MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Lactobacillus plantarum subsp. plantarum ST-III chromosome

Total Repeats: 144

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014554	CAACTA	2	12	55719	55730	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_014554	CAATGA	2	12	59525	59536	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_014554	GTTAAC	2	12	151356	151367	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_014554	TATGAT	2	12	177174	177185	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_014554	CCACTG	2	12	179195	179206	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
6	NC_014554	AGCAGT	11	66	179269	179334	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_014554	AAAGAT	2	12	195548	195559	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_014554	CAGGGT	2	12	271214	271225	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_014554	TGATAT	2	12	304949	304960	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_014554	GGATTA	2	12	346860	346871	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_014554	ATTGAT	2	12	353530	353541	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_014554	ATAAAT	2	12	363177	363188	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_014554	TTTAAA	2	12	363738	363749	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_014554	TATGAA	2	12	367146	367157	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_014554	TTTTAA	2	12	425194	425205	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_014554	ACTAAT	2	12	492536	492547	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_014554	TTTTTA	2	12	492979	492990	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_014554	ATTAAG	2	12	493488	493499	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_014554	TTAAAA	2	12	536923	536934	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_014554	TCTAAT	2	12	541847	541858	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_014554	TTGAGG	2	12	591082	591093	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
22	NC_014554	AAATTA	2	12	601654	601665	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_014554	AACTGG	2	12	672776	672787	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_014554	ATAATT	2	12	703158	703169	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_014554	TTCTCT	2	12	703443	703454	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_014554	TCAATT	2	12	732127	732138	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_014554	TATCAT	2	12	737995	738006	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_014554	ATGATT	2	12	743173	743184	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_014554	CGACAA	2	12	744256	744267	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_014554	ACAGAT	2	12	787488	787499	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_014554	TTTAAT	2	12	807203	807214	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_014554	TCAATT	2	12	838545	838556	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_014554	TTAAAC	2	12	860870	860881	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_014554	ATAATT	2	12	1004887	1004898	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_014554	AAATCA	2	12	1005816	1005827	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_014554	TTTTTA	2	12	1013383	1013394	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_014554	AATCAA	2	12	1041428	1041439	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_014554	GGCACG	2	12	1054456	1054467	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_014554	TTACGA	2	12	1054772	1054783	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_014554	TGGGCT	2	12	1057075	1057086	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_014554	CCTGTT	2	12	1057447	1057458	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_014554	TAATGA	2	12	1060436	1060447	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_014554	GTGAAG	2	12	1107530	1107541	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
44	NC_014554	ACTAAT	2	12	1136900	1136911	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_014554	AGTGGC	2	12	1182315	1182326	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_014554	TAATTG	2	12	1207439	1207450	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_014554	TTTGAT	2	12	1235901	1235912	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_014554	CGAAAT	2	12	1259465	1259476	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_014554	AAACCA	2	12	1264352	1264363	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_014554	TTTGCT	2	12	1280497	1280508	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_014554	CTTGAA	2	12	1327625	1327636	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_014554	GTTATA	2	12	1387028	1387039	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_014554	TTATGA	2	12	1519725	1519736	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_014554	CAAGTT	2	12	1531584	1531595	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_014554	ACCGTT	2	12	1559576	1559587	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_014554	CATAAC	2	12	1568157	1568168	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_014554	ACCACA	2	12	1578820	1578831	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
58	NC_014554	AATCAT	2	12	1591650	1591661	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_014554	TCATTA	2	12	1610478	1610489	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_014554	TTGACG	2	12	1648584	1648595	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_014554	CAAACT	2	12	1703816	1703827	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_014554	GCACAA	2	12	1742233	1742244	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_014554	TGGCCT	2	12	1749667	1749678	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_014554	TACAGA	2	12	1792887	1792898	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_014554	CTAAAA	2	12	1799980	1799991	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_014554	TAATGC	2	12	1829609	1829620	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_014554	AAATGA	2	12	1831630	1831641	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_014554	AATTCA	2	12	1842210	1842221	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_014554	TAAATT	2	12	1868606	1868617	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_014554	TGCCAA	2	12	1920340	1920351	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_014554	ATTAGT	2	12	1985610	1985621	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_014554	ACAACC	2	12	2007602	2007613	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
