MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Lactobacillus rhamnosus Lc 705 chromosome

Total Repeats: 143

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013199	CTATTA	2	12	1463	1474	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_013199	TAAAGG	2	12	32761	32772	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_013199	TGATCT	2	12	100197	100208	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_013199	GCTCAC	2	12	191120	191131	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
5	NC_013199	GCTCAC	2	12	234514	234525	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
6	NC_013199	TGGCGA	2	12	250783	250794	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_013199	AATCGT	2	12	272135	272146	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_013199	CTGACA	2	12	280327	280338	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_013199	CGGAGC	2	12	292224	292235	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_013199	TGGAAG	2	12	294420	294431	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_013199	GTAGTT	2	12	306685	306696	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_013199	GCTCAC	2	12	333032	333043	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
13	NC_013199	GCTCAC	2	12	333154	333165	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
14	NC_013199	AATATT	2	12	349923	349934	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_013199	TTTAAA	2	12	375272	375283	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_013199	GATACT	2	12	396103	396114	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_013199	CATTGA	2	12	427231	427242	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_013199	TGACTT	2	12	430110	430121	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_013199	CAAAGA	2	12	430268	430279	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_013199	AATATC	2	12	465116	465127	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_013199	TATCGA	2	12	479647	479658	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_013199	CTCTAT	2	12	485352	485363	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_013199	GAAAAA	2	12	497660	497671	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_013199	AAAACA	2	12	512818	512829	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_013199	AAGGTA	2	12	520645	520656	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_013199	TGAAAA	2	12	526262	526273	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_013199	CGGCAG	2	12	567894	567905	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_013199	TAACAA	2	12	568251	568262	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_013199	CAAGGT	2	12	572630	572641	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_013199	CAAGGA	2	12	588407	588418	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_013199	GTGAGC	2	12	598574	598585	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_013199	CGATTA	2	12	644446	644457	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_013199	TGAGCA	2	12	678666	678677	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_013199	GCTCAC	2	12	687306	687317	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
35	NC_013199	TCGCAG	2	12	687328	687339	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_013199	TCGCAG	2	12	687577	687588	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_013199	TTATAA	2	12	705396	705407	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_013199	ATTTTT	2	12	716794	716805	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_013199	GTTTTT	2	12	776328	776339	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_013199	GTTCTG	2	12	797610	797621	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_013199	ATTTTC	2	12	797653	797664	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_013199	GGAATT	2	12	817417	817428	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_013199	CGGAGC	2	12	820241	820252	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_013199	TGGAAG	2	12	822437	822448	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
45	NC_013199	TCGCTT	2	12	825631	825642	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_013199	TATACT	2	12	828738	828749	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_013199	CGGAGC	2	12	840265	840276	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_013199	TGGAAG	2	12	842461	842472	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
49	NC_013199	TCCATT	2	12	854258	854269	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_013199	AAACAA	2	12	900577	900588	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_013199	GCTCAC	2	12	904737	904748	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
52	NC_013199	CAGAAG	2	12	939981	939992	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_013199	TTTCTG	2	12	960911	960922	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_013199	GCTCAC	2	12	967365	967376	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
55	NC_013199	TCGCAG	2	12	985493	985504	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_013199	ATTTTA	2	12	1007755	1007766	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_013199	ATTTAA	2	12	1035414	1035425	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_013199	TTATAA	2	12	1059011	1059022	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_013199	ATAGTC	2	12	1064905	1064916	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_013199	TAATGA	2	12	1066578	1066589	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_013199	AATGAA	2	12	1082516	1082527	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_013199	ATCAGT	2	12	1088588	1088599	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_013199	AGCTGC	2	12	1103101	1103112	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_013199	GCTCAC	2	12	1106073	1106084	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
65	NC_013199	GCTCAC	2	12	1115093	1115104	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
66	NC_013199	TAAAAT	2	12	1129100	1129111	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_013199	CCAGCC	2	12	1138080	1138091	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
68	NC_013199	GGCTGC	2	12	1154681	1154692	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_013199	TAAAGT	2	12	1159824	1159835	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_013199	GCTCAC	2	12	1192288	1192299	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
