MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Non-Coding Repeats of Lawsonia intracellularis PHE/MN1-00 chromosome

Total Repeats: 3941

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008011	TAA	2	6	25	30	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_008011	TTA	2	6	122	127	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_008011	TAA	2	6	163	168	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_008011	CTT	2	6	169	174	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_008011	AGA	2	6	2922	2927	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_008011	TTA	2	6	2980	2985	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_008011	ATT	2	6	3008	3013	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_008011	TTA	2	6	3049	3054	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_008011	GTA	2	6	3090	3095	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_008011	TAC	2	6	3105	3110	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_008011	GAA	2	6	3445	3450	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_008011	TTA	2	6	4216	4221	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_008011	TAT	2	6	4236	4241	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_008011	ATT	2	6	4269	4274	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_008011	CTC	2	6	4304	4309	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
16	NC_008011	ACA	2	6	4320	4325	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_008011	TAA	2	6	4897	4902	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_008011	TAT	2	6	4910	4915	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_008011	ATT	2	6	4919	4924	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_008011	CTT	2	6	5310	5315	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_008011	ATT	2	6	5360	5365	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_008011	ATT	2	6	5374	5379	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_008011	ATT	2	6	5407	5412	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_008011	TAA	2	6	5528	5533	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_008011	TAA	2	6	7190	7195	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_008011	GAA	2	6	7399	7404	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_008011	TCT	2	6	7459	7464	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_008011	TAA	2	6	7500	7505	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_008011	TAT	2	6	7540	7545	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_008011	AAT	2	6	7582	7587	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_008011	TAT	2	6	7594	7599	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_008011	GAG	2	6	7611	7616	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_008011	AAC	2	6	7917	7922	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_008011	TAA	3	9	8973	8981	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_008011	ATT	2	6	8988	8993	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_008011	TAA	2	6	8996	9001	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_008011	TAG	2	6	9091	9096	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
38	NC_008011	CAC	2	6	9166	9171	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
39	NC_008011	GAA	2	6	9198	9203	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_008011	TAT	2	6	9220	9225	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_008011	TAA	2	6	9337	9342	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_008011	CCA	2	6	9490	9495	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
43	NC_008011	TAT	2	6	9563	9568	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_008011	ATA	2	6	13586	13591	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_008011	ATA	2	6	13652	13657	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_008011	TAG	2	6	13668	13673	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_008011	TCT	2	6	13697	13702	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_008011	AGA	2	6	13708	13713	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_008011	TAT	2	6	13719	13724	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_008011	ATT	2	6	13742	13747	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_008011	AAT	2	6	13803	13808	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_008011	ATA	2	6	13822	13827	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_008011	TAA	2	6	13887	13892	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_008011	TAA	3	9	13911	13919	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_008011	TAA	3	9	13987	13995	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_008011	ATA	2	6	14072	14077	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_008011	TAT	2	6	14097	14102	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_008011	TAT	2	6	14161	14166	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_008011	AGA	2	6	14272	14277	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
60	NC_008011	GGA	2	6	14380	14385	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_008011	GCT	2	6	14399	14404	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_008011	TGG	2	6	14431	14436	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_008011	CAC	2	6	14481	14486	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
64	NC_008011	GTG	2	6	14559	14564	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_008011	TAG	2	6	14571	14576	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_008011	TAT	5	15	14593	14607	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_008011	TTC	2	6	14658	14663	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_008011	ATT	2	6	14681	14686	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_008011	TCT	2	6	14730	14735	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_008011	TAG	2	6	17544	17549	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_008011	ATA	2	6	17559	17564	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_008011	AGT	2	6	17598	17603	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
73	NC_008011	ACA	2	6	19252	19257	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_008011	TGT	2	6	19357	19362	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_008011	CTA	2	6	20705	20710	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_008011	AGT	2	6	20787	20792	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_008011	TAA	2	6	20807	20812	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_008011	ATG	2	6	20817	20822	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
79	NC_008011	TAA	3	9	20897	20905	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_008011	TTA	2	6	20919	20924	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_008011	TTA	2	6	24469	24474	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_008011	ATA	2	6	24487	24492	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_008011	TAC	2	6	24498	24503	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_008011	TTG	2	6	25099	25104	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_008011	ATT	2	6	29928	29933	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_008011	TAC	2	6	30116	30121	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_008011	TAA	2	6	31189	31194	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_008011	TAT	2	6	32187	32192	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_008011	CTA	2	6	32760	32765	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_008011	TTA	2	6	32782	32787	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_008011	TAT	3	9	32851	32859	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_008011	ATT	2	6	32864	32869	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_008011	GTT	2	6	32875	32880	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
94	NC_008011	TAT	2	6	32893	32898	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_008011	TGA	2	6	32902	32907	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_008011	TAT	2	6	34494	34499	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_008011	ATT	2	6	34629	34634	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_008011	AAT	2	6	35822	35827	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_008011	ATT	2	6	35864	35869	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_008011	CAT	2	6	35890	35895	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_008011	CTA	2	6	36380	36385	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_008011	ATA	2	6	36405	36410	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_008011	TAT	2	6	36427	36432	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_008011	AGG	2	6	36450	36455	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_008011	TAA	2	6	36473	36478	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_008011	TAT	2	6	36565	36570	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_008011	TTA	2	6	36586	36591	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_008011	GTA	2	6	36601	36606	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
109	NC_008011	TAA	2	6	38040	38045	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_008011	AGT	2	6	38081	38086	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
111	NC_008011	TAA	2	6	38113	38118	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_008011	AAG	2	6	38123	38128	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_008011	AAG	2	6	38274	38279	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
114	NC_008011	TGT	2	6	38336	38341	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
115	NC_008011	GTT	2	6	38357	38362	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
116	NC_008011	TAA	2	6	42609	42614	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_008011	TCC	2	6	42730	42735	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
118	NC_008011	TTA	2	6	42818	42823	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_008011	AAG	2	6	42846	42851	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_008011	AAT	2	6	43958	43963	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_008011	AAG	2	6	44018	44023	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
122	NC_008011	TAG	2	6	44096	44101	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
123	NC_008011	ATT	2	6	44115	44120	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_008011	GTT	2	6	44147	44152	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
125	NC_008011	AAC	2	6	44217	44222	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_008011	ATA	2	6	44246	44251	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_008011	TAA	3	9	45093	45101	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_008011	TTA	2	6	45105	45110	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_008011	ATT	3	9	45160	45168	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_008011	ATA	2	6	45221	45226	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_008011	ATA	2	6	45275	45280	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_008011	TTG	2	6	47441	47446	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
133	NC_008011	TCT	2	6	47479	47484	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_008011	AGT	2	6	47495	47500	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
135	NC_008011	TAT	2	6	47538	47543	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_008011	TAA	2	6	47553	47558	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_008011	TGG	2	6	47608	47613	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
138	NC_008011	ATT	2	6	47653	47658	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_008011	TTG	2	6	49664	49669	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
140	NC_008011	ATA	3	9	49713	49721	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_008011	ATT	2	6	49790	49795	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_008011	ACT	2	6	50345	50350	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_008011	ATG	2	6	53190	53195	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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