MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Lawsonia intracellularis PHE/MN1-00 plasmid 3

Total Repeats: 168

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008014	AGTA	2	8	478	485	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_008014	TTAA	2	8	1824	1831	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_008014	GTAA	2	8	1956	1963	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_008014	CCAA	2	8	2437	2444	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
5	NC_008014	ATCT	2	8	2564	2571	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
6	NC_008014	TCTT	2	8	2620	2627	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
7	NC_008014	AATA	2	8	3681	3688	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_008014	GAAT	2	8	5675	5682	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
9	NC_008014	ATTT	2	8	6660	6667	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_008014	ATTT	2	8	10247	10254	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_008014	TTAA	2	8	10292	10299	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_008014	TAGA	2	8	10396	10403	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_008014	TATT	2	8	11204	11211	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_008014	TGTA	2	8	18490	18497	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
15	NC_008014	ATTT	2	8	21710	21717	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_008014	TAGT	2	8	23005	23012	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_008014	TAGC	2	8	23015	23022	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
18	NC_008014	ATAG	2	8	26461	26468	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_008014	TAGA	2	8	26688	26695	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_008014	AGTT	2	8	29096	29103	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_008014	AATA	2	8	31160	31167	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_008014	AAAG	2	8	31920	31927	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
23	NC_008014	AGGT	2	8	34009	34016	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
24	NC_008014	TAGT	2	8	35887	35894	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
25	NC_008014	CATA	2	8	37454	37461	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
26	NC_008014	GTTT	2	8	39583	39590	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_008014	TTAT	2	8	41112	41119	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_008014	TTTA	2	8	41302	41309	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_008014	CATA	2	8	41705	41712	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
30	NC_008014	GATT	2	8	44239	44246	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_008014	TAAT	2	8	46403	46410	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_008014	TACA	2	8	46546	46553	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
33	NC_008014	TTGT	2	8	51763	51770	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_008014	GATT	2	8	51948	51955	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
35	NC_008014	TGTA	2	8	51957	51964	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_008014	CTAT	2	8	53357	53364	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
37	NC_008014	TAAA	2	8	55604	55611	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_008014	TAAA	2	8	57771	57778	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_008014	GATG	2	8	57938	57945	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
40	NC_008014	ATAA	2	8	57998	58005	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_008014	ATAG	2	8	58088	58095	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_008014	ATGA	2	8	58394	58401	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
43	NC_008014	ATAA	2	8	58557	58564	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_008014	TTAT	2	8	59051	59058	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_008014	AATA	2	8	59154	59161	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_008014	TATT	2	8	59596	59603	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_008014	TCAC	2	8	59846	59853	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
48	NC_008014	CTTT	2	8	60221	60228	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
49	NC_008014	CTAA	2	8	60238	60245	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
50	NC_008014	TAAA	2	8	62821	62828	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_008014	ATAA	2	8	62975	62982	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_008014	CTAA	2	8	69470	69477	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
53	NC_008014	GTAT	2	8	69887	69894	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_008014	AGAT	2	8	70126	70133	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
55	NC_008014	ATTT	2	8	70239	70246	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_008014	ACCA	2	8	72996	73003	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
57	NC_008014	ATAG	2	8	75991	75998	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
58	NC_008014	ATTA	2	8	76192	76199	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_008014	CTAT	2	8	76416	76423	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
60	NC_008014	TTTA	2	8	76767	76774	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_008014	AAAG	2	8	77091	77098	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
62	NC_008014	TTCT	2	8	77115	77122	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
63	NC_008014	TTAT	2	8	77294	77301	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_008014	ACAT	2	8	77325	77332	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
65	NC_008014	ATAA	2	8	77473	77480	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_008014	TATT	2	8	80723	80730	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_008014	GAAT	2	8	80812	80819	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
68	NC_008014	TATT	2	8	80871	80878	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_008014	TAAA	2	8	80907	80914	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_008014	TATT	2	8	81017	81024	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_008014	TAAA	3	12	81026	81037	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_008014	AATT	2	8	81075	81082	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_008014	CTAA	2	8	81592	81599	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
74	NC_008014	TTAC	2	8	83747	83754	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
75	NC_008014	TAAT	2	8	83760	83767	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_008014	TTTA	2	8	83948	83955	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_008014	AATA	2	8	84248	84255	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_008014	TACT	2	8	84271	84278	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
79	NC_008014	ATTA	2	8	86379	86386	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_008014	TTTA	2	8	86479	86486	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_008014	GTTT	2	8	88961	88968	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
82	NC_008014	TACT	2	8	89026	89033	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
83	NC_008014	TACT	2	8	91372	91379	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
84	NC_008014	TAAT	2	8	93522	93529	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_008014	TATT	2	8	93631	93638	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_008014	TAGT	2	8	95879	95886	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
