MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Lactobacillus reuteri SD2112 chromosome

Total Repeats: 349

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015697	AAAAT	2	10	11702	11711	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015697	TTAAA	2	10	11822	11831	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_015697	TTTTA	2	10	14866	14875	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015697	AAATC	2	10	32535	32544	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_015697	TCAAT	2	10	33540	33549	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_015697	ATCTC	2	10	45162	45171	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
7	NC_015697	TTGTT	2	10	48053	48062	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_015697	CACGA	2	10	48634	48643	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
9	NC_015697	CAGAC	2	10	48968	48977	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
10	NC_015697	TTACC	2	10	49451	49460	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
11	NC_015697	TGCTT	2	10	49809	49818	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
12	NC_015697	CTTTT	2	10	53213	53222	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_015697	AGATT	2	10	57426	57435	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_015697	TATGA	2	10	57457	57466	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_015697	AACCT	2	10	58514	58523	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
16	NC_015697	TTTTA	2	10	77366	77375	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_015697	AAAAT	2	10	78216	78225	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_015697	ATATT	2	10	78424	78433	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_015697	AATTT	2	10	79078	79087	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_015697	AATTG	2	10	96376	96385	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_015697	TAATA	2	10	96687	96696	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_015697	AACTA	2	10	96729	96738	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_015697	ATTAA	2	10	98750	98759	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_015697	TTTCT	2	10	127350	127359	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_015697	CCGTG	2	10	129944	129953	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
26	NC_015697	AAAGA	2	10	132668	132677	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_015697	TAAAA	2	10	145218	145227	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_015697	TAAGT	2	10	145648	145657	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015697	ATCAA	2	10	148823	148832	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_015697	TCTTT	2	10	150977	150986	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_015697	TAAGT	2	10	192119	192128	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_015697	ATCAA	2	10	193697	193706	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_015697	AGAAA	2	10	199502	199511	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_015697	TCTTT	2	10	200158	200167	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_015697	CTTCC	2	10	205789	205798	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
36	NC_015697	TTCCT	2	10	208660	208669	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
37	NC_015697	TTTAT	2	10	212742	212751	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015697	TAAAA	2	10	217185	217194	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_015697	AGGTG	2	10	219949	219958	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
40	NC_015697	TATAA	2	10	220723	220732	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_015697	AATTC	2	10	226655	226664	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_015697	GCACG	2	10	229672	229681	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
43	NC_015697	CTTTC	2	10	239723	239732	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
44	NC_015697	TTTCA	2	10	271252	271261	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_015697	ATTGA	2	10	284009	284018	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_015697	ATTTT	2	10	304913	304922	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_015697	TTTAA	2	10	307548	307557	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_015697	TGGTT	2	10	311866	311875	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
49	NC_015697	ATTGA	2	10	314072	314081	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_015697	TATTC	2	10	325213	325222	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_015697	TAGCT	2	10	329163	329172	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
52	NC_015697	ATCTC	2	10	330381	330390	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
53	NC_015697	TTGTT	2	10	333272	333281	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_015697	CACGA	2	10	334054	334063	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
55	NC_015697	CAGAC	2	10	334388	334397	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
56	NC_015697	TTACC	2	10	334871	334880	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
57	NC_015697	ATTTT	2	10	341699	341708	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_015697	TCTTT	2	10	345681	345690	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_015697	TAAAA	2	10	350587	350596	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_015697	TTTAC	2	10	356809	356818	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_015697	TTATT	2	10	363810	363819	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_015697	AAATA	2	10	381633	381642	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_015697	AAATT	2	10	400676	400685	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_015697	CGTGC	2	10	402313	402322	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
65	NC_015697	CTATA	2	10	407777	407786	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_015697	GAAAT	2	10	414864	414873	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_015697	GTTAT	2	10	414904	414913	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_015697	CGTGC	2	10	415437	415446	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
69	NC_015697	ATATA	2	10	421822	421831	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_015697	CTTAG	2	10	421832	421841	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
71	NC_015697	ATTAT	2	10	431771	431780	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_015697	TTCAC	2	10	431969	431978	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
73	NC_015697	TGACT	2	10	446289	446298	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
74	NC_015697	ATTTC	2	10	446366	446375	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_015697	TACTA	2	10	447644	447653	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_015697	CGAAG	2	10	452424	452433	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
