MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Listeria monocytogenes Clip81459

Total Repeats: 116

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012488	CTATTA	2	12	1787	1798	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_012488	CAGGTT	2	12	141652	141663	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_012488	CGTAAC	2	12	161690	161701	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_012488	AGTACC	2	12	161735	161746	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_012488	ACACTT	2	12	169918	169929	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_012488	AATAAA	2	12	196234	196245	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_012488	GAAAAC	2	12	223152	223163	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_012488	ATTCAA	2	12	234057	234068	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_012488	AAGGAA	2	12	235628	235639	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_012488	TAGGCG	2	12	237281	237292	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_012488	ATTCAA	2	12	240076	240087	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_012488	AAGGAA	2	12	241647	241658	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_012488	TAGGCG	2	12	243300	243311	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_012488	AGTCAA	2	12	245114	245125	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_012488	TTATAT	2	12	259899	259910	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_012488	TTTATA	2	12	288533	288544	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_012488	AACTTT	2	12	295616	295627	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_012488	TAAAAA	2	12	300985	300996	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_012488	AATACA	2	12	305434	305445	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_012488	CATAGA	2	12	347662	347673	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_012488	AAATTT	2	12	370729	370740	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_012488	ATGATA	2	12	393510	393521	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_012488	GAAATG	2	12	406153	406164	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_012488	TTGTTT	2	12	413300	413311	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_012488	TAATTA	2	12	458991	459002	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_012488	TTAAAT	2	12	506573	506584	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_012488	CTATAA	2	12	508341	508352	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_012488	AAATGT	2	12	566368	566379	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_012488	AGATTT	2	12	574499	574510	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_012488	AAATAA	2	12	614794	614805	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_012488	ATCATT	2	12	643150	643161	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_012488	TGTAAA	2	12	665085	665096	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_012488	ATCATT	2	12	679400	679411	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_012488	GAATAA	2	12	711579	711590	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_012488	GTTTTA	2	12	717271	717282	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_012488	TATAGG	2	12	734489	734500	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_012488	AATTAG	2	12	761936	761947	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_012488	TGTTGA	2	12	772993	773004	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_012488	TTACTT	2	12	854360	854371	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_012488	AAATAG	2	12	890777	890788	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_012488	GTAATC	2	12	897581	897592	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_012488	TTACAA	2	12	897599	897610	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_012488	ATGAAA	2	12	906203	906214	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_012488	TTGACT	2	12	1030140	1030151	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_012488	AGGAAG	2	12	1040329	1040340	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
46	NC_012488	AACAAT	2	12	1079332	1079343	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_012488	CTTTTT	2	12	1095633	1095644	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_012488	CATGTA	2	12	1127232	1127243	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_012488	TTTACT	2	12	1134863	1134874	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_012488	TTTAGT	2	12	1144307	1144318	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_012488	TAAAAA	2	12	1149964	1149975	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_012488	CTTTTT	2	12	1184480	1184491	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_012488	CTTTTT	2	12	1217284	1217295	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_012488	GAAAAA	2	12	1247249	1247260	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_012488	AAAAAC	2	12	1262025	1262036	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_012488	TAAGTA	2	12	1263184	1263195	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_012488	TATTAA	2	12	1279377	1279388	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_012488	GTACAA	2	12	1392662	1392673	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_012488	ATTAAG	2	12	1425917	1425928	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
60	NC_012488	TAATCA	2	12	1426026	1426037	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_012488	TACCAA	2	12	1443959	1443970	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_012488	TTTCAT	2	12	1470120	1470131	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_012488	CTCTTC	2	12	1572804	1572815	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
64	NC_012488	TAAAAA	2	12	1588265	1588276	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_012488	TCATTA	2	12	1609126	1609137	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_012488	GGTTGT	2	12	1623450	1623461	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
67	NC_012488	GGTTGT	2	12	1624922	1624933	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
68	NC_012488	GAATAA	2	12	1626476	1626487	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_012488	GTAAAC	2	12	1627627	1627638	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_012488	ACAAAA	2	12	1636251	1636262	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_012488	AAAATA	2	12	1640571	1640582	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_012488	TAAAAA	2	12	1641482	1641493	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_012488	AAATAA	2	12	1685494	1685505	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_012488	CTTATT	2	12	1727496	1727507	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_012488	CGCCTA	2	12	1731001	1731012	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
76	NC_012488	TTTCCT	2	12	1732653	1732664	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_012488	TTGAAT	2	12	1734225	1734236	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
78	NC_012488	CGCCTA	2	12	1836958	1836969	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
79	NC_012488	TTTCCT	2	12	1838610	1838621	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_012488	TTGAAT	2	12	1840182	1840193	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_012488	AAATGG	2	12	1841166	1841177	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
82	NC_012488	GTTTTG	2	12	1848133	1848144	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
83	NC_012488	AAAAGA	2	12	1931116	1931127	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_012488	CTCTAT	2	12	1950441	1950452	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_012488	TCATTT	2	12	1951639	1951650	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_012488	GTTTTC	2	12	1978808	1978819	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_012488	CAAAAA	2	12	1996532	1996543	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_012488	GAAAAA	2	12	2000392	2000403	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_012488	AGAAAA	2	12	2007228	2007239	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_012488	TTCACT	2	12	2154801	2154812	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_012488	ATTCAA	2	12	2165531	2165542	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_012488	TTTAAT	2	12	2201343	2201354	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_012488	TATATT	2	12	2228428	2228439	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_012488	AATTTT	2	12	2286126	2286137	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_012488	AAATTG	2	12	2292302	2292313	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
96	NC_012488	CTCTGT	2	12	2299146	2299157	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_012488	TTATTT	2	12	2354165	2354176	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_012488	TAATAC	2	12	2382909	2382920	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_012488	CGCCTA	2	12	2409880	2409891	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
100	NC_012488	TTTCCT	2	12	2411783	2411794	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_012488	TTGAAT	2	12	2413355	2413366	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_012488	CTTTTT	2	12	2565539	2565550	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_012488	ATCCCA	2	12	2585452	2585463	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
104	NC_012488	TTTTTA	2	12	2597279	2597290	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_012488	CGCCTA	2	12	2641266	2641277	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
106	NC_012488	TTTCCT	2	12	2643169	2643180	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_012488	TTGAAT	2	12	2644741	2644752	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
108	NC_012488	TTGTTT	2	12	2660460	2660471	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
109	NC_012488	CTTTAC	2	12	2660501	2660512	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_012488	CCTCTT	2	12	2687213	2687224	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
111	NC_012488	AGCTAG	2	12	2702209	2702220	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_012488	TAAATC	2	12	2714250	2714261	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_012488	TATCAA	2	12	2855902	2855913	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_012488	AAATGA	2	12	2855916	2855927	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_012488	TAAAAA	2	12	2855986	2855997	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_012488	AAGTAT	2	12	2856853	2856864	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.