MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Lactobacillus crispatus ST1

Total Repeats: 110

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014106	ATTTTT	2	12	26604	26615	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_014106	ATATTA	2	12	46472	46483	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_014106	TAACAC	2	12	46628	46639	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_014106	CTTTTT	2	12	53630	53641	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_014106	TATAAA	2	12	113031	113042	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_014106	GAAGTA	2	12	129749	129760	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_014106	AATATT	2	12	138669	138680	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_014106	GGATTA	2	12	140016	140027	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_014106	TTTATG	2	12	146895	146906	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_014106	GATAAA	2	12	172562	172573	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_014106	ATTTTG	2	12	174894	174905	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_014106	TTTACT	2	12	178393	178404	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_014106	ACTTGC	2	12	181432	181443	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_014106	GTGTAA	2	12	181506	181517	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_014106	AGATAA	2	12	200739	200750	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_014106	ATATTA	2	12	212730	212741	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_014106	ATTAAT	2	12	216917	216928	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_014106	CTGGTA	2	12	251165	251176	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_014106	AACTGA	2	12	252834	252845	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_014106	TACAGT	2	12	253146	253157	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_014106	TACAGT	2	12	253392	253403	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_014106	TACAGT	2	12	253638	253649	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_014106	TACAGT	2	12	254586	254597	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_014106	TACAGT	2	12	254832	254843	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_014106	TTTGTA	2	12	298409	298420	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_014106	AAAATA	2	12	355860	355871	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_014106	GCTTTT	2	12	364641	364652	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_014106	TGGCTG	2	12	408927	408938	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_014106	ATTAAT	2	12	416056	416067	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_014106	TATTAA	2	12	435035	435046	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_014106	ATGAAA	2	12	450443	450454	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_014106	TTATCA	2	12	456854	456865	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_014106	AATAAA	2	12	459887	459898	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_014106	TAATTG	2	12	494181	494192	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_014106	ATTTTT	2	12	526605	526616	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_014106	ACCGCT	2	12	538790	538801	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
37	NC_014106	AAAAGA	2	12	565802	565813	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_014106	TTAATT	2	12	576939	576950	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_014106	AATTTT	2	12	600026	600037	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_014106	AAGAAA	2	12	642282	642293	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_014106	ATTTTT	2	12	649702	649713	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_014106	ATTTAG	2	12	704456	704467	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_014106	TTAATT	2	12	713895	713906	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_014106	ATCTAT	2	12	716424	716435	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_014106	ATTAAT	2	12	720741	720752	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_014106	CTTTTT	2	12	732685	732696	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_014106	TTTTAA	2	12	757288	757299	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_014106	TAATCA	2	12	814502	814513	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_014106	TTTCTT	2	12	822669	822680	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_014106	TGAAAA	2	12	892226	892237	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_014106	AAAAAG	2	12	910349	910360	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_014106	ATTTTT	2	12	910364	910375	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_014106	AGTTTA	2	12	941931	941942	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_014106	TAAAAT	2	12	945721	945732	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_014106	ATTTTT	2	12	948464	948475	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_014106	AATATT	2	12	956024	956035	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_014106	TAGTTT	2	12	971321	971332	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_014106	TAACAA	2	12	971350	971361	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_014106	CTAATG	2	12	978624	978635	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_014106	TTTTTA	2	12	991353	991364	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_014106	CTTATA	2	12	1018555	1018566	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_014106	ATTCTA	2	12	1040109	1040120	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_014106	AATAAA	2	12	1062728	1062739	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_014106	TAAATG	2	12	1076653	1076664	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_014106	AAAAAT	2	12	1088747	1088758	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_014106	TGCAAA	2	12	1095160	1095171	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_014106	ATTAGT	2	12	1121813	1121824	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_014106	AATAAA	2	12	1139865	1139876	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_014106	TATTTT	2	12	1150034	1150045	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_014106	TATAAA	2	12	1158954	1158965	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_014106	TAAAAT	2	12	1167418	1167429	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_014106	TAATTT	2	12	1193326	1193337	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_014106	CTTACT	2	12	1225300	1225311	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_014106	TAATAT	2	12	1235049	1235060	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_014106	CATAAA	2	12	1245112	1245123	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_014106	TAATTA	2	12	1308448	1308459	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_014106	CAGTTT	2	12	1384941	1384952	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_014106	TTTAAT	2	12	1385004	1385015	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_014106	ATTTCT	2	12	1392803	1392814	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_014106	TCATTA	2	12	1392880	1392891	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_014106	CCTTAA	2	12	1450677	1450688	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_014106	TTTTAT	2	12	1456824	1456835	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_014106	TGTTTA	2	12	1479003	1479014	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_014106	CTAATA	2	12	1515134	1515145	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_014106	TACTTT	2	12	1611841	1611852	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_014106	TATTTC	2	12	1671958	1671969	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_014106	CTTTTT	2	12	1671977	1671988	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_014106	TTATTC	2	12	1715346	1715357	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_014106	AAGAAA	2	12	1715749	1715760	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_014106	ACTTTA	2	12	1734847	1734858	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_014106	CTAATA	2	12	1747528	1747539	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_014106	ATTTTT	2	12	1755880	1755891	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_014106	ACTTAT	2	12	1758114	1758125	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_014106	TGAAGT	2	12	1796875	1796886	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_014106	TTGATC	2	12	1823302	1823313	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_014106	GCAAAA	2	12	1833904	1833915	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_014106	TATGTT	2	12	1838801	1838812	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_014106	TTTGCA	2	12	1840794	1840805	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_014106	TTTACC	2	12	1844434	1844445	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_014106	TACCAA	2	12	1846344	1846355	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_014106	CAAAAA	2	12	1852752	1852763	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_014106	TTAAGT	2	12	1868623	1868634	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
103	NC_014106	ATTTTA	2	12	1878224	1878235	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_014106	CTATTT	2	12	1888453	1888464	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_014106	TAAAAA	2	12	1902169	1902180	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_014106	AAGATT	2	12	1926809	1926820	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
107	NC_014106	GTTTAT	2	12	1933290	1933301	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
108	NC_014106	CCTTTT	2	12	1984744	1984755	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_014106	ATATAA	2	12	2014626	2014637	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_014106	ATAGAT	2	12	2028199	2028210	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.