77	NC_015697	AAAAT	2	10	455404	455413	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_015697	ACCAG	2	10	510549	510558	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
79	NC_015697	TAAAA	2	10	554062	554071	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_015697	AAACA	2	10	569935	569944	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_015697	TTTGA	2	10	570070	570079	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_015697	TAAAA	2	10	592616	592625	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_015697	TAAAA	2	10	598956	598965	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_015697	ATCTC	2	10	606310	606319	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
85	NC_015697	TCCCT	2	10	607010	607019	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
86	NC_015697	TTTAG	2	10	607022	607031	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_015697	TAAAA	2	10	607781	607790	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_015697	GCACG	2	10	617701	617710	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
89	NC_015697	TAAAA	2	10	619895	619904	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_015697	TTGCC	2	10	645843	645852	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
91	NC_015697	TAAAA	2	10	655277	655286	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_015697	TAATT	2	10	658866	658875	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_015697	ATTAA	2	10	660331	660340	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_015697	TATTT	2	10	663244	663253	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_015697	ATTTT	2	10	671880	671889	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_015697	AATGA	2	10	677586	677595	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_015697	GCACG	2	10	678605	678614	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
98	NC_015697	TAAAA	2	10	678931	678940	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_015697	ATCAA	2	10	687466	687475	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_015697	ATTTA	2	10	696594	696603	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_015697	TGTAA	2	10	701071	701080	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_015697	ATTGA	2	10	703035	703044	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_015697	TAAAA	2	10	714502	714511	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_015697	CTTAG	2	10	716060	716069	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
105	NC_015697	ATTTA	2	10	718806	718815	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_015697	TAATT	2	10	723130	723139	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_015697	CTTCT	2	10	724670	724679	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
108	NC_015697	ATGGT	2	10	725590	725599	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
109	NC_015697	ATCAC	2	10	727124	727133	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
110	NC_015697	TTAGT	2	10	735797	735806	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_015697	AATAA	2	10	743763	743772	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_015697	TATAT	2	10	773775	773784	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_015697	AGCGC	2	10	778641	778650	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
114	NC_015697	TGAAA	2	10	778658	778667	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_015697	ATTTT	2	10	780873	780882	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_015697	TCTTT	2	10	802701	802710	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
117	NC_015697	TAATT	2	10	802863	802872	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_015697	ATATA	2	10	816252	816261	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_015697	GCACG	2	10	830257	830266	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
120	NC_015697	GCACG	2	10	841707	841716	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
121	NC_015697	GATTA	2	10	859784	859793	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_015697	TAATT	2	10	867504	867513	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_015697	CTTTA	2	10	910330	910339	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
124	NC_015697	ATAAG	2	10	917719	917728	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
125	NC_015697	TAAAA	2	10	928991	929000	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_015697	GTCTA	2	10	929586	929595	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
127	NC_015697	TAAGT	2	10	954161	954170	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_015697	TTCCT	2	10	955163	955172	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
129	NC_015697	TAATC	2	10	961751	961760	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
130	NC_015697	AGTAT	2	10	986392	986401	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
131	NC_015697	AATAT	2	10	993087	993096	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_015697	GATTG	2	10	994671	994680	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
133	NC_015697	GAATT	2	10	1000109	1000118	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
134	NC_015697	AATAA	2	10	1000119	1000128	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_015697	AAAAT	2	10	1005963	1005972	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_015697	TTTCT	2	10	1012597	1012606	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
137	NC_015697	ATAGT	2	10	1023917	1023926	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
138	NC_015697	TTTGA	2	10	1025317	1025326	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
139	NC_015697	TTAAA	2	10	1027289	1027298	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_015697	TAACT	2	10	1030115	1030124	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
141	NC_015697	TAACT	2	10	1036902	1036911	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
142	NC_015697	CTCAA	2	10	1039921	1039930	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
143	NC_015697	AAATT	2	10	1043581	1043590	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_015697	CAAAA	2	10	1046340	1046349	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
145	NC_015697	ATAGT	2	10	1051968	1051977	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
146	NC_015697	GTATA	2	10	1055665	1055674	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
147	NC_015697	TCTTT	2	10	1068395	1068404	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
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347	NC_015697	ATTAA	2	10	2264085	2264094	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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349	NC_015697	TTTAT	2	10	2264236	2264245	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.