MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Lactobacillus reuteri JCM 1112

Total Repeats: 363

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010609	TGTTT	2	10	2681	2690	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_010609	AGTAA	2	10	9245	9254	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_010609	TGATA	2	10	10267	10276	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_010609	GATTT	2	10	30619	30628	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_010609	ACCTA	2	10	35727	35736	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
6	NC_010609	AAATT	2	10	35814	35823	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_010609	TAGTT	2	10	41355	41364	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_010609	ATTTA	2	10	46863	46872	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_010609	ATTTA	2	10	46875	46884	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_010609	AAAAT	2	10	47278	47287	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_010609	GAAAA	2	10	70595	70604	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_010609	AGTCA	2	10	70702	70711	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
13	NC_010609	ATTTT	2	10	74961	74970	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_010609	TTAAC	2	10	81581	81590	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_010609	TATCT	2	10	87341	87350	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_010609	ATATA	2	10	89253	89262	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_010609	ATCAT	2	10	89263	89272	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_010609	ATTTT	2	10	98751	98760	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_010609	TAAAA	2	10	106637	106646	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_010609	AATTT	2	10	113790	113799	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_010609	AGTTT	2	10	120780	120789	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_010609	TCTTT	2	10	126817	126826	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_010609	CTTTT	2	10	136749	136758	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_010609	AGCCT	2	10	143991	144000	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
25	NC_010609	AATTA	2	10	146574	146583	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_010609	TTTTA	2	10	146631	146640	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_010609	ATTTT	2	10	155649	155658	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_010609	TTTAT	2	10	160173	160182	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_010609	GGTAA	2	10	177626	177635	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
30	NC_010609	GTCTG	2	10	178109	178118	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
31	NC_010609	TCGTG	2	10	178443	178452	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
32	NC_010609	AACAA	2	10	179224	179233	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_010609	GAGAT	2	10	182115	182124	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
34	NC_010609	TCTTT	2	10	182470	182479	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_010609	ACAAA	2	10	185096	185105	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_010609	AAGTT	2	10	200253	200262	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_010609	TCTAA	2	10	200279	200288	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_010609	GTTAA	2	10	200590	200599	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_010609	AACTT	2	10	201542	201551	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_010609	TAAGT	2	10	212487	212496	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_010609	TGCAT	2	10	215894	215903	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_010609	AAAAT	2	10	229296	229305	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_010609	ATATT	2	10	251118	251127	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_010609	TAAAT	2	10	281725	281734	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_010609	TTAAG	2	10	281748	281757	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_010609	ATGAC	2	10	290427	290436	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
47	NC_010609	ATTAA	2	10	292450	292459	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_010609	TATAT	2	10	295259	295268	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_010609	TTAGA	2	10	295282	295291	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_010609	AACAA	2	10	302048	302057	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_010609	TCTTT	2	10	307187	307196	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_010609	CTTAT	2	10	311314	311323	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_010609	AATTG	2	10	311609	311618	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_010609	AAAAT	2	10	311783	311792	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_010609	CTAAT	2	10	312006	312015	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_010609	GGTAA	2	10	312491	312500	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
57	NC_010609	GTCTG	2	10	312974	312983	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
58	NC_010609	TCGTG	2	10	313308	313317	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
59	NC_010609	AACAA	2	10	313893	313902	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_010609	GAGAT	2	10	316784	316793	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
61	NC_010609	AGTAG	2	10	320376	320385	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
62	NC_010609	CCTCT	2	10	335210	335219	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
63	NC_010609	CTTTA	2	10	358229	358238	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_010609	CAATA	2	10	361471	361480	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_010609	ATTTA	2	10	363327	363336	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_010609	ATTAT	2	10	363370	363379	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_010609	TTCTT	2	10	367855	367864	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_010609	TATTT	2	10	379964	379973	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_010609	ACTTT	2	10	384827	384836	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_010609	TTAAG	2	10	393371	393380	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_010609	TTTTA	2	10	400170	400179	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_010609	AAAAT	2	10	401219	401228	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_010609	AATTT	2	10	401607	401616	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_010609	AATTT	2	10	403273	403282	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_010609	GTAAA	2	10	403867	403876	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_010609	TTTGG	2	10	416843	416852	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