73	NC_014554	CCAAAA	2	12	2008840	2008851	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_014554	CTTTAA	2	12	2031242	2031253	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_014554	TCAAAA	2	12	2073658	2073669	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_014554	TTTTAT	2	12	2091363	2091374	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_014554	TTTCAT	2	12	2116345	2116356	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_014554	TTAAAA	2	12	2116610	2116621	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_014554	TAACCT	2	12	2117382	2117393	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_014554	AGCCGA	2	12	2140245	2140256	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_014554	CAATAT	2	12	2194900	2194911	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_014554	TATTTA	2	12	2194912	2194923	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_014554	TTACCG	2	12	2203103	2203114	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_014554	AATTCA	2	12	2212956	2212967	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_014554	AATTTA	2	12	2215506	2215517	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_014554	TTTGAT	2	12	2215788	2215799	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_014554	GGCTAA	2	12	2252119	2252130	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_014554	CTTTGT	2	12	2265008	2265019	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_014554	TTCATC	2	12	2312139	2312150	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_014554	ATTTTG	2	12	2315056	2315067	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_014554	GTTATA	2	12	2323796	2323807	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_014554	TTAATA	2	12	2345778	2345789	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_014554	TTTTCA	2	12	2377507	2377518	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_014554	TGACCA	2	12	2383161	2383172	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_014554	TAAGTA	2	12	2392397	2392408	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
96	NC_014554	GAATAT	2	12	2415110	2415121	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_014554	ATCATG	2	12	2427039	2427050	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_014554	AATCAC	2	12	2452214	2452225	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_014554	ATTGGT	2	12	2452746	2452757	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
100	NC_014554	CGTCTG	2	12	2453328	2453339	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_014554	CCGTCA	2	12	2453396	2453407	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
102	NC_014554	TTTCAT	2	12	2459903	2459914	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_014554	TCTTAA	2	12	2465475	2465486	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_014554	ATTAGT	2	12	2465949	2465960	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_014554	TAGGAC	2	12	2495418	2495429	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_014554	CACTGA	2	12	2516963	2516974	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_014554	TTTCAC	2	12	2518783	2518794	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_014554	TAAAAT	2	12	2555193	2555204	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_014554	GAGCCG	2	12	2559833	2559844	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_014554	GTATTT	2	12	2617661	2617672	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
111	NC_014554	TCCAAG	2	12	2643145	2643156	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_014554	CTATTT	2	12	2654945	2654956	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_014554	TAAAAA	2	12	2724035	2724046	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_014554	TAATTA	2	12	2729451	2729462	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_014554	AACCTA	2	12	2735207	2735218	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_014554	TACACA	2	12	2737141	2737152	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_014554	TTCAAT	2	12	2778509	2778520	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_014554	ATCGCC	2	12	2788593	2788604	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
119	NC_014554	TACTCA	2	12	2795116	2795127	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_014554	AAATTT	2	12	2797380	2797391	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_014554	ACTAAT	2	12	2807697	2807708	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_014554	TAGTTT	2	12	2813660	2813671	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
123	NC_014554	TTTTTA	2	12	2818888	2818899	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_014554	AGCGAC	2	12	2831372	2831383	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_014554	ATAATC	2	12	2891831	2891842	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_014554	TAATCG	2	12	2897029	2897040	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_014554	ATTAGT	2	12	2915507	2915518	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
128	NC_014554	CGTAAA	2	12	2965138	2965149	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_014554	TTCTCT	2	12	2972999	2973010	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_014554	ACAAAG	2	12	2974140	2974151	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_014554	ATACCA	2	12	3001305	3001316	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_014554	TTATTT	2	12	3001458	3001469	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_014554	TAATCA	2	12	3012216	3012227	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
134	NC_014554	AAAGCA	2	12	3023716	3023727	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
135	NC_014554	CGTTGT	2	12	3056935	3056946	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
136	NC_014554	TTCTGA	2	12	3121893	3121904	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
137	NC_014554	TACGTC	2	12	3132002	3132013	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_014554	ATTAAA	2	12	3142199	3142210	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_014554	ATTAAA	2	12	3167077	3167088	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_014554	GTTTCT	2	12	3234347	3234358	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
141	NC_014554	TTAAAA	2	12	3235148	3235159	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_014554	GCCATC	2	12	3242652	3242663	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
143	NC_014554	TAACGG	2	12	3249992	3250003	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
144	NC_014554	TTAACT	2	12	3254293	3254304	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.