MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Lactobacillus casei BL23 chromosome

Total Repeats: 350

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010999	TATAT	2	10	1567	1576	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_010999	GTCGA	2	10	14529	14538	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
3	NC_010999	GTTTT	2	10	27132	27141	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_010999	TTCTT	2	10	34195	34204	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_010999	TAAAG	2	10	45273	45282	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_010999	AATAA	2	10	47692	47701	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_010999	AACGC	2	10	50196	50205	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
8	NC_010999	ACAAA	2	10	52158	52167	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_010999	TCGTT	2	10	53189	53198	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_010999	CGGCC	2	10	80071	80080	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
11	NC_010999	AAAAT	2	10	88863	88872	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_010999	GTTAA	2	10	88884	88893	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_010999	TGAAT	2	10	90869	90878	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_010999	AGATA	2	10	94074	94083	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_010999	CCCAG	2	10	96213	96222	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
16	NC_010999	ATGGC	2	10	107392	107401	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
17	NC_010999	TCAAA	2	10	126870	126879	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_010999	GTCAT	2	10	147465	147474	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_010999	AATGA	2	10	152191	152200	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_010999	GAGGC	2	10	157475	157484	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
21	NC_010999	GTTCA	2	10	173931	173940	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_010999	CAATG	2	10	174219	174228	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_010999	TCGAT	2	10	180854	180863	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_010999	AAGGT	2	10	184740	184749	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
25	NC_010999	TGAGG	2	10	185216	185225	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
26	NC_010999	AAATG	2	10	186180	186189	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_010999	TCGTT	2	10	188248	188257	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_010999	GTTGT	2	10	242800	242809	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
29	NC_010999	AAAAG	2	10	249186	249195	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_010999	TAATT	2	10	250571	250580	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_010999	TGTCG	2	10	255729	255738	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
32	NC_010999	GTCTG	2	10	259614	259623	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
33	NC_010999	TCGTG	2	10	259948	259957	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
34	NC_010999	TCGCA	2	10	260608	260617	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_010999	GAGAT	2	10	263434	263443	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
36	NC_010999	GGCTT	2	10	270748	270757	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
37	NC_010999	ACCAT	2	10	274147	274156	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
38	NC_010999	AGATA	2	10	274214	274223	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_010999	AAATT	2	10	278556	278565	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_010999	TTGAA	2	10	288760	288769	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_010999	TCTGA	2	10	290951	290960	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_010999	ACCAG	2	10	305569	305578	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
43	NC_010999	ATTGC	2	10	312590	312599	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_010999	GTTGT	2	10	322786	322795	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
45	NC_010999	AGTTA	2	10	330580	330589	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_010999	TTGGA	2	10	337452	337461	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
47	NC_010999	GAAAA	2	10	338341	338350	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_010999	AGAGG	2	10	351957	351966	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
49	NC_010999	TATAA	2	10	356073	356082	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_010999	ATCAA	2	10	363350	363359	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_010999	AAGAA	2	10	368126	368135	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_010999	CTTTT	2	10	386266	386275	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_010999	ATTTA	2	10	422565	422574	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_010999	TTGTG	2	10	432300	432309	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
55	NC_010999	TTTTG	2	10	437368	437377	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_010999	CTCTT	2	10	456048	456057	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
57	NC_010999	TAAAC	2	10	457822	457831	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_010999	TCTGG	2	10	474015	474024	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
59	NC_010999	GCTCG	2	10	480070	480079	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
60	NC_010999	TCAAA	2	10	501901	501910	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_010999	TAGAA	2	10	502774	502783	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_010999	ATAAA	2	10	544302	544311	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_010999	CAATT	2	10	551033	551042	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_010999	TATCA	2	10	551276	551285	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_010999	ATGAA	2	10	558227	558236	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_010999	CAAAA	2	10	567649	567658	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_010999	AAGCA	2	10	571652	571661	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
68	NC_010999	CTTGC	2	10	575521	575530	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
69	NC_010999	AATTT	2	10	576127	576136	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_010999	CCGTT	2	10	602145	602154	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
71	NC_010999	GGCTC	2	10	607002	607011	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
72	NC_010999	GAGAT	2	10	607714	607723	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
73	NC_010999	CGGTG	2	10	627079	627088	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
