MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Lawsonia intracellularis PHE/MN1-00 chromosome

Total Repeats: 343

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008011	TATAG	2	10	54	63	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_008011	TTAGT	2	10	5248	5257	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_008011	TAAAT	2	10	5347	5356	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_008011	TATCT	2	10	13613	13622	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_008011	TAGCT	2	10	13961	13970	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
6	NC_008011	ATAAA	2	10	20909	20918	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_008011	CAGTT	2	10	24458	24467	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
8	NC_008011	GGTAG	2	10	26272	26281	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
9	NC_008011	ATTAT	2	10	30043	30052	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_008011	TAAAA	2	10	30069	30078	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_008011	TAAAT	2	10	34596	34605	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_008011	ATATT	2	10	45242	45251	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_008011	TAAAA	2	10	55892	55901	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_008011	TTACT	2	10	56293	56302	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_008011	ATAGT	2	10	59527	59536	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_008011	AGAAA	2	10	60863	60872	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_008011	ATTAT	2	10	61532	61541	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_008011	TTAAG	2	10	64857	64866	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_008011	CTAAT	2	10	64935	64944	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_008011	CAATT	2	10	74643	74652	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_008011	ATATA	2	10	74834	74843	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_008011	GTTAT	2	10	74852	74861	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_008011	TATGA	2	10	77623	77632	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_008011	ATCTT	2	10	81101	81110	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_008011	ATCTA	2	10	81431	81440	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_008011	TAATT	2	10	81444	81453	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_008011	TTATT	2	10	83091	83100	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_008011	TTATT	2	10	83248	83257	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_008011	ACTTT	2	10	84233	84242	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_008011	ATACT	2	10	85754	85763	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_008011	CTAAA	2	10	85785	85794	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_008011	TAAGA	2	10	86358	86367	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_008011	ATATA	2	10	91507	91516	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_008011	AGAAT	2	10	92102	92111	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_008011	ATATT	2	10	96535	96544	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_008011	TTTAT	2	10	97174	97183	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_008011	TATAG	2	10	98118	98127	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_008011	CATAA	2	10	101540	101549	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_008011	AAATA	2	10	108400	108409	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_008011	TGATA	2	10	109164	109173	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_008011	TTTAA	2	10	112103	112112	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_008011	TAAAT	2	10	112579	112588	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_008011	TATAA	2	10	124272	124281	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_008011	TTAAA	2	10	137021	137030	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_008011	TTATA	2	10	145774	145783	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_008011	ACCAT	2	10	145860	145869	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
47	NC_008011	AGGTA	2	10	153717	153726	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
48	NC_008011	TTATA	2	10	153838	153847	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_008011	ATATT	2	10	164916	164925	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_008011	TTTTA	2	10	167830	167839	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_008011	CAGAA	2	10	168494	168503	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
52	NC_008011	TATCT	2	10	170856	170865	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_008011	ATTAT	2	10	173659	173668	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_008011	GTTAT	2	10	175907	175916	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_008011	CTCGA	2	10	177593	177602	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
56	NC_008011	ACACA	2	10	200535	200544	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
57	NC_008011	ATGTT	2	10	211152	211161	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_008011	AATAA	2	10	218245	218254	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_008011	CATAG	2	10	228135	228144	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
60	NC_008011	CTTTT	2	10	232770	232779	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_008011	GTTAG	2	10	240680	240689	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
62	NC_008011	TAAAG	2	10	246536	246545	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_008011	TATTT	2	10	246746	246755	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_008011	ATTAT	2	10	249504	249513	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_008011	TATAA	2	10	250314	250323	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_008011	GAATA	2	10	256581	256590	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_008011	ATTTT	2	10	259002	259011	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_008011	TTATA	2	10	264143	264152	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_008011	CTTTT	2	10	279373	279382	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_008011	AATAA	2	10	283469	283478	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_008011	CTTTT	2	10	292030	292039	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_008011	TAGTA	2	10	332813	332822	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_008011	TTCTC	2	10	350072	350081	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
74	NC_008011	ACCTA	2	10	355126	355135	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
75	NC_008011	TAAAA	2	10	355141	355150	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_008011	TTATT	2	10	360672	360681	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_008011	TATTT	2	10	360715	360724	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_008011	ATTAT	3	15	361016	361030	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_008011	TAATA	2	10	362416	362425	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_008011	TATAA	2	10	365761	365770	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_008011	ATATC	2	10	365956	365965	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_008011	ATGTA	2	10	368981	368990	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_008011	TAATA	2	10	369029	369038	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_008011	TCATA	2	10	369149	369158	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_008011	ATAAA	2	10	371063	371072	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_008011	ATCAG	2	10	371977	371986	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