71	NC_013199	TGGGTG	2	12	1211876	1211887	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_013199	GTGAGC	2	12	1213981	1213992	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_013199	ACTTCG	2	12	1217644	1217655	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_013199	GCTCAC	2	12	1279553	1279564	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
75	NC_013199	TCACAC	2	12	1373521	1373532	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
76	NC_013199	GATAGT	2	12	1392866	1392877	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_013199	CGGTCT	2	12	1402710	1402721	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_013199	ATCAAT	2	12	1414945	1414956	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_013199	GCTCAC	2	12	1430144	1430155	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
80	NC_013199	GGTTGA	2	12	1501526	1501537	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
81	NC_013199	TGCAGA	2	12	1502222	1502233	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_013199	GTGAGC	2	12	1521803	1521814	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_013199	CATCAA	2	12	1549024	1549035	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_013199	CTGTGA	2	12	1553023	1553034	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_013199	CGCCCA	2	12	1553118	1553129	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
86	NC_013199	ACTACC	2	12	1596785	1596796	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
87	NC_013199	GTTAAC	2	12	1608297	1608308	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_013199	ACTGTC	2	12	1630647	1630658	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_013199	CCTGCC	2	12	1689280	1689291	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
90	NC_013199	TATTTT	2	12	1697823	1697834	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_013199	GCTTTT	2	12	1756531	1756542	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_013199	GTGAGC	2	12	1839689	1839700	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_013199	GTGAGC	2	12	1841887	1841898	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_013199	ACGTTT	2	12	1845173	1845184	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_013199	GCTCAC	2	12	1880943	1880954	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
96	NC_013199	CACTTC	2	12	1892385	1892396	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
97	NC_013199	GCTCCG	2	12	1894583	1894594	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
98	NC_013199	GCTCAC	2	12	1918824	1918835	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
99	NC_013199	GTGAGC	2	12	1924736	1924747	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_013199	TGCACA	2	12	1952610	1952621	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_013199	AGTTGC	2	12	1972422	1972433	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_013199	CAGCCA	2	12	2039345	2039356	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
103	NC_013199	GGTTTT	2	12	2054441	2054452	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
104	NC_013199	ATCAAT	2	12	2096619	2096630	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_013199	GTATCG	2	12	2101347	2101358	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_013199	GCTCAC	2	12	2109618	2109629	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
107	NC_013199	TCATTT	2	12	2188088	2188099	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_013199	GCTCAC	2	12	2206512	2206523	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
109	NC_013199	GCTTGT	2	12	2207568	2207579	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_013199	TCGCAG	2	12	2242492	2242503	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_013199	GCCATA	2	12	2270404	2270415	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_013199	AAAAGA	2	12	2322891	2322902	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
113	NC_013199	GTTGCA	2	12	2341105	2341116	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_013199	GATTTA	2	12	2369705	2369716	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_013199	GTGAGC	2	12	2401756	2401767	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_013199	CCTGCT	2	12	2402028	2402039	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
117	NC_013199	GCAACT	2	12	2438497	2438508	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_013199	CCGACA	2	12	2463402	2463413	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
119	NC_013199	CAGAAT	2	12	2472277	2472288	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_013199	TTGATG	2	12	2484180	2484191	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
121	NC_013199	CTGCGA	2	12	2494472	2494483	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_013199	TTTGAC	2	12	2543778	2543789	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_013199	CACTTC	2	12	2545053	2545064	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
124	NC_013199	GCTCCG	2	12	2547251	2547262	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
125	NC_013199	TTGTGA	2	12	2589196	2589207	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
126	NC_013199	GCTTAT	2	12	2590239	2590250	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_013199	AAAAAC	2	12	2594480	2594491	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_013199	TCCATA	2	12	2639375	2639386	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_013199	CAGTTT	2	12	2641736	2641747	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_013199	TAGCAT	2	12	2649529	2649540	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_013199	ATGCTT	2	12	2670267	2670278	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
132	NC_013199	CAGCAT	2	12	2689975	2689986	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_013199	CAGCAT	2	12	2748492	2748503	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_013199	TCTGCT	2	12	2787539	2787550	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_013199	ATCAAA	2	12	2827086	2827097	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
136	NC_013199	TCGCAG	3	18	2867994	2868011	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_013199	CGATTA	2	12	2880786	2880797	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
138	NC_013199	CCGTTC	2	12	2880817	2880828	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
139	NC_013199	TTCGTC	2	12	2917278	2917289	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_013199	GAAAAA	2	12	2926749	2926760	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
141	NC_013199	ATTTTT	2	12	2928884	2928895	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_013199	TAACAT	2	12	2949367	2949378	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
143	NC_013199	AACGAC	2	12	2967072	2967083	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.