MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Non-Coding Repeats of Lactobacillus rhamnosus Lc 705 plasmid pLC1

Total Repeats: 134

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013200	TTA	2	6	48	53	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_013200	TCA	2	6	192	197	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_013200	CAT	2	6	208	213	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_013200	TGT	2	6	3977	3982	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_013200	TCT	2	6	4149	4154	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_013200	ATA	2	6	4197	4202	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_013200	CAA	2	6	4203	4208	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_013200	CCA	2	6	4227	4232	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
9	NC_013200	CTG	2	6	9494	9499	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_013200	CGA	2	6	9517	9522	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_013200	CAT	2	6	9550	9555	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_013200	ATT	2	6	9721	9726	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_013200	GGT	2	6	9769	9774	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_013200	AGG	2	6	9807	9812	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_013200	CTT	2	6	9941	9946	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_013200	AGT	2	6	10140	10145	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_013200	ATC	2	6	10176	10181	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_013200	CGG	2	6	11851	11856	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_013200	CAA	2	6	11890	11895	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_013200	AGC	2	6	11919	11924	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_013200	AAG	2	6	13652	13657	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
22	NC_013200	GGC	2	6	13744	13749	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_013200	CGC	2	6	13898	13903	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
24	NC_013200	CCA	2	6	13949	13954	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
25	NC_013200	CAT	2	6	14064	14069	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_013200	CAA	2	6	14105	14110	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_013200	TTA	2	6	14115	14120	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_013200	TAA	2	6	14519	14524	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_013200	TGT	2	6	15622	15627	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
30	NC_013200	AAT	2	6	16061	16066	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_013200	TAC	2	6	16075	16080	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_013200	GCT	2	6	16098	16103	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_013200	ATT	2	6	16143	16148	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_013200	TAA	2	6	16155	16160	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_013200	AAT	2	6	17723	17728	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_013200	AGG	2	6	17785	17790	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_013200	TAT	2	6	24280	24285	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_013200	CAT	2	6	25333	25338	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_013200	CTC	2	6	26194	26199	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
40	NC_013200	CAG	2	6	26228	26233	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_013200	CCG	2	6	26621	26626	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
42	NC_013200	TAA	2	6	26675	26680	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_013200	TAT	2	6	32415	32420	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_013200	GAC	2	6	32622	32627	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_013200	TTG	2	6	33486	33491	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
46	NC_013200	TTC	2	6	33572	33577	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_013200	TAC	2	6	33686	33691	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_013200	ATC	2	6	33735	33740	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_013200	CAA	2	6	33845	33850	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_013200	CTA	2	6	33932	33937	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_013200	ATG	2	6	34044	34049	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_013200	TTG	2	6	34076	34081	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
53	NC_013200	AAC	2	6	34088	34093	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_013200	TTA	2	6	35231	35236	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_013200	TGA	2	6	36966	36971	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
56	NC_013200	ATC	2	6	36996	37001	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_013200	AAT	2	6	37035	37040	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_013200	CTG	2	6	37058	37063	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_013200	GAG	2	6	37092	37097	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
60	NC_013200	TTG	2	6	37425	37430	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
61	NC_013200	GGC	2	6	37481	37486	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_013200	CAG	2	6	37922	37927	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_013200	AGT	2	6	37966	37971	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_013200	TAA	2	6	39191	39196	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_013200	CAG	2	6	39222	39227	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_013200	CGT	2	6	39404	39409	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_013200	CAG	2	6	39422	39427	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_013200	ATA	2	6	39460	39465	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_013200	TTC	2	6	40270	40275	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_013200	AGT	2	6	40297	40302	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_013200	GAT	2	6	43300	43305	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
72	NC_013200	CTG	2	6	44363	44368	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_013200	GAG	2	6	44397	44402	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_013200	CTT	2	6	46543	46548	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_013200	ACA	2	6	46623	46628	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_013200	TAA	2	6	46652	46657	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_013200	CTG	2	6	46660	46665	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_013200	AAG	2	6	46745	46750	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
79	NC_013200	CTA	2	6	46764	46769	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_013200	ATG	2	6	46808	46813	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_013200	TAA	2	6	46882	46887	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_013200	ATT	2	6	48337	48342	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_013200	CTG	2	6	48813	48818	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_013200	GAG	2	6	48847	48852	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
85	NC_013200	TGA	2	6	50289	50294	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
86	NC_013200	AGG	2	6	51283	51288	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_013200	AGG	2	6	53042	53047	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_013200	TTA	2	6	53048	53053	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_013200	TCA	3	9	54872	54880	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_013200	TCC	2	6	54917	54922	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
91	NC_013200	AAT	2	6	54954	54959	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_013200	GTT	2	6	55093	55098	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_013200	TTA	2	6	55099	55104	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_013200	GCG	2	6	55108	55113	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_013200	GCC	2	6	55806	55811	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
96	NC_013200	CAA	2	6	55862	55867	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_013200	CTC	2	6	56190	56195	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
98	NC_013200	CAG	2	6	56224	56229	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_013200	TAA	2	6	57219	57224	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_013200	ATG	2	6	57305	57310	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
101	NC_013200	GGA	2	6	57324	57329	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_013200	ACC	2	6	57439	57444	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
103	NC_013200	TAT	2	6	58442	58447	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_013200	ATG	2	6	58512	58517	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
105	NC_013200	GAA	2	6	58528	58533	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
106	NC_013200	CGC	2	6	58625	58630	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
107	NC_013200	TCA	2	6	58678	58683	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_013200	CTT	2	6	58727	58732	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_013200	AAT	2	6	58896	58901	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_013200	AAG	2	6	60959	60964	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
111	NC_013200	CGT	2	6	61061	61066	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_013200	TAA	2	6	61348	61353	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_013200	TAA	3	9	61382	61390	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_013200	CAG	2	6	61781	61786	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_013200	AGG	2	6	61790	61795	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_013200	CAG	2	6	62615	62620	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_013200	ATG	2	6	62633	62638	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_013200	ATT	2	6	63135	63140	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_013200	ATT	3	9	63165	63173	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_013200	CCT	2	6	63582	63587	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
121	NC_013200	TGT	2	6	63660	63665	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
122	NC_013200	TTC	2	6	63733	63738	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_013200	TCG	2	6	63842	63847	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_013200	TCT	2	6	63855	63860	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_013200	TCG	2	6	63969	63974	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_013200	AAG	2	6	64034	64039	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
127	NC_013200	TAA	2	6	64114	64119	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_013200	TGC	2	6	64177	64182	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_013200	TGA	2	6	64203	64208	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
130	NC_013200	TTC	2	6	64213	64218	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_013200	CTT	2	6	64294	64299	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_013200	TAC	2	6	64326	64331	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_013200	AAT	2	6	64435	64440	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_013200	TTA	2	6	64493	64498	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.