MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Lactobacillus casei str. Zhang chromosome

Total Repeats: 146

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014334	CTATTA	2	12	1463	1474	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_014334	CAAGGG	2	12	2789	2800	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_014334	TGTTTT	2	12	31874	31885	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_014334	TTCTTT	2	12	53923	53934	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_014334	GCTCAC	2	12	80445	80456	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
6	NC_014334	TGATCT	2	12	80734	80745	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_014334	GGAGAA	2	12	81025	81036	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
8	NC_014334	AAAAAT	2	12	82210	82221	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_014334	AATATA	2	12	89473	89484	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_014334	ATGAAG	2	12	89512	89523	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_014334	ACTAAC	2	12	143426	143437	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_014334	CATTCT	2	12	146775	146786	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_014334	AACTTT	2	12	147953	147964	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_014334	TCGCAG	2	12	149131	149142	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_014334	GTGAGC	2	12	154232	154243	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_014334	GTGATG	2	12	170799	170810	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
17	NC_014334	GAATAA	2	12	176443	176454	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_014334	TCGCAG	2	12	186158	186169	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_014334	TGACAA	2	12	195019	195030	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_014334	ATCAAA	2	12	199711	199722	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_014334	TAAAAA	2	12	199963	199974	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_014334	GGGCAA	2	12	252888	252899	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_014334	TGGAAG	2	12	281066	281077	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
24	NC_014334	CTGCGA	2	12	281155	281166	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_014334	TAAAAA	2	12	311299	311310	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_014334	TTAGGT	2	12	330393	330404	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_014334	ACAAAA	2	12	349274	349285	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_014334	TTGTAA	2	12	375980	375991	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_014334	AATTTA	2	12	381453	381464	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_014334	ACCTTT	2	12	394029	394040	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_014334	TCGCAG	2	12	402495	402506	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_014334	TCGCAG	2	12	402739	402750	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_014334	GCTCAC	2	12	402839	402850	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
34	NC_014334	CTCTAT	2	12	430147	430158	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_014334	TGAAGA	2	12	443615	443626	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_014334	ATTTGT	2	12	447230	447241	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_014334	ATTGAA	2	12	456532	456543	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_014334	ACCTGA	2	12	468324	468335	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_014334	TGCGAC	2	12	574163	574174	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_014334	AAAACA	2	12	613781	613792	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_014334	ATGCTC	2	12	630040	630051	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_014334	TCGCAG	2	12	687316	687327	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_014334	TCGCAG	2	12	717222	717233	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_014334	AAAATA	2	12	720142	720153	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_014334	AACTTT	2	12	755703	755714	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_014334	TGGAAG	2	12	779997	780008	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
47	NC_014334	CTGCGA	2	12	780086	780097	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_014334	TGTTAT	2	12	781104	781115	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_014334	TATACT	2	12	785836	785847	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_014334	CGATAG	2	12	793605	793616	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_014334	TGGAAG	2	12	799364	799375	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
52	NC_014334	CGCAGG	2	12	799438	799449	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_014334	CTGCGA	2	12	799453	799464	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_014334	TCGCAG	2	12	807767	807778	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_014334	CTGCGA	2	12	846302	846313	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_014334	TTATAA	2	12	987097	987108	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_014334	TTTAGT	2	12	998598	998609	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_014334	TGAATT	2	12	1032185	1032196	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_014334	ACCGAC	2	12	1040948	1040959	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
60	NC_014334	GAAAAG	2	12	1099125	1099136	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
61	NC_014334	GCTGGT	2	12	1123464	1123475	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_014334	AACGAA	2	12	1155741	1155752	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_014334	TCCACC	2	12	1176560	1176571	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
64	NC_014334	CCTTGA	2	12	1178116	1178127	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_014334	AAAAGG	2	12	1179230	1179241	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_014334	CGGCCT	2	12	1189623	1189634	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
67	NC_014334	ATGAAA	2	12	1190797	1190808	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_014334	AGCGCA	2	12	1237442	1237453	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_014334	CAAGGG	2	12	1290414	1290425	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_014334	TGAAAA	2	12	1308095	1308106	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_014334	GATAGT	2	12	1326437	1326448	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
72	NC_014334	AAGGTT	2	12	1332243	1332254	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
73	NC_014334	TCGCAG	2	12	1356741	1356752	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_014334	AGGATG	2	12	1358875	1358886	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