87	NC_008011	AATGT	2	10	387257	387266	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_008011	GATAA	2	10	387407	387416	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_008011	ATATT	2	10	391969	391978	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_008011	GTTTA	2	10	400916	400925	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_008011	TATAA	2	10	401021	401030	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_008011	TCTTT	2	10	407864	407873	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_008011	TATAA	2	10	407944	407953	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_008011	AAATA	2	10	408990	408999	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_008011	CAATA	2	10	411115	411124	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_008011	TTTTA	2	10	411205	411214	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_008011	ATAAG	2	10	420396	420405	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_008011	TTAAT	2	10	429773	429782	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_008011	TTTTA	2	10	431295	431304	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_008011	AAATT	2	10	462265	462274	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_008011	TTTAA	2	10	466021	466030	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_008011	CTAAA	2	10	466795	466804	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_008011	AGTAT	2	10	480102	480111	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_008011	ATAAA	2	10	485738	485747	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_008011	AGTAT	2	10	521159	521168	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_008011	TTATA	2	10	521256	521265	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_008011	TTTAT	2	10	521694	521703	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_008011	GATAA	2	10	526816	526825	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_008011	TGGTT	2	10	540094	540103	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
110	NC_008011	TATAA	2	10	540243	540252	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_008011	CTAAT	2	10	562194	562203	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_008011	ATAAA	2	10	565440	565449	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_008011	TACAA	2	10	565463	565472	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
114	NC_008011	CAGCC	2	10	565768	565777	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
115	NC_008011	ATTAT	2	10	572857	572866	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_008011	ATAAA	2	10	578331	578340	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_008011	TAAAA	2	10	578642	578651	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_008011	ACAAA	2	10	578999	579008	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_008011	AATTA	2	10	579864	579873	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_008011	ATATT	2	10	580574	580583	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_008011	TATAT	2	10	581143	581152	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_008011	CTTAA	2	10	585267	585276	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
123	NC_008011	TTTTA	2	10	585288	585297	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_008011	TACAA	2	10	586765	586774	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_008011	ATATT	2	10	587086	587095	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_008011	CTTAT	2	10	594648	594657	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
127	NC_008011	GGAAT	2	10	622275	622284	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
128	NC_008011	AGATA	2	10	624073	624082	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
129	NC_008011	TAAAA	2	10	624105	624114	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_008011	ATTTA	2	10	624386	624395	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_008011	TTATA	2	10	628896	628905	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_008011	CATTA	2	10	630651	630660	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_008011	AAAAT	2	10	638603	638612	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_008011	ATAAA	2	10	639762	639771	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_008011	AGCTT	2	10	645084	645093	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
136	NC_008011	TAAAA	2	10	657023	657032	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_008011	TCTTT	2	10	664916	664925	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_008011	AATAA	2	10	665666	665675	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_008011	TGCTT	2	10	672683	672692	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
140	NC_008011	CCTTA	2	10	673197	673206	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
141	NC_008011	TTCTC	2	10	674246	674255	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
142	NC_008011	TTTCC	2	10	674365	674374	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
143	NC_008011	TATTG	2	10	689697	689706	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
144	NC_008011	AGTTT	2	10	696902	696911	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
145	NC_008011	TATAA	3	15	701684	701698	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_008011	GATTG	2	10	701829	701838	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
147	NC_008011	ATATG	2	10	701862	701871	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
148	NC_008011	TTCTT	2	10	702910	702919	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
149	NC_008011	TAAAT	2	10	714847	714856	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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293	NC_008011	AAGAA	2	10	1286322	1286331	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
294	NC_008011	TATAA	2	10	1292216	1292225	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
295	NC_008011	TTATT	2	10	1292258	1292267	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
296	NC_008011	TAACT	2	10	1293169	1293178	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
297	NC_008011	TTATT	2	10	1306922	1306931	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
298	NC_008011	TGTTA	2	10	1309559	1309568	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
299	NC_008011	TATAT	2	10	1311922	1311931	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
300	NC_008011	ATTTT	2	10	1312190	1312199	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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302	NC_008011	ATTAG	2	10	1324056	1324065	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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307	NC_008011	AAATA	2	10	1340415	1340424	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
308	NC_008011	TAAAT	2	10	1368041	1368050	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
309	NC_008011	TTTTA	2	10	1370161	1370170	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
310	NC_008011	TAACA	2	10	1370222	1370231	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
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314	NC_008011	TTTTA	2	10	1382494	1382503	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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324	NC_008011	TATAT	2	10	1413282	1413291	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
325	NC_008011	ATAGT	2	10	1414909	1414918	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
326	NC_008011	ATTTT	2	10	1414967	1414976	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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329	NC_008011	ATATT	2	10	1417673	1417682	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
330	NC_008011	CCTTA	2	10	1417931	1417940	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
331	NC_008011	TATTT	2	10	1418549	1418558	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
332	NC_008011	ATTTT	2	10	1418674	1418683	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
333	NC_008011	TATTT	2	10	1418738	1418747	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
334	NC_008011	TAGTT	2	10	1418755	1418764	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
335	NC_008011	ACTAT	2	10	1420879	1420888	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
336	NC_008011	TATAA	2	10	1422260	1422269	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
337	NC_008011	ATGAA	2	10	1426297	1426306	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
338	NC_008011	AATTA	2	10	1434586	1434595	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
339	NC_008011	GTTAG	2	10	1434603	1434612	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
340	NC_008011	TTATT	2	10	1438216	1438225	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
341	NC_008011	AATAT	2	10	1450125	1450134	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
342	NC_008011	ATTAT	2	10	1453366	1453375	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
343	NC_008011	TAAGC	2	10	1455088	1455097	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.