87	NC_008014	CATA	2	8	95901	95908	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
88	NC_008014	TAAT	2	8	98293	98300	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_008014	ATAA	2	8	98374	98381	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_008014	ATTA	3	12	98383	98394	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_008014	AATA	2	8	99254	99261	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_008014	TTAT	2	8	99415	99422	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_008014	TACA	2	8	101784	101791	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
94	NC_008014	TAAT	2	8	101842	101849	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_008014	ATTA	2	8	101908	101915	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_008014	ACTA	2	8	101959	101966	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
97	NC_008014	TATT	2	8	101997	102004	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_008014	TAAA	2	8	105244	105251	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_008014	AAAC	3	12	105333	105344	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
100	NC_008014	ATAA	2	8	105461	105468	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_008014	AAAG	2	8	107471	107478	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
102	NC_008014	TATT	2	8	107520	107527	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_008014	CTAT	2	8	107884	107891	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
104	NC_008014	AGAT	2	8	107913	107920	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
105	NC_008014	GTAT	2	8	107967	107974	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
106	NC_008014	TTTA	2	8	110126	110133	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_008014	TAAT	2	8	110479	110486	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_008014	ATTT	2	8	110641	110648	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_008014	ATGT	2	8	111489	111496	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
110	NC_008014	AAGG	2	8	111520	111527	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
111	NC_008014	ATAA	2	8	111530	111537	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_008014	AAAT	2	8	111874	111881	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_008014	CTAT	2	8	112086	112093	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
114	NC_008014	CAAT	2	8	112116	112123	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
115	NC_008014	ATTT	2	8	112197	112204	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_008014	ATTT	2	8	112416	112423	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_008014	TTCT	2	8	112457	112464	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
118	NC_008014	AGTT	2	8	112548	112555	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
119	NC_008014	AAAG	2	8	114447	114454	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
120	NC_008014	TATC	2	8	117228	117235	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
121	NC_008014	TTTA	2	8	121064	121071	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_008014	GATA	2	8	121152	121159	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
123	NC_008014	TCTA	2	8	121288	121295	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
124	NC_008014	TTAT	2	8	121604	121611	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_008014	GAAA	2	8	121944	121951	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
126	NC_008014	TAAG	2	8	126885	126892	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
127	NC_008014	ATGG	2	8	127864	127871	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
128	NC_008014	TTGA	2	8	129041	129048	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
129	NC_008014	TTAT	2	8	130463	130470	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_008014	ATTT	2	8	133126	133133	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_008014	GTTA	2	8	136169	136176	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
132	NC_008014	AGTA	2	8	136213	136220	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
133	NC_008014	TTAA	2	8	138098	138105	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_008014	TTTA	2	8	138466	138473	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_008014	ATAA	2	8	138565	138572	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_008014	ATGG	2	8	140492	140499	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
137	NC_008014	TAAA	2	8	143274	143281	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_008014	ATTA	2	8	143296	143303	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_008014	ATGG	2	8	145635	145642	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
140	NC_008014	AGGA	2	8	145691	145698	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
141	NC_008014	AGGG	2	8	145799	145806	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
142	NC_008014	AATA	2	8	145879	145886	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_008014	ATAA	2	8	148083	148090	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_008014	TATT	2	8	148163	148170	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_008014	TATT	2	8	148242	148249	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_008014	TAAA	2	8	174643	174650	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_008014	TATT	2	8	174761	174768	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_008014	GTAT	2	8	174769	174776	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
149	NC_008014	TCTT	2	8	174860	174867	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
150	NC_008014	CTAT	2	8	176564	176571	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
151	NC_008014	AGAT	2	8	176620	176627	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
152	NC_008014	TAAT	2	8	178300	178307	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_008014	TGAT	2	8	178447	178454	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
154	NC_008014	ATGT	2	8	183693	183700	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
155	NC_008014	ATAA	2	8	183704	183711	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_008014	TTTA	2	8	183825	183832	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_008014	GGAA	2	8	183908	183915	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
158	NC_008014	TTTA	2	8	185812	185819	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_008014	TAAA	2	8	186071	186078	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
160	NC_008014	TAGG	2	8	186100	186107	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
161	NC_008014	TAGG	2	8	186142	186149	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
162	NC_008014	AGCA	2	8	187971	187978	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
163	NC_008014	TAAT	2	8	189888	189895	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
164	NC_008014	TCTA	2	8	190219	190226	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
165	NC_008014	AGAC	2	8	193027	193034	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
166	NC_008014	TAAT	2	8	193643	193650	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
167	NC_008014	ATTA	2	8	193672	193679	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
168	NC_008014	TAAC	2	8	194523	194530	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.