MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Lactobacillus acidophilus 30SC plasmid pRKC30SC2

Total Repeats: 106

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015218	GAAA	2	8	58	65	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015218	AAC	2	6	106	111	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_015218	TGT	2	6	117	122	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015218	TAG	2	6	130	135	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_015218	T	6	6	179	184	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_015218	AAT	2	6	261	266	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_015218	TTTA	2	8	268	275	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_015218	AAGA	2	8	342	349	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
9	NC_015218	AGAAA	2	10	364	373	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_015218	ATG	2	6	381	386	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_015218	T	7	7	395	401	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_015218	CAT	2	6	416	421	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_015218	T	7	7	425	431	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_015218	AT	3	6	455	460	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_015218	GA	3	6	489	494	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
16	NC_015218	AGAA	2	8	723	730	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_015218	TTA	2	6	1002	1007	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_015218	TTCCC	2	10	1039	1048	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
19	NC_015218	T	7	7	1050	1056	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_015218	AC	3	6	1417	1422	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
21	NC_015218	CAAAA	2	10	2758	2767	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_015218	TGCC	2	8	2775	2782	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
23	NC_015218	GCG	2	6	2785	2790	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_015218	GAA	2	6	2795	2800	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015218	ATC	2	6	2802	2807	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_015218	C	6	6	2823	2828	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
27	NC_015218	G	6	6	2839	2844	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
28	NC_015218	T	6	6	4642	4647	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015218	TTCG	2	8	4660	4667	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
30	NC_015218	TC	3	6	4685	4690	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
31	NC_015218	CAAA	2	8	4779	4786	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
32	NC_015218	ATT	3	9	4804	4812	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_015218	TTC	2	6	4830	4835	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_015218	AAT	2	6	4858	4863	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_015218	T	7	7	4871	4877	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_015218	CA	3	6	4892	4897	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
37	NC_015218	A	7	7	4897	4903	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015218	ATTT	2	8	4918	4925	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_015218	T	7	7	4923	4929	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_015218	GTT	2	6	5481	5486	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_015218	TG	3	6	5500	5505	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
42	NC_015218	GGTTA	2	10	5528	5537	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
43	NC_015218	GA	3	6	5596	5601	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
44	NC_015218	GTT	2	6	5649	5654	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
45	NC_015218	AT	3	6	5720	5725	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_015218	T	6	6	5774	5779	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_015218	A	6	6	5868	5873	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_015218	T	6	6	5940	5945	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_015218	CTT	2	6	6983	6988	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_015218	GGAG	2	8	7062	7069	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
51	NC_015218	T	6	6	8326	8331	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_015218	ATC	2	6	9049	9054	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_015218	CCA	2	6	9086	9091	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
54	NC_015218	TTGAAC	2	12	9137	9148	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_015218	A	6	6	9173	9178	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_015218	CTTT	2	8	10493	10500	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
57	NC_015218	T	7	7	10512	10518	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_015218	ATT	2	6	10519	10524	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_015218	TAC	2	6	10536	10541	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_015218	TAAT	2	8	10578	10585	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_015218	ATT	2	6	10594	10599	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_015218	GTA	2	6	10604	10609	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
63	NC_015218	AT	4	8	10611	10618	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_015218	GTA	2	6	10621	10626	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_015218	TTAT	2	8	10629	10636	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_015218	TA	3	6	10646	10651	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_015218	GTA	2	6	10655	10660	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_015218	A	6	6	10660	10665	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_015218	TATT	2	8	10733	10740	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_015218	TAC	2	6	10741	10746	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_015218	TA	3	6	10750	10755	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_015218	TA	3	6	10767	10772	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_015218	TAC	2	6	10775	10780	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_015218	AATT	2	8	10781	10788	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_015218	T	6	6	10790	10795	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_015218	AAT	2	6	10817	10822	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_015218	TGT	2	6	10832	10837	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
78	NC_015218	A	7	7	10865	10871	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_015218	TTA	2	6	11818	11823	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_015218	ATT	2	6	11835	11840	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_015218	T	6	6	11839	11844	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_015218	ATTG	2	8	11849	11856	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
83	NC_015218	CTA	2	6	11864	11869	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_015218	TA	3	6	11874	11879	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_015218	TAAA	2	8	11886	11893	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_015218	TTA	2	6	11908	11913	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_015218	TA	3	6	11966	11971	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_015218	GTA	2	6	11974	11979	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
89	NC_015218	TA	3	6	11983	11988	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_015218	TAAA	2	8	11995	12002	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_015218	CAA	2	6	12013	12018	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_015218	A	6	6	12108	12113	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_015218	A	7	7	12128	12134	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_015218	CTT	2	6	12207	12212	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_015218	CAA	2	6	12234	12239	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_015218	TAA	2	6	12262	12267	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_015218	TAT	2	6	12274	12279	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_015218	GTA	2	6	12283	12288	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
99	NC_015218	A	7	7	12314	12320	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_015218	AT	3	6	12359	12364	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_015218	CTA	2	6	12373	12378	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_015218	AT	3	6	12381	12386	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_015218	TTTGA	2	10	12426	12435	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_015218	TG	3	6	12478	12483	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
105	NC_015218	AGGC	2	8	12542	12549	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
106	NC_015218	ATGTG	2	10	12554	12563	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.