MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Lawsonia intracellularis PHE/MN1-00 plasmid 1

Total Repeats: 166

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008012	AAC	2	6	34	39	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_008012	GAA	2	6	167	172	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_008012	TTTA	2	8	212	219	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_008012	TAT	2	6	224	229	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_008012	TCA	2	6	235	240	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_008012	AT	3	6	251	256	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_008012	AT	3	6	274	279	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_008012	TAT	2	6	1428	1433	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_008012	AGT	2	6	1502	1507	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_008012	AAC	2	6	2274	2279	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_008012	AAG	2	6	2330	2335	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_008012	GAAA	2	8	2410	2417	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_008012	T	9	9	2422	2430	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_008012	CTTT	2	8	2480	2487	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
15	NC_008012	AT	3	6	2493	2498	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_008012	TCC	2	6	2500	2505	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
17	NC_008012	GTAA	2	8	2516	2523	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_008012	AGA	2	6	2549	2554	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_008012	AGA	2	6	2903	2908	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_008012	AT	3	6	3003	3008	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_008012	TAT	2	6	3017	3022	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_008012	TGG	2	6	3081	3086	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_008012	A	6	6	3095	3100	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_008012	TAA	2	6	3154	3159	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_008012	TTG	2	6	3184	3189	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_008012	ATA	2	6	3218	3223	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_008012	T	6	6	3244	3249	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_008012	TAAA	2	8	3255	3262	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_008012	ACC	2	6	3272	3277	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
30	NC_008012	GGTA	2	8	3285	3292	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
31	NC_008012	T	6	6	3321	3326	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_008012	TATTAG	2	12	5307	5318	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_008012	TA	3	6	5321	5326	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_008012	AAG	2	6	5338	5343	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_008012	GAA	2	6	5347	5352	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_008012	AT	3	6	5353	5358	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_008012	TA	3	6	5373	5378	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_008012	TAAA	2	8	5394	5401	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_008012	TAT	2	6	5461	5466	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_008012	CTAA	2	8	5467	5474	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
41	NC_008012	ATATTA	2	12	5482	5493	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_008012	TTA	3	9	5508	5516	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_008012	AATA	2	8	5519	5526	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_008012	AT	4	8	5610	5617	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_008012	TCA	2	6	5632	5637	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_008012	CTA	2	6	5649	5654	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_008012	TTC	2	6	5669	5674	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_008012	AAAG	2	8	5680	5687	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
49	NC_008012	ATA	2	6	5697	5702	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_008012	T	6	6	5704	5709	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_008012	CTT	2	6	5736	5741	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_008012	ATT	2	6	5743	5748	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_008012	AAT	2	6	5756	5761	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_008012	GAAG	2	8	6523	6530	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
55	NC_008012	AATTA	2	10	6543	6552	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_008012	A	9	9	6564	6572	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_008012	ATA	2	6	6576	6581	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_008012	TAA	2	6	6618	6623	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_008012	AT	3	6	6628	6633	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_008012	ATA	3	9	6647	6655	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_008012	TAA	2	6	6658	6663	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_008012	A	7	7	6670	6676	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_008012	ATA	2	6	6713	6718	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_008012	TA	7	14	6741	6754	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_008012	TAG	2	6	6760	6765	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_008012	T	7	7	6773	6779	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_008012	A	6	6	6795	6800	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_008012	AG	3	6	6802	6807	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
69	NC_008012	TAA	2	6	6809	6814	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_008012	ATT	2	6	7248	7253	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_008012	T	8	8	9594	9601	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_008012	TTTA	2	8	10636	10643	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_008012	TAA	2	6	10681	10686	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_008012	TAAA	2	8	10828	10835	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_008012	GCT	2	6	10860	10865	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_008012	TTA	2	6	11369	11374	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_008012	AGG	2	6	12092	12097	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
78	NC_008012	TAT	2	6	12098	12103	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_008012	T	6	6	12105	12110	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_008012	TAAC	2	8	12889	12896	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