74	NC_010999	GGTAA	2	10	631965	631974	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
75	NC_010999	TGGCC	2	10	642364	642373	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
76	NC_010999	AAGCT	2	10	643732	643741	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
77	NC_010999	TTTAG	2	10	651592	651601	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_010999	AGCAA	2	10	656614	656623	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
79	NC_010999	GCATA	2	10	656926	656935	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
80	NC_010999	TCTGG	2	10	666724	666733	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
81	NC_010999	CCCAA	2	10	666772	666781	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
82	NC_010999	GGTGC	2	10	670079	670088	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
83	NC_010999	GTTTT	2	10	688734	688743	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_010999	TGCTA	2	10	699022	699031	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
85	NC_010999	AGAAT	2	10	699114	699123	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_010999	AGAGA	2	10	710074	710083	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
87	NC_010999	CGTCC	2	10	711500	711509	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
88	NC_010999	CCAGC	2	10	715377	715386	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
89	NC_010999	TAAAA	2	10	723745	723754	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_010999	TAAAA	2	10	728838	728847	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_010999	CCGCT	2	10	753347	753356	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
92	NC_010999	GTTGG	2	10	760722	760731	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
93	NC_010999	CTTTT	2	10	765228	765237	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_010999	CATGC	2	10	784533	784542	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
95	NC_010999	GTAAA	2	10	786280	786289	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_010999	CCCAA	2	10	790721	790730	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
97	NC_010999	TTGAT	2	10	790863	790872	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_010999	TAACC	2	10	795479	795488	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
99	NC_010999	TGACA	2	10	797765	797774	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_010999	GGTAA	2	10	813200	813209	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
101	NC_010999	TTGAT	2	10	813585	813594	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_010999	ATAGA	2	10	845676	845685	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_010999	CAAAG	2	10	856378	856387	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
104	NC_010999	TGAAA	2	10	867998	868007	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_010999	GCTGG	2	10	884805	884814	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
106	NC_010999	AATGA	2	10	885491	885500	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_010999	GAATA	2	10	885927	885936	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_010999	CAAAA	2	10	886074	886083	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_010999	GTCTG	2	10	887133	887142	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
110	NC_010999	TCGTG	2	10	887467	887476	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
111	NC_010999	TCGCA	2	10	888127	888136	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
112	NC_010999	GAGAT	2	10	890953	890962	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
113	NC_010999	TGCAA	2	10	904177	904186	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
114	NC_010999	GTCTG	2	10	908811	908820	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
115	NC_010999	TCGTG	2	10	909145	909154	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
116	NC_010999	TCGCA	2	10	909805	909814	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
117	NC_010999	GAGAT	2	10	912631	912640	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
118	NC_010999	TTTGA	2	10	934043	934052	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
119	NC_010999	GTTAA	2	10	948911	948920	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_010999	CGTGG	2	10	979396	979405	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
121	NC_010999	ATTTG	2	10	982149	982158	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_010999	CATAG	2	10	983234	983243	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
123	NC_010999	TCGCT	2	10	986480	986489	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
124	NC_010999	TAGCC	2	10	1024410	1024419	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
125	NC_010999	GCTCT	2	10	1031491	1031500	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
126	NC_010999	AATTT	2	10	1031535	1031544	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_010999	AAAAG	2	10	1043090	1043099	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_010999	GTTAA	2	10	1064095	1064104	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
129	NC_010999	TGTTT	2	10	1078384	1078393	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
130	NC_010999	TTTTG	2	10	1092659	1092668	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
131	NC_010999	CTTCA	2	10	1093964	1093973	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
132	NC_010999	GTTTA	2	10	1103351	1103360	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
133	NC_010999	CTTTT	2	10	1114654	1114663	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_010999	GGCGC	2	10	1115327	1115336	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
135	NC_010999	TTTGG	2	10	1118680	1118689	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
136	NC_010999	GGTTG	2	10	1125901	1125910	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
137	NC_010999	CAAAT	2	10	1126066	1126075	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_010999	AGTTT	2	10	1126127	1126136	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
139	NC_010999	GCTTT	2	10	1140894	1140903	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
140	NC_010999	CTTGT	2	10	1151040	1151049	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
141	NC_010999	GACCC	2	10	1160354	1160363	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
142	NC_010999	GAGCC	2	10	1160463	1160472	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
143	NC_010999	CACTT	2	10	1164524	1164533	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
144	NC_010999	TGGCA	2	10	1190070	1190079	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
145	NC_010999	TTAGC	2	10	1190088	1190097	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
