MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Lactobacillus plantarum subsp. plantarum ST-III plasmid pST-III

Total Repeats: 333

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014558	AAT	2	6	7	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_014558	CAT	2	6	23	28	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_014558	ATA	2	6	29	34	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_014558	CAA	2	6	80	85	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_014558	TA	3	6	251	256	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_014558	TA	3	6	267	272	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_014558	GTT	2	6	348	353	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8	NC_014558	TTC	2	6	1238	1243	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_014558	AGA	2	6	1275	1280	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_014558	A	6	6	1306	1311	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_014558	A	6	6	1335	1340	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_014558	A	6	6	1345	1350	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_014558	CTT	2	6	1438	1443	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_014558	AAC	2	6	1475	1480	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_014558	TAAAA	2	10	1528	1537	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_014558	T	6	6	2540	2545	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_014558	TCAAAA	2	12	2604	2615	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_014558	A	7	7	3793	3799	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_014558	ATT	3	9	6833	6841	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_014558	AAT	3	9	6849	6857	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_014558	ATGA	2	8	6905	6912	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_014558	AAAAT	2	10	6916	6925	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_014558	T	6	6	6931	6936	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_014558	CCAA	2	8	6979	6986	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
25	NC_014558	CTT	2	6	7023	7028	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_014558	AT	3	6	7054	7059	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_014558	T	7	7	7071	7077	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_014558	T	7	7	7109	7115	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_014558	A	7	7	7153	7159	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_014558	AGA	2	6	8249	8254	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
31	NC_014558	TGT	2	6	8283	8288	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_014558	GT	3	6	8290	8295	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
33	NC_014558	ATT	2	6	8457	8462	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_014558	AT	3	6	8535	8540	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_014558	AAT	2	6	8544	8549	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_014558	AC	3	6	8553	8558	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
37	NC_014558	TAT	2	6	8577	8582	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_014558	TAA	2	6	9320	9325	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_014558	T	7	7	9365	9371	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_014558	CTA	2	6	9372	9377	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_014558	TA	3	6	9376	9381	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_014558	GT	3	6	9399	9404	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
43	NC_014558	C	6	6	9405	9410	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
44	NC_014558	CGA	2	6	9565	9570	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_014558	CCAA	2	8	9580	9587	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
46	NC_014558	TTTA	2	8	9601	9608	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_014558	GAC	2	6	9683	9688	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_014558	TAG	2	6	9750	9755	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_014558	CTA	2	6	9786	9791	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_014558	TTAA	2	8	9801	9808	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_014558	AAT	2	6	9882	9887	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_014558	ATC	2	6	10003	10008	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_014558	TCA	2	6	10068	10073	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_014558	CTG	2	6	10188	10193	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_014558	AAG	2	6	10423	10428	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
56	NC_014558	CAT	2	6	10488	10493	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_014558	CTT	2	6	10556	10561	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_014558	CCT	2	6	11831	11836	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
59	NC_014558	ATT	2	6	11875	11880	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_014558	TTC	2	6	11915	11920	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_014558	ACTA	2	8	11930	11937	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
62	NC_014558	GAC	2	6	11962	11967	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_014558	CTT	2	6	11982	11987	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_014558	CAC	2	6	12002	12007	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
65	NC_014558	AAT	2	6	12141	12146	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_014558	CAC	2	6	12247	12252	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
67	NC_014558	A	6	6	12257	12262	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_014558	GCC	2	6	12263	12268	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
69	NC_014558	TTA	2	6	12310	12315	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_014558	ATT	2	6	12433	12438	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_014558	TA	3	6	12508	12513	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_014558	TACC	2	8	12559	12566	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
73	NC_014558	TCC	2	6	14172	14177	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
74	NC_014558	TA	3	6	14192	14197	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_014558	TTAA	2	8	14207	14214	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_014558	TAG	2	6	14239	14244	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_014558	CCT	2	6	15448	15453	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
78	NC_014558	A	6	6	15459	15464	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_014558	ATTT	2	8	15526	15533	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_014558	ATA	2	6	15546	15551	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_014558	TCT	2	6	15709	15714	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_014558	TAT	2	6	15768	15773	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_014558	ACT	2	6	15810	15815	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_014558	TAAG	2	8	15816	15823	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
85	NC_014558	TTC	2	6	15902	15907	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_014558	GAA	2	6	15916	15921	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
87	NC_014558	TCAA	2	8	15926	15933	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
88	NC_014558	ATA	2	6	16067	16072	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_014558	TTGA	2	8	16074	16081	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
90	NC_014558	ACC	2	6	16135	16140	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
91	NC_014558	T	8	8	16253	16260	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_014558	TCAA	2	8	16330	16337	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
93	NC_014558	TAG	2	6	16649	16654	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
94	NC_014558	T	6	6	16665	16670	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_014558	TAT	2	6	17634	17639	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_014558	A	6	6	17656	17661	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_014558	CTT	2	6	18324	18329	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_014558	ACT	2	6	18362	18367	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_014558	TAT	2	6	18435	18440	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_014558	AGGA	2	8	18451	18458	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