77	NC_010609	AAATA	2	10	431630	431639	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_010609	TTTAT	2	10	431807	431816	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_010609	TTTTA	2	10	441333	441342	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_010609	AGATA	2	10	441654	441663	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_010609	AATTT	2	10	442032	442041	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_010609	AGTAT	2	10	442114	442123	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_010609	ATATT	2	10	444824	444833	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_010609	AAGAG	2	10	446159	446168	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
85	NC_010609	AATAA	2	10	447474	447483	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_010609	ATATA	2	10	451616	451625	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_010609	TATTT	2	10	453083	453092	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_010609	TGATA	2	10	454734	454743	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_010609	TTTTA	2	10	459433	459442	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_010609	ATTTT	2	10	463395	463404	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_010609	TAATT	2	10	464513	464522	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_010609	GAAAT	2	10	467540	467549	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_010609	AAACT	2	10	481299	481308	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_010609	TAAAT	2	10	483520	483529	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_010609	GAAGA	2	10	484381	484390	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
96	NC_010609	AAAAT	2	10	484406	484415	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_010609	TTATT	2	10	485461	485470	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_010609	AAAAT	2	10	488537	488546	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_010609	TATTT	2	10	489506	489515	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_010609	TACCA	2	10	489516	489525	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
101	NC_010609	GTATA	2	10	493639	493648	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_010609	TAATC	2	10	496965	496974	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_010609	TGATT	2	10	497953	497962	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_010609	TATAT	2	10	498488	498497	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_010609	AAAGT	2	10	498794	498803	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_010609	TTATG	2	10	499027	499036	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_010609	ATATA	2	10	499060	499069	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_010609	AAAAC	2	10	499715	499724	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_010609	TGCTT	2	10	500875	500884	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
110	NC_010609	TGTTT	2	10	501000	501009	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_010609	TGGTT	2	10	511748	511757	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
112	NC_010609	AATAA	2	10	517668	517677	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_010609	TGATA	2	10	531968	531977	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_010609	ACTGG	2	10	532160	532169	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
115	NC_010609	TATAA	2	10	539686	539695	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_010609	CAAAC	2	10	550107	550116	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
117	NC_010609	CTATC	2	10	550149	550158	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
118	NC_010609	AAAAG	2	10	558843	558852	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
119	NC_010609	TCTTT	2	10	563239	563248	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
120	NC_010609	TATAA	2	10	565221	565230	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_010609	CCTAT	2	10	565267	565276	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
122	NC_010609	TAAAA	2	10	618731	618740	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_010609	CTTTA	2	10	625837	625846	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
124	NC_010609	ATAAA	2	10	626383	626392	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_010609	TTTTA	2	10	628772	628781	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_010609	CTGAT	2	10	632480	632489	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
127	NC_010609	GGTAA	2	10	632964	632973	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
128	NC_010609	GTCTG	2	10	633447	633456	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
129	NC_010609	TCGTG	2	10	633781	633790	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
130	NC_010609	TTGTT	2	10	634323	634332	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
131	NC_010609	GAGAT	2	10	637257	637266	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
132	NC_010609	ACTTT	2	10	642113	642122	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_010609	GGTAA	2	10	649396	649405	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
134	NC_010609	GTCTG	2	10	649879	649888	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
135	NC_010609	TCGTG	2	10	650213	650222	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
136	NC_010609	TTGTT	2	10	650755	650764	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
137	NC_010609	GAGAT	2	10	653689	653698	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
138	NC_010609	GGCAA	2	10	664164	664173	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
139	NC_010609	TAATT	2	10	699890	699899	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_010609	TAAGT	2	10	702817	702826	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
141	NC_010609	TGGCT	2	10	703117	703126	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
142	NC_010609	TAAAT	2	10	713484	713493	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_010609	GCAAT	2	10	725331	725340	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
144	NC_010609	ATATT	2	10	728803	728812	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_010609	ATATA	2	10	734265	734274	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_010609	CAAAA	2	10	741114	741123	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
147	NC_010609	TAATG	2	10	743430	743439	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
148	NC_010609	AGTAA	2	10	743761	743770	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.