MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Lactobacillus acidophilus 30SC chromosome

Total Repeats: 112

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015214	ATTAAG	2	12	2697	2708	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015214	ATAAAT	2	12	14251	14262	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_015214	GAAAAA	2	12	23934	23945	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015214	CGGAGC	2	12	59759	59770	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_015214	CTAAAA	2	12	94318	94329	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_015214	AGAAAG	2	12	124521	124532	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_015214	AAAGAC	2	12	153686	153697	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_015214	TTGTCT	2	12	193891	193902	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_015214	AAAACA	2	12	210824	210835	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_015214	GATTAA	2	12	241123	241134	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_015214	TTTAGC	2	12	356415	356426	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_015214	TTTGGC	2	12	358868	358879	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_015214	TCAAGA	2	12	383580	383591	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_015214	GCTTAA	2	12	406087	406098	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_015214	TGGCTG	2	12	425276	425287	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_015214	ATCTAG	2	12	432879	432890	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_015214	CTTTTT	2	12	437718	437729	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_015214	CGGAGC	2	12	450067	450078	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_015214	TATTAA	2	12	457482	457493	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_015214	CGGAGC	2	12	471986	471997	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_015214	ACATTT	2	12	484302	484313	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_015214	ACTTAT	2	12	499856	499867	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_015214	CTTTTT	2	12	509255	509266	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_015214	AGATAT	2	12	527180	527191	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015214	TTTTTA	2	12	543955	543966	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_015214	GGAATT	2	12	567488	567499	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_015214	TTCATA	2	12	585748	585759	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_015214	AAAAGA	2	12	592942	592953	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015214	TTTCTG	2	12	592983	592994	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_015214	TAAAGA	2	12	596769	596780	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_015214	TTGAAC	2	12	608394	608405	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_015214	TTTTTG	2	12	628261	628272	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_015214	AATATT	2	12	662955	662966	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_015214	AGTGTT	2	12	665978	665989	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_015214	TATAAG	2	12	675292	675303	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_015214	TTAATG	2	12	728147	728158	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_015214	ATCTAT	2	12	734164	734175	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_015214	ACGTTT	2	12	757829	757840	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_015214	GAAAAA	2	12	758409	758420	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_015214	ATCTAA	2	12	763310	763321	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_015214	CAAACT	2	12	871456	871467	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_015214	TTAGCT	2	12	890051	890062	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_015214	CAAAAG	2	12	918046	918057	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_015214	CTTATG	2	12	927718	927729	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_015214	GATATA	2	12	931629	931640	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_015214	ATGTAT	2	12	941195	941206	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_015214	TAAATA	2	12	945904	945915	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_015214	CTTATA	2	12	979396	979407	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_015214	AATGTC	2	12	990587	990598	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_015214	AAGAAT	2	12	992893	992904	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_015214	AGTTAA	2	12	1015064	1015075	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_015214	GAATTT	2	12	1048182	1048193	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_015214	AATATT	2	12	1055400	1055411	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_015214	ATGAAA	2	12	1068690	1068701	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_015214	AATTTA	2	12	1075326	1075337	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_015214	GCTAAC	2	12	1076862	1076873	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_015214	AGAATG	2	12	1095488	1095499	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_015214	ATATAA	2	12	1103011	1103022	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_015214	TCAGGC	2	12	1142495	1142506	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_015214	AAGCTA	2	12	1147430	1147441	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_015214	GTTTCA	2	12	1158652	1158663	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_015214	GCTTTT	2	12	1160579	1160590	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_015214	ATTTAT	2	12	1177927	1177938	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_015214	TACTAG	2	12	1179061	1179072	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_015214	AACATT	2	12	1191927	1191938	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_015214	TTTTTA	2	12	1198392	1198403	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_015214	TAAAAT	2	12	1245606	1245617	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_015214	ACACCA	2	12	1292443	1292454	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
69	NC_015214	ATAATT	2	12	1319479	1319490	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_015214	CATTAG	2	12	1322407	1322418	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_015214	ATGAGA	2	12	1340264	1340275	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
72	NC_015214	ATATTT	2	12	1387521	1387532	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_015214	CCAGCG	2	12	1398066	1398077	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
74	NC_015214	TTGGGG	2	12	1398420	1398431	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_015214	TTTCTT	2	12	1429021	1429032	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_015214	CATTCG	2	12	1460141	1460152	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_015214	GTCTTG	2	12	1468441	1468452	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_015214	GTCCTT	2	12	1468464	1468475	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_015214	TTTTTA	2	12	1479406	1479417	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_015214	TTTAAT	2	12	1499233	1499244	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_015214	TTTAAT	2	12	1511529	1511540	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_015214	TAGTTT	2	12	1515224	1515235	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_015214	ATTACC	2	12	1532328	1532339	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_015214	CTATTT	2	12	1569691	1569702	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_015214	CAAAAA	2	12	1572643	1572654	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_015214	CCTTGA	2	12	1673279	1673290	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_015214	ATGGTT	2	12	1697299	1697310	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_015214	GCTCCG	2	12	1711902	1711913	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
89	NC_015214	AAAAAG	2	12	1721599	1721610	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_015214	TAAAAA	2	12	1758467	1758478	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_015214	TTATAT	2	12	1779929	1779940	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_015214	ATTTTT	2	12	1783795	1783806	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_015214	TATTTT	2	12	1853054	1853065	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_015214	GCAAAA	2	12	1880297	1880308	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_015214	TACCAA	2	12	1901851	1901862	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_015214	TTCTAT	2	12	1919862	1919873	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_015214	AAAAGA	2	12	1929147	1929158	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_015214	ATTATA	2	12	1930241	1930252	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_015214	CAAAAA	2	12	1941679	1941690	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_015214	TATTTT	2	12	1950764	1950775	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_015214	GTGCAA	2	12	1954359	1954370	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_015214	TATCTT	2	12	1954443	1954454	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_015214	TCATTA	2	12	1955926	1955937	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_015214	ATAAAA	2	12	1978176	1978187	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_015214	TTATTT	2	12	1985879	1985890	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_015214	TAGTGC	2	12	1988634	1988645	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_015214	CCTTTT	2	12	2016901	2016912	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_015214	TTGAAT	2	12	2034154	2034165	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
109	NC_015214	GCTTAA	2	12	2059594	2059605	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_015214	ACCTCA	2	12	2059809	2059820	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
111	NC_015214	AAATAA	2	12	2061418	2061429	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_015214	TATTTT	2	12	2077689	2077700	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.