101	NC_014558	CGTAA	2	10	18474	18483	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
102	NC_014558	CTT	2	6	18506	18511	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_014558	CAT	2	6	18543	18548	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_014558	GTA	2	6	18559	18564	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
105	NC_014558	TAT	2	6	19257	19262	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_014558	CTTTA	2	10	19303	19312	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_014558	T	6	6	19335	19340	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_014558	CTT	2	6	20109	20114	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_014558	GT	3	6	20124	20129	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
110	NC_014558	CCAC	2	8	20144	20151	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
111	NC_014558	AG	3	6	20182	20187	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
112	NC_014558	CCAG	2	8	20232	20239	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
113	NC_014558	CATA	2	8	20261	20268	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
114	NC_014558	GAT	2	6	20287	20292	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
115	NC_014558	AATT	2	8	20298	20305	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_014558	GT	3	6	21330	21335	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
117	NC_014558	ACGG	2	8	21339	21346	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
118	NC_014558	CTT	2	6	23433	23438	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_014558	ATC	2	6	24015	24020	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_014558	TA	4	8	24031	24038	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_014558	TGG	2	6	24085	24090	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
122	NC_014558	TGAT	2	8	24097	24104	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
123	NC_014558	AATG	2	8	24204	24211	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
124	NC_014558	AAGC	2	8	24213	24220	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
125	NC_014558	A	6	6	24297	24302	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_014558	CTA	2	6	24317	24322	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_014558	A	7	7	24345	24351	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_014558	GAA	2	6	24427	24432	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
129	NC_014558	AAG	2	6	24434	24439	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
130	NC_014558	TAA	2	6	24495	24500	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_014558	T	6	6	24549	24554	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_014558	GAG	2	6	24580	24585	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
133	NC_014558	TTA	2	6	24714	24719	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_014558	AT	3	6	24981	24986	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_014558	CCG	2	6	25003	25008	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
136	NC_014558	TGT	2	6	25109	25114	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
137	NC_014558	ATA	2	6	25135	25140	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_014558	TCT	2	6	25150	25155	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_014558	CTC	2	6	25199	25204	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
140	NC_014558	TCTAT	2	10	25209	25218	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
141	NC_014558	TAGC	2	8	25254	25261	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
142	NC_014558	T	8	8	25296	25303	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_014558	TCT	2	6	25308	25313	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_014558	T	8	8	25319	25326	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_014558	AGCT	2	8	25328	25335	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
146	NC_014558	GAA	2	6	25354	25359	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
147	NC_014558	TA	3	6	25409	25414	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_014558	CA	3	6	25525	25530	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
149	NC_014558	AGAA	2	8	25538	25545	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
150	NC_014558	AT	3	6	26508	26513	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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161	NC_014558	CA	3	6	26950	26955	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
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288	NC_014558	T	6	6	48019	48024	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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292	NC_014558	CTTT	2	8	50433	50440	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
293	NC_014558	TGT	2	6	50460	50465	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
294	NC_014558	TCA	2	6	50513	50518	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
295	NC_014558	TCT	2	6	50559	50564	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
296	NC_014558	ATT	2	6	50660	50665	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
297	NC_014558	ATA	2	6	51532	51537	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
298	NC_014558	TTG	2	6	51538	51543	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
299	NC_014558	CTT	2	6	51559	51564	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
300	NC_014558	CGA	2	6	51614	51619	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
301	NC_014558	CTTT	2	8	51982	51989	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
302	NC_014558	CTA	2	6	51992	51997	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
303	NC_014558	TAC	2	6	52004	52009	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
304	NC_014558	TTC	2	6	52126	52131	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
305	NC_014558	TAG	2	6	52223	52228	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
306	NC_014558	TGT	2	6	52239	52244	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
307	NC_014558	CGGC	2	8	52251	52258	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
308	NC_014558	TCT	2	6	52262	52267	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
309	NC_014558	CCA	2	6	52309	52314	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
310	NC_014558	TCA	2	6	52352	52357	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
311	NC_014558	A	6	6	52422	52427	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
312	NC_014558	T	6	6	52453	52458	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
313	NC_014558	CA	3	6	52478	52483	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
314	NC_014558	GGC	2	6	52485	52490	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
315	NC_014558	TCA	2	6	52506	52511	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
316	NC_014558	A	6	6	52560	52565	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
317	NC_014558	CTA	3	9	53050	53058	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
318	NC_014558	TCG	2	6	53075	53080	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
319	NC_014558	ACC	2	6	53124	53129	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
320	NC_014558	CTA	2	6	53161	53166	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
321	NC_014558	A	6	6	53166	53171	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
322	NC_014558	TAG	2	6	53177	53182	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
323	NC_014558	TGTT	2	8	53203	53210	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
324	NC_014558	ACC	2	6	53254	53259	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
325	NC_014558	CAC	2	6	53288	53293	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
326	NC_014558	TTG	2	6	53312	53317	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
327	NC_014558	ATA	2	6	53419	53424	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
328	NC_014558	TG	3	6	53446	53451	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
329	NC_014558	GGTG	2	8	53471	53478	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
330	NC_014558	T	8	8	53479	53486	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
331	NC_014558	T	6	6	53493	53498	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
332	NC_014558	CTT	2	6	53507	53512	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
333	NC_014558	ACT	2	6	53517	53522	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.