81	NC_008012	AAAACT	2	12	12903	12914	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_008012	ATTA	2	8	12917	12924	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_008012	TAT	2	6	12943	12948	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_008012	T	9	9	12948	12956	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_008012	ATT	2	6	12958	12963	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_008012	ATAA	2	8	12981	12988	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_008012	A	6	6	12993	12998	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_008012	TAAA	2	8	13024	13031	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_008012	TA	3	6	13032	13037	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_008012	TA	3	6	13039	13044	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_008012	AGC	2	6	13052	13057	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_008012	AACT	2	8	13919	13926	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
93	NC_008012	T	6	6	13943	13948	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_008012	AAT	2	6	15128	15133	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_008012	ACT	2	6	15147	15152	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_008012	TTA	2	6	15181	15186	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_008012	TAA	2	6	15187	15192	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_008012	ATAG	2	8	15196	15203	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
99	NC_008012	T	7	7	15231	15237	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_008012	CTAT	2	8	15238	15245	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
101	NC_008012	TAT	2	6	15269	15274	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_008012	AAG	2	6	15277	15282	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
103	NC_008012	TTTTAA	2	12	17528	17539	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_008012	CTT	2	6	18894	18899	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_008012	TAT	2	6	18902	18907	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_008012	TA	3	6	18913	18918	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_008012	TATAG	2	10	18923	18932	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_008012	TAA	2	6	19793	19798	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_008012	CAC	2	6	19805	19810	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
110	NC_008012	TCT	2	6	19837	19842	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_008012	TCA	2	6	19849	19854	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_008012	ACA	2	6	19855	19860	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_008012	TA	6	12	19872	19883	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_008012	AG	3	6	19886	19891	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
115	NC_008012	ATA	2	6	19929	19934	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_008012	CTAT	2	8	19998	20005	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
117	NC_008012	TA	3	6	20019	20024	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_008012	TA	3	6	21078	21083	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_008012	TAC	2	6	21088	21093	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_008012	AAT	2	6	21094	21099	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_008012	AT	7	14	21098	21111	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_008012	ATA	2	6	21124	21129	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_008012	AAT	2	6	21132	21137	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_008012	TAAT	2	8	21945	21952	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_008012	ATG	2	6	21978	21983	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
126	NC_008012	ATT	2	6	22602	22607	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_008012	AATA	2	8	22697	22704	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_008012	TAA	2	6	22762	22767	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_008012	GTG	2	6	22789	22794	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
130	NC_008012	T	6	6	22802	22807	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_008012	TTA	2	6	22827	22832	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_008012	A	7	7	22877	22883	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_008012	T	6	6	22950	22955	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_008012	TAA	2	6	23012	23017	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_008012	TAA	2	6	23030	23035	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_008012	T	7	7	23052	23058	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_008012	TAA	2	6	23061	23066	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_008012	TGT	2	6	24180	24185	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
139	NC_008012	AT	3	6	24216	24221	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_008012	TA	3	6	24237	24242	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_008012	TA	4	8	24255	24262	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_008012	A	7	7	24264	24270	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_008012	ACA	2	6	24285	24290	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_008012	T	6	6	24301	24306	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_008012	A	6	6	24322	24327	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_008012	A	7	7	24344	24350	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_008012	T	16	16	25764	25779	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_008012	TAA	2	6	25783	25788	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_008012	ATA	12	36	25791	25826	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_008012	A	6	6	25854	25859	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_008012	T	6	6	25893	25898	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_008012	ATT	2	6	25899	25904	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_008012	TAA	2	6	25917	25922	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_008012	AACAT	2	10	25929	25938	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
155	NC_008012	TAAA	2	8	26739	26746	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_008012	A	6	6	26758	26763	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_008012	ATT	2	6	26770	26775	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_008012	TAAA	3	12	26784	26795	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_008012	ATA	2	6	26796	26801	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
160	NC_008012	ATA	2	6	26807	26812	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
161	NC_008012	TAAA	2	8	26833	26840	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
162	NC_008012	ATA	3	9	26847	26855	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_008012	TAAA	2	8	26874	26881	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
164	NC_008012	ATA	2	6	26901	26906	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
165	NC_008012	TCTAAA	2	12	26971	26982	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
166	NC_008012	A	7	7	27003	27009	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.