MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Listeria monocytogenes 08-5578 plasmid pLM5578

Total Repeats: 284

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013767	CAT	2	6	5	10	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_013767	TCA	2	6	13	18	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_013767	CAT	2	6	62	67	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_013767	ATT	3	9	116	124	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_013767	CCT	2	6	6680	6685	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
6	NC_013767	TCA	2	6	6715	6720	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_013767	A	6	6	6744	6749	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_013767	T	6	6	9469	9474	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_013767	ATT	2	6	9477	9482	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_013767	TAGT	2	8	10514	10521	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
11	NC_013767	AAT	2	6	10601	10606	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_013767	A	6	6	10696	10701	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_013767	GTA	2	6	11479	11484	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_013767	CGG	2	6	11612	11617	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_013767	AGTCA	2	10	11626	11635	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
16	NC_013767	AGC	2	6	11672	11677	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_013767	TAAA	2	8	11691	11698	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_013767	CTA	2	6	11719	11724	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_013767	TAT	2	6	11737	11742	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_013767	AAT	2	6	12035	12040	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_013767	CTT	2	6	12355	12360	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_013767	T	6	6	12395	12400	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_013767	CAC	2	6	12420	12425	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
24	NC_013767	TTAAA	2	10	12445	12454	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_013767	ATT	2	6	12580	12585	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_013767	ATAA	2	8	14840	14847	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_013767	TA	3	6	14851	14856	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_013767	T	6	6	14898	14903	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_013767	AAG	2	6	14986	14991	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
30	NC_013767	A	8	8	15035	15042	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_013767	GTT	2	6	15047	15052	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_013767	T	6	6	16446	16451	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_013767	TTTC	2	8	16488	16495	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
34	NC_013767	T	6	6	16496	16501	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_013767	A	7	7	16510	16516	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_013767	AAAT	2	8	16540	16547	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_013767	TA	3	6	16561	16566	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_013767	TGA	2	6	16578	16583	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_013767	TGAA	2	8	16586	16593	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_013767	GAA	2	6	16598	16603	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_013767	TAT	2	6	17362	17367	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_013767	CTGA	2	8	17371	17378	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
43	NC_013767	T	6	6	17401	17406	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_013767	TAA	2	6	17420	17425	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_013767	ATT	2	6	17443	17448	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_013767	TA	3	6	17466	17471	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_013767	GTTT	2	8	17492	17499	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_013767	TTG	2	6	17533	17538	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_013767	GAG	2	6	17539	17544	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_013767	ATTT	2	8	19178	19185	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_013767	CTT	2	6	19196	19201	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_013767	ATGT	2	8	19241	19248	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
53	NC_013767	AG	3	6	19268	19273	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
54	NC_013767	T	6	6	19274	19279	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_013767	CTATAT	2	12	19345	19356	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_013767	AT	4	8	19407	19414	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_013767	CTATAT	2	12	19431	19442	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_013767	ATT	2	6	19479	19484	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_013767	AT	3	6	19493	19498	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_013767	CTATAT	2	12	19509	19520	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_013767	TCC	2	6	20752	20757	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
62	NC_013767	TA	4	8	20767	20774	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_013767	TA	3	6	20799	20804	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_013767	TA	3	6	20807	20812	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_013767	TA	3	6	20852	20857	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_013767	TAAA	2	8	20871	20878	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_013767	T	6	6	20892	20897	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_013767	A	7	7	20944	20950	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_013767	AT	3	6	20954	20959	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_013767	TA	3	6	20977	20982	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_013767	TA	3	6	20993	20998	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_013767	A	7	7	21013	21019	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_013767	AAAAT	2	10	21029	21038	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_013767	GTAAA	2	10	21046	21055	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_013767	CAAA	2	8	21058	21065	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
76	NC_013767	A	7	7	21063	21069	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_013767	TAC	2	6	21089	21094	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_013767	CTT	2	6	21148	21153	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_013767	A	7	7	21180	21186	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_013767	TGT	2	6	21281	21286	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_013767	T	6	6	21322	21327	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_013767	AAT	2	6	23029	23034	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_013767	T	7	7	23133	23139	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_013767	A	6	6	23140	23145	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_013767	ATT	2	6	23150	23155	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_013767	TATT	3	12	23152	23163	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_013767	T	6	6	23168	23173	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_013767	TTTA	2	8	23216	23223	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_013767	T	7	7	23251	23257	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_013767	A	6	6	23258	23263	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_013767	A	7	7	23322	23328	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_013767	AG	4	8	23348	23355	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
93	NC_013767	TGTT	2	8	23365	23372	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
94	NC_013767	A	8	8	23400	23407	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_013767	T	6	6	23423	23428	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_013767	A	9	9	23485	23493	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_013767	ACC	2	6	23499	23504	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
98	NC_013767	CAG	2	6	23545	23550	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_013767	AT	3	6	23608	23613	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_013767	AGA	2	6	23635	23640	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
101	NC_013767	GTT	2	6	23694	23699	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
102	NC_013767	GAT	2	6	23712	23717	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
103	NC_013767	TGTGT	2	10	23726	23735	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
104	NC_013767	AGG	2	6	23742	23747	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_013767	T	7	7	23778	23784	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_013767	AG	3	6	23792	23797	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
107	NC_013767	TATT	2	8	23812	23819	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_013767	TTA	2	6	24448	24453	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_013767	TGA	2	6	24475	24480	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
110	NC_013767	CCTCC	2	10	24515	24524	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
111	NC_013767	TTC	2	6	24564	24569	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_013767	AG	3	6	24812	24817	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
113	NC_013767	T	6	6	24851	24856	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_013767	ATTTT	2	10	24930	24939	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_013767	ACC	2	6	25858	25863	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
116	NC_013767	GAA	2	6	25902	25907	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
117	NC_013767	T	7	7	26915	26921	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_013767	ATG	2	6	27465	27470	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_013767	AGT	2	6	27473	27478	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_013767	CTT	2	6	27519	27524	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_013767	AT	3	6	27532	27537	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_013767	ATT	2	6	27566	27571	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_013767	AT	3	6	27589	27594	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_013767	C	6	6	27604	27609	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
125	NC_013767	ATA	2	6	27654	27659	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_013767	A	7	7	27671	27677	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_013767	A	6	6	27696	27701	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_013767	GTG	2	6	27752	27757	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
129	NC_013767	AATT	2	8	27797	27804	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_013767	CA	3	6	27836	27841	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
131	NC_013767	TA	3	6	27844	27849	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_013767	T	7	7	28763	28769	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_013767	AGG	2	6	28820	28825	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
134	NC_013767	ATTG	2	8	28833	28840	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
135	NC_013767	TCG	2	6	28853	28858	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_013767	CAAC	2	8	28866	28873	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
137	NC_013767	AGG	2	6	29598	29603	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
138	NC_013767	AAT	2	6	38456	38461	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_013767	TGGA	2	8	38471	38478	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
140	NC_013767	TTGT	2	8	38482	38489	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
141	NC_013767	GTGTT	2	10	38491	38500	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
142	NC_013767	T	7	7	38549	38555	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_013767	AAAT	2	8	38571	38578	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_013767	CCAA	2	8	38619	38626	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
145	NC_013767	TGGA	2	8	38637	38644	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
146	NC_013767	A	8	8	38657	38664	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_013767	TTCTT	2	10	38691	38700	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
148	NC_013767	AGG	2	6	38706	38711	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
149	NC_013767	CTGT	2	8	38724	38731	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
150	NC_013767	TA	3	6	38732	38737	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_013767	AGT	2	6	38764	38769	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.