146	NC_010999	CATTA	2	10	1194827	1194836	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
147	NC_010999	TGGAG	2	10	1202781	1202790	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
148	NC_010999	CAGAT	2	10	1205382	1205391	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
149	NC_010999	AAAGG	2	10	1208383	1208392	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
150	NC_010999	TAGTA	3	15	1211730	1211744	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
151	NC_010999	CATAA	2	10	1212700	1212709	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
152	NC_010999	TTAAA	2	10	1215960	1215969	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_010999	GGCGC	2	10	1219339	1219348	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
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155	NC_010999	TTGCA	2	10	1234500	1234509	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
156	NC_010999	TAAAA	2	10	1249801	1249810	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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159	NC_010999	TTTTG	2	10	1297940	1297949	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
160	NC_010999	CAATT	2	10	1299746	1299755	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
161	NC_010999	GCGGA	2	10	1334576	1334585	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
162	NC_010999	AATTA	2	10	1343466	1343475	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_010999	GGTTT	2	10	1348141	1348150	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
164	NC_010999	GTTAT	2	10	1359633	1359642	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
165	NC_010999	ACAGA	2	10	1372244	1372253	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
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168	NC_010999	TGATA	2	10	1389434	1389443	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
169	NC_010999	GGTGA	2	10	1395079	1395088	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
170	NC_010999	TTATA	2	10	1442477	1442486	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
171	NC_010999	GATTA	2	10	1445035	1445044	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
172	NC_010999	GAAGA	2	10	1445144	1445153	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
173	NC_010999	TGGAG	2	10	1467136	1467145	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
174	NC_010999	CACTT	2	10	1469238	1469247	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
175	NC_010999	GGTGA	2	10	1478636	1478645	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
176	NC_010999	GCAAT	2	10	1482986	1482995	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
177	NC_010999	GTGTT	2	10	1493897	1493906	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
178	NC_010999	CCTTG	2	10	1512316	1512325	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
179	NC_010999	TAAAG	2	10	1527873	1527882	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
180	NC_010999	CAGGG	2	10	1527912	1527921	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
181	NC_010999	TGCTA	2	10	1535877	1535886	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
182	NC_010999	TAAAA	2	10	1536496	1536505	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
183	NC_010999	TTTGA	2	10	1556667	1556676	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
184	NC_010999	GCCAC	2	10	1559383	1559392	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
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189	NC_010999	AATCA	2	10	1609843	1609852	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
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191	NC_010999	TCGCT	2	10	1626379	1626388	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
192	NC_010999	TCATA	2	10	1653922	1653931	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
193	NC_010999	CCCTT	2	10	1668460	1668469	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
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196	NC_010999	CTGTT	2	10	1683438	1683447	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
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263	NC_010999	GTTGG	2	10	2235628	2235637	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
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265	NC_010999	GAGGT	2	10	2270253	2270262	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
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267	NC_010999	TTATC	2	10	2288195	2288204	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
268	NC_010999	GGTAT	2	10	2305817	2305826	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
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271	NC_010999	GGAAT	2	10	2363024	2363033	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
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274	NC_010999	GATCA	2	10	2372336	2372345	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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281	NC_010999	ACGCA	2	10	2405606	2405615	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
282	NC_010999	CAAAT	2	10	2411366	2411375	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
283	NC_010999	TCATG	2	10	2419754	2419763	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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285	NC_010999	CAAAT	2	10	2441453	2441462	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
286	NC_010999	AGCAT	2	10	2441940	2441949	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
287	NC_010999	AAGAC	2	10	2441993	2442002	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
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340	NC_010999	TTATT	2	10	2981853	2981862	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
341	NC_010999	AATAG	2	10	2989466	2989475	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
342	NC_010999	CACAA	2	10	2994674	2994683	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
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344	NC_010999	CGAAA	2	10	3004752	3004761	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
345	NC_010999	CAAGC	2	10	3020803	3020812	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
346	NC_010999	ACTGG	2	10	3022542	3022551	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
347	NC_010999	CAGTA	2	10	3044398	3044407	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
348	NC_010999	TAAAA	2	10	3045305	3045314	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
349	NC_010999	AATTT	2	10	3056896	3056905	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
350	NC_010999	ATTTT	2	10	3057739	3057748	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.