75	NC_014334	TCGCAG	2	12	1389616	1389627	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_014334	CGAAAA	2	12	1389669	1389680	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_014334	GATCAG	2	12	1389903	1389914	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_014334	TCGCAG	2	12	1416144	1416155	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_014334	AAACGG	2	12	1420460	1420471	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_014334	TTTTGA	2	12	1480263	1480274	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_014334	GCACGC	2	12	1494042	1494053	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
82	NC_014334	AATGCT	2	12	1500051	1500062	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_014334	ACAGGT	2	12	1506467	1506478	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_014334	CCTGCC	2	12	1600476	1600487	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
85	NC_014334	ATTAAA	2	12	1643417	1643428	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_014334	TCGCCA	2	12	1707815	1707826	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
87	NC_014334	ATCAAA	2	12	1710371	1710382	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_014334	TTGTTT	2	12	1720640	1720651	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_014334	TTACGA	2	12	1733988	1733999	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_014334	TCGCAG	2	12	1782249	1782260	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_014334	CACTTC	2	12	1782412	1782423	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
92	NC_014334	ATTGTT	2	12	1791010	1791021	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
93	NC_014334	TCGCAG	2	12	1794396	1794407	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_014334	GACATG	2	12	1840492	1840503	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_014334	TAACCT	2	12	1851983	1851994	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_014334	CTTTCA	2	12	1853998	1854009	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_014334	ACGATT	2	12	1854101	1854112	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_014334	GGACAA	2	12	1859928	1859939	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_014334	GCCAAA	2	12	1860629	1860640	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_014334	ATAACA	2	12	1928885	1928896	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_014334	TTGTTT	2	12	1956430	1956441	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_014334	AAAATT	2	12	1973807	1973818	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_014334	TCGCAG	2	12	1996350	1996361	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_014334	CTGCGA	2	12	2044977	2044988	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_014334	ATTTTA	2	12	2063882	2063893	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_014334	TCATTT	2	12	2070877	2070888	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_014334	GATATG	2	12	2076339	2076350	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_014334	ATTTAA	2	12	2085502	2085513	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_014334	AAATTG	2	12	2096158	2096169	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
110	NC_014334	CTGCGA	2	12	2114830	2114841	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_014334	GAGACC	2	12	2126700	2126711	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_014334	CCCTTG	2	12	2171737	2171748	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
113	NC_014334	GTGAGC	2	12	2174293	2174304	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_014334	TTCGCA	2	12	2188820	2188831	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_014334	ACTGGA	2	12	2203414	2203425	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_014334	TAACAA	2	12	2228725	2228736	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_014334	CATGAA	2	12	2237937	2237948	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_014334	AATTTA	2	12	2240268	2240279	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_014334	GTCTTC	2	12	2267146	2267157	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_014334	TAGGCA	2	12	2289989	2290000	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_014334	TTTAGA	2	12	2301175	2301186	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
122	NC_014334	AACGGC	2	12	2412878	2412889	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_014334	TCGCAG	2	12	2422596	2422607	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_014334	TTTGAC	2	12	2433407	2433418	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_014334	TCGCAG	2	12	2434503	2434514	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_014334	ACCTGC	2	12	2434517	2434528	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
127	NC_014334	CACTTC	2	12	2434590	2434601	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
128	NC_014334	CTGCGA	2	12	2458423	2458434	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_014334	CCTTCG	2	12	2491143	2491154	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
130	NC_014334	ATCAGC	2	12	2491436	2491447	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_014334	ATGACC	2	12	2524256	2524267	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_014334	CTGCGA	2	12	2530457	2530468	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_014334	CTGCGA	2	12	2565911	2565922	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_014334	TTTCAG	2	12	2569356	2569367	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
135	NC_014334	TTCAAT	2	12	2580105	2580116	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
136	NC_014334	TATTTT	2	12	2614929	2614940	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_014334	ACTTCT	2	12	2633867	2633878	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_014334	TCGCAG	2	12	2683047	2683058	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_014334	TGATTC	2	12	2709281	2709292	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
140	NC_014334	TTCCTA	2	12	2731628	2731639	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_014334	ATTTCC	2	12	2745883	2745894	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_014334	TCGCAG	2	12	2771344	2771355	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_014334	GTGAGC	2	12	2773816	2773827	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
144	NC_014334	ATATCG	2	12	2827229	2827240	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
145	NC_014334	TTTCTA	2	12	2843374	2843385	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
146	NC_014334	TACTGC	2	12	2843456	2843467	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.