MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Lactobacillus reuteri JCM 1112

Total Repeats: 117

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010609	TAAAAT	2	12	18033	18044	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_010609	TGTTAC	2	12	87310	87321	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_010609	TCTTGG	2	12	108027	108038	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_010609	GCCGAG	2	12	180716	180727	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_010609	TGAAAT	2	12	181351	181362	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_010609	TGGAAG	2	12	182179	182190	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_010609	ATTTTA	2	12	200298	200309	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_010609	GATTTT	2	12	220984	220995	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_010609	TTTTTA	2	12	251082	251093	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_010609	ACGATT	2	12	251145	251156	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_010609	TCATTA	2	12	267951	267962	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_010609	CACAAT	2	12	302035	302046	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_010609	TTAAAA	2	12	302231	302242	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_010609	GCCGAG	2	12	315385	315396	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_010609	TGAAAT	2	12	316020	316031	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_010609	TGGAAG	2	12	316848	316859	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
17	NC_010609	GGGGAA	2	12	329083	329094	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_010609	ATTATA	2	12	358070	358081	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_010609	TAAAAT	2	12	361481	361492	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_010609	TAAAAA	2	12	362793	362804	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_010609	TAGAAG	2	12	431306	431317	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
22	NC_010609	ATAGTT	2	12	444535	444546	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_010609	ACTTTT	2	12	463429	463440	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_010609	TTCTCT	2	12	472900	472911	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_010609	ATCGGG	2	12	483619	483630	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_010609	GCTATG	2	12	484532	484543	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_010609	TTTTTG	2	12	498686	498697	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_010609	AGATAC	2	12	502392	502403	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_010609	ATCATT	2	12	502992	503003	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_010609	GTTCAT	2	12	541176	541187	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_010609	TTAATT	2	12	546487	546498	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_010609	AAAGCA	2	12	625548	625559	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_010609	GCCGAG	2	12	635858	635869	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_010609	TGAAAT	2	12	636493	636504	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_010609	TGGAAG	2	12	637321	637332	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
36	NC_010609	AATCCT	2	12	646092	646103	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_010609	GCCGAG	2	12	652290	652301	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_010609	TGAAAT	2	12	652925	652936	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_010609	TGGAAG	2	12	653753	653764	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
40	NC_010609	AGCTAG	2	12	656388	656399	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_010609	TAGTTT	2	12	662039	662050	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_010609	ACTCAA	2	12	664372	664383	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_010609	TTTAAT	2	12	708450	708461	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_010609	TATTTA	2	12	720420	720431	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_010609	TAAAAA	2	12	724962	724973	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_010609	ATTTTC	2	12	739323	739334	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_010609	CCATTA	2	12	743524	743535	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_010609	TAGTAA	2	12	749698	749709	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_010609	TCATTA	2	12	753948	753959	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_010609	AAATTT	2	12	807528	807539	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_010609	GCATAG	2	12	872175	872186	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_010609	TTAAAA	2	12	872202	872213	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_010609	GATAAA	2	12	872312	872323	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_010609	AACCGA	2	12	878360	878371	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_010609	ATCAAA	2	12	889129	889140	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_010609	AGTAAG	2	12	924325	924336	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_010609	GTCCTC	2	12	1012938	1012949	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
58	NC_010609	TTTCAG	2	12	1037879	1037890	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_010609	AATGAT	2	12	1055745	1055756	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
60	NC_010609	ATAATT	2	12	1098841	1098852	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_010609	CACTTC	2	12	1114297	1114308	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
62	NC_010609	ATTTCA	2	12	1115127	1115138	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_010609	CTCGGC	2	12	1115762	1115773	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
64	NC_010609	TTTTTA	2	12	1127998	1128009	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_010609	CTAACG	2	12	1155306	1155317	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_010609	CAAATT	2	12	1161557	1161568	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_010609	ATTTTG	2	12	1173714	1173725	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_010609	TTAAAA	2	12	1179218	1179229	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_010609	TTTGAT	2	12	1231318	1231329	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_010609	TCATAA	2	12	1235286	1235297	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_010609	GTGAAT	2	12	1238383	1238394	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
72	NC_010609	TAAAAA	2	12	1281605	1281616	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_010609	TAATTT	2	12	1288904	1288915	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_010609	TTATTG	2	12	1292324	1292335	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_010609	TTAAAT	2	12	1338431	1338442	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_010609	CATCGT	2	12	1346668	1346679	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_010609	ATAGTT	2	12	1385479	1385490	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
78	NC_010609	TTTAAT	2	12	1408302	1408313	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_010609	CACTTC	2	12	1409767	1409778	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
80	NC_010609	ATTTCA	2	12	1410597	1410608	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_010609	CTCGGC	2	12	1411232	1411243	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
82	NC_010609	AAAACG	2	12	1414894	1414905	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_010609	CATTTT	2	12	1430842	1430853	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_010609	ATAGTT	2	12	1434870	1434881	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
85	NC_010609	TACTCC	2	12	1460640	1460651	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
86	NC_010609	ATTTTA	2	12	1494490	1494501	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_010609	AATATA	2	12	1497545	1497556	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_010609	TTTGTA	2	12	1503744	1503755	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_010609	GCATAT	2	12	1508657	1508668	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_010609	ACCATC	2	12	1512605	1512616	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
91	NC_010609	TCATAT	2	12	1512914	1512925	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_010609	TCACCG	2	12	1521154	1521165	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
93	NC_010609	TGAAAA	2	12	1535240	1535251	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
94	NC_010609	TTCAAA	2	12	1591897	1591908	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_010609	CTTAAT	2	12	1607979	1607990	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_010609	GCTGTT	2	12	1648965	1648976	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_010609	AATGGC	2	12	1649378	1649389	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_010609	TAGAAA	2	12	1650185	1650196	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_010609	AACTAT	2	12	1669351	1669362	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_010609	ATGCTA	2	12	1672834	1672845	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_010609	ATCCTT	2	12	1683034	1683045	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_010609	AACAGT	2	12	1686729	1686740	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_010609	TTAGTT	2	12	1710175	1710186	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_010609	TTATTT	2	12	1719808	1719819	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_010609	TTTAAT	2	12	1724389	1724400	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_010609	TTTCAT	2	12	1756982	1756993	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_010609	TTATTT	2	12	1920474	1920485	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_010609	TAAAAT	2	12	1927287	1927298	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_010609	AGGAAT	2	12	1928893	1928904	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
110	NC_010609	AATATT	2	12	1943768	1943779	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_010609	CAAAAT	2	12	1948301	1948312	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_010609	AAGATG	2	12	1970346	1970357	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_010609	CGGTAT	2	12	1973347	1973358	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_010609	TTTTAA	2	12	2007126	2007137	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_010609	AAAAAG	2	12	2010317	2010328	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_010609	AATATT	2	12	2012553	2012564	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_010609	AACTCC	2	12	2015664	2015675	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.