	436866	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_015975	TAAAA	2	10	448732	448741	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_015975	TCGTG	2	10	450133	450142	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
96	NC_015975	AAACG	2	10	451297	451306	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
97	NC_015975	GGGAG	2	10	451448	451457	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
98	NC_015975	TATAG	2	10	454133	454142	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_015975	GAATT	2	10	459556	459565	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_015975	AATAT	2	10	461847	461856	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_015975	AGGAA	2	10	463590	463599	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
102	NC_015975	GAATT	2	10	471253	471262	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_015975	AATTG	2	10	472255	472264	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_015975	AATTC	2	10	472302	472311	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_015975	CGCTT	2	10	476323	476332	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
106	NC_015975	TTTAA	2	10	487716	487725	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_015975	TCCGT	2	10	501810	501819	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
108	NC_015975	TGAAT	2	10	501825	501834	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_015975	GACTT	2	10	503924	503933	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
110	NC_015975	ATTTA	2	10	504158	504167	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_015975	ATTTT	2	10	504539	504548	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_015975	TTCAA	2	10	508401	508410	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
113	NC_015975	TTTAA	2	10	508434	508443	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_015975	GTAAA	2	10	514678	514687	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_015975	GAAAG	2	10	516702	516711	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
116	NC_015975	CGTTC	2	10	519064	519073	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
117	NC_015975	AACGC	2	10	519229	519238	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
118	NC_015975	CATAA	2	10	524922	524931	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_015975	TCGTT	2	10	525738	525747	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
120	NC_015975	TCCAA	2	10	526958	526967	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
121	NC_015975	TTTCT	2	10	527520	527529	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
122	NC_015975	TTTCC	2	10	527611	527620	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
123	NC_015975	TTTTG	2	10	528335	528344	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
124	NC_015975	TCAAA	2	10	529115	529124	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_015975	CATTT	2	10	538123	538132	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
126	NC_015975	TTTTG	2	10	553814	553823	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_015975	GACGG	2	10	558362	558371	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
128	NC_015975	CAAAA	2	10	565475	565484	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_015975	AGCAA	2	10	565971	565980	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
130	NC_015975	AGAAA	2	10	567489	567498	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
131	NC_015975	ATCAA	2	10	568832	568841	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
132	NC_015975	GTCAG	2	10	569295	569304	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
133	NC_015975	TTTGT	2	10	569668	569677	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
134	NC_015975	CAGAT	2	10	570684	570693	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
135	NC_015975	AAGGA	2	10	572181	572190	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
136	NC_015975	TTTTA	2	10	572501	572510	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_015975	GAATC	2	10	575147	575156	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
138	NC_015975	TCCGA	2	10	575199	575208	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
139	NC_015975	AAAGC	2	10	583006	583015	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
140	NC_015975	ATTCA	2	10	583177	583186	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
141	NC_015975	GATGT	2	10	588218	588227	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
142	NC_015975	ATGCG	2	10	590386	590395	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
143	NC_015975	TGCAG	2	10	590596	590605	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
144	NC_015975	AGACG	2	10	591645	591654	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
145	NC_015975	TCAAA	2	10	593603	593612	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
146	NC_015975	TTTTG	2	10	594863	594872	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
147	NC_015975	AAAAC	2	10	601610	601619	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
148	NC_015975	GTACT	2	10	604415	604424	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.